Fs-21 peptides can form both single helix and helix-turn-helix

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 108, Issue 22, 2004, Pages 7479-7489

  Zhang, Wei ^a   Lei, Hongxing ^a   Chowdhury, Shibasish ^a   Duan, Yong ^a  

^a UNIVERSITY OF DELAWARE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BORN CONTINUUM SOLVENT MODEL; MULTIPHASE FOLDING PROCESSES; THERMAL DENATURATION; TIME-RESOLVED INFRARED SPECTROSCOPY (TRIR);

ACTIVATION ENERGY; AMINO ACIDS; COMPUTER SIMULATION; CONFORMATIONS; FOURIER TRANSFORM INFRARED SPECTROSCOPY; HYDROGEN BONDS; HYDROPHOBICITY; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULAR STRUCTURE; PERMITTIVITY; PROTEINS; STATISTICAL METHODS;

POLYPEPTIDES;

EID: 2942754061     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp037688x     Document Type: Article

References (41)

1. Karplus, M.; Weaver, D. L. Biopolymers 1979, 18, 1421.
2. Karplus, M.; Weaver, D. L. Nature (London) 1976, 260, 404.
3. Karplus, M.; Weaver, D. L. Protein Sci. 1994, 3, 650.
4. Kim, P. S.; Baldwin, R. L. Annu. Rev. Biochem. 1982, 51, 459.
5. Kim, P. S.; Baldwin, R. L. Annu. Rev. Biochem. 1990, 59, 631.
6. Ballew, R. M.; Sabelko, J.; Gruebele, M. PNAS 1996, 93, 5759.
7. Chowdhury, S.; Zhang, W.; Wu, C.; Xiong, G.; Duan, Y. Biopolymers 2003, 68, 63.
8. Sung, S. S. Biophys. J. 1994, 66, 1796.
9. Wu, X. W.; Sung, S. S. Proteins 1999, 34, 295.
10. Wu, X.; Wang, S. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 2227.
11. Garcia, A. E.; Sanbonmatsu, K. Y. Proc. Natl Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 2782.
12. Baldwin, R. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1986, 83, 8069.
13. Lopez, M. M.; Chin, D. H.; Baldwin, R. L.; Makhatadze, G. I. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 1298.
14. Padmanabhan, S.; York, E. J.; Stewart, J. M.; Baldwin, R. L. J. Mol. Biol. 1996, 257, 726.
15. Scholtz, J. M.; Hong, Q.; York, E. J.; Stewart, J. M.; Baldwin, R. L. Biopolymers 1991, 31, 1463.
16. Scholtz, J. M.; Marqusee, S.; Baldwin, R. L.; York, E. J.; Stewart, J. M.; Santoro, M.; Bolen, D. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.SA. 1991, 88, 2854.
17. Lockhart, D. J.; Kim, P. S. Science 1992, 257, 947.
18. Lockhart, D. J.; Kim, P. S. Science 1993, 260, 198.
19. Williams, S.; Causgrove, T. P.; Gilmanshin, R.; Fang, K. S.; Callender, R. H.; Woodruff, W. H.; Dyer, R. B. Biochemistry 1996, 35, 691.
20. Thompson, P. A.; Eaton, W. A.; Hofrichter, J. Biochemistry 1997, 36, 9200.
21. Lednev, I. K.; Karnoup, A. S.; Sparrow, M. C.; Asher, S. A. J. Am. Chem. Soc 1999, 121, 8074.
22. Thompson, P.; Munoz, V.; Jas, G.; Henry, E.; Eaton, W.; Hofrichter, J. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 378.
23. Huang, C.; Klemke, J.; Getahun, Z.; DeGrado, W.; Gai, F. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 9235.
24. Case, D. A.; Pearlm, D. A.; Caldwell, J. W.; Cheatham, T. E., III; Wang, J.; Ross, W. S.; Simmerling, C.; Darden, T.; Merz, K. M.; Stanton, R. V.; Cheng, A.; Vincent, J. J.; Crowley, M.; Tsui, V.; Golhke, H.; Radmer, R.; Duan, Y.; Pitera, J.; Massova, I.; Seibel, G.; Singh, U. C,; Weiner, P.; Kollman, P. A. 2002.
25. Duan, Y.; Chowdhury, S.; Xiong, G.; Wu, C.; Zhang, W.; Lee, T.; Cieplak, P.; Caldwell, J.; Luo, R.; Wang, J.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1999.
26. Bayly, C. I.; Cieplak, P.; Cornell, W. D.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1993, 97, 10269.
27. Tsui, V.; Case, D. A. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 2489.
28. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; Vangunsteren, W. F.; Dinola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684.
29. Ryckaert, J.-P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327.
30. Leopold, P. E.; Montai, M.; Onuchic, J. N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1992, 89, 8721.
31. Bryngelson, J. D.; Onuchic, J. N.; Socci, N. D.; Wolynes, P. G. Proteins 1995, 21, 167.
32. Ferguson, N.; Fersht, A. R. Curr. Opin. Struct. Biol. 2003, 13, 75.
33. Dill, K. A. Biochemistry 1990, 29, 7133.
34. Avbelj, F.; Luo, P.; Baldwin, R. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 10786.
35. Cui, B.; Shen, M. Y.; Freed, K. F. Proc. Natl. Acad. Sci U.S.A. 2003, 100, 7087.
36. Hoffmann, D.; Knapp, E. J. Phys. Chem. B 1997, 101.
37. Nymeyer, H.; Garcia, A. E. PNAS 2003, 100, 13934-13939.
38. Wang, G.; Dunbrack, R. L., Jr. Bioinformatics 2003, 19, 1589.
39. Pal, L.; Chakrabarti, P.; Basu, G. J. Mol. Biol. 2003, 326, 273.
40. Baldwin, R. L. Biophys. Chem. 2002, 101, 203.
41. Zagrovic, B.; Pande, V. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1432.