Theoretical study of the human bradykinin-bradykinin B2 receptor complex

ChemBioChem

Volumn 9, Issue 15, 2008, Pages 2487-2497

  Gieldon, Artur ^a   Lopez, Jakob J ^a   Glaubitz, Clemens ^a   Schwalbe, Harald ^a  

^a GOETHE UNIVERSITY   (Germany)

Author keywords

Amber force field; Bradykinin; GPCR; Hormones; Molecular modeling; Receptors

Indexed keywords

ARGININE; BRADYKININ; BRADYKININ B2 RECEPTOR; RHODOPSIN;

ARTICLE; COMPLEX FORMATION; COMPUTER MODEL; CONFORMATIONAL TRANSITION; HORMONE STRUCTURE; HYDROGEN BOND; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULAR MODEL; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN STRUCTURE; RECEPTOR BINDING; SIMULATION; SOLID STATE; THEORETICAL STUDY;

BINDING SITES; BIOCHEMICAL PHENOMENA; COMPUTER SIMULATION; HUMANS; LIGANDS; MODELS, MOLECULAR; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE, BIOMOLECULAR; PROTEIN BINDING; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY; RECEPTOR, BRADYKININ B2;

EID: 54349096364     PISSN: 14394227     EISSN: 14397633     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/cbic.200800324     Document Type: Article

References (80)

1. D. Regoli, J. Barabe, Pharm. Rev. 1980, 32, 1-46.
2. K. D. Bhoola, C. D. Figueroa, K. Worthy, Pharm. Rev. 1992, 44, 1-80.
3. J. G. Menke, J. A. Borkowski, K. K. Bierilo, T. MacNeil, A. W. Derrick, K. A. Schneck, R. W. Ransom, C. D. Strader, D. L. Linemeyer, J. F. Hess, J. Biol. Chem. 1994, 269, 21 583-21 586.
4. J. F. R. Hess, J. A. Borkowski, G. S. Young, C. D. Strader, R. W. Ransom, Biochem. Biophys. Res. Commun. 1992, 184, 260-268.
5. "Pharmacology and Immunopharmacology of Kinin Receptors", J. M. Hall, I. K. M. Morton in The Handbook of Immunopharmacology: The Kinin System (Ed.: S. G. Farmer), Academic Press, New York, 1997, pp. 9-43.
6. F. Philip, P. Sengupta, S. Scarlata, J. Biol. Chem. 2007, 282, 19203-19216.
7. J. B. Su, F. Barbe, R. Houel, T. T. Guyene, B. Crozatier, L. Hittinger, Circulation 1998, 98, 2911-2918.
8. M. M. Tiwari, P. L. Prather, P. R. Mayeux, J. Pharmacol. Exp. Ther. 2005, 313, 798-805.
9. M. R. Kichuk, N. Seyedi, X. Zhang, C. C. Marboe, R. E. Michler, L. J. Addonizio, G. Kaley, A. Nasjletti, T. H. Hintze, Circulation 1996, 94, 44-51.
10. L. R. Steranka, D. C. Manning, C. J. DeHaas, J. W. Ferkany, S. A. Borosky, J. R. Connor, R. J. Vavrek, J. M. Stewart, S. H. Snyder, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1988, 85, 3245-3249.
11. H. Wang, C. Ehnert, G. J. Brenner, C. J. Woolf, Biol. Chem. 2006, 387, 11-14.
12. A. Duka, I. Duka, G. Gao, S. Shenouda, I. Gavras, H. Gavras, Am. J. Physiol. Endocrinol. Metab. 2006, 291, E268-274.
13. J. J. Chen, E. J. Johnson, Expert Opin. Ther. Targets 2007, 11, 21-35.
14. A. Graness, A. Adomeit, R. Heinze, R. Wetzker, C. Liebmann, J. Biol. Chem. 1998, 273, 32016-32022.
15. S. Greco, A. Muscella, M. G. Elia, S. Romano, C. Storelli, S. Marsigliante, J. Cell. Physiol. 2004, 201, 84-96.
16. S. Drube, C. Liebmann, Br. J. Pharmacol. 2000, 131, 1553-1560.
17. G. A. Argañaraz, S. R. Perosa, E. C. Leocioni, M. Bader, E. A. Cavalheiro, M. da G. Naffah-Mazzacoratti, J. B. Pesquero, J. A. Silva Jr., Brain Res. 2004, 1013, 30-39.
18. S. R. Perosa, G. A. Arganaraz, E. M. Goto, L. G. Costa, A. C. Konno, P. P. Varella, J. F. Santiago, J. B. Pesquero, M. Canzian, D. Amado, E. M. Yacubian, H. Carrete, R. S. Centeno, E. A. Cavalheiro, J. A. Silva, M. G. Mazzacoratti, Hippocampus 2007, 17, 26-33.
19. A. Marmarou, M. Guy, L. Murphey, F. Roy, L. Layani, J. P. Combal, C. Marquer, J. Neurotrauma 2005, 12, 1444-1455.
20. K. Oguro, H. Hashimoto, M. Nakashima, Arch. Int. Pharmacodyn. Ther. 1982, 256, 108-122.
21. S. Filipek, D. C. Teller, K. Palczewski, R. Stenkamp, Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2003, 32, 375-397.
22. J. Ballesteros, K. Palczewski, Curr. Opin. Drug Discovery Dev. 2001, 4, 561-574.
23. K. Palczewski, T. Kumasaka, T. Hori, C. A. Behnke, H. Motoshima, B. A. Fox, I. Le Trong, D. C. Teller, T. Okada, R. E. Stenkamp, M. Yamamoto, M. Miyano, Science 2000, 289, 739-745.
24. D. C. Teller, T. Okada, C. A. Behnke, K. Palczewski, R. E. Stenkamp, Biochemistry 2001, 40, 7761-7772.
25. V. Cherezov, D. M. Rosenbaum, M. A. Hanson, S. G. F. Rasmussen, F. S. Thian, T. S. Kobilka, H. J. Choi, P. Kuhn, W. I. Weis, B. K. Kobilka, R. C. Stevens, Science 2007, 318, 1258-1265.
26. D. M. Rosenbaum, V. Cherezov, M. A. Hanson, S. G. F. Rasmussen, F. S. Thian, T. S. Kobilka, H. J. Choi, Z. J. Yao, W. I. Weis, R. C. Stevens, B. K. Kobilka, Science 2007, 318, 1266-1273.
27. D. Salom, D. T. Lodowski, R. E. Stenkamp, I. L. Trong, M. Golczak, B. Jastrzebska, T. Harris, J. A. Ballesteros, K. Palczewski, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2006, 103, 16123-16128.
28. J. J. Lopez, A. K. Shukla, C. Reinhart, H. Schwalbe, H. Michael, C. Glaubitz, Angew. Chem. 2008, 120, 1548;
29. J. J. Lopez, A. K. Shukla, C. Reinhart, H. Schwalbe, H. Michael, C. Glaubitz, Angew. Chem. Int. Ed. 2008, 47, 1668-1671
30. S. Luca, J. F. White, A. K. Sohal, D. V. Filipov, J. H. van Boom, R. Grisshammer, M. Baldus, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2003, 100, 10706-10711.
31. S. N. Ha, P. J. Hey, R. W. Ransom, M. G. Bock, D. S. Su, K. L. Murphy, R. Chang, T. B. Chen, D. Pettibone, J. F. Hess, Biochemistry 2006, 45, 14355-14361.
32. U. Gether, Endocr. Rev. 2000, 21, 90-113.
33. J. D. Thompson, T. J. Gibson, F. Plewniak, F. Jeanmougin, D. G. Higgins, Nucleic. Acids Res. 1997, 25, 4876-4882.
34. J. A. Ballesteros, H. Weinstein, Methods Neurosci. 1995, 25, 366-428.
35. SYBYL 6.8 2002, Tripos Inc., 1699 South Hanley Road., St. Louis, MO 63144 (USA).
36. J. Marie, E. Richard, D. Pruneau, J. L. Paquet, C. Siatka, R. Larguier, C. Poncé, P. Vassault, T. Groblewski, B. Maigret, J. C. Bonnafous, J. Biol. Chem. 2001, 276, 41100-41111.
37. L. M. F. Leeb-Lundberg, D. S. Kang, M. E. Lamb, D. B. Fathy, J. Biol. Chem. 2001, 276, 8785-8792.
38. S. Meini, P. Cucchi, F. Bellucci, C. Catalani, A. Faiella, L. Rotondaro, L. Quartara, A. Giolitti, C. A. Maggi, Biochem. Pharmacol. 2004, 67, 601-609.
39. M. C. S. Herzig, N. R. Nash, M. Connolly, D. J. Kyle, L. M. F. Leeb-Lundberg, J. Biol. Chem. 1996, 271, 29 746-29 751.
40. A. Faussner, A. Bauer, I. Kalatskaya, S. Schussler, C. Seidl, D. Proud, M. Jochum, FEBS J. 2005, 272, 129-140.
41. S. Michineau, L. Muller, A. Pizard, F. Alhenc-Gelas, R. M. Rajerison, Biol. Chem. 2004, 385, 49-57.
42. A. Piserchio, V. Zelesky, J. Yu, L. Taylor, P. Polgar, D. F. Mierke, Biopolymers 2005, 80, 367-373.
43. A. Pizard, A. Blaukat, S. Michineau, I. Dikic, W. Muller-Esterl, F. Alhenc-Gelas, R. M. Rajerison, Biochemistry 2001, 40, 15743-15751.
44. S. Terrillon, M. Bouvier, EMBO Rep. 2004, 5, 30-34.
45. Y. Liang, D. Fotiadis, S. Filipek, D. A. Saperstein, K. Palczewski, A. Engel, J. Biol. Chem. 2003, 278, 21655-21662.
46. A. Blaukat, Andrologia 2003, 35, 17-23.
47. S. Michineau, F. Alhenc-Gelas, R. M. Rajerison, Biochemistry 2006, 45, 2699-2707.
48. P. M. Abadir, A. Periasamy, R. M. Carey, H. M. Siragy, Hypertension 2006, 48, 316-322.
49. M. R. Whorton, M. P. Bokoch, S. G. F. Rasmussen, B. Huang, R. N. Zare, B. Kobilka, R. K. Sunahara, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2007, 104, 7682-7687.
50. R. P. Bywater, J. Mol. Recognit. 2005, 18, 60-72.
51. P. Güntert, Prog. NMR Spectrosc. 2003, 43, 105-125.
52. K. Murzyn, T. Róg, G. Jezierski, Y. Takaoka, M. Pasenkiewicz-Gierula, Biophys. J. 2001, 81, 170-183.
53. D. A. Pearlman, D. A. Case, J. W. Caldwell, W. S. Ross, T. E. Cheatham III, S. DeBolt, D. Ferguson, G. Seibel, P. Kollman, Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 1-41.
54. J. P. Ryckaert, G. Ciccotti, H. J. C. Berendsen, J. Comp. Physiol. 1977, 23, 327-341.
55. U. Essmann, L. Perera, M. L. Berkowitz, T. Darden, H. Lee, L. G. Pedersen, J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577-8593.
56. S. J. Weiner, P. A. Kollmann, D. A. Case, U. C. Singh, C. Ghio, G. Alagona, S. J. Profeta, P. Weiner, J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 765-784.
57. W. L. Jorgensen, J. Chandrasekhar, J. D. Madura, R. W. Impey, M. L. Klein, J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935.
58. D. B. Fathy, S. A. Mathis, T. Leeb, L. M. Leeb-Lundberg, J. Biol. Chem. 1998, 273, 12210-12218.
59. G. V. Nikiforovich, G. R. Marshall, Biochemistry 2003, 42, 9110-9120.
60. G. Schertler, Curr. Opin. Struct. Biol. 2005, 15, 408-415.
61. A. K. Kusnetzow, C. Altenbach, W. L. Hubbell, Biochemistry 2006, 45, 5538-5550.
62. K. Werner, I. Lehner, H. K. Dhiman, C. Richter, C. Glaubitz, H. Schwalbe, J. Klein-Seetharaman, H. G. Khorana, J. Biomol. NMR 2007, 37, 303-312;
63. K. Werner, C. Richter, J. Klein-Seetharaman, H. Schwalbe, J. Biomol. NMR 2008, 40, 49-53;
64. J. Klein-Seetharaman, N. V. K. Yanamala, F. Javeed, P. J. Reeves, E. V. Getmanova, M. C. Loewen, H. Schwalbe, H. G. Khorana, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2004, 101, 3409-3413;
65. J. Klein-Seetharaman, P. J. Reeves, M. C. Loewen, E. V. Getmanova, J. Chung, H. Schwalbe, P. E. Wright, H. G. Khorana, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2002, 99, 3452-3457;
66. M. C. Loewen, J. Klein-Seetharaman, E. V. Getmanova, P. J. Reeves, H. Schwalbe, H. G. Khorana, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2001, 98, 4888-4892.
67. P. S. H. Park, D. T. Lodowski, K. Palczewski, Annu. Rev. Pharmacol. Toxicol. 2008, 48, 107-141.
68. P. R. Gouldson, N. J. Kidley, R. P. Bywater, G. Psaroudakis, H. D. Brooks, C. Diaz, D. Shire, C. A. Reynolds, Proteins Struct. Funct. Bioinf. 2004, 56, 67-84.
69. A. B. Patel, E. Crocker, P. J. Reeves, E. V. Getmanova, M. Eilers, H. Gobind Khorana, S. O. Smith, J. Mol. Biol. 2005, 347, 803-812.
70. H. Wei, S. Ahn, S. K. Shenoy, S. S. Karnik, L. Hunyady, L. M. Luttrell, R. J. Lefkowitz, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2003, 100, 10782-10787.
71. Y. H. Feng, Y. Ding, S. Ren, L. Zhou, C. Xu, S. S. Karnik, Hypertension 2005, 46, 419-425.
72. I. Kalatskaya, S. Schussler, A. Blaukat, W. Muller-Esterl, M. Jochum, D. Proud, A. Faussner, J. Biol. Chem. 2004, 279, 31268-31276.
73. J. M. Kim, C. Altenbach, M. Kono, D. D. Oprian, W. L. Hubbell, H. G. Khorana, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2004, 101, 12508-12513.
74. L. Shi, G. Liapakis, R. Xu, F. Guarnieri, J. A. Ballesteros, J. A. Javitch, J. Biol. Chem. 2002, 277, 40989-40996.
75. D. J. Kyle, S. Chakravarty, J. A. Sinsko, T. M. Stormann, J. Med. Chem. 1994, 37, 1347-1354.
76. H. Ottleben, M. Haasemann, R. Ramachandran, M. Gorlach, W. Muller-Esterl, L. R. Brown, Eur. J. Biochem. 1997, 244, 471-478.
77. C. Chatterjee, C. Mukhopadhay, Biopolymers 2005, 78, 197-205.
78. J. M. Baldwin, EMBO J. 1993, 12, 1693-1703.
79. D. Regoli, S. N. Allogho, A. Rizzi, F. Gobeil Jr., Eur. J. Pharmacol. 1998, 348, 1-10.
80. H. Heitsch, Curr. Med. Chem. 2002, 9, 913-928.