Insulin dimer dissociation and unfolding revealed by amide i two-dimensional infrared spectroscopy

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 12, Issue 14, 2010, Pages 3579-3588

  Ganim, Ziad ^a   Jones, Kevin C ^a   Tokmakoff, Andrei ^a  

^a MASSACHUSETTS INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMIDE; INSULIN;

ARTICLE; CHEMISTRY; DIMERIZATION; INFRARED SPECTROPHOTOMETRY; METHODOLOGY; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; X RAY CRYSTALLOGRAPHY;

AMIDES; CRYSTALLOGRAPHY, X-RAY; DIMERIZATION; INSULIN; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE, BIOMOLECULAR; SPECTROPHOTOMETRY, INFRARED;

EID: 77950256062     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b923515a     Document Type: Article

References (83)

1. E. Baker T. Blundell J. Cutfield S. Cutfield E. Dodson G. Dodson D. Hodgkin R. Hubbard N. Isaacs C. Reynolds K. Sakabe N. Sakabe N. Vijayan Philos. Trans. R. Soc. London, Ser. B 1988 319 369
2. M. A. Weiss D. Nguyen I. Khait K. Inouye B. Frank M. Beckage E. Oshea S. Shoelson M. Karplus L. Neuringer Biochemistry 1989 28 9855 9873
3. Q.-X. Hua M. Kochoyan M. A. Weiss Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1992 89 2379 2383
4. D. Keller R. Clausen K. Josefsen J. J. Led Biochemistry 2001 40 10732 10740
5. V. Zoete M. Meuwly M. Karplus J. Mol. Biol. 2004 342 913 929
6. A. Budi S. Legge H. Treutlein I. Yarovsky Eur. Biophys. J. 2004 33 121 129
7. W. Bocian J. Sitkowski E. Bednarek A. Tarnowska R. Kawecki L. Kozerski J. Biomol. NMR 2008 40 55 64
8. Q.-x. Hua M. A. Weiss J. Biol. Chem. 2004 279 21449 21460
9. Q. X. Hua S. N. Gozani R. E. Chance J. A. Hoffmann B. H. Frank M. A. Weiss Nat. Struct. Biol. 1995 2 129 138
10. J. Janin Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 1997 28 153 161
11. H. A. Gabb R. M. Jackson M. J. Sternberg J. Mol. Biol. 1997 272 106 120
12. B. A. Shoemaker J. J. Portman P. G. Wolynes Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000 97 8868 8873
13. J. Creeth Biochem. J. 1953 53 41 47
14. P. D. Jeffrey J. Coates Biochemistry 1966 5 3820 3824
15. A. Pekar B. Frank Biochemistry 1972 11 4013 4016
16. C. Yu C. Chin E. Franses N. Wang J. Colloid Interface Sci. 2006 299 733 739
17. R. Koren G. G. Hammes Biochemistry 1976 15 1165 1171
18. E. J. Nettleton P. Tito M. Sunde M. Bouchard C. M. Dobson C. V. Robinson Biophys. J. 2000 79 1053 1065
19. R. S. Lord F. Gubensek J. A. Rupley Biochemistry 1973 12 4385 4392
20. S. Grudzielanek R. Jansen R. Winter J. Mol. Biol. 2005 351 879 894
21. W. Bocian J. Sitkowski A. Tarnowska E. Bednarek R. Kawcki W. Kozminski L. Kozerski Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2008 71 1057 1065
22. U. Hassiepen M. Federwisch T. Mülders V. J. Lenz H. G. Gattner P. Krüger A. Wollmer Eur. J. Biochem. 1998 255 580 587
23. Y. Pocker S. B. Biswas Biochemistry 1980 19 5043 5049
24. S. Strazza R. Hunter E. Walker D. W. Darnall Arch. Biochem. Biophys. 1985 238 30 42
25. W. Dzwolak R. Ravindra J. Lendermann R. Winter Biochemistry 2003 42 11347 11355
26. M. Bouchard J. Zurdo E. J. Nettleton C. M. Dobson C. V. Robinson Protein Sci. 2000 9 1960 1967
27. G. Smith W. Pangborn R. Blessing Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 2003 59 474 482
28. U. Derewenda Z. Derewenda E. J. Dodson G. G. Dodson C. D. Reynolds G. D. Smith C. Sparks D. Swenson Nature 1989 338 594 596
29. M. Roy M. L. Brader R. W. Lee N. C. Kaarsholm J. F. Hansen M. F. Dunn J. Biol. Chem. 1989 264 19081 19085
30. X. Chang A. M. Jorgensen P. Bardrum J. J. Led Biochemistry 1997 36 9409 9422
31. Q. Hua M. A. Weiss Biochemistry 1990 29 10545 10555
32. A. Jørgensen S. Kristensen J. Led P. Balschmidt J. Mol. Biol. 1992 227 1146 1163
33. S. Ludvigsen M. Roy H. Thøgersen N. C. Kaarsholm Biochemistry 1994 33 7998 8006
34. Q. X. Hua S. Q. Hu B. H. Frank W. Jia Y. C. Chu S. H. Wang G. T. Burke P. G. Katsoyannis M. A. Weiss J. Mol. Biol. 1996 264 390 403
35. C. Cheatum A. Tokmakoff J. Knoester J. Chem. Phys. 2004 120 8201 8215
36. Z. Ganim A. Tokmakoff Biophys. J. 2006 91 2636 2646
37. W. Zhuang T. Hayashi S. Mukamel Angew. Chem., Int. Ed. 2009 48 3750 3781
38. T. l. C. Jansen J. Knoester Acc. Chem. Res. 2009 42 1405 1411
39. J. Jeon S. Yang J.-H. Choi M. Cho Acc. Chem. Res. 2009 42 1280 1289
40. J. Manor P. Mukherjee Y.-S. Lin H. Leonov J. L. Skinner M. T. Zanni I. T. Arkin Structure 2010 17 247 254
41. H. S. Chung Z. Ganim K. C. Jones A. Tokmakoff Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 14237 14242
42. J. Wang W. Zhuang S. Mukamel R. Hochstrasser J. Phys. Chem. B 2008 112 5930 5937
43. M. Cho Bull. Korean Chem. Soc. 2006 27 1940 1960
44. P. Hamm J. Helbing J. Bredenbeck Annu. Rev. Phys. Chem. 2008 59 291 317
45. Z. Ganim H. S. Chung A. W. Smith L. P. Deflores K. C. Jones A. Tokmakoff Acc. Chem. Res. 2008 41 432 441
46. M. Khalil N. Demirdöven A. Tokmakoff J. Phys. Chem. A 2003 107 5258 5279
47. K. C. Jones Z. Ganim A. Tokmakoff J. Phys. Chem. A 2009 113 14060 14066
48. E. Lindahl B. Hess D. van der Spoel J. Mol. Mod. 2001 7 306 317
49. H. J. C. Berendesen D. van der Spoel R. van Drunen Comput. Phys. Commun. 1995 91 43 56
50. U. Essman L. Perela L. Berkowitz H. L. Darden L. G. Pedersen J. Chem. Phys. 1995 103 8577 8592
51. S. Miyamoto P. A. Kollman J. Comput. Chem. 1992 13 952 962
52. H. J. C. Berendsen J. P. M. Postma W. F. van Gunsteren A. Dinola J. R. Haak J. Chem. Phys. 1984 81 3684 1690
53. B. Hess H. Bekker H. J. C. Berendsen J. G. E. M. Fraaije J. Comput. Chem. 1997 18 1463 1472
54. F. Eisenhaber P. Lijnzaad P. Argos C. Sander M. Scharf J. Comput. Chem. 1995 16 273 284
55. W. L. Jorgensen D. S. Maxwell J. Tirado-Rives J. Am. Chem. Soc. 1996 118 11225 11236
56. W. L. Jorgensen N. A. McDonald THEOCHEM 1998 424 145 155
57. W. L. Jorgensen N. A. McDonald J. Phys. Chem. B 1998 102 8049 8059
58. R. C. Rizzo W. L. Jorgensen J. Am. Chem. Soc. 1999 121 4827 4836
59. M. L. Price D. Ostrovsky W. L. Jorgensen J. Comput. Chem. 2001 22 1340 1352
60. E. K. Watkins W. L. Jorgensen J. Phys. Chem. A 2001 105 4118 4125
61. G. A. Kaminski R. A. Friesner J. Tirado-Rives W. L. Jorgensen J. Phys. Chem. B 2001 105 6474
62. D. Eisenberg A. D. McLachlan Nature 1986 319 199 203
63. H. J. C. Berendsen J. R. Grigera T. P. Straatsma J. Phys. Chem. 1987 91 6269 6271
64. T. l. C. Jansen A. G. Dijkstra T. M. Watson J. D. Hirst J. Knoester J. Chem. Phys. 2006 125 044312
65. T. l. C. Jansen W. M. Ruszel J. Chem. Phys. 2008 128 214501
66. B. M. Auer J. L. Skinner J. Chem. Phys. 2007 127 104105
67. P. Bour T. Keiderling J. Chem. Phys. 2003 119 11253 11262
68. H. S. Chung A. Tokmakoff J. Phys. Chem. B 2006 110 2888 2898
69. H. Torii M. Tasumi J. Chem. Phys. 1992 97 86 91
70. H. Torii M. Tasumi J. Chem. Phys. 1992 97 92 98
71. W. Dzwolak S. Grudzielanek V. Smirnovas R. Ravindra C. Nicolini R. Jansen A. Loksztejn S. Porowski R. Winter Biochemistry 2005 44 8948 8958
72. W. J. Becktel J. A. Schellman Biopolymers 1987 26 1859 1877
73. Q.-x. Hua M. A. Weiss Biochemistry 1991 30 5505 5515
74. K. Huus S. Havelund H. B. Olsen M. van de Weert S. Frokjaer Biochemistry 2005 44 11171 11177
75. N. T. Southall K. A. Dill A. D. J. Haymet J. Phys. Chem. B 2002 106 521 533
76. E. Gallicchio M. M. Kubo R. M. Levy J. Phys. Chem. B 2000 104 6271 6285
77. W. Dzwolak R. Ravindra J. Lendermann R. Winter Biochemistry 2003 43 11347 11355
78. S. N. Timasheff K. C. Aune L. C. Goldsmith Biochemistry 1971 10 1617 1622
79. Y. B. Yu J. Pharm. Sci. 2001 90 2099 2102
80. W. Humphrey A. Dalke K. Schulten J. Molec. Graphics 1996 14 33 38
81. W. L. DeLano, The PyMOL Molecular Graphics System, DeLano Scientific, Palo Alto, CA, USA, 2002 http://www.pymol.org
82. A. Jørgensen S. Kristensen J. Led P. Balschmidt J. Mol. Biol. 1992 227 1146 1163
83. Y. S. Kim R. M. Hochstrasser J. Phys. Chem. B 2009 113 8231 8251