Protein folding, unfolding and aggregation studied using an all-atom model with a simplified interaction potential

Lecture Notes in Physics

Volumn 736, Issue , 2008, Pages 269-291

  Irbäck, Anders ^a  

^a LUND UNIVERSITY   (Sweden)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 37449016413     PISSN: 00758450     EISSN: None     Source Type: Book Series    
DOI: 10.1007/978-3-540-74029-2_10     Document Type: Article

References (83)

1. C. Brändén, J. Tooze: Introduction to Protein Structure (Garland, New York, 1991)
2. H. J. Dyson, P. E. Wright: Curr. Opin. Struct. Biol. 12, 54 (2002)
3. A. K. Dunker, J. D. Lawson, C. J. Brown, R. M. Williams, P. Romero, J. S. Oh, C. J. Oldfield, A.M. Campen, C. R. Ratliff, K. W. Hipps, J. Ausio, M. S. Nissen, R. Reeves, C. H. Kang, C. R. Kissinger, R. W. Bailey, M. D. Griswold, M. Chiu, E. C. Garner, Z. Obradovic: J. Mol. Graph. Modell. 19, 26 (2001)
4. C. M. Dobson: Nature 426, 884 (2003)
5. H. S. Chan, H. Kaya, S. Shimizu: Computational methods for protein folding: Scaling a hierarchy of complexities. In Current Topics in Computational Molecular Biology, edited by T. Jiang, Y. Xu, M. Q. Zhang (MIT press, Cambridge, Massachusetts, USA, 2002), pp. 403-447
6. J. M. Wang, P. Cieplak, P. A. Kollman: J. Comput. Chem. 21, 1049 (2000)
7. A. D. MacKerell, D. Bashford, M. Bellott, R. L. Dunbrack, J. D. Evanseck, M. J. Field, S. Fischer, J. Gao, H. Guo, S. Ha, D. Joseph-McCarthy, L. Kuchnir, K. Kuczera, F. T. K. Lau, C. Mattos, S. Michnick, T. Ngo, D. T. Nguyen, B. Prodhom, W. E. Reiher, B. Roux, M. Schlenkrich, J. C. Smith, R. Stote, J. Straub, M. Watanabe, J. Wiorkiewicz-Kuczera, D. Yin, M. Karplus: J. Phys. Chem. B 102, 3586 (1998)
8. U. Stocker, W. F. van Gunsteren: Proteins 40, 145 (2000)
9. G. Kaminski, W. L. Jorgensen: J. Phys. Chem. 100, 18010 (1996)
10. T. Yoda, Y. Sugita, Y. Okamoto: Chem. Phys. 307, 269 (2004)
11. A. Irbäck, B. Samuelsson, F. Sjunnesson, S. Wallin: Biophys. J. 85 1466 (2003)
12. A. Irbäck, F. Sjunnesson: Proteins 56, 110 (2004)
13. A. Irbäck, S. Mohanty: Biophys. J. 88, 1560 (2005)
14. A. G. Cochran, N. J. Skelton, M. A. Starovasnik: Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98, 5578 (2001)
15. G. Favrin, A. Irbäck, S. Mohanty: Biophys. J. 87, 3657 (2004); erratum 89, 754 (2005)
16. A. Irbäck, S. Mitternacht, S. Mohanty: Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102, 13427 (2005)
17. A. Irbäck, S. Mitternacht: Proteins 65, 759 (2006)
18. G. Chikenji, Y. Fujitsuka, S. Takada: Proc. Natl. Acad. Sci. USA 103 3141 (2006)
19. G. N. Ramachandran, V. Sasisekharan: Adv. Protein Chem. 23, 283 (1968)
20. J. W. Neidigh, R. M. Fesinmeyer, N. H. Andersen: Nat. Struct. Biol. 9 425 (2002)
21. L. R. Dodd, T. D. Boone, D. N. Theodorou: Mol. Phys. 78, 961 (1993)
22. G. Favrin, A. Irbäck, F. Sjunnesson: J. Chem. Phys. 114, 8154 (2001)
23. U. H. E. Hansmann, Y. Okamoto: Curr. Opin. Struct. Biol. 9, 177 (1999)
24. A. P. Lyubartsev, A. A. Martsinovski, S. V. Shevkunov, P. N. Vorontsov-Velyaminov: J. Chem. Phys. 96, 1776 (1992)
25. E. Marinari, G. Parisi: Europhys. Lett. 19, 451 (1992)
26. A. Irbäck, F. Potthast: J. Chem. Phys. 103, 10298 (1995)
27. A. Irbäck, S. Mohanty: J. Comput. Chem. 27, 1548 (2006)
28. D. J. Lockhart, P. S. Kim: Science 260, 198 (1993)
29. F. J. Blanco, G. Rivas, L. Serrano: Nat. Struct. Biol. 1, 584 (1994)
30. R. M. Fesinmeyer, F. M. Hudson, N. H. Andersen: J. Am. Chem. Soc. 126 7238 (2004)
31. T. Kortemme, M. Ramírez-Alvarado, L. Serrano: Science 281, 253 (1998)
32. M. López de la Paz, E. Lacroix, M. Ramírez-Alvarado, L. Serrano: J. Mol. Biol. 312, 229 (2001)
33. R. Sayle, E. J. Milner-White: Trends Biochem. Sci. 20, 374 (1995)
34. C. D. Snow, B. Zagrovic, V. S. Pande: J. Am. Chem. Soc. 124, 14548 (2002)
35. C. Simmerling, B. Strockbine, A. E. Roitberg: J. Am. Chem. Soc. 124 11258 (2002)
36. J. W. Pitera, W. Swope: Proc. Natl. Acad. Sci. USA 100, 7587 (2003)
37. R. Zhou: Proc. Natl. Acad. Sci. USA 100, 13280 (2003)
38. A. Schug, W. Wenzel, U. H. E. Hansmann: J. Chem. Phys. 122, 194711 (2005)
39. S. Williams, T. P. Causgrove, R. Gilmanshin, K. S. Fang, R. H. Callender, W. H. Woodruff, R. B. Dyer: Biochemistry 35, 691 (1996)
40. P. A. Thompson, W. A. Eaton, J. Hofrichter: Biochemistry 36, 9200 (1997)
41. J. A. Vila, D. R. Ripoll, H. A. Scheraga: Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97, 13075 (2000)
42. A. E. García, K. Y. Sanbonmatsu: Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99, 2782 (2002)
43. H. Nymeyer, A. E. García: Proc. Natl. Acad. Sci. USA 100, 13934 (2003)
44. D. Roccatano, A. Amadei, A. Di Nola, H. J. C. Berendsen: Protein Sci. 8, 2130 (1999)
45. V. S. Pande, D. S. Rokhsar: Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96, 9062 (1999)
46. A. R. Dinner, T. Lazaridis, M. Karplus: Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96 9068 (1999)
47. A. E. García, K. Y. Sanbonmatsu: Proteins 42, 345 (2001)
48. B. Zagrovic, E. J. Sorin, V. Pande: J. Mol. Biol. 313, 151 (2001)
49. R. Zhou, B. J. Berne, R. Germain: Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98, 14931 (2001)
50. E. Kussell, J. Shimada, E. I. Shakhnovich: Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99, 5343 (2002)
51. R. Zhou: Proteins 53, 148 (2003)
52. P. G. Bolhuis: Proc. Natl. Acad. Sci. USA 14, 12129 (2003)
53. G. Wei, N. Mousseau, P. Derreumaux: Proteins 56, 464 (2004)
54. P. H. Nguyen, G. Stock, E. Mittag, C.K. Hu, M.S. Li: Proteins 61, 795 (2005)
55. V. Muñoz, P.A. Thompson, J. Hofrichter, W.A. Eaton: Nature 390, 196 (1997)
56. A. M. Gronenborn, D. R. Filpula, N. Z. Essig, A. Achari, M. Whitlow, P. T. Wingfield, G. M. Clore: Science 253, 657 (1991)
57. B. D. Bursulaya, C. L. Brooks III: J. Am. Chem. Soc. 121, 9947 (1999)
58. G. Colombo, D. Roccatano, A. E. Mark: Proteins 46, 380 (2002)
59. S. Y. Kim, J. Lee, J. Lee: J. Chem. Phys. 120, 8271 (2004)
60. J. C. Rochet, P. T. Lansbury Jr.: Curr. Opin. Struct. Biol. 10, 60 (2000)
61. J. J. Balbach, Y. Ishii, O. N. Antzutkin, R. D. Leapman, N. W. Rizzo, F. Dyda, J. Reed, R. Tycko: Biochemistry 39, 13748 (2000)
62. L. O. Tjernberg, J. Näslund, F. Lindqvist, J. Johansson, A. R. Karlström, J. Thyberg, L. Terenius, C. Nordstedt: J. Biol. Chem. 271, 8545 (1996)
63. B. Ma, R. Nussinov: Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99, 14126 (2002)
64. D. K. Klimov, D. Thirumalai: Structure 11, 295 (2003)
65. S. Santini, N. Mousseau, P. Derreumaux: J. Am. Chem. Soc. 126, 11509 (2004)
66. S. Gnanakaran, R. Nussinov, A. E. García: J. Am. Chem. Soc. 128 2158 (2006)
67. M. Sunde, C. Blake: Adv. Protein Chem. 50, 123 (1997)
68. D. J. Gordon, J. J. Balbach, R. Tycko, S. C. Meredith: Biophys. J. 86 428 (2004)
69. M. P. Lambert, A. K. Barlow, B. A. Chromy, C. Edwards, R. Freed, M. Liosatos, T. E. Morgan, I. Rozovsky, B. Trommer, K. L. Viola, P. Wals, C. Zhang, C. E. Finch, G. A. Krafft, W. L. Klein: Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95, 6448 (1998)
70. D. M. Walsh, D. M. Hartley, Y. Kusumoto, Y. Fezoui, M. M. Condron, A. Lomakin, G. B. Benedek, D. J. Selkoe, D. B. Teplow: J. Biol. Chem. 274, 25945 (1999)
71. D. M. Walsh, I. Klyubin, J. V. Fadeeva, W. K. Cullen, R. Anwyl, M. S. Wolfe, M. J. Rowan, D. J. Selkoe: Nature 416, 535 (2002)
72. M. Schlierf, H. Li, J. M. Fernandez: Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101 7299 (2004)
73. G. Cornilescu, J. L. Marquardt, M. Ottiger, A. Bax: J. Am. Chem. Soc. 120, 6836 (1998)
74. F. Cordier, S. Grzesiek: J. Mol. Biol. 317, 739 (2002)
75. H. S. Chung, M. Khalil, A. W. Smith, Z. Ganim, A. Tokmakoff: Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102, 612 (2005)
76. H. M. Went, S. E. Jackson: Protein Eng. Des. Sel. 18, 229 (2005)
77. B. A. Krantz, R. S. Dothager, T. R. Sosnick: J. Mol. Biol. 337, 463 (2004)
78. P. C. Li, D. E. Makarov: J. Chem. Phys. 121, 4826 (2004)
79. H. Lu, K. Schulten: Biophys. J. 79, 51 (2000)
80. S. B. Fowler, R. B. Best, J. L. T. Herrera, T. J. Rutherford, A. Steward, E. Paci, M. Karplus, J. Clarke: J. Mol. Biol. 322, 841 (2002)
81. R. Rohs, C. Etchebest, R. Lavery: Biophys. J. 76, 2760 (1999)
82. D. J. Brockwell, E. Paci, R. C. Zinober, G. S. Beddard, P. D. Olmsted, D. A. Smith, R. N. Perham, S. E. Radford: Nat. Struct. Biol. 10, 731 (2003)
83. M. Cieplak, J. Sudlkowska: J. Chem. Phys. 123, 194908 (2005)