Uncoupled peptide bond vibrations in α-helical and polyproline II conformations of tolyalanine peptides

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 109, Issue 7, 2005, Pages 3047-3052

  Mikhonin, Aleksandr V ^a   Asher, Sanford A ^a  

^a UNIVERSITY OF PITTSBURGH   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

POLYALANINE PEPTIDES; POLYPROLINE; RAMAN CROSS SECTIONS; UV RESONANCE SPECTROSCOPY (UVRS);

ABSORPTION; CHEMICAL BONDS; HYDROGEN BONDS; MATHEMATICAL MODELS; PERTURBATION TECHNIQUES; PROTEINS; RAMAN SPECTROSCOPY; ULTRAVIOLET SPECTROSCOPY;

POLYPEPTIDES;

AMIDE; DEUTERIUM OXIDE; PEPTIDE; POLYALANINE; POLYPROLINE; WATER;

ARTICLE; CHEMISTRY; CONFORMATION; INFRARED SPECTROPHOTOMETRY; METHODOLOGY; PHYSICAL CHEMISTRY; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE; RAMAN SPECTROMETRY; ULTRAVIOLET RADIATION; ULTRAVIOLET SPECTROPHOTOMETRY;

AMIDES; CHEMISTRY, PHYSICAL; DEUTERIUM OXIDE; MOLECULAR CONFORMATION; PEPTIDES; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY; SPECTROPHOTOMETRY, INFRARED; SPECTROPHOTOMETRY, ULTRAVIOLET; SPECTRUM ANALYSIS, RAMAN; ULTRAVIOLET RAYS; WATER;

EID: 14544292864     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0460442     Document Type: Article

References (77)

1. Barth, A.; Zscherp, C. Q. Rev. Biophys. 2002, 35, 369.
2. Vogel, R.; Siebert, F. Curr. Opin. Struct. Biol. 2000, 4, 518.
3. Vass, E.; Hollosi, M.; Besson, F.; Buchet, R. Chem. Rev. 2003, 103, 1917.
4. Asher, S. A. Handbook of Vibrational Spectroscopy, John Wiley & Sons, Ltd.: New York, 2001; Vol. 1, p 557.
5. Asher, S. A. Anal. Chem. 1993, 65, 59A.
6. Chi, Z.; Chen, X. G.; Holtz, J. S. W.; Asher, S. A. Biochemistry 1998, 37, 2854.
7. Asher, S. A.; Ianoul, A.; Mix, G.; Boyden, M. N.; Karnoup, A.; Diem, M.; Schweitzer-Stenner, R. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 11775.
8. Barron, L. D.; Blanch, E. W.; McColl, I. H.; Syme, C. D.; Hecht, L.; Nielsen, K. Spectroscopy 2003, 17, 101.
9. Nafie, L. A.; Yu, G.-S.; Freedman, T. B. Vib. Spectrosc. 1995, 8, 231.
10. Diem, M. Spectroscopy 1995, 10, 38.
11. Keiderling, T. A. Curr. Opin. Chem. Biol. 2002, 6, 682.
12. Keiderling, T. A. Circular Dichroism, 2nd ed.; 2000; p 621.
13. Hamm, P.; Lim, M.; DeGrado, W. F.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 2036.
14. Woutersen, S.; Hamm, P. J. Chem. Phys. 2001, 114, 2727.
15. Speare, J. O.; Rush, T. S., III Biopolymers 2003, 72, 193.
16. Torrecillas, A.; Corbalan-Garcia, S.; Gomez-Fernandez, J. C. Biochemistry 2004, 43, 2332.
17. Wu, Y.; Murayama, K.; Ozaki, Y. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 6251.
18. Prestrelski, S. J.; Byler, D. M.; Thompson, M. P. Int. J. Pept. Protein Res. 1991, 37, 508.
19. Tanaka, T.; Inoue, K.; Kodama, T.; Kyogoku, Y.; Hayakawa, T.; Sugeta, H. Biopolymers 2001, 62, 228.
20. Wang, F.; Polavarapu, P. L. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 7857.
21. Baello, B. I.; Pancoska, P.; Keiderling, T. A. Anal. Biochem. 2000, 280, 46.
22. Baello, B. I.; Pancoska, P.; Keiderling, T. A. Anal. Biochem. 1997, 250, 212.
23. Kocak, A.; Luque, R.; Diem, M. Biopolymers 1998, 46, 455.
24. Wilson, G.; Hecht, L.; Barron, L. D. Biochemistry 1996, 35, 12518.
25. McColl, I. H.; Blanch, E. W.; Gill, A. C.; Rhie, A. G. O.; Ritchie, M. A.; Hecht, L.; Nielsen, K.; Barron, L. D. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 10019.
26. Callender, R.; Dyer, R. B. Curr. Opin. Struct. Biol. 2002, 12, 628.
27. Lednev, I. K.; Karnoup, A. S.; Sparrow, M. C.; Asher, S. A. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 8074.
28. Lednev, I. K.; Karnoup, A. S.; Sparrow, M. C.; Asher, S. A. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 2388.
29. Gulotta, M.; Gilmanshin, R.; Buscher, T. C.; Callender, R. H.; Dyer, R. B. Biochemistry 2001, 40, 5137.
30. Gulotta, M.; Rogatsky, E.; Callender, R. H.; Dyer, R. B. Biophys. J. 2003, 84, 1909.
31. Gilmanshin, R.; Gulotta, M.; Dyer, R. B.; Callender, R. H. Biochemistry 2001, 40, 5127.
32. Yamamoto, K.; Mizutani, Y.; Kitagawa, T. Biophys. J. 2000, 79, 485.
33. Wang, J.; El-Sayed, M. A. Biophys. J. 1999, 76, 2777.
34. Rubtsov, I. V.; Wang, J.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 3384.
35. Kubo, M.; Shiomitsu, E.; Odai, K.; Sugimoto, T.; Suzuki, H.; Ito, E. Proteins 2004, 54, 231.
36. Hamm, P.; Lim, M.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 6123.
37. Vos, M. H.; Martin, J.-L. Biochim. Biophys. Acta 1999, 1411, 1.
38. Robin, M. B. Higher Excited States of Polyatomic Molecules; Academic Press: New York, 1975,; Vol. 2.
39. Song, S.; Asher, S. A. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 4295.
40. Dudik, J. M.; Johnson, C. R.; Asher, S. A. J. Phys. Chem. 1985, 89, 3805.
41. Copeland, R. A.; Spiro, T. G. Biochemistry 1987, 26, 2134.
42. Mayne, L. C.; Ziegler, L. D.; Hudson, B. J. Phys. Chem. 1985, 89, 3395.
43. Badger, R. M. Annu. Rev. Phys. Chem. 1955, 6, 217.
44. Venyaminov, S.; Prendergast, F. G. Anal. Biochem. 1997, 248, 234.
45. Ozdemir, A.; Lednev, I. K.; Asher, S. A. Biochemistry 2002, 41, 1893.
46. Schellman, J. A.; Becktel, W. J. Biopolymers 1983, 22, 171.
47. Momii, R. K.; Urry, D. W. Macromolecules 1968, 1, 372.
48. Onari, S. Jpn. J. Appl. Phys. 1970, 9, 227.
49. Moffit, W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1956, 42, 736.
50. Mikhonin, A. V.; Ahmed, Z.; Ianoul, A.; Asher, S. A. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 19020.
51. Fry, D. C.; Byler, D. M.; Susi, H.; Brown, E. M.; Kuby, S. A.; Mildvan, A. S. Biochemistry 1988, 27, 3588.
52. Siedlecka, M.; Goch, G.; Ejchart, A.; Sticht, H.; Bierzynski, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 903.
53. Fang, C.; Wang, J.; Charnley, A. K.; Barber-Armstrong, W.; Smith, A. B.; Decatur, S. M.; Hochstrasser, R. M. Chem. Phys. Lett. 2003, 382, 586.
54. Fang, C.; Wang, J.; Kim, Y. S.; Charnley, A. K.; Barber-Armstrong, W.; Smith, A. B., III; Decatur, S. M.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem., accepted.
55. Hamm, P.; Woutersen, S. Bull. Chem. Soc. Jpn. 2002, 75, 985.
56. Krimm, S.; Abe, Y. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1972, 69, 2788.
57. Lee, S.-H.; Krimm, S. Chem. Phys. 1998, 230, 277.
58. Kobko, N.; Dannenberg, J. J. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 6688.
59. Torii, H.; Tasumi, M. J. Raman Spectrosc. 1998, 29, 81.
60. Lee, S.-H.; Krimm, S. Biopolymers 1998, 46, 283.
61. Diem, M.; Lee, O.; Roberts, G. M. J. Phys. Chem. 1992, 96, 548.
62. Diem, M.; Polavarapu, P. L.; Oboodi, M.; Nafie, L. A. J. Am. Chem. Soc. 1982, 104, 3329.
63. Oboodi, M. R.; Alva, C.; Diem, M. J. Phys. Chem. 1984, 58, 501.
64. Mirkin, N. G.; Krimm, S. J. Mol. Struct. 1996, 377, 219.
65. Chen, X. G.; Schweitzer-Stermer, R.; Asher, S. A.; Mirkin, N. G.; Krimm, S. J. Phys. Chem. 1995, 99, 3074.
66. Mix, G.; Scbweitzer-Stenner, R.; Asher, S. A. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 9028.
67. Asher, S. A.; Mikhonin, A. V.; Bykov, S. B. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 8433.
68. Chen, X. G.; Asher, S. A.; Schweitzer-Stenner, R.; Mirkin, N. G.; Krimm, S. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 2884.
69. Asher, S. A. In preparation.
70. Lednev, I. K.; Karnoup, A. S.; Sparrow, M. C.; Asher, S. A. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 4076.
71. Wang, Y.; Purrello, R
72. Rabolt, J. F.; Moore, .; Jordan, T.; Spiro, T. G. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 6359. W. H.; Krimm, S. Macromolecules 1977, 10, 1065.
73. Rabolt, J. F.; Moore, .; Jordan, T.; Spiro, T. G. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 6359. W. H.; Krimm, S. Macromolecules 1977, 10, 1065.
74. Englander, S. W. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2000, 29, 213.
75. Dempsey, C. E. Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectrosc. 2001, 39, 135.
76. Li, R.; Woodward, C. Protein Sci. 1999, 8, 1571.
77. Dharmasiri, K.; Smith, D. L. Anal. Chem. 1996, 68, 2340.