Mesoscale simulations of two nucleosome-repeat length oligonucleosomes

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 11, Issue 45, 2009, Pages 10729-10737

  Schlick, Tamar ^a   Perišić, Ognjen ^a  

^a NEW YORK UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

HISTONE; MAGNESIUM; NUCLEIC ACID;

ARTICLE; CHEMISTRY; CHROMATIN; MOLECULAR DYNAMICS; MONTE CARLO METHOD; NUCLEOSOME; OSMOLARITY;

CHROMATIN; HISTONES; MAGNESIUM; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; MONTE CARLO METHOD; NUCLEIC ACIDS; NUCLEOSOMES; OSMOLAR CONCENTRATION;

EID: 70450257681     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b918629h     Document Type: Article

References (62)

1. E. Segal Y. Fondufe-Mittendorf L. Chen A. Thåström Y. Field I. K. Moore J. P. Wang J. Widom Nature 2006 442 772 778
2. T. J. Richmond Nature 2006 442 750 752
3. G. Felsenfeld M. Groudine Nature 2003 421 448 453
4. A. Pérez F. J. Luque M. Orozco J. Am. Chem. Soc. 2007 129 14739 14745
5. A. Arkhipov Y. Yin K. Schulten Biophys. J. 2008 95 2806 2821
6. P. J. Bond M. S. Sansom J. Am. Chem. Soc. 2006 128 2697 2704
7. K. A. Scott P. J. Bond A. Ivetac A. P. Chetwynd S. Khalid M. S. Sansom Structure 2008 16 621 630
8. K. Voltz J. Trylska V. Tozzini V. Kurkal-Siebert J. Langowski J. C. Smith J. Comput. Chem. 2008 29 9 1429 1439
9. F. Mühlbacher H. Schiessel C. Holm Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2006 74 031919
10. R. Stehr N. Kepper K. Rippe G. Wedemann Biophys. J. 2008 95 3677 3691
11. G. Arya T. Schlick J. Phys. Chem. A 2009 113 16 4045 4059
12. J. T. Finch L. C. Lutter D. Rhodes R. S. Brown B. Rushton M. Levitt A. Klug Nature 1977 269 29 36
13. K. Luger A. W. Mäder R. K. Richmond D. R. Sargent T. J. Richmond Nature 1997 389 251 260
14. K. van Holde J. Zlatanova Semin. Cell Dev. Biol. 2007 18 651 658
15. D. J. Tremethick Cell 2007 128 651 654
16. T. Schalch S. Duda D. F. Sargent T. J. Richmond Nature 2005 436 138 141
17. P. J. J. Robinson L. Fairall V. A. T. Huynh D. Rhodes Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 6506 6511
18. H. Wong J.-M. Victor J. Mozziconacci PLoS One 2007 2 e877
19. M. Kruithof F.-T. Chien A. Routh C. Logie D. Rhodes J. van Noort Nat. Struct. Mol. Biol. 2009 16 534 540
20. D. A. Beard T. Schlick Structure 2001 9 105 114
21. D. A. Beard T. Schlick Biopolymers 2001 58 106 115
22. S. A. Grigoryev G. Arya S. Correll C. L. Woodcock T. Schlick Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 13317 13322
23. A. Routh S. Sandin D. Rhodes Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 8872 8877
24. G. Arya T. Schlick Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 16236 16241
25. A. Bertin D. Durand M. Renouard F. Livolant S. Mangenot Eur. Biophys. J. 2007 36 1083 1094
26. S. P. Williams B. D. Athey L. J. Muglia R. S. Schappe A. H. Gough J. P. Langmore Biophys. J. 1986 49 233 248
27. S. H. Leuba G. Yang C. Robert B. Samori K. van Holde J. Zlatanova C. Bustamante Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1994 91 11621 11625
28. V. L. Makarov S. I. Dimitrov V. Smirnov I. G. Pashev FEBS Lett. 1985 181 357 361
29. J. R. Daban A. Bermúdez Biochemistry 1998 37 4299 4304
30. T. Schlick, in Bridging The Scales in Science in Engineering, ed., J. Fish, Oxford University Press, New York NY, 2009, pp. 514-535
31. J. Sun Q. Zhang T. Schlick Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 8180 8185
32. G. Arya Q. Zhang T. Schlick Biophys. J. 2006 91 133 150
33. Q. Zhang D. A. Beard T. Schlick J. Comput. Chem. 2003 24 2063 2074
34. T. Schlick A. Fogelson Assoc. Comput. Mach., Trans. Math. Software 1992 18 46 70
35. T. Schlick A. Fogelson Assoc. Comput. Mach., Trans. Math. Software 1992 18 71 111
36. S. A. Allison R. Austin M. Hogan J. Chem. Phys. 1989 90 3843 3854
37. D. Stigter Biopolymers 1977 16 1435 1448
38. M. M. S. Bharath N. R. Chandra M. R. S. Rao Nucleic Acids Res. 2003 31 4264 4274
39. M. M. S. Bharath N. R. Chandra M. R. S. Rao Proteins: Struct., Funct., Genet. 2002 49 71 81
40. S. Sheng D. M. Czjkowsky Z. Shao Biophys. J. 2006 91 L35 L37
41. C. A. Davey D. F. Sargent K. Luger A. W. Maeder T. J. Richmond J. Mol. Biol. 2002 319 1097 1113
42. C. G. Baumann S. B. Smith V. A. Bloomfield C. Bustamante Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1997 94 6185 6190
43. I. Rouzina V. A. Bloomfield Biophys. J. 1998 74 3152 3164
44. J. C. Hansen J. Ausio V. H. Stanik K. E. van Holde Biochemistry 1989 28 9129 9136
45. S. P. Williams J. P. Langmore Biophys. J. 1991 59 606 618
46. S. E. Gerchman V. Ramakrishnan Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1987 84 7802 7806
47. J. Bednar R. A. Horowitz S. A. Grigoryev L. M. Carruthers J. C. Hansen A. J. Kostner C. L. Woodcock Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1998 95 14173 14178
48. J. Yao P. T. Lowary J. Widom Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1990 87 7603 7607
49. J. Yao P. T. Lowary J. Widom Biochemistry 1991 30 8408 8414
50. J. Bednar R. A. Horowitz J. Dubochet C. L. Woodcock J. Cell Biol. 1995 131 1365 1376
51. A. Bertin A. Leforestier D. Durand F. Livolant Biochemistry 2004 43 4773 4780
52. K. Toth N. Brun J. Langowski Biochemistry 2006 45 1591 1598
53. K. van Holde J. Zlatanova Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1996 93 10548 10555
54. J. F. Kepert K. F. Tóth M. Caudron N. Mucke J. Langowski K. Rippe Biophys. J. 2003 85 4012 4022
55. J. I. Siepmann D. Frenkel Mol. Phys. 1992 75 59 70
56. J. J. de Pablo M. Laso U. W. Suter J. Chem. Phys. 1992 96 2395 2403
57. D. Frenkel G. C. A. M. Mooij B. Smit J. Phys.: Condens. Matter 1992 4 3053 3076
58. M. N. Rosenbluth A. W. Rosenbluth J. Chem. Phys. 1955 23 356 359
59. V. Bloomfield W. O. Dalton K. E. van Holde Biopolymers 1967 5 135 148
60. J. G. Kirkwood J. Polym. Sci. 1954 12 1 14
61. M. Garcia-Ramirez F. Dong J. Ausio J. Biol. Chem. 1992 267 19587 19595
62. J. Garcia de la Torre S. Navarro M. C. Lopez Martinez F. G. Diazand J. J. Lopez Cascales Biophys. J. 1994 67 530 531