Surface immobilization of catalytic beacons based on ratiometric fluorescent DNAzyme sensors: A systematic study

Langmuir

Volumn 23, Issue 18, 2007, Pages 9513-9521

  Wernette, Daryl P ^a   Mead, Carolyn ^a   Bohn, Paul W ^b   Lu, Yi ^a  

^a UNIVERSITY OF ILLINOIS AT URBANA CHAMPAIGN   (United States)

^b University of Notre Dame

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DNA; ENZYME IMMOBILIZATION; FLUORESCENCE; MOLECULAR DYNAMICS; PORE SIZE; SODIUM CHLORIDE;

BACKFILLING MOLECULES; CATALYTIC BEACONS; ENZYMATIC ACTIVITY; NANOCAPILLARY ARRAY MEMBRANES (NCAMS);

CHEMICAL SENSORS;

DEOXYRIBOZYME; IMMOBILIZED ENZYME; SODIUM CHLORIDE;

ARTICLE; CATALYSIS; GENETIC PROCEDURES; METABOLISM; METHODOLOGY; MOLECULAR PROBE; POROSITY; SURFACE PROPERTY; TIME;

BIOSENSING TECHNIQUES; CATALYSIS; DNA, CATALYTIC; ENZYMES, IMMOBILIZED; MOLECULAR PROBES; POROSITY; SODIUM CHLORIDE; SURFACE PROPERTIES; TIME FACTORS;

EID: 34548526017     PISSN: 07437463     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/la701303k     Document Type: Article

References (75)

1. Tyagi, S.; Kramer, F. R. Nat. Biotechnol. 1996, 14, 303-308.
2. Du, H.; Disney, M. D.; Miller, B. L.; Krauss, T. D. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 4012-4013.
3. Du, H.; Strohsahl, C. M.; Camera, J.; Miller, B. L.; Krauss, T. D. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 7932.
4. Fang, X.; Liu, X.; Schuster, S.; Tan, W. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 2921-2922.
5. Rajendran, M.; Ellington, A. D. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 5700-5713.
6. Nutiu, R.; Mei, S.; Liu, Z.; Li, Y. Pure Appl. Chem. 2004, 76, 1547-1561.
7. Nutiu, R.; Li, Y. Chem.-Eur. J. 2004, 10, 1868-1876.
8. Mei, S. H. J.; Liu, Z.; Brennan, J. D.; Li, Y. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 412-420.
9. Nutiu, R.; Yu, J. M. Y.; Li, Y. ChemBioChem. 2004, 5, 1139-1144.
10. Dirks, R. W.; Molenaar, C.; Tanke, H. J. Methods 2003, 29, 51.
11. Jebbink, J.; Bai, X.; Rogers, B. B.; Dawson, D. B.; Scheuermann, R. H.; Domiati-Saad, R. J. Mol. Diagn. 2003, 5, 15.
12. Landry, M. L.; Garner, R.; Ferguson, D. J. Clin. Microbiol. 2005, 43, 3136.
13. Santangelo, P. J.; Nix, B.; Tsourkas, A.; Bao, G. Nucleic Acids Res. 2004, 32, e57.
14. Yi, J. Z.; Zhang, W. D.; Zhang, D. Y. Nucleic Acids Res. 2006, 34, e81.
15. Li, J.; Lu, Y. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 10466-10467.
16. Liu, J.; Lu, Y. Anal. Chem. 2003, 75, 6666-6672.
17. Liu, J.; Lu, Y. Methods Mol. Biol. (Totowa, NJ, U.S.) 2006, 335, 275-288.
18. Li, Y.; Breaker, R. R. Curr. Opin. Struct. Biol. 1999, 9, 315-323.
19. Carmi, N.; Breaker, R. R. Bioorg. Med. Chem. 2001, 9, 2589-2600.
20. Emilsson, G. M.; Breaker, R. R. Cell Mol. Life Sci. 2002, 59, 596-607.
21. Lu, Y. Chem-Eur. J. 2002, 8, 4588-4596.
22. Liu, J.; Brown, A. K.; Meng, X.; Cropek, D. M.; Istok, J. D.; Watson, D. B.; Lu, Y. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 2056.
23. Jose, A. M.; Soukup, G. A.; Breaker, R. R. Nucleic Acids Res. 2001, 29, 1631-1637.
24. Breaker, R. R. Curr. Opin. Biotechnol. 2002, 13, 31-39.
25. Sekella, P. T.; Rueda, D.; Walter, N. G. RNA 2002, 8, 1242.
26. Hartig, J. S.; Najafi-Shoushtari, S. H.; Gruene, I.; Yan, A.; Ellington, A. D.; Famulok, M. Nat. Biotechnol. 2002, 20, 717-722.
27. Achenbach, J. C.; Nutiu, R.; Li, Y. Anal. Chim. Acta 2005, 534, 41-51.
28. Zivarts, M.; Liu, Y.; Breaker, R. R. Nucleic Acids Res. 2005, 33, 622-631.
29. Soukup, G. A.; Breaker, R. R. Trends Biotechnol. 1999, 17, 469-476.
30. Soukup, G. A.; Breaker, R. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 3584-3589.
31. Soukup, G. A.; Breaker, R. R. Structure 1999, 7, 783-791.
32. Soukup, G. A.; Breaker, R. R. Curr. Opin. Struct. Biol. 2000, 10, 318-325.
33. Chiuman, W.; Li, Y. Nucleic Acids Res. 2007, 35, 401.
34. Porta, H.; Lizardi, P. M. BioTechnology 1995, 13, 161-164.
35. Robertson, M. P.; Ellington, A. D. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 62-66.
36. Stojanovic, M. N.; De Prada, P.; Landry, D. W. ChemBioChem 2001, 2, 411-415.
37. Tian, Y.; Mao, C Talanta 2005, 67, 532.
38. Swearingen, C. B.; Wernette, D. P.; Cropek, D. M.; Lu, Y.; Sweedler, J. V.; Bohn, P. W. Anal. Chem. 2005, 77, 442-448.
39. Wemette, D. P.; Swearingen, C. B.; Cropek, D. M.; Lu, Y.; Sweedler, J. V.; Bohn, P. W. Analyst 2006, 131, 41-47.
40. Levicky, R.; Heme, T. M.; Tarlov, M. J.; Satija, S. K. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 9787-9792.
41. Steel, A. B.; Herne, T. M.; Tarlov, M. J. Anal. Chem. 1998, 70, 4670-4677.
42. Wang, H.; Tang, Z.; Li, Z.; Wang, E. Surf. Sci. 2001, 480, L389-L394.
43. Petrovykh, D. Y.; Kimura-Suda, H.; Tarlov, M. J.; Whitman, L. J. Langmuir 2004, 20, 429-440.
44. Luderer, F.; Walschus, U. Top. Curr. Chem. 2005, 260, 37.
45. Lee, C. Y.; Gong, P.; Harbers, G. M.; Grainger, D. W.; Castner, D. G.; Gamble, L. J. Anal. Chem. 2006, 78, 3316.
46. Heme, T. M.; Tarlov, M. J. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 8916-8920.
47. Steel, A. B.; Levicky, R. L.; Heme, T. M.; Tarlov, M. J. Biophys. J. 2000, 79, 975-981.
48. Huang, E.; Satjapipat, M.; Han, S. B.; Zhou, F. M. Langmuir 2001, 17, 1215.
49. Wirtz, R.; Walti, C.; Tosch, P.; Pepper, M.; Davies, A. G.; Germishuizen, W. A.; Middelberg. A. P. J. Langmuir 2004, 20, 1527-1530.
50. Gao, Y.; Wolf, L. K.; Georgiadis, R. M. Nucleic Acids Res. 2006, 34, 3370.
51. Liu, J.; Lu, Y. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 15208-15216.
52. Brown, A. K.; Li, J.; Pavot, C. M. B.; Lu, Y. Biochemistry 2003, 42, 7152-7161.
53. Di Giusto, D. A.; King, G. C Top. Curr. Chem. 2006, 261, 131.
54. Zuo, X. B.; Yang, X. H.; Wang, K. M.; Tan, W. H.; Li, H. M.; Zhou, L. J.; Wen, H. H.; Zhang, H. Anal. Chim. Acta 2006, 567, 173.
55. Yu. S. F.; Li, N. C.; Wharton, J.; Martin, C. R. Nano Lett. 2003, 5, 815-818.
56. Aqua. T.; Naaman, R.; Daube. S. S. Langmuir 2003, 19, 10573-10580.
57. Renkin. E. M. J. Gen. Physiol. 1954, 38, 225-243.
58. Deen, W. M. AIChE J. 1987, 33, 1409.
59. Nitsche, J. M.; Balgi, G. Ind. Eng. Chem. Res. 1994, 33, 2242.
60. Beerlage, M. A. M.; Peeters, J. M. M.; Nolten, J. A. M.; Mulder, M. H. V.; Strathmann, H. J. Appl. Polym. Sci. 2000, 75, 1180.
61. Shao, J. H.; Baltus, R. E. AIChE J. 2000, 46, 1307.
62. Shao, J. H.; Baltus, R. E. AIChE J. 2000, 46, 1149.
63. Yao, G.; Tan, W. H. Anal. Biochem. 2004, 331, 216.
64. Zuker, M. Nucleic Acids Res. 2003, 57, 3406-3415.
65. Peterson, A. W.; Heaton, R. J.; Georgiadis, R. M. Nucleic Acids Res. 2001, 29, 5163-5168.
66. Yang, M.; Yau, H. C. M.; Chan, H. L. Langmuir 1998, 14, 6121-6129.
67. Sakao, Y.; Ueno, N.; Nakamura, F.; Ito, E.; Hayasi, J.; Hara, M. Mol. Cryst. Liq. Cryst. 2003, 407, 537.
68. Park, S.; Brown, K. A.; Hamad-Schifferli, K. Nano Lett. 2004, 4, 1925.
69. Arinaga, K.; Rant, U.; Tornow, M.; Fujita, S.; Abstreiter, G.; Yokoyama, N. Langmuir 2006, 22, 5560.
70. Petrovykh, D. Y.; Kimura-Suda, H.; Whitman, L. J.; Tarlov, M. J. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 5219-5226.
71. Marie, R.; Jensenius, H.; Thaysen, J.; Christensen, C. B.; Boisen, A. Ultramicroscopy 2002, 91, 29-36.
72. Peterson, A. W.; Wolf, L. K.; Georgiadis, R. M. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 14601.
73. Erts, D.; Polyakov, B.; Olin, H.; Tuite, E. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 3591.
74. Steichen, M.; Buess-Herman, C. Electrochem. Commun. 2005, 7, 416.
75. Lai, R. Y.; Seferos, D. S.; Heeger, A. J.; Bazan, G. C.; Plaxco, K. W. Langmuir 2006, 22, 10796.