PACE force field for protein simulations. 2. folding simulations of peptides

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 6, Issue 11, 2010, Pages 3390-3402

  Han, Wei ^a   Wan, Cheuk Kin ^a   Wu, Yun Dong ^a,b,c  

^a HONG KONG UNIVERSITY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY   (Hong Kong)

^b PEKING UNIVERSITY   (China)

^c PEKING UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 78149451041     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct100313a     Document Type: Article

References (108)

1. Chen, J. H.; Brooks, C. L.; Khandogin, J. Curr. Opin. Struct. Biol. 2008, 18, 140
2. Van Gunsteren, W. F.; Dolene, J.; Mark, A. E. Curr. Opin. Struct. Biol. 2008, 18, 149
3. Freiderichs, M. S.; Eastman, P.; Vaidyanathan, V.; Houston, M.; Legrand, S.; Beberg, A. L.; Ensign, D. L.; Bruns, C. M.; Pande, V. J. J. Comput. Chem. 2009, 30, 864
4. Berg, B. A.; Neuhaus, T. Phys. Rev. Lett. 1992, 68, 9
5. Sugita, Y.; Okamoto, Y. Chem. Phys. Lett. 1999, 314, 141
6. Bussi, G.; Gervasio, F. L.; Laio, A.; Parrinello, M. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 13435
7. Voelz, V. A.; Bowman, G. R.; Beauchamp, K.; Pande, V. S. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 1526
8. Voelz, V. A.; Singh, V. R.; Wedemeyer, W. J.; Lapidus, L. J.; Pande, V. S. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 4702
9. Day, R.; Paschk, D.; Garcia, A. E. Proteins 2010, 78, 1889
10. Khandogin, J.; Brooks, C. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 16880
11. Liang, C.; Derreumaux, P.; Wei, G. Biophys. J. 2007, 93, 3353
12. Still, W. C.; Tempczyk, A.; Hawley, R. C.; Hendrickson, I. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 6127
13. Hawkins, G. D.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. Chem. Phys. Lett. 1995, 246, 122
14. Onufriev, A.; Bashford, D.; Case, D. A. Proteins 2004, 55, 383
15. Clementi, C. Curr. Opin. Struct. Biol. 2008, 18, 10
16. Tozzini, V. Curr. Opin. Struct. Biol. 2005, 15, 144
17. Fujitsuka, Y.; Chikenji, G.; Takada, S. Proteins 2006, 62, 381
18. Maupetit, J.; Tuffery, P.; Derreumaux, P. Proteins 2007, 69, 394
19. Ding, F.; Tsao, D.; Nie, H. F.; Dokholyan, N. V. Structure 2008, 16, 1010
20. Noid, W. G.; Chu, J. W.; Ayton, G. S.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 4116
21. Han, W.; Wu, Y.-D. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 2146
22. Han, W.; Wan, C.-K.; Wu, Y.-D. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 1891
23. Brooks, B. R.; Bruccoleri; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187
24. Pearlman, D. A.; Case, D. A.; Caldwell, J. W.; Ross, W. S.; Cheatham, T. E., III; Debolt, S.; Ferguson, D.; Seibel, G.; Kollman, P. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 1
25. Case, D. A.; Cheatham, T. E.; Darden, T.; Gohlke, H.; Luo, R.; Merz, K. M.; Onufriev, A.; Simmerling, C.; Wang, B.; Woods, R. J. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1668
26. Jorgenson, W. L.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 1657
27. Kubelka, J.; Hofrichter, J.; Eaton, W. A. Curr. Opin. Struct. Biol. 2004, 14, 76
28. Marqusee, S.; Baldwin, R. L. Proc. Natil. Acad. Sci. U.S.A. 1987, 84, 8898
29. Marqusee, S.; Robbins, V. H.; Baldwin, R. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1989, 86, 5286
30. Lockhart, D. J.; Kim, P. S. Science 1993, 260, 198
31. Hughes, R. M.; Waters, M. L. Curr. Opin. Struct. Biol. 2006, 16, 514
32. Blanco, F. J.; Rivas, G.; Serrano, L. Nat. Struct. Biol. 1994, 1, 584
33. Fesinmeyer, R. M.; Hudson, F. M.; Anderson, N. H. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 7238
34. Olsen, K. A.; Fesinmeyer, R. M.; Stewart, J. M.; Anderson, N. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 42, 15483
35. Cochran, A. G.; Skelton, N. J.; Starovasnik, M. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 5578
36. Neidigh, J. W.; Fesinmeyer, R. M.; Anderson, N. H. Nat. Struct. Biol. 2002, 9, 425
37. Barua, B.; Lin, J. C.; Williams, V. D.; Kummler, P.; Neidigh, J. W.; Anerson, N. H. Protein Eng. Des. Select. 2008, 21, 171
38. Struthers, M.; Ottesen, J. J.; Imperiali, B. Folding Des. 1998, 3, 95
39. Struthers, M. D.; Cheng, R. C.; Imperiali, B. Science 1996, 271, 342
40. Snow, C. D.; Nguyen, H.; Pande, V. S.; Gruebele, M. Nature 2002, 420, 102
41. Fung, A.; Li, P.; Godoy-Ruiz, R.; Sanchez-Ruiz, J. M.; Munoz, V. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 7489
42. Chowdhury, S.; Zhang, W.; Wu, C.; Xiong, G.; Duan, Y. Biopolymers 2003, 68, 63
43. Zhang, W.; Lei, H.; Chowdhury, S.; Duan, Y. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 7479
44. Garcia, A. E.; Sanbonmatsu, K. Y. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 99, 2782
45. Sorin, E. J.; Pande, V. S. Biophys. J. 2005, 88, 2472
46. Zagrovic, B.; Jayachandran, G.; Millett, I. S.; Doniach, S.; Pande, V. S. J. Mol. Biol. 2005, 353, 232
47. Bolhuis, P. G. Biophys. J. 2005, 88, 50
48. Gallicchio, E.; Andrec, M.; Felts, A. K.; Levy, R. M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 6722
49. Nguyen, P. H.; Stock, G.; Mittag, E.; Hu, C. K.; Li, M. S. Proteins 2005, 61, 795
50. Guvench, O.; Brooks, C. L. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 4668
51. Weinstock, D. S.; Narayanan, C.; Felts, A. K.; Andrec, M.; Levy, R. M.; Wu, K.-P.; Baum, J. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 4858
52. Snow, C. D.; Zagrovic, B.; Pande, V. S. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 14548
53. Simmerling, C.; Strockbine, B.; Roitberg, A. E. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 11258
54. Pitera, J. W.; Swope, W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 7587
55. Schug, A.; Herges, T.; Wenzel, W. Phys. Rev. Lett. 2003, 91, 158102
56. Zhou, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 13280
57. Zhan, L.; Chen, J. Z. Y.; Liu, W.-K. Proteins 2007, 66, 436
58. Paschek, D.; Nymeyer, H.; Garcia, A. J. Struct. Biol. 2007, 157, 524
59. Rhee, Y. M.; Sorin, E. J.; Jayachandran, G.; Lindahl, E.; Pande, V. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 6465
60. Yoda, T.; Sugita, Y.; Okamoto, Y. Chem. Phys. Lett. 2004, 386, 460
61. Yoda, T.; Sugita, Y.; Okamoto, Y. Chem. Phys. 2004, 307, 269
62. Shell, M. S.; Ritterson, R.; Dill, K. A. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 6878
63. Liwo, A.; Khalili, M.; Czaplwski, C.; Kalinowski, S.; Oldziej, S.; Wachucik, K.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 260
64. Zhu, J.; Alexov, E.; Honig, B. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 3008
65. Ferrara, P.; Apostolakis, J.; Caflisch, A. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 5000
66. Felts, A. K.; Harano, Y.; Gallicchio, E.; Levy, R. M. Proteins 2004, 56, 310
67. Liwo, A.; Khalili, M.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 2362
68. Chen, J.; Im, W.; Brooks, C. L., III. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 3728
69. Ulmschneider, J. P.; Jorgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 1849
70. Chebaro, Y.; Dong, X.; Laghaei, R.; Derreumaux, P.; Mousseau, N. J. Phys. Chem. B. 2009, 113, 267
71. Irback, A.; Mohanty, S. Biophys. J. 2005, 88, 1560
72. Han, W.; Wan, C.-K.; Jiang, F.; Wu, Y.-D. J. Chem. Theory Comput. 2010, DOI: 10.1021/ct1003127
73. Marrink, S. J.; de Vries, A. H.; Mark, A. E. J. Phys. Chem. B. 2004, 108, 750
74. Monticelli, L.; Kandasamy, S. K.; Periole, X.; Larson, R. G.; Tieleman, D. P.; Mariink, S. J. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 819
75. Bond, P. J.; Holyyoake, J.; Ivetac, A.; Khalid, S.; Sansom, M. S. P. J. Struct. Biol. 2007, 157, 592
76. Kasson, P. M.; Kelley, N. W.; Singhai, N.; Vrljic, M.; Brunger, A. T.; Pande, V. S.; Biophys, J. Proc Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 11916
77. Lockhart, D. J.; Kim, P. S. Science 1992, 257, 947
78. Berendsen, H. J. C.; van der Spoel, D.; van Drunen, R. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 43
79. Luo, P.; Baldwin, R. L. Biochemistry 1997, 36, 8413
80. Thompson, P. A.; Eaton, W. A.; Hofrichter, J. Biochemistry 1997, 36, 9200
81. Lednev, I. K.; Karnoup, A. S.; Sparrow, M. C.; Asher, S. A. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 2388
82. Lyu, P. C.; Liff, M. I.; Marky, L. A.; Kallenbach, N. R. Science 1990, 250, 669
83. Miick, S. M.; Casteel, K. M.; Milhauser, G. L. Biochemistry 1993, 32, 8014
84. Nymeyer, H.; Garcia, A. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 13934
85. Chakrabartty, A.; Kortemme, T.; Baldwin, R. L. Protein Sci. 1994, 3, 843
86. Feenstra, K. A.; Hess, B.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Chem. 1999, 20, 786
87. Williams, S.; Causgrove, T. P.; Gilmanshin, R.; Fang, K. S.; Callender, R. H.; Woodruff, W. H.; Dyer, R. B. Biochemistry 1996, 35, 691
88. Huang, C.-Y.; Getahun, Z.; Zhu, Y.; Klemke, J. W.; DeGrado, W. F.; Gai, F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 2788
89. Munoz, V.; Thompson, P. A.; Hofrichtcer, J.; Eaton, W. A. Nature 1997, 390, 196
90. Lwin, T. Z.; Luo, R. Protein Sci. 2006, 15, 2642
91. Daura, X.; Gademann, K.; Jaun, B.; Seebach, D.; van Gunsteren, W. F.; Mark, A. E. Angew. Chem., Int. Ed. 1999, 38, 236
92. Kobayashi, N.; Honda, S.; Yoshii, H.; Munekata, E. Biochemistry 2000, 39, 6564
93. Gronenborn, A. M.; Filpula, D. R.; Essig, N. Z.; Achari, A.; Whitlow, M.; Wingfield, P. T.; Clore, G. M. Science 1991, 253, 657
94. Gallagher, T.; Alexander, P.; Bryan, P.; Gilliland, G. L. Biochemistry 1994, 33, 4721
95. Pande, V. S.; Rokhsar, D. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 9062
96. Andrec, M.; Felts, A. K.; Gallicchio, E.; Levy, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 6801
97. Snow, C. D.; Qiu, L.; Du, D.; Gai, F.; Hagen, S. J.; Pande, V. S. Proc. Acad. Natl. Sci. U.S.A. 2004, 101, 4077
98. Okur, a.; Strockbine, B.; Hornak, V.; Simmerling, C. J. Comput. Chem. 2003, 24, 21
99. Chen, C.; Xiao, Y. Bioinformatics 2008, 24, 659
100. Tsuzuki, S.; Honda, K.; Uchimaru, T.; Mikami, M.; Tanabe, K. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 104
101. Zerella, R.; Chen, P. Y.; Evans, P. A.; Raine, A.; Williams, D. H. Protein Sci. 2000, 9, 2142
102. Munoz, V.; Thompson, P. A.; Hofritcher, J.; Eaton, W. A. Nature 1997, 390, 196
103. Du, D.; Zhu, Y.; Huang, C. Y.; Gai, F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 15915
104. Zhang, J.; Qin, M.; Wang, W. Proteins 2006, 62, 672
105. Qiu, L.; Pabit, S. A.; Roiberg, A. E.; Hagen, S. J. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 12952
106. Barua, B.; Andersen, N. H. Lett. Pept. Sci. 2002, 8, 221
107. Chowdhury, S.; Lee, M. C.; Xiong, G.; Duan, Y. J. Mol. Biol. 2003, 327, 711
108. Ding, F.; Buldyrev, s. V.; Dokholyan, N. V. Biophys. J. 2005, 88, 147