Improved molecular weight-based processing of intact proteins for interrogation by quadrupole-enhanced FT MS/MS

Journal of Proteome Research

Volumn 3, Issue 4, 2004, Pages 801-806

  Du, Yi ^a   Meng, Fanyu ^a   Patrie, Steven M ^a   Miller, Leah M ^a   Kelleher, Neil L ^a  

^a UNIVERSITY OF ILLINOIS AT URBANA CHAMPAIGN   (United States)

Author keywords

Capillary RPLC; Miniaturization; Q FTMS; Top down proteomics

Indexed keywords

ACID; SURFACTANT;

AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; AUTOANALYSIS; ELECTRONICS; FOURIER TRANSFORM MASS SPECTROMETRY; GEL ELECTROPHORESIS; HIGH THROUGHPUT SCREENING; ION CYCLOTRON RESONANCE MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR WEIGHT; NONHUMAN; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN PROCESSING; PROTEOMICS; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

AMINO ACID SEQUENCE; FOURIER ANALYSIS; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR SEQUENCE DATA; MOLECULAR WEIGHT; PROTEOME; SACCHAROMYCES CEREVISIAE PROTEINS;

EID: 4444270919     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr0499489     Document Type: Article

References (37)

1. Link, A. J.; Eng, J.; Schieltz, D. M.; Carmack, E.; Mize, G. J.; Morris, D. R.; Garvik, B. M.; Yates, J. R., 3rd. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 676-682.
2. Shen, Y.; Smith, R. D. Electrophoresis 2002, 23, 3106-3124.
3. Martin, S. E.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F.; Marto, J. A. Anal. Chem. 2000, 72, 4266-4274.
4. Shevchenko, A.; Jensen, O. N.; Podtelejnikov, A. V.; Sagliocco, F.; Wilm, M.; Vorm, O.; Mortensen, P.; Shevchenko, A.; Boucherie, H.; Mann, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 14 440-14 445.
5. Wilm, M.; Mann, M. Anal. Chem. 1996, 68, 1-8.
6. Zhu, K.; Kim, J.; Yoo, C.; Miller, F. R.; Lubman, D. M. Anal. Chem. 2003, 75, 6209-6217.
7. Qian, W. J.; Goshe, M. B.; Camp, D. G., 2nd.; Yu, L. R.; Tang, K.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2003, 75, 5441-5450.
8. Ficarro, S. B.; McCleland, M. L.; Stukenberg, P. T.; Burke, D. J.; Ross, M. M.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F.; White, F. M. Nat. Biotechnol. 2002, 20, 301-305.
9. McLachlin, D. T.; Chait, B. T. Anal. Chem. 2003, 75, 6826-6836.
10. Karty, J. A.; Ireland, M. M.; Brun, Y. V.; Reilly, J. P. J. Chromatogr. B Anal. Technol. Biomed. Life Sci. 2002, 782, 363-383.
11. Tabb, D. L.; Saraf, A.; Yates, J. R., 3rd. Anal. Chem. 2003, 75, 6415-6421.
12. Kelleher, N. L.; Lin, H. Y.; Valaskovic, G. A.; Aaserud, D. J.; Fridriksson, E. K.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 806-812.
13. Opiteck, G. J.; Lewis, K. C.; Jorgenson, J. W.; Anderegg, R. J. Anal. Chem. 1997, 69, 1518-1524.
14. Isobe, T.; Uchida, K.; Taoka, M.; Shinkai, F.; Manabe, T.; Okuyama, T. J. Chromatogr. 1991, 588, 115-123.
15. Wagner, K.; Miliotis, T.; Marko-Varga, G.; Bischoff, R.; Unger, K. K. Anal. Chem. 2002, 74, 809-820.
16. Opiteck, G. J.; Jorgenson, J. W.; Anderegg, R. J. Anal. Chem. 1997, 69, 2283-2291.
17. Wall, D. B.; Kachman, M. T.; Gong, S. S.; Parus, S. J.; Long, M. W.; Lubman, D. M. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2001, 15, 1649-1661.
18. Chong, B. E.; Yan, F.; Lubman, D. M.; Miller, F. R. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2001, 15, 291-296.
19. Yang, L.; Lee, C. S.; Hofstadler, S. A.; Pasa-Tolic, L.; Smith, R. D. Anal. Chem. 1998, 70, 3235-3241.
20. Jensen, P. K.; Pasa-Tolic, L.; Peden, K. K.; Martinovic, S.; Lipton, M. S.; Anderson, G. A.; Tolic, N.; Wong, K. K.; Smith, R. D. Electrophoresis 2000, 21, 1372-1380.
21. Lee, S. W.; Berger, S. J.; Martinovic, S.; Pasa-Tolic, L.; Anderson, G. A.; Shen, Y.; Zhao, R.; Smith, R. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 5942-5947.
22. Li, W.; Hendrickson, C. L.; Emmett, M. R.; Marshall, A. G. Anal. Chem. 1999, 71, 4397-4402.
23. Meng, F.; Cargile, B. J.; Miller, L. M.; Forbes, A. J.; Johnson, J. R.; Kelleher, N. L. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 952-957.
24. Jaeger, D. A.; Jamrozik, J.; Golich, T. G.; Clennan, M. W.; Mohebalian, J. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 3001-3006.
25. Zeller, M.; Katalinic, J. P.; Bouvier, E. S. P.; Koenig, S. Proceedings of the 49th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, Chicago, Illinois 2001.
26. Sechi, S.; Chait, B. T. Anal. Chem. 1998, 70, 5150-5158.
27. Meng, F.; Cargile, B. J.; Patrie, S. M.; Johnson, J. R.; McLoughlin, S. M.; Kelleher, N. L. Anal. Chem. 2002, 74, 2923-2929.
28. Hendrickson, C. L.; Quinn, J. P.; Emmett, M. R.; Marshall, A. G. Proceedings of the 48th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, Long Beach, California 2000.
29. Senko, M. W.; Canterbury, J. D.; Guan, S.; Marshall, A. G. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1996, 10, 1839-1844.
30. Horn, D. M.; Zubarev, R. A.; McLafferty, F. W. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2000, 11, 320-332.
31. Johnson, J. R.; Meng, F.; Forbes, A. J.; Cargile, B. J.; Kelleher, N. L. Electrophoresis 2002, 23, 3217-3223.
32. Marshall, A. G.; Wang, T. C. L.; Ricca, T. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 7893-7897.
33. Little, D. P.; Speir, J. P.; Senko, M. W.; O'Connor, P. B.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 1994, 66, 2809-2815.
34. Taylor, G. K.; Kim, Y. B.; Forbes, A. J.; Meng, F.; McCarthy, R.; Kelleher, N. L. Anal. Chem. 2003, 75, 4081-4086.
35. Gomez, S. M.; Nishio, J. N.; Faull, K. F.; Whitelegge, J. P. Mol. Cell Proteomics 2002, 1, 46-59.
36. Palmblad, M.; Tsybin, Y. O.; Ramstrom, M.; Bergquist, J.; Hakansson, P. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2002, 16, 988-992.
37. Davidson, W.; Frego, L. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2002, 16, 993-998.