UV resonance raman measurements of poly-L-lysine's conformational energy landscapes: Dependence on perchlorate concentration and temperature

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 26, 2007, Pages 7675-7680

  Lu, Ma ^a   Ahmed, Zeeshan ^a   Mikhonin, Aleksandr V ^a   Asher, Sanford A ^a  

^a UNIVERSITY OF PITTSBURGH   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ENERGY BARRIERS; PHYSICAL CHEMISTRY; RAMAN SPECTROSCOPY; REACTION KINETICS; THERMAL EFFECTS; ULTRAVIOLET SPECTROSCOPY;

FOLDING ENERGY LANDSCAPES; PERCHLORATE CONCENTRATION;

AMINO ACIDS;

EID: 34547413456     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0703758     Document Type: Article

References (81)

1. Creighton, T. E. Protein Folding; W. H. Freeman: New York, 1992.
2. Baldwin, R. L.; Rose, G. D. Trends Biochem. Sci. 1999, 24, 26.
3. Baldwin, R. L.; Rose, G. D. Trends Biochem. Sci. 1999, 24, 77.
4. Dill, K. A. Protein Sci. 1999, 8, 1166.
5. Dobson, C M.; Sali, A.; Karplus, M. Angew. Chem., Int. Ed. 1998, 37, 868.
6. Oliveberg, M.; Tan, Y.-J.; Silow, M.; Fersht, A. R. J. Mol. Biol. 1998, 277, 933.
7. Wright, P. E.; Dyson, H. J. J. Mol. Biol. 1999, 293, 321.
8. Myers, J. K.; Oas, T. G. Annu. Rev. Biochem. 2002, 71, 783.
9. Alm, E.; Baker, D. Proc. Natl Acad. Sci U.S.A. 1999, 96, 11305.
10. Blanco, F. J.; Jimenez, M. A.; Herranz, J.; Rico, M.; Santoro, J.; Nieto, J. L. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 5887.
11. Colley, C S.; Griffiths-Jones, S. R.; George, M. W.; Searle, M. S. Chem. Commun. 2000, 593.
12. Dinner, A. R.; Lazaridis, T.; Karplus, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 9068.
13. Fesinmeyer, R. M.; Hudson, F. M.; Andersen, N. H. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 7238.
14. Asher, S. A.; Mikhonin, A. V.; Bykov, S. B. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 8433.
15. Huang, C-Y.; Klemke, J. W.; Getahun, Z.; DeGrado, W. F.; Gai, F. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 9235.
16. Lednev, I. K.; Karnoup, A. S.; Sparrow, M. C.; Asher, S. A. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 2388.
17. Ramajo, A. P.; Petty, S. A.; Starzyk, A.; Decatur, S. M.; Volk, M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 13784.
18. Mikhonin, A. V.; Asher, S. A. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 3047.
19. Thompson, P. A.; Munoz, V.; Jas, G. S.; Henry, E. R.; Eaton, W. A.; Hofrichter, J. J. Phys. Chem. B 2004, 104, 378.
20. Fesinmeyer, R. M.; Peterson, E. S.; Dyer, R. B.; Andersen, N. H. Protein Sci. 2005, 14, 2324.
21. Luo, P.; Baldwin, R. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 4930.
22. Shirley, W. A.; Brooks, C. L., III. Proteins 1997, 28, 59.
23. Millhauser, G. I.; Stenland, C. J.; Hanson, P.; Bolin, K. Á.; van de Ven, F. J. M. J. Mol. Biol. 1997, 267, 963.
24. Shakhnovich, E. I. Curr. Opin. Struct. Biol. 1997, 7, 29.
25. Karplus, M.; Sali, A. Curr. Opin. Struct. Biol. 1995, 5, 58.
26. Dill, K. Á.; Chan, H. S. Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 10.
27. Bryngelson, J. D.; Onuchic, J. N.; Socci, N. D.; Wolynes, P. G. Proteins 1995, 27, 167.
28. Munoz, V.; Thompson, P. A.; Hofrichter, J.; Eaton, W. A. Nature 1997, 390, 196.
29. Williams, S.; Causgrove, T. P.; Gilmanshin, R.; Fang, K. S.; Callender, R. H.; Woodruff, W. H.; Dyer, R. B. Biochemistry 1996, 35, 691.
30. Lednev, I. K.; Karnoup, A. S.; Sparrow, M. C.; Asher, S. A. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 4076.
31. Davidson, B.; Fasman, G. D. Biochemistry 1967, 6, 1616.
32. Dearborn, D. G.; Wetlaufer, D. B. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1970, 39, 314.
33. Drake, A. F.; Siligardi, G.; Gibbons, W. A. Biophys. Chem. 1988, 57, 143.
34. Makarov, A. A.; Adzhubel, I. A.; Protasevich, I. I.; Lobachov, V. M.; Fasman, G. D. Biopolymers 1994, 34, 1123.
35. Painter, P. C.; Koenig, J. L. Biopolymers 1976, 15, 229.
36. Song, S.; Asher, S. A. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 4295.
37. Tiffany, M. L.; Krimm, S. Biopolymers 1969, 8, 347.
38. Wang, Y.; Purrello, R.; Jordan, T.; Spiro, T. C J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 6359.
39. Yaron, Á.; Katchalski, E.; Berger, Á.; Fasman, G. D.; Sober, H. A. Biopolymers 1971, 10, 1107.
40. Yu, N. T. Crit. Rev. Biochem. 1977, 4, 229.
41. Yu, T. J.; Lippert, J. L.; Peticolas, W. L. Biopolymers 1973, 12, 2161.
42. Vorobjev, Y. N.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. 1995, 99, 7180.
43. Ashton, L.; Barron, L. D.; Czarnik-Matusewicz, B.; Hecht, L.; Hyde, J.; Blanch, E. W. Mol. Phys. 2006, 104, 1429.
44. Tiffany, M. L.; Krimm, S. Biopolymers 1968, 6, 1379.
45. Darke, Á.; Finer, E. G. Biopolymers 1975, 14, 441.
46. Joubert, F. J.; Lotan, N.; Scheraga, H. A. Physiol. Chem. Phys. Med. NMR 1969, 1, 348.
47. Perly, B.; Chevalier, Y.; Chachaty, C Macromolecules 1981, 14, 969.
48. McColl, I. H.; Blanch, E. W.; Gill, A. C.; Rhie, A. G. O.; Ritchie, M. A.; Hecht, L.; Nielsen, K.; Barron, L. D. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 10019.
49. Barron, L. D.; Hecht, L.; Blanch, E. W.; Bell, A. F. Prog. Biophys. Mol. Biol. 2000, 73, 1.
50. Wilson, G.; Hecht, L.; Barron, L. D. J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1996, 92, 1503.
51. Keiderling, T. Á.; Silva, R. A.; Yoder, G.; Dukor, R. K. Bioorg. Med. Chem. 1999, 7, 133.
52. JiJi, R. D.; Balakrishnan, G.; Hu, Y.; Spiro, T. G. Biochemistry 2006, 45, 34.
53. Mikhonin, A. V.; Myshakina, N. S.; Bykov, S. V.; Asher, S. A. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 7712.
54. Shi, Z.; Chen, K.; Liu, Z.; Kallenbach, N. R. Chem. Rev. 2006, 106, 1877.
55. Eker, F.; Griebenow, K.; Schweitzer-Stenner, R. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 8178.
56. Poon, C. D.; Samulski, E. T. J. Am. Chem. Soc 2000, 122, 5642.
57. Bello, J. Biopolymers 1992, 32, 185.
58. Chi, Z.; Chen, X. G.; Holtz, J. S. W.; Asher, S. A. Biochemistry 1998, 37, 2854.
59. Goto, Y.; Takahashi, N.; Fink, A. L. Biochemistry 1990, 29, 3480.
60. Ebert, G.; Kuroyanagi, Y. Polymer 1982, 23, 1147.
61. Ebert, G.; Kuroyanagi, Y. Polymer 1982, 23, 1154.
62. Mikhonin, A. V.; Bykov, S. V.; Myshakina, N. S.; Asher, S. A. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 1928.
63. Lednev, I. K.; Karnoup, A. S.; Sparrow, M. C.; Asher, S. A. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 8074.
64. Bykov, S. V.; Lednev, I. K.; Ianoul, A.; Mikhonin, A. V.; Asher, S. A. Appl. Spectrosc. 2005, 59, 1541.
65. Tiffany, M. L.; Krimm, S. Biopolymers 1972, 11, 2309.
66. Woody, R. W. Adv. Biophys. Chem. 1992, 2, 37.
67. Shibue, M.; Mant, C. T.; Hodges, R. S. J. Chromatogr., A 2005, 1080, 49.
68. Asher, S. A.; Ianoul, A.; Mix, G.; Boyden, M. N.; Karnoup, A.; Diem, M.; Schweitzer-Stenner, R. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 11775.
69. Lee, S.; Krimme, S. Biopolymers 1998, 46, 283.
70. Diem, M.; Lee, O.; Roberts, G. M. J. Phys. Chem. 1992, 96, 548.
71. Mikhonin, A. V.; Ahmed, Z.; Ianoul, A.; Asher., S. A. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 19020.
72. Cartailler, J.-P.; Luecke, H. Structure 2004, 12, 133.
73. Mikhonin, A. V.; Asher, S. A. J. Am. Chem. Soc 2006, 128, 13789.
74. Sudha, R.; Kohtani, M.; Breaux, G. A.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 2777.
75. Armen, R.; Alonso, D. O. V.; Daggett, V. Protein Sci. 2003, 12, 1145.
76. Mahadevan, J.; Lee, K.-H.; Kuczera, K. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 1683.
77. Fodje, M. N.; Al-Karadaghi, S. Protein Eng. 2002, 15, 353.
78. Dudik, J. M.; Johnson, C R.; Asher, S. A. J. Chem. Phys. 1985, 82, 1732.
79. Hoshino, M.; Goto, Y. J. Biochem. 1994, 116, 910.
80. Sundaralingam, M.; Sekharudu, Y. C Science 1989, 244, 1333.
81. Dutkiewicz, E.; Jakubowska, A. ChemPhysChem 2002, 3, 221.