Proteomic analysis of cell envelope from Staphylococcus xylosus C2a, a coagulase-negative staphylococcus

Journal of Proteome Research

Volumn 6, Issue 9, 2007, Pages 3566-3580

  Planchon, Stella ^a   Chambon, Christophe ^b   Desvaux, Mickaël ^a   Chafsey, Ingrid ^a   Leroy, Sabine ^a   Talon, Régine ^a   Hébraud, Michel ^a,b  

^a CEMAGREF   (France)

^b Plate Forme Protéomique   (France)

Author keywords

Cell envelope proteins; MALDI TOF MS; Staphylococcus xylosus; Two dimensional gel electrophoresis

Indexed keywords

ACETONE; ACETYL COENZYME A CARBOXYLASE; ALANINE DEHYDROGENASE; ARGINASE; CATALASE; CATALASE B; CELL MEMBRANE PROTEIN; CELL PROTEIN; CHAPERONIN; CYTOSOL AMINOPEPTIDASE; ENOLASE; FIBRONECTIN BINDING PROTEIN; FIBRONECTIN BINDING PROTEIN A; GLUCOSE DEHYDROGENASE; GLYCERALDEHYDE 3 PHOSPHATE DEHYDROGENASE; GLYCEROL 3 PHOSPHATE DEHYDROGENASE; LACTATE DEHYDROGENASE; LIPOPROTEIN; LYSOSTAPHIN; METHANOL; PENICILLIN BINDING PROTEIN; PENICILLIN BINDING PROTEIN 4; PROTEIN DNAK; PYRUVATE DEHYDROGENASE; PYRUVATE DEHYDROGENASE E1; SIGNAL PEPTIDASE I; SUCCINATE DEHYDROGENASE; TRANSALDOLASE; TRIBUTYL PHOSPHATE; UNCLASSIFIED DRUG; UREASE;

ARTICLE; BACTERIAL STRAIN; BIOINFORMATICS; COAGULASE NEGATIVE STAPHYLOCOCCUS; CONTROLLED STUDY; MATRIX ASSISTED LASER DESORPTION IONIZATION TIME OF FLIGHT MASS SPECTROMETRY; NONHUMAN; NUCLEOTIDE SEQUENCE; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN SECRETION; PROTEOMICS; STAPHYLOCOCCUS XYLOSUS; TWO DIMENSIONAL GEL ELECTROPHORESIS;

AMINO ACID MOTIFS; BACTERIAL PROTEINS; CELL MEMBRANE; COAGULASE; COMPUTATIONAL BIOLOGY; ELECTROPHORESIS, GEL, TWO-DIMENSIONAL; GENOME, BACTERIAL; HUMANS; IMAGE PROCESSING, COMPUTER-ASSISTED; PROTEIN SORTING SIGNALS; PROTEOME; PROTEOMICS; SKIN; SPECTROMETRY, MASS, MATRIX-ASSISTED LASER DESORPTION-IONIZATION; STAPHYLOCOCCUS;

BACTERIA (MICROORGANISMS); MAMMALIA; STAPHYLOCOCCUS; STAPHYLOCOCCUS XYLOSUS;

EID: 34948877579     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr070139+     Document Type: Article

References (94)

1. Kloos, W. E.; Schleifer, K. H. In Bergey's Manual of Systematic Bacteriology; Sneath, P. H. A., Mair, N. S., Sharpe, M. E., Holt, J. G., Eds.; The Williams Wilkins Co.: Baltimore, MD, 1986; pp 1013-1035.
2. Talon, R.; Leroy-Sétrin, S.; Fadda, S. In Research Advances in Quality of Meat and Meat Products; Fidel Toldrá, Ed.; Research Signpost: India, 2002; pp 175-191.
3. Corbiere Morot-Bizot, S.; Leroy, S.; Talon, R. Int. J. Food Microbiol. 2006, 108, 210-217.
4. Norwood, D. E.; Gilmour, A. Lett. Appl. Microbiol. 2001, 33, 320-324.
5. Planchon, S.; Gaillard-Martinie, B.; Dordet-Frisoni, E.; Bellon-Fontaine, M. N.; Leroy, S.; Labadie, J.; Hebraud, M.; Talon, R. Int. J. Food Microbiol. 2006, 109, 88-96.
6. Nouwens, A. S.; Cordwell, S. J.; Larsen, M. R.; Molloy, M. P.; Gillings, M.; Willcox, M. D.; Walsh, B. J. Electrophoresis 2000, 21, 3797-3809.
7. Silveira, M. G.; Baumgartner, M.; Rombouts, F. M.; Abee, T. Appl. Environ. Microbiol. 2004, 70, 2748-2755.
8. Desvaux, M.; Dumas, E.; Chafsey, I.; Hebraud, M. FEMS Microbiol. Lett. 2006, 256, 1-15.
9. Nandakumar, R.; Nandakumar, M. P.; Marten, M. R.; Ross, J. M. J. Proteome Res. 2005, 4, 250-257.
10. Antelmann, H.; Yamamoto, H.; Seklguchi, J.; Hecker, M. Proteomics 2002, 2, 591-602.
11. Schaumburg, J.; Diekmann, O.; Hagendorff, P.; Bergmann, S.; Rohde, M.; Hammerschmidt, S.; Jansch, L.; Wehland, J.; Karst, U. Proteomics 2004, 4, 2991-3006.
12. Muller, S.; Hain, T.; Pashalidis, P.; Lingnau, A.; Domann, E.; Chakraborty, T.; Wehland, J. Infect. Immun. 1998, 66, 3128-3133.
13. Jonquieres, R.; Bierne, H.; Fiedler, F.; Gounon, P.; Cossart, P. Mol. Microbiol. 1999, 34, 902-914.
14. Vytvytska, O.; Nagy, E.; Bluggel, M.; Meyer, H. E.; Kurzbauer, R.; Huber, L. A.; Klade, C. S. Proteomics 2002, 2, 580-590.
15. Gatlin, C. L.; Pieper, R.; Huang, S. T.; Mongodin, E.; Gebregeorgis, E.; Parmar, P. P.; Clark, D. J.; Alami, H.; Papazisi, L.; Fleischmann, R. D.; Gill, S. R.; Peterson, S. N. Proteomics 2006, 6, 1530-1549.
16. Scherl, A.; Francois, P.; Bento, M.; Deshusses, I. M.; Charbonnier, Y.; Converset, V.; Huyghe, A.; Walter, N.; Hoogland, C.; Appel, R. D.; Sanchez, J. C.; Zimmermann-Ivol, C. G.; Corthals, G. L.; Hochstrasser, D. F.; Schrenzel, J. J. Microbiol. Methods 2005, 60, 247-257.
17. Mastro, R.; Hall, M. Anal. Biochem. 1999, 273, 313-315.
18. Candiano, G.; Musante, L.; Bruschi, M.; Ghiggeri, G. M.; Herbert, B.; Antonucci, F.; Righetti, P. G. Electrophoresis 2002, 23, 292-297.
19. Molloy, M. P.; Herbert, B. R.; Williams, K. L.; Gooley, A. A. Electrophoresis 1999, 20, 701-704.
20. Santoni, V.; Kieffer, S.; Desclaux, D.; Masson, F.; Rabilloud, T. Electrophoresis 2000, 21, 3329-3344.
21. Deshusses, J. M.; Burgess, J. A.; Scherl, A.; Wenger, Y.; Walter, N.; Converset, V.; Paesano, S.; Corthals, G. L.; Hochstrasser, D. F.; Sanchez, J. C. Proteomics 2003, 3, 1418-1424.
22. Hermann, T.; Finkemeier, M.; Pfefferle, W.; Wersch, G.; Kramer, R.; Burkovski, A. Electrophoresis 2000, 21, 654-659.
23. Schluesener, D.; Fischer, F.; Kruip, J.; Rogner, M.; Poetsch, A. Proteomics 2005, 5, 1317-1330.
24. Rabilloud, T. Methods Mol. Biol. 1999, 112, 297-305.
25. Yan, J. X.; Wait, R.; Berkelman, T.; Harry, R. A.; Westbrook, J. A.; Wheeler, C. H.; Dunn, M. J. Electrophoresis 2000, 21, 3666-3672.
26. Neuhoff, V.; Arold, N.; Taube, D.; Ehrhardt, W. Electrophoresis 1988, 9, 255-262.
27. Folio, P.; Chavant, P.; Chafsey, I.; Belkorchia, A.; Chambon, C.; Hebraud, M. Proteomics 2004, 4, 3187-3201.
28. Neyraud, E.; Sayd, T.; Morzel, M.; Dransfield, E. J. Proteome Res. 2006, 5, 2474-2480.
29. Bryson, K.; Loux, V.; Bossy, R.; Nicolas, P.; Chaillou, S.; van de Guchte, M.; Penaud, S.; Maguin, E.; Hoebeke, M.; Bessieres, P.; Gibrat, J. F. Nucleic Acids Res. 2006, 34, 3533-3545.
30. Bendtsen, J. D.; Nielsen, H.; von Heijne, G.; Brunak, S. J. Mol. Biol. 2004, 340, 783-795.
31. Nielsen, H.; Engelbrecht, J.; Brunak, S.; von Heijne, G. Int. J. Neural Syst. 1997, 8, 581-599.
32. Hiller, K.; Grote, A.; Scheer, M.; Munch, R.; Jahn, D. Nucleic Acids Res. 2004, 32, W375-W379.
33. Kall, L.; Krogh, A.; Sonnhammer, E. L. J. Mol. Biol. 2004, 338, 1027-1036.
34. Bendtsen, J. D.; Nielsen, H.; Widdick, D.; Palmer, T.; Brunak, S. BMC Bioinf. 2005, 6, 167.
35. Bendtsen, J. D.; Kiemer, L.; Fausboll, A.; Brunak, S. BMC Microbiol. 2005, 5, 58.
36. de Castro, E.; Sigrist, C. J.; Gattiker, A.; Bulliard, V.; Langendijk-Genevaux, P. S.; Gasteiger, E.; Bairoch, A.; Hulo, N. Nucleic Acids Res. 2006, 34, W362-W365.
37. Sutcliffe, I. C.; Harrington, D. J. Microbiology 2002, 148, 2065-2077.
38. Madan Babu, M.; Sankaran, K. Bioinformatics 2002, 18, 641-643.
39. Hofmann, K.; Stoffel, W. 1993, 374, 166.
40. Jones, D. T.; Taylor, W. R.; Thornton, J. M. Biochemistry 1994, 33, 3038-3049.
41. Tusnady, G. E.; Simon, I. Bioinformatics 2001, 17, 849-850.
42. Hirokawa, T.; Boon-Chieng, S.; Mitaku, S. Bioinformatics 1998, 14, 378-379.
43. Claros, M. G.; von Heijne, G. Comput. Appl. Biosci. 1994, 10, 685-686.
44. Zhou, H.; Zhou, Y. Protein Sci. 2003, 12, 1547-1555.
45. Bagos, P. G.; Liakopoulos, T. D.; Hamodrakas, S. J. BMC Bioinf. 2006, 7, 189.
46. Sonnhammer, E. L.; Eddy, S. R.; Durbin, R. Proteins 1997, 28, 405-420.
47. Gardy, J. L.; Laird, M. R.; Chen, F.; Rey, S.; Walsh, C. J.; Ester, M.; Brinkman, F. S. Bioinformatics 2005, 21, 617-623.
48. Tatusov, R. L.; Fedorova, N. D.; Jackson, J. D.; Jacobs, A. R.; Kiryutin, B.; Koonin, E. V.; Krylov, D. M.; Mazumder, R.; Mekhedov, S. L.; Nikolskaya, A. N.; Rao, B. S.; Smirnov, S.; Sverdlov, A. V.; Vasudevan, S.; Wolf, Y. I.; Yin, J. J.; Natale, D. A. BMC Bioinf. 2003, 4, 41.
49. Ogata, H.; Goto, S.; Sato, K.; Fujibuchi, W.; Bono, H.; Kanehisa, M. Nucleic Acids Res. 1999, 27, 29-34.
50. Klein, C.; Garcia-Rizo, C.; Bisle, B.; Scheffer, B.; Zischka, H.; Pfeiffer, F.; Siedler, F.; Oesterhelt, D. Proteomics 2005, 5, 180-197.
51. Molloy, M. P.; Herbert, B. R.; Walsh, B. J.; Tyler, M. I.; Traini, M.; Sanchez, J. C.; Hochstrasser, D. F.; Williams, K. L.; Gooley, A. A. Electrophoresis 1998, 19, 837-844.
52. Desvaux, M.; Hébraud, M. FEMS Microbiol. Rev. 2006, 30, 774-805.
53. Bae, T.; Schneewind, O. J. Bacteriol. 2003, 185, 2910-2919.
54. Foster, T. J.; Hook, M. Trends Microbiol. 1998, 6, 484-488.
55. Tjalsma, H.; Antelmann, H.; Jongbloed, J. D.; Braun, P. G.; Darmon, E.; Dorenbos, R.; Dubois, J. Y.; Westers, H.; Zanen, G.; Quax, W. J.; Kuipers, O. P.; Bron, S.; Hecker, M.; van Dijl, J. M. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2004, 68, 207-233.
56. White, S. W.; Zheng, J.; Zhang, Y. M.; Rock, C. O. Annu. Rev. Biochem. 2005, 74, 791-831.
57. Lascelles, J. J. Bacteriol. 1978, 133, 621-625.
58. Nishihara, M.; Koga, Y. J. UOEH 2000, 22, 13-18.
59. Scheffers, D. J.; Pinho, M. G. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2005, 69, 585-607.
60. Tuckman, D.; Donnelly, R. J.; Zhao, F. X.; Jacobs, W. R., Jr.; Connell, N. D. J. Bacteriol. 1997, 179, 2724-2730.
61. Goffin, P.; Deghorain, M.; Mainardi, J. L.; Tytgat, I.; Champomier-Verges, M. C.; Kleerebezem, M.; Hols, P. J. Bacteriol. 2005, 187, 6750-6761.
62. Adler, L. A.; Arvidson, S. J. Bacteriol. 1988, 170, 5337-5343.
63. Vilhelmsson, O.; Miller, K. J. Appl. Environ. Microbiol. 2002, 68, 2353-2358.
64. Kubak, B. M.; Yotis, W. W. Biochim. Biophys. Acta 1981, 649, 642-650.
65. Johnson, A. S.; van Horck, S.; Lewis, P. J. Microbiology 2004, 150, 2815-2824.
66. Bott, M.; Niebisch, A. J. Biotechnol. 2003, 104, 129-153.
67. Maruyama, T.; Furutani, M. Front. Biosci. 2000, 5, D821-D836.
68. Otto, M.; Gotz, F. Res. Microbiol. 2001, 152, 351-356.
69. Higgins, C. F. Res. Microbiol. 2001, 152, 205-210.
70. Muller, V.; Gruber, G. Cell. Mol. Life Sci. 2003, 60, 474-494.
71. Economou, A.; Christie, P. J.; Fernandez, R. C.; Palmer, T.; Plano, G. V.; Pugsley, A. P. Mol. Microbiol. 2006, 62, 308-319.
72. Westerlund, B.; Korhonen, T. K. Mol. Microbiol. 1993, 9, 687-94.
73. Cassat, J. E.; Dunman, P. M.; McAleese, F.; Murphy, E.; Projan, S. J.; Smeltzer, M. S. J. Bacteriol. 2005, 187, 576-592.
74. Resch, A.; Leicht, S.; Saric, M.; Pasztor, L.; Jakob, A.; Gotz, F.; Nordheim, A. Proteomics 2006, 6, 1867-1877.
75. Stewart, G. C. Mol. Microbiol. 2005, 57, 1177-1181.
76. Barrière, C.; Leroy-Sétrin, S.; Talon, R. J. Appl. Microbiol. 2001, 91, 514-519.
77. Hampton, M. B.; Kettle, A. J.; Winterbourn, C. C. Infect. Immun. 1996, 64, 3512-3517.
78. Braunstein, M.; Espinosa, B. J.; Chan, J.; Belisle, J. T.; Jacobs, W. R., Jr. Mol. Microbiol. 2003, 48, 453-464.
79. Desvaux, M.; Parham, N. J.; Scott-Tucker, A.; Henderson, I. R. Trends Microbiol. 2004, 12, 306-309.
80. Bergonzelli, G. E.; Granato, D.; Pridmore, R. D.; Marvin-Guy, L. F.; Donnicola, D.; Corthesy-Theulaz, I. E. Infect. Immun. 2006, 74, 425-434.
81. Bergmann, S.; Rohde, M.; Chhatwal, G. S.; Hammerschmidt, S. Mol. Microbiol. 2001, 40, 1273-1287.
82. Bergmann, S.; Rohde, M.; Hammerschmidt, S. Infect. Immun. 2004, 72, 2416-2419.
83. Hughes, M. J.; Moore, J. C.; Lane, J. D.; Wilson, R.; Pribul, P. K.; Younes, Z. N.; Dobson, R. J.; Everest, P.; Reason, A. J.; Redfern, J. M.; Greer, F. M.; Paxton, T.; Panico, M.; Morris, H. R.; Feldman, R. G.; Santangelo, J. D. Infect. Immun. 2002, 70, 1254-1259.
84. Page, M. G.; Burton, K. Biochem. J. 1978, 174, 717-725.
85. McGee, D. J.; Radcliff, F. J.; Mendz, G. L.; Ferrero, R. L.; Mobley, H. L. J. Bacteriol. 1999, 181, 7314-7322.
86. Foussard, M.; Cabantous, S.; Pedelacq, J.; Guillet, V.; Tranier, S.; Mourey, L.; Birck, C.; Samama, J. Microbes Infect. 2001, 3, 417-424.
87. Valent, Q. A.; Scotti, P. A.; High, S.; de Gier, J. W.; von Heijne, G.; Lentzen, G.; Wintermeyer, W.; Oudega, B.; Luirink, J. EMBO J. 1998, 17, 2504-2512.
88. Fiegler, H.; Bassias, J.; Jankovic, I.; Bruckner, R. J. Bacteriol. 1999, 181, 4929-4936.
89. Komatsuzawa, H.; Fujiwara, T.; Nishi, H.; Yamada, S.; Ohara, M.; McCallum, N.; Berger-Bachi, B.; Sugai, M. Mol. Microbiol. 2004, 53, 1221-1231.
90. Jeffery, C. J. Trends Biochem. Sci. 1999, 24, 8-11.
91. Guiral, S.; Mitchell, T. J.; Martin, B.; Claverys, J. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 8710-8715.
92. Santoni, V.; Molloy, M.; Rabilloud, T. Electrophoresis 2000, 21, 1054-1070.
93. Cordwell, S. J. Curr. Opin. Microbiol. 2006, 9, 320-329.
94. Calvo, E.; Pucciarelli, M. G.; Bierne, H.; Cossart, P.; Albar, J. P.; Garcia-Del Portillo, F. Proteomics 2005, 5, 433-443.