Applications of 2D IR spectroscopy to peptides, proteins, and hydrogen-bond dynamics

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 113, Issue 24, 2009, Pages 8231-8251

  Kim, Yung Sam ^a   Hochstrasser, Robin M ^a  

^a UNIVERSITY OF PENNSYLVANIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMIDES; AMINES; CYANIDES; HYDROGEN; PEPTIDES;

AMYLOID FIBRIL; IR SPECTROSCOPY; REVERSE TRANSCRIPTASE; SMALL IONS;

DYNAMICS;

EID: 67149138048     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp8113978     Document Type: Article

References (222)

1. Kapteyn, H.; Cohen, O.; Christov, I.; Murnane, M. Science 2007, 317, 775.
2. Krimm, S.; Bandekar, J. Adv. Protein Chem. 1986, 38, 181.
3. Dong, A.; Huang, P.; Caughey, W. S. Biochemistry 1990, 29, 3303.
4. Torii, H.; Tasumi, M. J. Chem. Phys. 1992, 96, 3379.
5. Hamm, P.; Lim, M.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 6123.
6. Cha, S.; Ham, S.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2002, 117, 740.
7. Schmidt, J. R.; Corcelli, S. A.; Skinner, J. L. J. Chem. Phys. 2004, 121, 8887.
8. Hayashi, T.; Zhuang, W.; Mukamel, S. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 9747.
9. Piryatinski, A.; Tretiak, S.; Chernyak, V.; Mukamel, S. J. Raman Spectrosc. 2000, 31, 125.
10. Scheurer, C.; Piryatinski, A.; Mukamel, S. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 3114.
11. Choi, J.-H.; Ham, S.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2002, 117, 6821.
12. Ham, S.; Hahn, S.; Lee, C.; Kim, T. K.; Kwak, K.; Cho, M. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 9333.
13. Dijkstra, A. G.; Knoester, J. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 9787.
14. Torii, H. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 4822.
15. Schweitzer-Stenner, R. Biophys. J. 2002, 83, 523.
16. Demirdoven, N.; Cheatum, C. M.; Chung, H. S.; Khalil, M.; Knoester, J.; Tokmakoff, A. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 7981.
17. Fang, C.; Senes, A.; Cristian, L.; DeGrado, W. F.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 16740.
18. Asplund, M. C.; Zanni, M. T.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 8219.
19. Shim, S.-H.; Strasfeld, D. B.; Ling, Y. L.; Zanni, M. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 14197.
20. Nee, M. J.; McCanne, R.; Kubarych, K. J.; Joffre, M. Opt. Lett. 2007, 32, 713.
21. DeFlores, L. P.; Nicodemus, R. A.; Tokmakoff, A. Opt. Lett. 2007, 32, 2966.
22. DeMaria, A. J.; Stetser, D. A.; Heynau, H. Appl. Phys. Lett. 1966, 8, 1746.
23. Shank, C. V.; Ippen, E. P. Appl. Phys. Lett. 1974, 24, 373.
24. Gruebele, M.; Wolynes, P. G. Acc. Chem. Res. 2004, 37, 261.
25. Laubereau, A.; Kaiser, W. Rev. Mod. Phys. 1978, 50, 607.
26. Oxtoby, D. W. Adv. Chem. Phys. 1979, 40, 1.
27. Greene, B. I.; Hochstrasser, R. M.; Weisman, R. B. J. Chem. Phys. 1979, 70, 1247.
28. Ippen, E. P.; Shank, C. V.; Lewis, A.; Marcus, M. A. Science 1978, 200, 1279.
29. Greene, B. I.; Hochstrasser, R. M.; Weisman, R. B.; Eaton, W. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1978, 75, 5255.
30. Legay, F. Vibrational relaxation in matrices; Academic Press: New York, 1977; Vol. 2.
31. Rice, S. A. Adv. Chem. Phys. 1981, 47, 117.
32. Zwanzig, R. J. Chem. Phys. 1961, 34, 1931.
33. Decola, P. L.; Hochstrasser, R. M.; Trommsdorff, H. P. Chem. Phys. Lett. 1980, 72, 1.
34. Hesp, B. H.; Wiersma, D. A. Chem. Phys. Lett. 1980, 75, 423.
35. Trout, T. J.; Velsko, S.; Bozio, R.; Decola, P. L.; Hochstrasser, R. M. J. Chem. Phys. 1984, 81, 4746.
36. Owrutsky, J. C.; Raftery, D.; Hochstrasser, R. M. Annu. Rev. Phys. Chem. 1994, 45, 519.
37. Fork, R. L.; Greene, B. I.; Shank, C. V. Appl. Phys. Lett. 1981, 38, 671.
38. Dantus, M.; Rosker, M. J.; Zewail, A. H. J. Chem. Phys. 1987, 87, 2395.
39. Fourkas, J. T.; Fayer, M. D. Acc. Chem. Res. 1992, 25, 227.
40. Moore, J. N.; Hansen, P. A.; Hochstrasser, R. M. Chem. Phys. Lett. 1987, 138, 110.
41. Anfinrud, P. A.; Han, C.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1989, 86, 8387.
42. Owrutsky, J. C.; Kim, Y. R.; Li, M.; Sarisky, M. J.; Hochstrasser, R. M. Chem. Phys. Lett. 1991, 184, 368.
43. Maiti, S.; Walker, G. C.; Cowen, B. R.; Pippenger, R.; Moser, C. C.; Dutton, P. L.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1994, 91, 10360.
44. Heilweil, E. J.; Casassa, M. P.; Cavanagh, R. R.; Stephenson, J. C. Chem. Phys. Lett. 1985, 117, 185.
45. Heilweil, E. J.; Casassa, M. P.; Cavanagh, R. R.; Stephenson, J. C. J. Chem. Phys. 1986, 85, 5004.
46. Heilweil, E. J.; Casassa, M. P.; Cavanagh, R. R.; Stephenson, J. C. Annu. Rev. Phys. Chem. 1989, 40, 143.
47. Bader, J. S.; Berne, B. J. J. Chem. Phys. 1994, 100, 8359.
48. Whitnell, R. M.; Wilson, K. R.; Hynes, J. T. J. Phys. Chem. 1990, 94, 8625.
49. Benjamin, I.; Whitnell, R. M. Chem. Phys. Lett. 1993, 204, 45.
50. Gnanakaran, S.; Hochstrasser, R. M. J. Chem. Phys. 1996, 105, 3486.
51. Yarne, D. A.; Tuckerman, M. E.; Klein, M. L. Chem. Phys. 2000, 258, 163.
52. Kuo, C.-H.; Vorobyev, D. Y.; Chen, J.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 14028.
53. Anfinrud, P. A.; Han, C. H.; Lian, T.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. 1991, 95, 574.
54. Dougherty, T. P.; Grubbs, W. T.; Heilweil, E. J. J. Phys. Chem. 1994, 98, 9396.
55. Hamm, P.; Zinth, W. J. Phys. Chem. 1995, 99, 13537.
56. Owrutsky, J. C.; Baronavski, A. P. J. Chem. Phys. 1996, 105, 9864.
57. Asbury, J. B.; Ellingson, R. J.; Ghosh, H. N.; Ferrere, S.; Nozik, A. J.; Lian, T. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 3110.
58. Kobayashi, T.; Salto, T.; Ohtani, H. Nature 2001, 414, 531.
59. Herbst, J.; Heyne, K.; Diller, R. Science 2002, 297, 822.
60. van Thor Jasper, J.; Zanetti, G.; Ronayne Kate, L.; Towrie, M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 16099.
61. Stoner-Ma, D.; Melief, E. H.; Nappa, J.; Ronayne, K. L.; Tonge, P. J.; Meech, S. R. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 22009.
62. Kolano, C.; Helbing, J.; Kozinski, M.; Sander, W.; Hamm, P. Nature 2006, 444, 469.
63. Asbury, J. B.; Hao, E.; Wang, Y.; Lian, T. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 11957.
64. Owrutsky, J. C.; Culver, J. P.; Li, M.; Kim, Y. R.; Sarisky, M. J.; Yeganeh, M. S.; Yodh, A. G.; Hochstrasser, R. M. J. Chem. Phys. 1992, 97, 4421.
65. Khalil, M.; Demirdoven, N.; Tokmakoff, A. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 5258.
66. Kim, Y. S.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 8531.
67. Rickard, M. A.; Pakoulev, A. V.; Kornau, K.; Mathew, N. A.; Wright, J. C. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 11384.
68. Graener, H.; Seifert, G.; Laubereau, A. Phys. Rev. Lett. 1991, 66, 2092.
69. Woutersen, S.; Emmerichs, U.; Bakker, H. J. Science 1997, 278, 658.
70. Laenen, R.; Rauscher, C.; Laubereau, A. Phys. Rev. Lett. 1998, 80, 2622.
71. Bakker, H. J.; Nienhuys, H. K. Science 2002, 297, 587.
72. Stenger, J.; Madsen, D.; Hamm, P.; Nibbering, E. T. J.; Elsaesser, T. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 2341.
73. Fecko, C. J.; Eaves, J. D.; Loparo, J. J.; Tokmakoff, A.; Geissler, P. L. Science 2003, 301, 1698.
74. Asbury, J. B.; Steinel, T.; Stromberg, C.; Corcelli, S. A.; Lawrence, C. P.; Skinner, J. L.; Fayer, M. D. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 1107.
75. Cowan, M. L.; Bruner, B. D.; Huse, N.; Dwyer, J. R.; Chugh, B.; Nibbering, E. T. J.; Elsaesser, T.; Miller, R. J. D. Nature 2005, 434, 199.
76. Lim, M.; Gnanakaran, S.; Hochstrasser, R. M. J. Chem. Phys. 1997, 106, 3485.
77. Hamm, P.; Lim, M.; Hochstrasser, R. M. J. Chem. Phys. 1997, 107, 10523.
78. Hamm, P.; Lim, M.; Hochstrasser, R. M. Phys. Rev. Lett. 1998, 81, 5326.
79. Lim, M.; Hamm, P.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 15315.
80. Cavanagh, R. R.; Germer, T. A.; Stephenson, J. C. Vib. Spectrosc. 1995, 9, 77.
81. Smits, M.; Ghosh, A.; Sterrer, M.; Muller, M.; Bonn, M. Phys. Rev. Lett. 2007, 98.
82. Beckerle, J. D.; Cavanagh, R. R.; Casassa, M. P.; Heilweil, E. J.; Stephenson, J. C. J. Chem. Phys. 1991, 95, 5403.
83. Ghosh, H. N.; Asbury, J. B.; Lian, T. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 6482.
84. Phillips, C. M.; Mizutani, Y.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 7292.
85. Lim, M.; Jackson, T. A.; Anfinrud, P. A. Science 1995, 269, 962.
86. Rector, K. D.; Engholm, J. R.; Relia, C. W.; Hill, J. R.; Dlott, D. D.; Fayer, M. D. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 2381.
87. Chung, H. S.; Khalil, M.; Smith, A. W.; Ganim, Z.; Tokmakoff, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 612.
88. Mukherjee, P.; Kass, I.; Arkin, I.; Zanni, M. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 3528.
89. Kleiman, V. D.; Arrivo, S. M.; Melinger, J. S.; Heilweil, E. J. Chem. Phys. 1998, 233, 207.
90. Ventalon, C.; Fraser, J. M.; Vos, M. H.; Alexandrou, A.; Martin, J.-L.; Joffre, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 13216.
91. Strasfeld, D. B.; Shim, S.-H.; Zanni, M. T. Phys. Rev. Lett. 2007, 99.
92. Fujisaki, H.; Sträub, J. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 6726.
93. Yoo, H. S.; McWhorter, D. A.; Pate, B. H. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 1380.
94. Heilweil, E. J.; Doany, F. E.; Moore, R.; Hochstrasser, R. M. J. Chem. Phys. 1982, 76, 5632.
95. Rey, R.; Hynes, J. T. J. Chem. Phys. 1998, 108, 142.
96. Li, M.; Owrutsky, J.; Sarisky, M.; Culver, J. P.; Yodh, A.; Hochstrasser, R. M. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5499.
97. Polak, M.; Gruebele, M.; Saykally, R. J. J. Am. Chem. Soc. 1987, 109, 2884.
98. Li, S.; Schmidt, J. R.; Skinner, J. L. J. Chem. Phys. 2006, 125, 244507/1.
99. Morita, A.; Kato, S. J. Chem. Phys. 1998, 109, 5511.
100. Kim, Y. S.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 6884.
101. DeCamp, M. F.; DeFlores, L.; McCracken, J. M.; Tokmakoff, A.; Kwac, K.; Cho, M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 11016.
102. Sul, S.; Karaiskaj, D.; Jiang, Y.; Ge, N.-H. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 19891.
103. Nguyen, P. H.; Stock, G. J. Chem. Phys. 2003, 119, 11350.
104. Rubtsov, I. V.; Wang, J.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 3384.
105. Park, J.; Hochstrasser, R. M. Chem. Phys. 2006, 323, 78.
106. Rubtsov, I. V.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 9165.
107. DeFlores, L. P.; Ganim, Z.; Ackley, S. F.; Chung, H. S.; Tokmakoff, A. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 18973.
108. Kim, Y. S.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 9697.
109. Botan, V.; Backus, E. H. G.; Pfister, R.; Moretto, A.; Crisma, M.; Toniolo, C.; Nguyen, P. H.; Stock, G.; Hamm, P. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2007, 104, 12749.
110. Gordon, J. P.; Wang, C. H.; Patel, C. K. N.; Slusher, R. E.; Tomlinson, W. J. Phys. Rev. 1969, 179, 294.
111. Aartsma, T. J.; Wiersma, D. A. Phys. Rev. Lett. 1976, 36, 1360.
112. Bigot, J. Y.; Portella, M. T.; Schoenlein, R. W.; Bardeen, C. J.; Migus, A.; Shank, C. V. Phys. Rev. Lett. 1991, 66, 1138.
113. Berg, M.; Walsh, C. A.; Narasimhan, L. R.; Littau, K. A.; Fayer, M. D. J. Chem. Phys. 1988, 88, 1564.
114. Broer, M. M.; Golding, B.; Haemmerle, W. H.; Simpson, J. R.; Huber, D. L. Phys. Rev. B 1986, 33, 4160.
115. Webb, M. D.; Cundiff, S. T.; Steel, D. G. Phys. Rev. Lett. 1991, 66, 934.
116. Narasimhan, L. R.; Bai, Y. S.; Dugan, M. A.; Fayer, M. D. Chem. Phys. Lett. 1991, 176, 335.
117. Meijers, H. C.; Wiersma, D. A. Phys. Rev. Lett. 1992, 68, 381.
118. Zimdars, D.; Tokmakoff, A.; Chen, S.; Greenfield, S. R.; Fayer, M. D.; Smith, T. I.; Schwettman, H. A. Phys. Rev. Lett. 1993, 70, 2718.
119. Hamm, P.; Lim, M.; DeGrado, W. F.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 10049.
120. Joo, T.; Jia, Y.; Yu, J.-Y.; Lang, M. J.; Fleming, G. R. J. Chem. Phys. 1996, 104, 6089.
121. Zanni, M. T.; Asplund, M. C.; Hochstrasser, R. M. J. Chem. Phys. 2001, 114, 4579.
122. Cervetto, V.; Helbing, J.; Bredenbeck, J.; Hamm, P. J. Chem. Phys. 2004, 121, 5935.
123. Tanimura, Y.; Mukamel, S. J. Chem. Phys. 1993, 99, 9496.
124. Mukamel, S. Principles of Nonlinear Optical Spectrscopy; Oxford Univ. Press: New York, 1995.
125. Mukamel, S. Annu. Rev. Phys. Chem. 2000, 51, 691.
126. Hamm, P.; Hochstrasser, R. M. Structure and dynamics of proteins and peptides: femtosecond two-dimensional infrared spectroscopy. In Ultrafast Infrared and Raman Spectroscopy; Fayer, M. D., Ed.; Marcel Dekker, Inc.: New York, 2001; Vol. 26; p 273.
127. Sung, J.; Silbey, R. J. J. Chem. Phys. 2001, 115, 9266.
128. Khalil, M.; Demirdoven, N.; Tokmakoff, A. Phys. Rev. Lett. 2003, 90, 047401/1.
129. Jonas, D. M. Annu. Rev. Phys. Chem. 2003, 54, 425.
130. Cho, M. Chem. Rev. 2008, 108, 1331.
131. Hochstrasser, R. M. Chem. Phys. 2001, 266, 273.
132. Ge, N.-H.; Zanni, M. T.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 962.
133. Hochstrasser, R. M. Adv. Chem. Phys. 2006, 132, 1.
134. Zheng, J.; Kwak, K.; Fayer, M. D. Acc. Chem. Res. 2007, 40, 75.
135. Tian, P.; Keusters, D.; Suzaki, Y.; Warren, W. S. Science 2003, 300, 1553.
136. Shim, S.-H.; Strasfeld, D. B.; Fulmer, E. C.; Zanni, M. T. Opt. Lett. 2006, 31, 838.
137. Rubtsov, I. V.; Wang, J.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 5601.
138. Nibbering, E. T. J.; Elsaesser, T. Chem. Rev. 2004, 104, 1887.
139. Fulmer, E. C.; Mukherjee, P.; Krummel, A. T.; Zanni, M. T. J. Chem. Phys. 2004, 120, 8067.
140. Cho, M. Bull. Korean Chem. Soc. 2006, 27, 1940.
141. Golonzka, O.; Tokmakoff, A. J. Chem. Phys. 2001, 115, 297.
142. Woutersen, S.; Hamm, P. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 11316.
143. Woutersen, S.; Hamm, P. J. Chem. Phys. 2001, 114, 2727.
144. Kim, Y. S.; Wang, J.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 7511.
145. Bagchi, S.; Kim, Y. S.; Charnley, A. K.; Smith, A. B., III; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 3010.
146. Kim, Y. S.; Hochstrasser, R. M. Pacific Grove/CA, USA, July 30-August 4, 2006, Ultrafast Phenomena XV, Springer series in chemical physics 2007, 88, 332.
147. Kurochkin, D. V.; Naraharisetty, S. R. G.; Rubtsov, I. V. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 14209.
148. Hamm, P.; Woutersen, S. Bull. Chem. Soc. Jpn. 2002, 75, 985.
149. Fang, C.; Wang, J.; Kim, Y. S.; Charnley, A. K.; Barber-Armstrong, W.; Smith, A. B., III; Decatur, S. M.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 10415.
150. Fang, C.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 18652.
151. Maekawa, H.; Toniolo, C.; Moretto, A.; Broxterman, Q. B.; Ge, N.-H. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 5834.
152. Maekawa, H.; Toniolo, C.; Broxterman, Q. B.; Ge, N.-H. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 3222.
153. Maekawa, H.; Formaggio, F.; Toniolo, C.; Ge, N.-H. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 6556.
154. Rubtsov, I. V.; Wang, J.; Hochstrasser, R. M. J. Chem. Phys. 2003, 118, 7733.
155. Rubtsov, I. V.; Kumar, K.; Hochstrasser, R. M. Chem. Phys. Lett. 2005, 402, 439.
156. Kumar, K.; Sinks, L. E.; Wang, J.; Kim, Y. S.; Hochstrasser, R. M. Chem. Phys. Lett. 2006, 432, 122.
157. Lazonder, K.; Pshenichnikov, M. S.; Wiersma, D. A. Opt. Lett. 2006, 31, 3354.
158. Kim, Y. S.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 11185.
159. Zheng, J.; Kwak, K.; Asbury, J.; Chen, X.; Piletic, I. R.; Fayer, M. D. Science 2005, 309, 1338.
160. Woutersen, S.; Mu, Y.; Stock, G.; Hamm, P. Chem. Phys. 2001, 266, 137.
161. Kwac, K.; Lee, H.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2004, 120, 1477.
162. Zheng, J.; Kwak, K.; Chen, X.; Asbury, J. B.; Fayer, M. D. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 2977.
163. Zheng, J.; Kwak, K.; Xie, J.; Fayer, M. D. Science 2006, 313, 1951.
164. Cahoon, J. F.; Sawyer, K. R.; Schlegel, J. P.; Harris, C. B. Science 2008, 319, 1820.
165. Schmidt, J. R.; Corcelli, S. A.; Skinner, J. L. J. Chem. Phys. 2005, 123, 044513/1.
166. Loparo, J. J.; Roberts, S. T.; Tokmakoff, A. J. Chem. Phys. 2006, 125, 194521/1.
167. Lindner, J.; Voehringer, P.; Pshenichnikov, M. S.; Cringus, D.; Wiersma, D. A.; Mostovoy, M. Chem. Phys. Lett. 2006, 421, 329.
168. Ha, J.-H.; Kim, Y. S.; Hochstrasser, R. M. J. Chem. Phys. 2006, 124, 064508/1.
169. Kreevoy, M. M.; Mead, C. A. J. Am. Chem. Soc. 1962, 84, 4596.
170. Turner, J. J.; Grevels, F. W.; Howdle, S. M.; Jacke, J.; Haward, M. T.; Klotzbuecher, W. E. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 8347.
171. Turner, J. J.; Gordon, C. M.; Howdle, S. M. J. Phys. Chem. 1995, 99, 17532.
172. Londergan, C. H.; Kubiak, C. P. Chem.-Eur. J. 2003, 9, 5962.
173. Noid, W. G.; Loring, R. F. J. Chem. Phys. 2005, 122, 174507/1.
174. Golonzka, O.; Khalil, M.; Demirdoven, N.; Tokmakoff, A. Phys. Rev. Lett. 2001, 86, 2154.
175. Ghosh, A.; Remorino, A.; Tucker, M. J.; Hochstrasser, R. M. Chem. Phys. Lett. 2009, 469, 325.
176. Eaton, G.; Pena-Nunez, A. S.; Symons, M. C. R. J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1 1988, 84, 2181.
177. Fawcett, W. R.; Liu, G.; Kessler, T. E. J. Phys. Chem. 1993, 97, 9293.
178. Getahun, Z.; Huang, C.-Y.; Wang, T.; De Leon, B.; DeGrado, W. F.; Gai, F. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 405.
179. Tucker, M. J.; Getahun, Z.; Nanda, V.; DeGrado, W. F.; Gai, F. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 5078.
180. Krummel, A. T.; Zanni, M. T. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 1336.
181. Andrews, S. S.; Boxer, S. G. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 11853.
182. Suydam, I. T.; Boxer, S. G.; Park, E. S.; Romanova, Z. S. Biophys. J. 2002, 82, 186.
183. Suydam, I. T.; Boxer, S. G. Biophys. J. 2005, 88, 159A.
184. Fafarman, A. T.; Webb, L. J.; Chuang, J. I.; Boxer, S. G. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 13356.
185. Fang, C.; Baumann, J. D.; Das, K.; Remorino, A.; Arnold, E.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 1472.
186. Schultz, K. C.; Supekova, L.; Ryu, Y.; Xie, J.; Perera, R.; Schultz, P. G. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 13984.
187. Mukherjee, S.; Chowdhury, P.; DeGrado, W. F.; Gai, F. Langmuir 2007, 23, 11174.
188. Choi, J.-H.; Oh, K.-I.; Lee, H.; Lee, C.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2008, 128.
189. Oh, K.-I.; Choi, J.-H.; Lee, J.-H.; Han, J.-B.; Lee, H.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2008, 128.
190. Lindquist, B. A.; Corcelli, S. A. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 6301.
191. Woutersen, S.; Pfister, R.; Hamm, P.; Mu, Y.; Kosov, D. S.; Stock, G. J. Chem. Phys. 2002, 117, 6833.
192. Edler, J.; Hamm, P. J. Chem. Phys. 2003, 119, 2709.
193. Das, K.; Bauman, J. D.; Clark, A. D.; Frenkel, Y. V.; Lewi, P. J.; Shatkin, A. J.; Hughes, S. H.; Arnold, E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 1466.
194. Jacobo-Molina, A.; Ding, J.; Nanni, R. G.; Clark, A. D., Jr.; Lu, X.; Tantillo, C.; Williams, R. L.; Kamer, G.; Ferris, A. L.; et al. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 6320.
195. Das, K.; Clark, A. D., Jr.; Lewi, P. J.; Heeres, J.; De Jonge, M. R.; Koymans, L. M. H.; Vinkers, H. M.; Daeyaert, F.; Ludovici, D. W.; Kukla, M. J.; De Corte, B.; Kavash, R. W.; Ho, C. Y.; Ye, H.; Lichtenstein, M. A.; Andries, K.; Pauwels, R.; De Bethune, M.-P.; Boyer, P. L.; Clark, P.; Hughes, S. H.; Janssen, P. A. J.; Arnold, E. J. Med. Chem. 2004, 47, 2550.
196. Wang, J.; Zhuang, W.; Mukamel, S.; Hochstrasser, R. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 5930.
197. Gnanakaran, S.; Hochstrasser, R. M. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 12886.
198. Woutersen, S.; Mu, Y.; Stock, G.; Hamm, P. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2001, 98, 11254.
199. Bagchi, S.; Charnley, A. K.; Smith, A. B., III; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B, in press.
200. Sanda, F.; Mukamel, S. J. Chem. Phys. 2006, 125, 014507/1.
201. Kwak, K.; Zheng, J.; Cang, H.; Fayer, M. D. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 19998.
202. Hayashi, T.; Mukamel, S. J. Chem. Phys. 2006, 125, 194510/1.
203. Oh, K.-I.; Han, J.; Lee, K.-K.; Hahn, S.; Han, H.; Cho, M. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 13355.
204. Buck, M.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 11000.
205. Wei, Z.; Abramavicius, D.; Hayashi, T.; Mukamel, S. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 3362.
206. Luzar, A.; Chandler, D. Phys. Rev. Lett. 1996, 76, 928.
207. Chandra, A. Phys. Rev. Lett. 2000, 85, 768.
208. Laage, D.; Hynes, J. T. Science 2006, 311, 832.
209. Schroder, C.; Rudas, T.; Boresch, S.; Steinhauser, O. J. Chem. Phys. 2006, 124, 234907/1.
210. Kim, Y. S.; Liu, L.; Axelsen, P. H.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2008, 105, 7720.
211. Petkova, A. T.; Ishii, Y.; Balbach, J. J.; Antzutkin, O. N.; Leapman, R. D.; Delaglio, F.; Tycko, R. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2002, 99, 16742.
212. Petkova, A. T.; Yau, W.-M.; Tycko, R. Biochemistry 2006, 45, 498.
213. Hochstrasser, R. M.; Whiteman, J. D. J. Chem. Phys. 1972, 56, 5945.
214. Agranovich, V. M.; Kamchatnov, A. M. Chem. Phys. 1999, 245, 175.
215. Fidder, H.; Knoester, J.; Wiersma, D. A. J. Chem. Phys. 1991, 95, 7880.
216. Baibach, J. J.; Petkova, A. T.; Oyler, N. A.; Antzutkin, O. N.; Gordon, D. J.; Meredith, S. C.; Tycko, R. Biophys. J. 2002, 83, 1205.
217. Kim, Y. S.; Liu, L.; Axelsen, P. H.; Hochstrasser, R. M. Manuscript in preparation.
218. Baker, N. A.; Sept, D.; Joseph, S.; Holst, M. J.; McCammon, J. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 10037.
219. Strasfeld, D. B.; Ling, Y. L.; Shim, S.-H.; Zanni, M. T. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 6698.
220. Zhao, W.; Wright, J. C. Phys. Rev. Lett. 1999, S3, 1950.
221. Founder, F.; Gardner, E. M.; Kedra, D. A.; Donaldson, P. M.; Guo, R.; Butcher, S. A.; Gould, I. R.; Willison, K. R.; Klug, D. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 15352.
222. Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 14190.