Assignments and conformational dependencies of the amide III peptide backbone UV resonance Raman bands

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 108, Issue 49, 2004, Pages 19020-19028

  Mikhonin, Alexander V ^a   Ahmed, Zeeshan ^a   Ianoul, Anatoli ^a   Asher, Sanford A ^a  

^a UNIVERSITY OF PITTSBURGH   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ALANINE PEPTIDE (AP); HYDROGEN BONDING; PEPTIDES;

HYDROGEN BONDS; ISOTOPES; PROTEINS; RAMAN SPECTROSCOPY; SENSITIVITY ANALYSIS; ULTRAVIOLET RADIATION; VIBRATION MEASUREMENT;

POLYPEPTIDES;

EID: 10844246340     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp045959d     Document Type: Article

References (76)

1. Asher, S. A. Handbook of Vibrational Spectroscope, John Wiley & Sons: New York, 2001; Vol. 1, p 557.
2. Lednev, I. K.; Karnoup, A. S.; Sparrow, M. C.; Asher, S. A. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 8074.
3. Lednev, I. K.; Karnoup, A. S.; Sparrow, M. C.; Asher, S. A. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 2388.
4. Gruebele, M. Annu. Rev. Phys. Chem. 1999, 50, 485.
5. Chi, Z.; Chen, X. G.; Holtz, J. S. W.; Asher, S. A. Biochemistry 1998, 37, 2854.
6. Schweitzer-Stenner, R. J. Roman Spectrosc. 2001, 32, 711.
7. Asher, S. A.; Ianoul, A.; Mix, G.; Boyden, M. N.; Karnoup, A.; Diem, M.; Schweitzer-Stenner, R. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 11775.
8. Ianoul, A.; Boyden, M. N.; Asher, S. A. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 7433.
9. Asher, S. A.; Mikhonin, A. V.; Bykov, S. V. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 8433.
10. Badger, R. M. Annu. Rev. Phys. Chem. 1955, 6, 217.
11. Chen, M. C.; Lord, R. C. J. Am. Chem. Soc. 1974, 96, 4750.
12. Chen, M. C.; Lord, R. C.; Mendelsohn, R. Biochim. Biophys. Acta 1973, 328, 252.
13. Hamm, P.; Lim, M.; DeGrado, W. F.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.SA. 1999, 96, 2036.
14. Chen, Z.; Shen, Y. R.; Somorjai, G. A. Annu. Rev. Phys. Chem. 2002, 53, 437.
15. Woutersen, S.; Hamm, P. J. Chem. Phys. 2001, 114, 2727.
16. Speare, J. O.; Rush, T. S., III Biopolymers 2003, 72, 193.
17. Venyaminov, S.; Prendergast, F. G. Anal. Biochem. 1997, 248, 234.
18. Torrecillas, A.; Corbalan-Garcia, S.; Gomez-Fernandez, J. C. Biochemistry 2004, 43, 2332.
19. Wu, Y.; Murayama, K.; Ozaki, Y. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 6251.
20. Prestrelski, S. J.; Byler, D. M.; Thompson, M. P. Intl. J. Pept. Protoien Res. 1991, 57, 508.
21. Keiderling, T. A. Curr. Opin. Chem. Biol. 2002, 6, 682.
22. Keiderling, T. A. Circular Dichroism, 2nd ed.; 2000, p 621.
23. Tanaka, T.; Inoue, K.; Kodama, T.; Kyogoku, Y.; Hayakawa, T.; Sugeta, H. Biopolymers 2001, 62, 228.
24. Wang, F.; Polavarapu, P. L. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 7857.
25. Baello, B. I.; Pancoska, P.; Keiderling, T. A. Anal. Biochem. 1997, 250, 212.
26. Kocak, A.; Luque, R.; Diem, M. Biopolymers 1998, 46, 455.
27. Overman, S. A.; Thomas, G. J., Jr. Biochemistry 1998, 37, 5654.
28. Mizuno, A.; Fujii, N.; Akaboshi, M.; Momose, Y.; Shimo-oka, T. Jpn. J. Ophthalmot. 2000, 44, 354.
29. Colaianni, S. E. M.; Aubard, J.; Hansen, S. H.; Nielsen, O. F. Vib. Spectrosc. 1995, 9, 111.
30. Copeland, R. A.; Spiro, T. G. Biochemistry 1987, 26, 2134.
31. Sane, S.U.; Cramer, S.M.; Przybyden, T.M. Anal. Biochem. 1999, 269, 255.
32. Overman, S. A.; Thomas, G. J., Jr. Biochemistry 1995, 34, 5440.
33. Overman, S. A.; Thomas, G. J., Jr. Biochemistry 1999, 38, 4018.
34. Dudik, J. M.; Johnson, C. R.; Asher, S. A. J. Phys. Chem. 1985, 89, 3805.
35. Wilson, G.; Hecht, L.; Barron, L. D. Biochemistry 1996, 35, 12518.
36. McColl, I. H.; Blanch, E. W.; Gill, A. C.; Rhie, A. G. O.; Ritchie, M. A.; Hecht, L.; Nielsen, K.; Barron, L. D. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 10019.
37. McColl, I. H.; Blanch, E. W.; Hecht, L.; Kallenbach, N. R.; Barron, L. D. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 5076.
38. Nafie, L. A.; Yu, G.-S.; Freedman, T. B. Vib. Spectrosc. 1995, 8, 231.
39. Yu, G.-S.; Freedman, T. B.; Nafie, L. A.; Deng, Z.; Polavarapu, P. L. J. Phys. Chem. 1995, 99, 835.
40. Song, S.; Asher, S. A. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 4295.
41. Wang, Y.; Purrello, R.; Georgiou, S.; Spiro, T. G. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 6368.
42. Wang, Y.; Purrello, R.; Spiro, T. G. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 8274.
43. Jordan, T.; Spiro, T. G. J. Roman Spectrosc. 1994, 25, 537.
44. Jordan, T.; Mukerji, I.; Wang, Y.; Spiro, T. G. J. Mol. Struct. 1996, 379, 51.
45. Mirkin, N. G.; Krimm, S. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 3391.
46. Oboodi, M. R.; Alva, C.; Diem, M. J. Phys. Chem. 1984, 88, 501.
47. Diem, M.; Polavarapu, P. L.; Oboodi, M.; Nafie, L. A. J. Am. Chem. Soc. 1982, 104, 3329.
48. Diem, M.; Lee, O.; Roberts, G. M. J. Phys. Chem. 1992, 96, 548.
49. Lee, S.-H.; Krimm, S. Biopolymers 1998, 46, 283.
50. Lee, S.-H.; Krimm, S. Chem. Phys. 1998, 230, 111.
51. Lee, S.-H.; Krimm, S. J. Raman Spectrosc, 1998, 29, 73.
52. Overman, S. A.; Thomas, G. J., Jr. J. Raman Spectrosc. 1998, 29, 23.
53. Mix, G.; Schweitzer-Stenner, R.; Asher, S. A. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 9028.
54. Mikhonin, A. V.; Asher, S. A. Submitted to J. Phys. Chem. B, 2004.
55. Note: We apologize for reversing the labeling scheme pioneered by Diem et al. (ref 48), but find it more logically consistent with the normal vibrational numbering scheme which numerates bands in the order of highest to lowest frequencies.
56. Manas, E. S.; Getahun, Z.; Wright, W. W.; DeGrado, W. F.; Vanderkooi, J. M. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 9883.
57. Wernet, P.; Nordlund, D.; Bergmann; Carvalleri, M.; Odelius, M.; Ogasawara, H.; Naslund, L. A.; Hirsch, T. K.; Ojamae, L.; Glatzel, P.; Pettersson, L. G. M.; Nilsson, A. Science 2004, 304, 995,
58. Walsh, S. T. R.; Cheng, R. P.; Wright, W. W.; Alonzo, D. O. V.; Daggett, V.; Vanderkooi, J. M.; DeGrado, W. F. Protein Sci. 2003, 12, 520.
59. Chen, X. G.; Asher, S. A.; Schweitzer-Stenner, R.; Mirkin, N. G.; Krimm, S. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 2884.
60. Shi, Z.; Olson, C. A.; Rose, G. D.; Baldwin, R. L.; Kallenbach, N. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 9190.
61. Lednev, I. K.; Karnoup, A. S.; Sparrow, M. C.; Asher, S. A. In Spectroscopy of Biological Molecules: New Directions; Eighth European Conference on the Spectroscopy of Biological Molecules, Enschede, The Netherlands, Aug. 29-Sept. 2, 1999; p 11.
62. Lednev, I. K.; Karnoup, A. S.; Sparrow, M. C.; Asher, S. A. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 4076.
63. Lednev, I. K.; Karnoup, A. S.; Sparrow, M. C.; Asher, S. A. In Abstracts of Papers, 219th National Meeting of the American Chemical Society, San Francisco, CA, March 26-30, 2000; American Chemical Society: Washington, DC, 2000; PHYS.
64. Ghosh, T.; Garde, S.; Garcia, A. E. Biophys. J. 2003, 85, 3187.
65. Demmel, F.; Doster, W.; Petry, W.; Schulte, A. Eur. Biophys. J. 1997, 26, 327.
66. Gerstein, M.; Lynden-Bell, R. M. J. Phys. Chem. 1993, 97, 2991.
67. Gerstein, M.; Lynden-Bell, R. M. J. Phys. Chem. 1993, 97, 2982.
68. Garcia, A. E. Polymer 2004, 45, 669.
69. Blanch, E. W.; Bell, A. F.; Hecht, L.; Day, L. A.; Barron, L. D. J. Mol. Biol. 1999, 290, 1.
70. Blanch, E. W.; Kasarda, D. D.; Hecht, L.; Nielsen, K.; Barron, L. D. Biochemistry 2003, 42, 5665.
71. Blanch, E. W.; Robinson, D. J.; Hecht, L.; Syme, C. D.; Nielsen, K.; Barron, L. D. J. Gen. Virol. 2002, 83, 241.
72. Robin, M. B. Higher Excited States of Polyatomie Molecules; Academic Press: New York, 1975; Vol. II.
73. Schellman, J. A.; Becktel, W. J. Biopolymers 1983, 22, 171.
74. Momii, R. K.; Urry, D. W. Macromolecules 1968, 1, 372.
75. Onari, S. Jpn. J. Appl. Phys. 1970, 9, 221.
76. Moffit, W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1956, 42, 736.