Structure of isolated tryptophyl-glycine dipeptide and tryptophyl-glycyl- glycine tripeptide: Ab initio SCC-DFTB-D molecular dynamics simulations and high-level correlated ab initio quantum chemical calculations

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 110, Issue 12, 2006, Pages 6385-6396

  Valdés, Haydee ^a   Řeha, David ^a   Hobza, Pavel ^a  

^a INSTITUTE OF ORGANIC CHEMISTRY AND BIOCHEMISTRY   (Czech Republic)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CONFORMATIONS; FREE ENERGY; INFRARED RADIATION; MOLECULAR DYNAMICS; QUANTUM THEORY; STATISTICAL METHODS;

AB INITIO QUANTUM CHEMICAL CALCULATIONS; DISPERSION ENERGY; GAS-PHASE CONFORMERS;

AMINO ACIDS;

EID: 33645821707     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp057425y     Document Type: Article

References (38)

1. Řeha, D.; Valdés, H.; Vondrášek, J.; Hobza, P.; Abu-Riziq, A.; Crews, B.; de Vries, M. S. Chem. Ear. J. 2005, 11, 6803-6817.
2. Řeha, D.; Kabeláč, M.; Ryjáček, F.; Šponer, J.; Šponer, J. E.; Elstner, M.; Suhai, S.; Hobza, P. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 3366-3376.
3. Snoek, L. C.; Robertson, E. G.; Kroemer, R. T.; Simons, J. P. Chem. Phys. Lett. 2000, 321, 49-56.
4. Robertson, E. G.; Simons, J. P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2001, 3, 1-1819.
5. Grâce, L. I.; Cohen, R.; Dunn, T. M.; Lubman, D. M.; de Vries, M. S. J. Mol. Spectrosc. 2002, 215, 204-219.
6. Kovacevic, B.; Rozman, M.; Klasinc, L.; Srzic, D.; Maksic Z. B.; Yanez, M J. Phys. Chem. A. 2005, 709, 8329-8335.
7. Cohen, R.; Brauer, B.; Nir, E.; Grace, L. de Vries, M. S. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 6351-6355.
8. Kapota, C.; Ohanessian, G. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 3744-3755.
9. Cable, J. R.; Tubergen, M. J.; Levy, D. H. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 7349-7355.
10. Hunig, L; Kleinermanns, K Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 2650-2658.
11. Bakker, J. M.; Plützer, C.; Hünig, L; Häber, T.; Compagnon, I.; von Helden, G.; Meijer, G.; Kleinermanns, K. Chem. Phys. Chem. 2005, 6, 120-128.
12. Brauer, B.; Gerber, R.; Kabelac, M.; Hobza, P.; Bakker, J. M.; Abu-Riziq, A.; de Vries, M. S. J. Chem. Phys. A 2005, 109, 6974-6984.
13. Elstner, M.; Hobza, P.; Frauenheim, T.; Suhai, S.; Kaxiras, E. J. Chem. Phys. 2001, 114, 5149-5155.
14. Elstner, M.; Frauenheim, T.; Kaxiras, E.; Seifert, G.; Suhai, S. Phys. Status Solidi B-Basic Res. 2000, 277, 357-376.
15. Ryjâcek, F.; Engkwist, O.; Vacek, J.; Kratochviĺ, M.; Hobza, P. J. Phys. Chem. A 2001, 705, 1197-1202.
16. Feyereisen, M.; Fitzgerald, G.; Komornicki, A. Chem. Phys. Lett. 1993, 208, 359-363.
17. Vahtras, O.; Almlöf, J.; Feyereisen, M. W. Chem. Phys. Lett. 1993, 213, 514-518.
18. Bernholdt, D. E.; Harrison, R. J. Chem. Phys. Lett. 1996, 250,477-484.
19. Dunning, T. H., Jr. J. Chem. Phys. 1989, 90, 1007-1023.
20. Kendall, R. A.; Dunning, T. H., Jr. J. Chem. Phys. 1992, 96, 6796-6806.
21. Halkier, A.; Helgaker, T.; Jørgensen, P.; Klopper, W.; Koch, H.; Olsen, J.; Wilson, A. K. Chem. Phys. Lett. 1998, 286, 243-252.
22. Jurečka, P.; Hobza, P. Chem. Phys. Lett. 2002, 365, 89-94.
23. Hobza, P.; Šponer, J. J. Am. Chem. Soc. 2002, 724, 11802.
24. Da̧bkowska, I.; Valdés-González, H.; Jurečka, P.; Hobza, P. J. Phys. Chem. A 2005, 709, 1131-1136.
25. Tao, J.; Perdew, J. P.; Staroverov, V. N.; Scuseria, G. E. Phys. Rev. Lett. 2003, 97, 146401.
26. Becke, A. D. Phys. Rev. A 1988, 38, 3098-3100.
27. Ahlrichs, R.; Bär, M.; Häser, M.; Horn, H.; Kölmel C. Chem. Phys. Lett. 1989, 162, 165-169.
28. MOLPRO, a package of ab initio programs designed by H.-J. Werner and P. J. Knowles, version 2002.1. Amos, R. D.; Bernhardsson, A.; Berning A.; Celani, P.; Cooper, D. L.; Deegan, M. J. O.; Dobbyn, A. J.; Eckert, F.; Hampel, C.; Hetzer, G.; Knowles, P. J.; Korona, T.; Lindh, R.; Lloyd, A. W.; McNicholas, S. J.; Manby, F. R.; Meyer, W.; Mura, M. E.; Nicklass, A.; Palmieri, P.; Pitzer, R.; Rauhut, G.; Schütz, M.; Schumann, U.; Stoll, H.; Stone, A. J.; Tarroni, R.;; Thorsteinsson, T.; Werner. H.-J. University College Cardiff Consultants, Ltd.: Cardiff, 2002.
29. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Kiene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, L; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, revision C.02; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
30. Chocholoušová, J.; Špirko, V.; Hobza, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 37-41.
31. Poulain, P.; Antoine, R.; Broyer, M.; Dugourd, P. Chem. Phys. Lett. 2005,401, 1-3.
32. Abo-Riziq, A.; Grace, L.; Nir, E.; Kabeláč, M.; Hobza, P.; de Vries, M. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 702, 20-23.
33. Sobolewski, A. L.; Domcke W. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 2763-2771.
34. Leasrri, A.; Cocinero, E. J.; Lopez, J. C; Alonso, J. L. Chem. Phys. Chem. 2005, 6, 1559-1566.
35. Dian, B. C.; Longarte, A.; Zwier, T. S. J. Chem. Phys. 2003,118, 2696-2706.
36. Godfrey, P. D.; Brown, R. D. J. Am. Chem. Soc. 1998,120, 10724-10732.
37. Hobza, P.; Šponer, J. J. Chem. Rev. 1999, 99, 3247-3276.
38. Vondrášek, J.; Bendová, L.; Klusák, V.; Hobza, P. J. Am. Chem. Soc. 2005, 727, 2615-2619.