Comparative subproteome analyses of planktonic and sessile staphylococcus xylosus C2a: New insight in cell physiology of a coagulase-negative staphylococcus in biofilm

Journal of Proteome Research

Volumn 8, Issue 4, 2009, Pages 1797-1809

  Planchon, Stella ^a   Desvaux, Mickaël ^a   Chafsey, Ingrid ^a   Chambon, Christophe ^a   Leroy, Sabine ^a   Hébraud, Michel ^a   Talon, Regine ^a  

^a CEMAGREF   (France)

Author keywords

Biofilm formation; Cell envelope proteins; Coagulase negative Staphylococcus; Proteomic analysis

Indexed keywords

BACTERIAL ENZYME; BACTERIAL PROTEIN; COAGULASE; ENVELOPE PROTEIN; EXOPOLYSACCHARIDE; GLYCOLYTIC ENZYME; PENTOSE PHOSPHATE; POLYKETIDE; PROTEOME;

AMINO ACID SYNTHESIS; ARTICLE; BACTERIAL CELL; BACTERIAL STRAIN; BIOFILM; BIOINFORMATICS; BIOSYNTHESIS; CARBON METABOLISM; CELL FUNCTION; COAGULASE NEGATIVE STAPHYLOCOCCUS; COMPARATIVE STUDY; CYTOPLASM; ENVELOPE GENE; ENZYME ACTIVITY; GRAM NEGATIVE BACTERIUM; MATRIX ASSISTED LASER DESORPTION IONIZATION TIME OF FLIGHT MASS SPECTROMETRY; NITROGEN METABOLISM; NONHUMAN; NUCLEOTIDE SEQUENCE; PLANKTON; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN DETERMINATION; PROTEIN EXPRESSION; PROTEOMICS; RECEPTOR DOWN REGULATION; RECEPTOR UPREGULATION; RNA TRANSLATION; SESSILE SPECIES; STAPHYLOCOCCUS EPIDERMIDIS; STAPHYLOCOCCUS XYLOSUS;

BACTERIAL ADHESION; BACTERIAL PROTEINS; BIOFILMS; COAGULASE; ELECTROPHORESIS, GEL, TWO-DIMENSIONAL; NITROGEN; PLANKTON; PROTEOME; SPECTROMETRY, MASS, MATRIX-ASSISTED LASER DESORPTION-IONIZATION; STAPHYLOCOCCUS;

MAMMALIA; POSIBACTERIA; STAPHYLOCOCCUS; STAPHYLOCOCCUS XYLOSUS;

EID: 65249178966     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr8004056     Document Type: Article

References (106)

1. Kloos, W. E.; Schleifer, K. H. In Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, Sneath, P. H. A., Mair, N. S., Sharpe, M. E., Holt, J. G., Eds.; The Williams Wilkins Co.: Baltimore, MA, 1986; pp 1013-1035.
2. Irlinger, F. Int. J. Food Microbiol. 2008, 126 (3), 311-315.
3. Talon, R.; Leroy-Setrin, S.; Fadda, S. In Research Advances in Quality of Meat and Meat Products, Fidel, Toldrá, Ed.; Research Signpost: India, 2002; pp 175-191.
4. Esper, R. C.; Morales, M. T.; Ruiz, S. S. Rev. Med. Hosp. Gen. Mex. 2000, 63, 107-111.
5. Siqueira, J. F. J.; Lima, K. C. Aust. Endod. J: J. Aust. Soc. Endod. Inc. 2002, 28, 61-63.
6. Almeida, R. A.; Oliver, S. P. Microb. Pathog. 2001, 31, 205-212.
7. Cucarella, C.; Tormo, M. A.; Ubeda, C.; Trotonda, M. P.; Monzon, M.; Peris, C.; Amorena, B.; Lasa, I.; Penades, J. R. Infect. Immun. 2004, 72, 2177-2185.
8. Won, Y. S.; Kwon, H. J.; Oh, G. T.; Kim, B. H.; Lee, C. H.; Park, Y. H.; Hyun, B. H.; Choi, Y. K. Microbiol. Immunol. 2002, 46, 629632.
9. Ug, A.; Ceylan, O. Arch. Med. Res. 2003, 34, 130-136.
10. Planchon, S.; Gaillard-Martinie, B.; Dordet-Frisoni, E.; Bellon- Fontaine, M. N.; Leroy, S.; Labadie, J.; Hebraud, M.; Talon, R. Int. J. Food Microbiol. 2006, 109, 88-96.
11. Donlan, R. M. Emerg. Infect. Dis. 2002, 8, 881-890.
12. Heilmann, C.; Schweitzer, O.; Gerke, C.; Vanittanakom, N.; Mack, D.; Gotz, F. Mol. Microbiol. 1996, 20, 1083-1091.
13. Mack, D.; Fischer, W.; Krokotsch, A.; Leopold, K.; Hartmann, R.; Egge, H.; Laufs, R. J. Bacteriol. 1996, 178, 175-183.
14. Cramton, S. E.; Gerke, C.; Schnell, N. F.; Nichols, W. W.; Götz, F. Infect. Immun. 1999, 67, 5427-5433.
15. Foster, T. J.; Hook, M. Trends Microbiol. 1998, 6, 484-488.
16. Heilmann, C.; Hussain, M.; Peters, G.; Gotz, F. Mol. Microbiol. 1997, 24, 1013-1024.
17. Hussain, M.; Herrmann, M.; von Eiff, C.; Perdreau-Remington, F.; Peters, G. Infect. Immun. 1997, 65, 519-524.
18. Cucarella, C.; Solano, C.; Valle, J.; Amorena, B.; Lasa, I.; Penades, J. R. J. Bacteriol. 2001, 183, 2888-2896.
19. Gross, M.; Cramton, S. E.; Gotz, F.; Peschel, A. Infect. Immun. 2001, 69, 3423-3426.
20. Beenken, K. E.; Dunman, P. M.; McAleese, F.; Macapagal, D.; Murphy, E.; Projan, S. J.; Blevins, J. S.; Smeltzer, M. S. J. Bacteriol. 2004, 186, 4665-4684.
21. Resch, A.; Rosenstein, R.; Nerz, C.; Götz, F. Appl. Environ. Microbiol. 2005, 71, 2663-2676.
22. Dordet-Frisoni, E.; Talon, R.; Leroy, S. FEMS Microbiol. Lett. 2007, 266, 184-193.
23. Planchon, S.; Chambon, C.; Desvaux, M.; Chafsey, I.; Leroy, S.; Talon, R.; Hebraud, M. J. Proteome Res. 2007, 6, 3566-3580.
24. Mastro, R.; Hall, M. Anal. Biochem. 1999, 273, 313-315.
25. Rabilloud, T.; Blisnick, T.; Heller, M.; Luche, S.; Aebersold, R.; Lunardi, J.; Braun-Breton, C. Electrophoresis 1999, 20, 3603-3610.
26. Neuhoff, V.; Arold, N.; Taube, D.; Ehrhardt, W. Electrophoresis 1988, 9, 255-262.
27. Yan, J. X.; Wait, R.; Berkelman, T.; Harry, R. A.; Westbrook, J. A.; Wheeler, C. H.; Dunn, M. J. Electrophoresis 2000, 21, 3666-3672.
28. Patton, W. F. Electrophoresis 2000, 21, 1123-1144.
29. Bryson, K.; Loux, V.; Bossy, R.; Nicolas, P.; Chaillou, S.; van de Guchte, M.; Penaud, S.; Maguin, E.; Hoebeke, M.; Bessieres, P.; Gibrat, J. F. Nucleic Acids Res. 2006, 34, 3533-3545.
30. Bendtsen, J. D.; Nielsen, H.; von Heijne, G.; Brunak, S. J. Mol. Biol. 2004, 340, 783-795.
31. Kall, L.; Krogh, A.; Sonnhammer, E. L. J. Mol. Biol. 2004, 338, 10271036.
32. Shen, H. B.; Chou, K. C. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2007, 363, 297-303.
33. Gomi, M.; Sonoyama, M.; Mitaku, S. Chem-Bio Info. J. 2004, 4, 142-147.
34. Hiller, K.; Grote, A.; Scheer, M.; Munch, R.; Jahn, D. Nucleic Acids Res. 2004, 32, W375-W379.
35. Juncker, A. S.; Willenbrock, H.; Von Heijne, G.; Brunak, S.; Nielsen, H.; Krogh, A. Protein Sci. 2003, 12, 1652-1662.
36. Madan Babu, M.; Sankaran, K. Bioinformatics 2002, 18, 641-643.
37. Sutcliffe, I. C.; Harrington, D. J. Microbiology 2002, 148, 20652077.
38. Bendtsen, J. D.; Nielsen, H.; Widdick, D.; Palmer, T.; Brunak, S.BMC Bioinf. 2005, 6, 167.
39. Rose, R. W.; Bruser, T.; Kissinger, J. C.; Pohlschroder, M. Mol. Microbiol. 2002, 45, 943-950.
40. Bendtsen, J. D.; Kiemer, L.; Fausboll, A.; Brunak, S. BMC Microbiol. 2005, 5, 58.
41. Hofmann, K.; Stoffel, W. Biol. Chem. Hoppe-Seyler 1993, 374, 166-170.
42. Sonnhammer, E. L.; von Heijne, G.; Krogh, A. Proc. Int. Conf. Intell. Syst. Mol. Biol. 1998, 6, 175-182.
43. Jones, D. T. Bioinformatics 2007, 23, 538-544.
44. Tusnady, G. E.; Simon, I. Bioinformatics 2001, 17, 849-850.
45. Claros, M. G.; von Heijne, G. Comput. Appl. Biosci. 1994, 10, 685686.
46. Zhou, H.; Zhou, Y. Protein Sci. 2003, 12, 1547-1555.
47. Gardy, J. L.; Laird, M. R.; Chen, F.; Rey, S.; Walsh, C. J.; Ester, M.; Brinkman, F. S. Bioinformatics 2005, 21, 617-623.
48. Yu, C. S.; Lin, C. J.; Hwang, J. K. Protein Sci. 2004, 13, 1402-1406.
49. Bateman, A.; Coin, L.; Durbin, R.; Finn, R. D.; Hollich, V.; Griffiths- Jones, S.; Khanna, A.; Marshall, M.; Moxon, S.; Sonnhammer, E. L.; Studholme, D. J.; Yeats, C.; Eddy, S. R. Nucleic Acids Res. 2004, 32, D138-D141.
50. Eddy, S. R. Curr. Opin. Struct. Biol. 1996, 6, 361-365.
51. Tatusov, R. L.; Fedorova, N. D.; Jackson, J. D.; Jacobs, A. R.; Kiryutin, B.; Koonin, E. V.; Krylov, D. M.; Mazumder, R.; Mekhe- dov, S. L.; Nikolskaya, A. N.; Rao, B. S.; Smirnov, S.; Sverdlov, A. V.; Vasudevan, S.; Wolf, Y. I.; Yin, J. J.; Natale, D. A. BMC Bioinf. 2003, 4, 41.
52. Altschul, S. F.; Gish, W.; Miller, W.; Myers, E. W.; Lipman, D. J. J Mol. Biol. 1990, 215, 403-410.
53. Wilson, D.; Madera, M.; Vogel, C.; Chothia, C.; Gough, J. Nucleic Acids Res. 2007, 35, D308-D313.
54. Schultz, J.; Milpetz, F.; Bork, P.; Ponting, C. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 5857-5864.
55. Altschul, S. F.; Madden, T. L.; Shaffer, A. A.; Zhang, J.; Zhang, Z.; Miller, W.; Lipman, D. J. Nucleic Acids Res. 1997, 25, 3389-3402.
56. Wu, C. H.; Apweiler, R.; Bairoch, A.; Natale, D. A.; Barker, W. C.; Boeckmann, B.; Ferro, S.; Gasteiger, E.; Huang, H.; Lopez, R.; Magrane, M.; Martin, M. J.; Mazumder, R.; O'Donovan, C.; Redaschi, N.; Suzek, B. Nucleic Acids Res. 2006, 34, D187-D191.
57. Desvaux, M.; Hébraud, M. In Handbook of Listeria monocytogenes; Dongyou L, Ed.; CRC Press, Taylor and Francis Group: Boca Raton, FL, 2008.
58. Desvaux, M.; Dumas, E.; Chafsey, I.; Hebraud, M. FEMS Microbiol. Lett. 2006, 256, 1-15.
59. Molloy, M. P.; Herbert, B. R.; Walsh, B. J.; Tyler, M. I.; Traini, M.; Sanchez, J. C.; Hochstrasser, D. F.; Williams, K. L.; Gooley, A. A. Electrophoresis 1998, 19, 837-844.
60. Tjalsma, H. Proteomics 2007, 7, 73-81.
61. Sakata, N.; Terakubo, S.; Mukai, T. Curr. Microbiol. 2005, 50, 4751.
62. Stewart, G. C. Mol. Microbiol. 2005, 57, 1177-1181.
63. Desvaux, M.; Hebraud, M. FEMS Microbiol. Rev. 2006, 30, 774805.
64. Vilhelmsson, O.; Miller, K. J. Appl. Environ. Microbiol. 2002, 68, 2353-2358.
65. Muller, V.; Gruber, G. Cell. Mol. Life Sci. 2003, 60, 474-494.
66. Valent, Q. A.; Scotti, P. A.; High, S.; de Gier, J. W.; von Heijne, G.; entzen, G.; Wintermeyer, W.; Oudega, B.; Luirink, J. EMBO J. 1998, 17, 2504-2512.
67. Mobley, H. L.; Island, M. D.; Hausinger, R. P. Microbiol. Rev. 1995, 59, 451-480.
68. Fisher, S. H. Mol. Microbiol. 1999, 32, 223-232.
69. Dos Santos, P. C.; Smith, A. D.; Frazzon, J.; Cash, V. L.; Johnson, M. K.; Dean, D. R. J. Biol. Chem. 2004, 279, 19705-19711.
70. Hwang, D. M.; Dempsey, A.; Tan, K. T.; Liew, C. C. J. Mol. Evol. 1996, 43, 536-540.
71. Fiegler, H.; Brückner, R. FEMS Microbiol. Lett. 1997, 148, 181187.
72. Bentley, R. Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 1990, 25, 307-384.
73. Li, W.; Zhou, X.; Lu, P. Res. Microbiol. 2004, 155, 605-610.
74. Bergmann, S.; Rohde, M.; Hammerschmidt, S. Infect. Immun. 2004, 72, 2416-2419.
75. Antelmann, H.; Williams, R. C.; Miethke, M.; Wipat, A.; Albrecht, D.; Harwood, C. R.; Hecker, M. Proteomics 2005, 5, 3684-3695.
76. Maira-Litran, T.; Allison, D. G.; Gilbert, P. J. Appl. Microbiol. 2000, 88, 243-247.
77. Laursen, B. S.; Siwanowicz, I.; Larigauderie, G.; Hedegaard, J.; Ito, K.; Nakamura, Y.; Kenney, J. M.; Mortensen, K. K.; Sperling- Petersen, H. U. J. Mol. Biol. 2003, 326, 543-551.
78. Fiegler, H.; Bassias, J.; Jankovic, I.; Bruckner, R. J. Bacteriol. 1999, 181, 4929-4936.
79. Gutowicz, J.; Terlecki, G. Cell Mol. Biol. Lett. 2003, 8, 667-680.
80. Levander, F.; Radstrom, P. Appl. Environ. Microbiol. 2001, 67, 2734-2738.
81. Degeest, B.; de Vuyst, L. Appl. Environ. Microbiol. 2000, 66, 35193527.
82. Desvaux, M.; Guedon, E.; Petitdemange, H. Appl. Environ. Microbiol. 2001, 67, 3837-3845.
83. Levander, F.; Svensson, M.; Radstrom, P. Appl. Environ. Microbiol. 2002, 68, 784-790.
84. Barreto, M.; Jedlicki, E.; Holmes, D. S. Appl. Environ. Microbiol. 2005, 71, 2902-2909.
85. Nedal, A.; Zotchev, S. B. Appl. Microbiol. Biotechnol. 2004, 64, 7-15.
86. Trefzer, A.; Salas, J. A.; Bechthold, A. Nat. Prod. Rep. 1999, 16, 283-299.
87. Hopwood, D. A. PLoS Biol. 2004, 2, E35.
88. Schneider, G. Curr. Opin. Struct. Biol. 2005, 15, 629-636.
89. Walsh, C. T. Science 2004, 303, 1805-1810.
90. Gosset, G.; Bonner, C. A.; Jensen, R. A. J. Bacteriol. 2001, 183, 4061-4070.
91. McDaniel, R.; Ebert-Khosla, S.; Hopwood, D. A.; Khosla, C. J.Am. Chem. Soc. 1994, 116, 10855-10859.
92. Sciara, G.; Kendrew, S. G.; Miele, A. E.; Marsh, N. G.; Federici, L.; Malatesta, F.; Schimperna, G.; Savino, C.; Vallone, B. EMBO J. 2003, 22, 205-215.
93. Flatt, P. M.; Mahmud, T. Nat. Prod. Rep. 2007, 24, 358-392.
94. Barriere, C.; Bruckner, R.; Centeno, D.; Talon, R. FEMS Microbiol. Lett. 2002, 216, 277-283.
95. Engelmann, S.; Lindner, C.; Hecker, M. J. Bacteriol. 1995, 177, 5598-5605.
96. Gatlin, C. L.; Pieper, R.; Huang, S. T.; Mongodin, E.; Gebregeorgis, E.; Parmar, P. P.; Clark, D. J.; Alami, H.; Papazisi, L.; Fleischmann, R. D.; Gill, S. R.; Peterson, S. N. Proteomics 2006, 6, 1530-1549.
97. Antikainen, J.; Kuparinen, V.; Lahteenmaki, K.; Korhonen, T. K. FEMS Immunol. Med. Microbiol. 2007, 51, 526-534.
98. Goffin, P.; Deghorain, M.; Mainardi, J. L.; Tytgat, I.; Champomier- Vergès, M. C.; Kleerebezem, M.; Hols, P. J. Bacteriol. 2005, 187, 6750-6761.
99. Andersen, A. B.; Andersen, P.; Ljungqvist, L. Infect. Immun. 1992, 60, 2317-2323.
100. Resch, A.; Fehrenbacher, B.; Eisele, K.; Schaller, M.; Götz, F. FEMS Microbiol. Lett. 2005, 252, 89-96.
101. Guiral, S.; Mitchell, T. J.; Martin, B.; Claverys, J. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 8710-8715.
102. Bergmann, S.; Rohde, M.; Chhatwal, G. S.; Hammerschmidt, S. Mol. Microbiol. 2001, 40, 1273-1287.
103. Jeffery, C. J. Trends Biochem. Sci. 1999, 24, 8-11.
104. Hamon, M. A.; Stanley, N. R.; Britton, R. A.; Grossman, A. D.; Lazazzera, B. A. Mol. Microbiol. 2004, 52, 847-860.
105. Conlon, K. M.; Humphreys, H.; O'Gara, J. P. J. Bacteriol. 2002, 184, 4400-4408.
106. Hofemeister, J.; Conrad, B.; Adler, B.; Hofemeister, B.; Feesche, J.; Kucheryava, N.; Steinborn, G.; Franke, P.; Grammel, N.; Zwintscher, A.; Leenders, F.; Hitzeroth, G.; Vater, J. Mol. Genet. Genomics 2004, 2172, 363-378.