Calculating vibrational frequencies of amides: From formamide to concanavalin A

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn , Issue , 2004, Pages 998-1005

  Watson, Tim M ^a   Hirst, Jonathan D ^a  

^a UNIVERSITY OF NOTTINGHAM   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMIDE; CONCANAVALIN A; FORMAMIDE; PROTEIN;

ABSORPTION; AUTOMATION; CIRCULAR DICHROISM; CONFERENCE PAPER; CONFORMATION; INFRARED SPECTROSCOPY; MOLECULAR DYNAMICS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; PROTEIN STRUCTURE; VIBRATION; X RAY CRYSTALLOGRAPHY;

EID: 1642390891     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b312181j     Document Type: Article

References (35)

1. N. J. Greenfield Anal. Biochem., 1996, 235, 1.
2. H. Torii, M. Tasumi J. Chem. Phys., 1992, 96, 3379.
3. Z. Dang, J. D. Hirst Angew. Chem. Int. Ed., 2001, 40, 3619.
4. P. Wallimann, R. J. Kennedy, D. S. Kemp Angew. Chem. Int. Ed., 1999, 38, 1290.
5. J. Kubelka, T. A. Keiderling J. Am. Chem. Soc., 2001, 123, 6142.
6. S. Woutersen, P. Hamm J. Phys. Chem. B, 2000, 104, 11 316.
7. J. Bredenbeck, P. Hamm J. Chem. Phys., 2003, 119, 1569.
8. J. Bredenbeck, J. Halbing, R. Behrendt, C. Renner, L. Moroder, J. Wachtveitl, P. Hamm J. Phys. Chem. B, 2003, 107, 8654.
9. S. Gnanakaran, R. M. Hochstrasser J. Am. Chem. Soc., 2001, 123, 12 886.
10. T. A. Keiderling Curr. Opin. Chem. Biol., 2002, 6, 682.
11. T. M. Watson, J. D. Hirst J. Phys. Chem. A, 2002, 106, 7858.
12. A. P. Scott, L. Radom J. Phys. Chem., 1996, 100, 16 502.
13. R. D. Adamson, P. M. W. Gill, J. A. Pople Chem. Phys. Lett., 1998, 284, 6.
14. N. A. Besley, C. S. Colley, J. Yang, M. W. George, and P. M. W. Gill, in preparation, 2002
15. B. R. Brooks, R. E. Bruccoleri, B. D. Olafson, D. J. States, S. Swaminathan, M. Karplus J. Comput. Chem., 1983, 4, 187.
16. S. Krimm, Y. Abe Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 1972, 69, 2788.
17. J. H. Choi, S. Ham, M. Cho J. Chem. Phys., 2002, 117, 6821.
18. S. Y. Cha, S. H. Ham, M. H. Cho J. Chem. Phys., 2002, 117, 740.
19. R. Moritz, H. Fabian, U. Hahn, M. Diem, D. Naumann J. Am. Chem. Soc., 2002, 124, 6259.
20. T. M. Watson, J. D. Hirst J. Phys. Chem. A, 2003, 107, 6843.
21. J. Kong, C. A. White, A. I. Krylov, D. Sherrill, R. D. Adamson, T. R. Furlani, M. S. Lee, A. M. Lee, S. R. Gwaltney, T. R. Adams, C. Ochsenfeld, A. T. B. Gilbert, G. S. Kedziora, V. A. Rassolov, D. R. Maurice, N. Nair, Y. H. Shao, N. A. Besley, P. E. Maslen, J. P. Dombroski, H. Daschel, W. M. Zhang, P. P. Korambath, J. Baker, E. F. C. Byrd, T. Van Voorhis, M. Oumi, S. Hirata, C. P. Hsu, N. Ishikawa, J. Florian, A. Warshel, B. G. Johnson, P. M. W. Gill, M. Head-Gordon, J. A. Pople J. Comput. Chem., 2000, 21, 1532.
22. C. W. Murray, N. C. Handy, G. J. Laming Mol. Phys., 1993, 78, 997.
23. V. I. Lebedev Zh. Vychisl. Mat. Mat. Fiz., 1975, 15, 48.
24. C. A. White, J. Kong, D. R. Maurice, T. R. Adams, J. Baker, M. Challacombe, E. Schwegler, J. P. Dombroski, C. Ochsenfeld, M. Oumi, T. R. Furlani, J. Florian, R. D. Adamson, N. Nair, A. M. Lee, N. Ishikawa, R. L. Graham, A. Warshel, B. G. Johnson, P. M. W. Gill, and M. Head-Gordon, Q-Chem, Version 1.2, Pittsburgh, PA, 1998
25. W. Kabsch, C. Sander Biopolymers, 1983, 22, 2577.
26. F. M. Richards, B. Lee J. Mol. Biol., 1971, 55, 379.
27. S. J. Hubbard, Naccess, Version 2.1.1, Manchester, 1996
28. H. Torii, T. Tatsumi, M. Tasumi J. Raman Spectrosc., 1998, 29, 537.
29. S. Wi, P. Pancoska, T. A. Keiderling Biospectroscopy, 1998, 4, 93.
30. T. A. Keiderling, Protein data sets obtained from T. A. Keiderling’s website at http://www.uic.edu/labs/takgroup/
31. A. Barth Spectrochim. Acta, Sect. A, 2000, 56, 1223.
32. R. de Gelder, R. Wehrens, J. A. Hageman J. Comput. Chem., 2001, 22, 273.
33. J. D. Hirst, S. Bhattacharjee, A. V. Onufriev Faraday Discussions, 2002, 122, 253.
34. S. Ham, J. H. Kim, H. Lee, M. H. Cho J. Chem. Phys., 2003, 118, 3491.
35. J. W. Brauner, C. Dugan, R. Mendelsohn J. Am. Chem. Soc., 2000, 122, 677.