Hairpin folding rates reflect mutations within and remote from the turn region

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

Volumn 102, Issue 43, 2005, Pages 15483-15487

  Olsen, Katherine A ^a   Fesinmeyer, R Matthew ^a   Stewart, James M ^a   Andersen, Niels H ^a  

^a UNIVERSITY OF WASHINGTON   (United States)

Author keywords

hairpin; Exchange broadening; Folding dynamics; Loop search

Indexed keywords

PROTEIN;

ARTICLE; BETA SHEET; GENE MUTATION; HYDROPHOBICITY; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULAR INTERACTION; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN DOMAIN; PROTEIN ENGINEERING; PROTEIN FOLDING; PROTEIN STABILITY; SEQUENCE ANALYSIS; THERMODYNAMICS;

MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; MUTATION; PROTEIN FOLDING;

EID: 27344454693     PISSN: 00278424     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1073/pnas.0504392102     Document Type: Article

References (36)

1. Nauli, S., Kuhlman, B. & Baker, D. (2001) Nat. Struct. Biol. 8, 602-605.
2. Kuhlman, B., O'Neill, J. W., Kim, D. E., Zhang, K. Y. & Baker, D. (2002) J. Mol. Biol. 315, 471-477.
3. Bofill, R., Simpson, E. R., Platt, G. W., Crespo, M. D. & Searle, M. S. (2005) J. Mol. Biol. 349, 205-221.
4. Platt, G. W., Simpson, S. A., Layfield, R. & Searle, M. S. (2003) Biochemistry 42, 13762-13771.
5. Kuhlman, B., Gautam, D., Ireton, G. C., Varani, G., Stoddard, B. L. & Baker, D. (2003) Science 302, 1364-1368.
6. Fink, A. L. (1998) Folding Des. 3, R9-R23.
7. Horwich, A. (2002) J. Clin. Invest. 110, 1221-1232.
8. Kubelka, J., Hofrichter, J. & Eaton, W. A. (2004) Curr. Opin. Struct. Biol. 14, 76-88.
9. Muñoz, V., Thompson, P. A., Hofrichter, J. & Eaton, W. A. (1997) Nature 390, 196-199.
10. Andersen, N. H., Dyer, R. B., Fesinmeyer, R. M., Gai, F., Maness, S. & Werner, J. H. (2001) in Peptides 2000, eds. Martinez, J. & Fehrentz, J.-A. (EDK, Paris), pp. 553-554.
11. Xu, Y., Oyola, R. & Gai, F. (2003) J. Am. Chem. Soc. 125, 15388-15394.
12. Dyer, R. B., Manas, E. S., Peterson, E. S., Franzen, S., Fesinmeyer, R. M. & Andersen, N. H. (2004) Biochemistry 43, 11560-11566.
13. Snow, C. D., Qiu, L., Du, D., Gai, F., Hagen, S. J. & Pande, V. S. (2004) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101, 4077-4082.
14. Du, D., Zhu, Y., Huang, C.-Y. & Gai, F. (2004) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101, 15915-15920.
15. Dyer, R. B., Maness, S. J., Franzen, S., Fesinmeyer, R. M., Olsen, K. A. & Andersen, N. H. (2005) Biochemistry 44, 10406-10415.
16. Huang, C.-Y., Getahun, Z., Wang, T. & DeGrado, W. F. (2001) J. Am. Chem. Soc. 123, 12111-12112.
17. Werner, J. H., Dyer, R. B., Fesinmeyer, R. M. & Andersen, N. H. (2002) J. Phys. Chem. B 106, 487-494.
18. Dyer, R. B., Gai, F., Woodruff, W. H., Gilmanshin, R. & Callender, R. H. (1998) Acc. Chem. Res. 31, 709-716.
19. Eaton, W. A., Munoz, V., Hagen, S. J., Jas, G. S., Lapidus, L. J., Henry, E. R. & Hofrichter, J. (2000) Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 29, 327-359.
20. Huang, G. S. & Oas, T. G. (1995) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 92, 6878-6882.
21. Myers, J. K. & Oas, T. G. (2001) Nat. Struct. Biol. 8, 552-558.
22. Wang, M., Tang, Y., Sato, S., Vugmeyster, L., McKnight, C. J. & Raleigh, D. P. (2003) J. Am. Chem. Soc. 125, 6032-6033.
23. Kobayashi, N., Endo, S. & Munekata, E. (1993) Peptide Chem. 278-280.
24. Blanco, F. J., Rivas, G. & Serrano, L. (1994) Nat. Struct. Biol. 1, 584-590.
25. Fesinmeyer, R. M., Hudson, F. M. & Andersen, N. H. (2004) J. Am. Chem. Soc. 126, 7238-7243.
26. Cochran, A. G., Skelton, N. J. & Starovasnik, M. A. (2001) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98, 5578-5583.
27. Piette, L. H. & Anderson, W. A. (1959) J. Chem. Phys. 30, 899-908.
28. Kobayashi, N., Honda, S., Yoshii, H., Uedaira, H. & Munekata, E. (1995) FEBS Lett. 366, 99-103.
29. Kobayashi, N., Honda, S., Yoshii, H. & Munekata, E. (2000) Biochemistry 39, 6564-6571.
30. Honda, S., Kobayashi, N. & Munekata, E. (2000) J. Mol. Biol. 295, 269-278.
31. Muñoz, V., Henry, E. R., Hofrichter, J. & Eaton, W. A. (1998) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95, 5872-5879.
32. Espinosa, J. F., Muñoz, V. & Gellman, S. H. (2001) J. Mol. Biol. 306, 397-402.
33. Pande, V. S. & Rokhsar, D. S. (1999) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96,9062-9067.
34. Dinner, A. R., Lazaridis, T. & Karplus, M. (1999) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96, 9068-9073.
35. Maness, S. J., Franzen, S., Gibbs, A. C., Causgrove, T. P. & Dyer, R. B. (2003) Biophys. J. 84, 3874-3882.
36. Blandl, T., Cochran, A. G. & Skelton, N. J. (2003) Protein Sci. 12, 237-247.