On the nature of DNA-duplex stability

Chemistry - A European Journal

Volumn 13, Issue 10, 2007, Pages 2983-2989

  Řezáč, Jan ^a   Hobza, Pavel ^a  

^a INSTITUTE OF ORGANIC CHEMISTRY AND BIOCHEMISTRY   (Czech Republic)

Author keywords

Ab initio calculations; Density functional calculations; DNA stability; Hydrogen bonds; Solvation energy

Indexed keywords

DENSITY FUNCTIONAL THEORY; FREE ENERGY; HYDROGEN BONDS; SOLVATION;

DISPERSION ENERGY; DNA STABILITY; INTRAMOLECULAR STACKING ENERGIES;

DNA;

DNA;

ALGORITHM; ARTICLE; BINDING SITE; CHEMISTRY; CONFORMATION; HYDROGEN BOND; THERMODYNAMICS;

ALGORITHMS; BINDING SITES; DNA; HYDROGEN BONDING; NUCLEIC ACID CONFORMATION; THERMODYNAMICS;

EID: 34250663391     PISSN: 09476539     EISSN: 15213765     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/chem.200601120     Document Type: Article

References (19)

1. P. Jurecka, P. Hobza, J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 15608-15613.
2. I. Dabkowska, H. V. Gonzalez, P. Jurecka, P. Hobza, J. Phys. Chem. A 2005, 109, 1131-1136.
3. M. J. Doktycz, M. D. Morris, S. J. Dormady, K. L. Beattie, J. Biol. Chem. 1995, 270, 8439-8445.
4. K. J. Breslauer, R. Frank, H. Blocker, L. A. Marky, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1986, 83, 3746-3750.
5. P. Jurecka, J. Sponer, J. Cerny, P. Hobza, Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 1985-1993.
6. M. Elstner, P. Hobza, T. Frauenheim, S. Suhai, E. Kaxiras, J. Chem. Phys. 2001, 114, 5149-5155.
7. M. Orozco, F. J. Luque, Chem. Rev. 2001, 101, 203-203.
8. D. A. Case, D. A. Pearlman, J. W. Caldwell, T. E. Cheatham, J. Wang, W. S. Ross, C. L. Simmerling, T. A. Darden, K. M. Merz, R. V. Stanton, A. L. Cheng, J. J. Vincent, M. Crowley, V. Tsui, H. Gohlke, R. J. Radmer, Y. Duan, J. Pitera, I. Massova, G. L. eibel. U. C. Singh, P. K. Weiner, P. A. Kollman in AMBER 7. University of California, San Francisco, 2002.
9. W. D. Cornell, P. Cieplak, C. I. Bayly, I. R. Gould, K. M. Merz, D. M. Ferguson, D. C. Spellmeyer, T. Fox, J. W. Caldwell, P. A. Kollman, J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 2309-2309.
10. W. C. Still, A. Tempczyk, R. C. Hawley, T. Hendrickson. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 6127-6129.
11. G. D. Hawkins, C. J. Cramer, D. O. Truhlar, J. Phys. Chem. 1996, 100, 19824-19839.
12. J. Srinivasan, M. W. Trevathan, P. Beroza, D. A. Case, Theor. Chem. Acc. 1999, 101, 426-434.
13. P. Jurecka, J. Cerny, P. Hobza, D. R. Salahub, J. Comput. Chem. 2006. in press.
14. K. Eichkorn, O. Treutier, H. Ohm, M. Haser, R. Ahlrichs, Chem. Phys. Lett. 1995, 240, 283-289.
15. R. Ahlrichs, M. Bar, M. Haser, H. Horn, C. Kolmel, Chem. Phys. Lett. 1989, 162, 165-169.
16. V. Barone, M. Cossi, J. Phys. Chem. A 1998, 102, 1995-2001.
17. Gaussian 03, Revision C.02, M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Checseman, J. A. Montgomery, Jr., T. Vreven, K. N. Kudin J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. lyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G.A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Kiene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth. P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill. B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez, J. A. Pople, Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2004.
18. J. Petruska, M. F. Goodman. J. Biol. Chem. 1995, 270, 746-750.
19. P. Hobza, J. Sponer, Chem. Rev. 1999, 99, 3247-3276.