Surface structure and coverage of an oligonucleotide probe tethered onto a gold substrate and its hybridization efficiency for a polynucleotide target

Langmuir

Volumn 17, Issue 4, 2001, Pages 1215-1224

  Huang, Eva ^a   Satjapipat, Munlika ^a   Han, Shubo ^a   Zhou, Feimeng ^a  

^a CALIFORNIA STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ATOMIC FORCE MICROSCOPY; CRYSTALS; GOLD; MOLECULES; MONOLAYERS; OLIGOMERS; ORGANIC POLYMERS; SUBSTRATES; SURFACE STRUCTURE;

HYBRIDIZATION EFFICIENCY; MERCAPTOHEXYL TETHER GROUP; POLYNUCLEOTIDE TARGET; SELF ASSEMBLED MONOLAYER; SINGLE STRANDED OLIGONUCLEOTIDE;

DNA;

EID: 0035250124     PISSN: 07437463     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/la001019i     Document Type: Article

References (53)

1. Lerman, L. DNA Probes: Applications in Genetic and Infectious Disease and Cancer; UMI: Ann Arbor, MI, 1986.
2. Watson, J.; Gilman, M.; Witkowski, J.; Zoller, M. Recombinant DNA; 2nd ed.; W. H. Freeman and Company: New York, 1992.
3. Chan, V.; Graves, D. J.; McKenzie, S. E. Biophys. J. 1995, 69, 2243-2255.
4. Wetmur, J. G. Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 1991, 26, 227-259.
5. Henry, C. Chem. Eng. News 1999, 10, 7.
6. Hegner, M.; Dreier, M.; Wagner, P.; Semenza, G.; Guntherodt, J. J. Microelectron. Nanometer Struct. 1996, 1419-1421.
7. Bard, A. J.; Xu, X.-H. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 2627-2631.
8. Wang, J.; Jiang, M. Langmuir 2000, 16, 2269-2274.
9. Wang, J.; Cai, X.; Rivas, G.; Farias, P. Anal. Chem. 1996, 68, 2629-2633.
10. Wang, J.; Palecek, E.; Nielsen, P.; Rivas, G.; Cai, X.; Shiraishi, H.; Dontha, N.; Luo, D.; Farias, P. J Am. Chem. Soc. 1996, 118, 7667-7670.
11. Mikkelsen, S. R.; Millan, K. M.; Saraullo, A. Anal. Chem. 1994, 66, 2943-2948.
12. Thiel, A. J.; Frutos, A. G.; Jordan, C. E.: Corn, R. M.; Smith, L. M. Anal. Chem. 1997, 69, 4948-4956.
13. Steel, A. B.; Herne, T. M.; Tarlov, M. J. Anal. Chem. 1998, 70, 4670-4677.
14. Levicky, R.; Herne, T. M.; Tarlov, M. J.; Satija, S. K. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 9787-9792.
15. Herne, T. M.; Tarlov, M. J. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 8916-8920.
16. Huang, E.; Zhou, F.; Deng, L. Langmuir 2000, 16, 3272-3280.
17. Kelley, S. O.; Barton, J. K.; Jackson, N. M.; Hill, M. G. Bioconjugate Chem. 1997, 8, 31-37.
18. Kelley, S. O.; Barton, J. K.; Jackson, N. M.; McPherson, L. D.; Porter, A. B.; Spain, E. M.; Allen, M. J.; Hill, M. G. Langmuir 1998, 14, 6781-6784.
19. Korri-Youssouft, H.; Garnier, F.; Srivastava, P.; Godillot, P.; Yassar, A. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 7388-7389.
20. Peterlinz, K. A.; Georgiadis, R. M.; Herne, T. M.; Tarlov, M. J. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 3401-3402.
21. Hashimoto, K.; Ito, K.; Ishimori, Y. Anal. Chem. 1994, 66, 3830-3833.
22. Patolsky, F.;Lichtenstein, A.; Willner, I. J. Am. Chem. Soc. 2000, 722, 418-419.
23. Ihara, T.; Nakayama, M.; Murata, M.; Nakano, K.; Maeda, M. Chem. Commun. 1997, 1609-1610.
24. Mitchell, G. P.: Mirkin, C. A.; Letsinger, R. L. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 8122-8123.
25. O'Brien, J. C.; Stickney, J. T.; Porter, M. D. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 5004-5005.
26. Okahata, Y.; Matsunobu, Y.; Ijiro, K.; Mukae, M.; Murakami, A.; Makino, K. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 8299-8300.
27. Whittemore, N. A.; Mullenix, A. N.; Inamati, G. B.; Manoharan, M.; Cook, P. D.; Tuinman, A. A.; Baker, D. C.; Chambers, J. Q. Bioconjugate Chem. 1999, 10, 261-270.
28. Hegner, M.; Wagner, P.; Semenza, G. FEBS Lett. 1993, 336, 452-456.
29. Ulman, A. An Introduction to Ultrathin Organic Films: From Langmuir-Blodgett to Self-Assembly; Academic Press: San Diego, 1991.
30. Takenaka, S.; Yamashita, K.; Takagi, M.; Uto, Y.; Kondo, H. Anal. Chem. 2000, 72, 1334-1341.
31. Uttenthaler, E. S. M.; Drost, S. Ultrasensitive 39 to 70 MHz Quartz Crystal Microbalance Sensors for Detection of M13-Phages in Liquids; Elsevier Science: San Diego, CA, 2000; p 147.
32. Okahata, Y. M. Y.; Ijiro, K.; Mukae, M.; Murakami, A.; Makino, K. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 8299-8300.
33. Uttenthaler, E. S. M.; Mandel, J.; Drost, S. Biosens. Bioelectron. 2001, in press.
34. Zhou, X.-C.; O'Shea, S. J.; Li, S. F. Y. Chem. Commun. 2000, 953-954.
35. Fawcett, N. C.; Craven, R. D.; Zhang, P.; Evans, J. A. Anal. Chem. 1998, 70, 2876-2880.
36. Lillehei, P. T.; Bottomley, L. A. Anal. Chem. 2000, 72, 189-196.
37. Hansma, H. G.; Hoh, J. H. Annu. Rev. Biomol. Struct. 1994, 23, 115-139.
38. Takano, H.; Kenseth, J. R.; Wong, S.-S.; O'Brien, J. C.; Porter, M. D. Chem. Rev. 1999, 99, 2845-2890.
39. Bustamante, C.; Keller, D.; Yang, G. Curr. Biol. 1993, 3, 363-372.
40. Lehninger, A. L.; Nelson, D. L.; Cox, M. M. Principles of Biochemistry; Worth Publishers: New York, 1993.
41. Thundat, T.; Warmack, R. J.; Allison, D. P.; Ferrell, T. L.: Bottomley, L. A. J. Vac. Sci. Technol., A 1992, 10, 630-635.
42. Yang, X.; Wenzler, L. A.; Qi, J.; Li, X.; Seeman, N. C. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 9779-9786.
43. Thundat, T.; Allison, D. P.; Warmack, R. J.; Doktycz, M. J.; Jacobaon, B. K.; Brown, G. M. J. Vac. Sci. Technol. 1993, 11, 824-828.
44. Hansma, H. G.; Sinsheimer, R. L.; Groppe, J.; Bruice, T. C.; Elings, V.; Curley, G.; Beznilla, M.; Mastrangelo, I. A.; Hough, P. V. C.; Hansma, P. K. Scanning 1993, 15, 296-299.
45. Hansma, H. G.; Revenko, I.; Kim, K.; Laney, D. E. Nucleic Acids Res. 1996, 24, 713-720.
46. Hansma, H. G.; Golan, R.; Hsieh, W.; Lollo, C. P.; Mullen-Ley, P.; Kwoh, D. Nucleic Acids Res. 1998, 26, 2481-2487.
47. Somorjai, G. A. Chemistry in Two Dimensions Surfaces; Cornell University Press: Ithica, NY, 1981.
48. Han, W.; Dlakic, M.; Zhu, J. Y.; Lindsay, S. M.; Harrington, R. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94.
49. Porter, M. D.; Bright, T. B.; Allara, D. L.; Chidsey, C. E. D. J. Am. Chem. Soc. 1987, 709, 3559-3568.
50. Dubois, L. H.; Nuzzo, R. G. Annu. Rev. Phys. Chem. 1992, 43, 437-463.
51. Han, S.; Lin, J.; Zhou, F.; Vellanoweth, R. L. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2000, 279, 265-269.
52. Patolsky, F. L. A.; Willner, I. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 418-419.
53. Dunham, G.; Benson, N. H.; Danuta, P.; Jiri, J. Anal. Chem. 1995, 57, 267-272.