Semi-empirical molecular orbital methods including dispersion corrections for the accurate prediction of the full range of intermolecular interactions in biomolecules

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 9, Issue 19, 2007, Pages 2362-2370

  McNamara, Jonathan P ^a   Hillier, Ian H ^a  

^a UNIVERSITY OF MANCHESTER   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

NUCLEIC ACID; NUCLEOTIDE; PROTEIN;

ARTICLE; BASE PAIRING; CHEMICAL MODEL; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; CONFORMATION; ELECTRICITY; ENERGY TRANSFER; HYDROGEN BOND; HYDROPHOBICITY; QUANTUM THEORY; THERMODYNAMICS;

BASE PAIRING; ELECTROSTATICS; ENERGY TRANSFER; HYDROGEN BONDING; HYDROPHOBICITY; MODELS, CHEMICAL; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR CONFORMATION; NUCLEIC ACIDS; NUCLEOTIDES; PROTEINS; QUANTUM THEORY; THERMODYNAMICS;

EID: 34347273004     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b701890h     Document Type: Article

References (50)

1. P. Jurečka J. Šponer J. Černy P. Hobza Phys. Chem. Chem. Phys. 2006 8 1985
2. P. E. M. Siegbahn J. Biol. Inorg. Chem. 2006 11 695
3. J. Gao X. Xia Science 1992 258 631
4. M. J. Field M. Basch M. Karplus J. Comput. Chem. 1990 11 700
5. F. Maseras K. Morokuma J. Comput. Chem. 1995 16 1170
6. G. Tresadern H. Wang P. Faulder N. A. Burton I. H. Hillier Mol. Phys. 2003 101 2775
7. C. Alhambra M. Luz Sanchez J. Corchado J. Gao D. G. Truhlar Chem. Phys. Lett. 2001 347 512
8. M. J. S. Dewar W. Thiel J. Am. Chem. Soc. 1977 99 4899
9. M. J. S. Dewar E. G. Zoebisch E. F. Healy J. J. P. Stewart J. Am. Chem. Soc. 1993 115 5348
10. J. J. P. Stewart J. Comput. Chem. 1989 10 209
11. J. J. P. Stewart J. Comput. Chem. 1989 10 221
12. J. J. P. Stewart J. Comput. Chem. 1991 12 320
13. J. J. P. Stewart J. Mol. Model. 2004 10 155
14. W. Thiel A. A. Voityuk Theor. Chim. Acta 1992 81 391
15. W. Thiel A. A. Voityuk Theor. Chim. Acta 1996 93 315
16. W. Thiel A. A. Voityuk J. Phys. Chem. 1996 100 616
17. I. Rossi D. G. Truhlar Chem. Phys. Lett. 1995 233 231
18. S. Grimme J. Comput. Chem. 2004 25 1463
19. Y. Zhao D. G. Truhlar J. Chem. Theory Comput. 2007 3 289
20. Y. Zhao D. G. Truhlar J. Phys. Chem. A 2005 109 5656
21. Y. Zhao D. G. Truhlar Phys. Chem. Chem. Phys. 2005 7 2701
22. S. Grimme J. Comput. Chem. 2006 27 1787
23. H. Valdés D. Řeha P. Hobza J. Phys. Chem. B 2006 110 6385
24. P. Dobeš M. Otyepka M. Strnad P. Hobza Chem.-Eur. J. 2006 12 4297
25. T. J. Giese E. C. Sherer C. J. Cramer D. M. York J. Chem. Theory Comput. 2005 1 1275
26. G. I. Csonka J. G. Ángyán J. Mol. Struct. (Theochem) 1997 393 31
27. M. P. Repasky J. Chandrasekhar W. L. Jorgensen J. Comput. Chem. 2002 23 1601
28. A. A. Voityuk N. Rösch J. Phys. Chem. A 2000 104 4089
29. J. P. McNamara M. Sundararajan I. H. Hillier J. Ge A. Campbell C. Morgado J. Comput. Chem. 2006 27 1307
30. M. Mohr J. P. McNamara H. Wang S. A. Rajeev J. Ge C. Morgado I. H. Hillier Faraday Discuss. 2003 124 413
31. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery, Jr, T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez and J. A. Pople, GAUSSIAN 03, (Revision C.02), Gaussian Inc., Wallingford CT, 2004
32. P. Winget A. H. C. Horn C. Selçuki B. Martin T. Clark J. Mol. Model. 2003 9 408
33. P. Winget T. Clark J. Mol. Model. 2005 11 439
34. J. Šponer P. Jurečka I. Marchan F. Javier Luque M. Orozco P. Hobza Chem.-Eur. J. 2006 12 2854
35. A. Pérez J. Šponer P. Jurečka P. Hobza F. Javier Luque M. Orozco Chem.-Eur. J. 2005 11 5062
36. P. Jurečka P. Hobza J. Am. Chem. Soc. 2003 125 15608
37. J. Šponer P. Jurečka P. Hobza J. Am. Chem. Soc. 2004 126 10142
38. J. Šponer P. Jurečka P. Hobza J. Phys. Chem. B 2004 108 5466
39. I. Da̧bkowska H. V. Gonzalez P. Jurečka P. Hobza J. Phys. Chem. A 2005 109 1131
40. J. Vondrášek L. Bendová V. Klusák P. Hobza J. Am. Chem. Soc. 2005 127 2615
41. C. Morgado M. A. Vincent I. H. Hillier X. Shan Phys. Chem. Chem. Phys. 2007 9 448
42. J. Anthony S. Grimme Phys. Chem. Chem. Phys. 2006 8 5287
43. P. Jurečka J. Černy P. Hobza D. R. Salahub J. Comput. Chem. 2007 28 555
44. L. C. Jitariu H. Wang I. H. Hillier M. J. Pilling Phys. Chem. Chem. Phys. 2001 3 2459
45. J. P. McNamara A.-M. Muslim H. Abdel-Aal H. Wang M. Mohr I. H. Hillier Chem. Phys. Lett. 2004 394 429
46. J. P. McNamara M. Sundararajan I. H. Hillier J. Mol. Graphics Modell. 2005 24 128
47. I. Juranic H. S. Rzepa M. Yi J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 1990 877
48. C. Adamo V. Barone J. Chem. Phys. 1998 108 664
49. J. P. Perdew K. Burke Y. Wang Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 1996 54 16533
50. R. E. Easton D. J. Giesen A. Welch C. J. Cramer D. G. Truhlar Theor. Chem. Acc. 1996 93 281