Peptide design and structural characterization of a GPCR loop mimetic

Biopolymers

Volumn 86, Issue 4, 2007, Pages 298-310

  Pham, Truc Chi T ^a   Kriwacki, Richard W ^b,c   Parrill, Abby L ^a  

^a University of Memphis   (United States)

^b ST JUDE CHILDREN S RESEARCH HOSPITAL   (United States)

^c UNIVERSITY OF TENNESSEE HEALTH SCIENCE CENTER   (United States)

Author keywords

GPCR loop; NMR structure; S1P4

Indexed keywords

EXTRACELLULAR LOOP; G PROTEIN-COUPLED RECEPTORS (GPCR) CONTROL; HOMOLOGY MODELS;

CROSSLINKING; MUTAGENESIS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; PEPTIDES;

BIOMIMETICS;

G PROTEIN COUPLED RECEPTOR;

ARTICLE; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN STRUCTURE;

AMINO ACID SEQUENCE; CIRCULAR DICHROISM; DISULFIDES; HUMANS; LIGANDS; MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; MOLECULAR MIMICRY; MOLECULAR SEQUENCE DATA; PEPTIDES; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY; RECEPTORS, LYSOSPHINGOLIPID; SOLUTIONS; STRUCTURAL HOMOLOGY, PROTEIN; SULFHYDRYL COMPOUNDS; TITRIMETRY;

EID: 34447566267     PISSN: 00063525     EISSN: 10970282     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/bip.20745     Document Type: Article

References (61)

1. Spiegel, A. M.; Weinstein, L. S. Annu Rev Med 2004, 55, 27-39.
2. Schoneberg, T.; Schulz, A.; Biebermann, H.; Hermsdorf, T.; Rompler, H.; Sangkuhl, K. Pharmacol Ther 2004, 104, 173-206.
3. Hopkins, A. L.; Groom, C. R. Nat Rev Drug Discov 2002, 1, 727-730.
4. Pierce, K. L.; Premont, R. T.; Lefkowitz, R. J. Nat Rev Mol Cell Biol 2002, 3, 639-650.
5. Palczewski, K.; Kumasaka, T.; Hori, T.; Behnke, C. A.; Motoshima, H.; Fox, B. A.; Le Trong, I.; Teller, D. C.; Okada, T.; Stenkamp, R.; Yamamoto, M.; Miyano, M. Science 2000, 289, 739-745.
6. Okada, T.; Sugihara, M.; Bondar, A. N.; Elstner, M.; Entel, P.; Buss, V. J Mol Biol 2004, 342, 571-583.
7. Alewijnse, A. E.; P. S.,Michel MC. Br J Pharmacol 2004, 143, 666-684.
8. Rosen, H.; Goetzl, E. J. Nat Rev Immunol 2005, 5, 560-570.
9. Chun, J.; Goetzl, E. J.; Hla, T.; Igarashi, Y.; Lynch, K. R.; Moolenaar, W.; Pyne, S.; Tigyi, G. Pharmacol Rev 2002, 54, 265-269.
10. Parrill, A. L.; Wang, D.; Bautista, D. L.; Van Brocklyn, J. R.; Lorincz, Z.; Fischer, D. J.; Baker, D. L.; Liliom, K.; Spiegel, S.; Tigyi, G. J Biol Chem 2000, 275, 39379-39384.
11. Sardar, V. M.; Bautista, D. L.; Fischer, D. J.; Yokoyama, K.; Nusser, N.; Virag, T.; Wang, D. A.; Baker, D. L.; Tigyi, G.; Parrill, A. L. Biochim Biophys Acta 2002, 1582, 309-317.
12. Wang, D.; Lorincz, Z.; Bautista, D. L.; Liliom, K.; Tigyi, G.; Parrill, A. L. J Biol Chem 2001, 276, 49213-49220.
13. Inagaki, Y.; Pham, T. T.; Fujiwara, Y.; Kohno, T.; Osborne, D. A.; Igarashi, Y.; Tigyi, G.; Parrill, A. L. Biochem J 2005, 389, 187-195.
14. Xie, X. Q.; Chen, J. Z.; Billings, E. M. Proteins 2003, 53, 307-319.
15. Holdsworth, G.; Osborne, D. A.; Pham, T. T.; Fells, J. I.; Hutchinson, G.; Milligan, G.; Parrill, A. L. BMC Biochem 2004, 5, 12.
16. Ulfers, A. L.; McMurry, J. L.; Kendall, D. A.; Mierke, D. F. Biochemistry 2002, 41, 11344-11350.
17. Katragadda, M.; Alderfer, J. L.; Yeagle, P. L. Biochim Biophys Acta 2000, 1466, 1-6.
18. Mierke, D. F.; Royo, M.; Pellegrini, M.; Sun, H. Chorev, M. J Am Chem Soc 1996, 118, 8998-9004.
19. Yeagle, P. L.; Alderfer, J. L.; Albert, A. D. Biochemistry 1995, 34, 14621-14625.
20. Demene, H.; Granier, S.; Muller, D.; Guillon, G.; Dufour, M. N.; Delsuc, M. A.; Hibert, M.; Pascal, R.; Mendre, C. Biochemistry 2003, 42, 8204-8213.
21. Arshava, B.; Taran, I.; Xie, H.; Becker, J. M.; Naider, F. Biopolymers 2002, 64, 161-176.
22. Pellegrini, M.; Royo, M.; Rosenblatt, M.; Chorev, M.; Mierke, D. F. J Biol Chem 1998, 273, 10420-10427.
23. Piserchio, A.; Bisello, A.; Rosenblatt, M.; Chorev, M.; Mierke, D. F. Biochemistry 2000, 39, 8153-8160.
24. Pellegrini, M.; Royo, M.; Chorev, M.; Mierke, D. F. Biopolymers 1996, 40, 653-666.
25. Kamtekar, S.; Schiffer, J. M.; Xiong, H.; Babik, J. M.; Hecht, M. H. Science 1993, 262, 1680-1685.
26. Riener, C. K.; Kada, G.; Gruber, H. J. Anal Bioanal Chem 2002, 373, 266-276.
27. Wishart, D. S.; Sykes, B. D.; Richards, F. M. Biochemistry 1992, 31, 1647-1651.
28. Wishart, D. S.; Sykes, B. D. J Biomol NMR 1994, 4, 171-180.
29. Kay, L. E.; Torchia, D. A.; Bax, A. Biochemistry 1989, 28, 8972-8979.
30. Stuart, A. C.; Gottesman, M. E.; Palmer, A. G., III. FEBS Lett 2003, 553, 95-98.
31. Linge, J. P.; O'Donoghue, S. I.; Nilges, M. Methods Enzymol 2001, 339, 71-90.
32. Jasanoff, A.; Fersht, A. R. Biochemistry 1994, 33, 2129-2135.
33. Buck, M. Q Rev Biophys 1998, 31, 297-355.
34. Roccatano, D.; Colombo, G.; Fioroni, M.; Mark, A. E. Proc Natl Acad Sci USA 2002, 99, 12179-12184.
35. Sonnichsen, F. D.; Van Eyk, J. E.; Hodges, R. S.; Sykes, B. D. Biochemistry 1992, 31, 8790-8798.
36. Landon, C.; Meudal, H.; Boulanger, N.; Bulet, P.; Vovelle, F. Biopolymers 2006, 8, 92-103.
37. Andersson, A.; Maler, L. J Biomol NMR 2002, 24, 103-112.
38. Campbell, K. M.; Lumb, K. J. Biochemistry 2002, 41, 7169-7175.
39. Prinz, W. A.; Aslund, F.; Holmgren, A.; Beckwith, J. J Biol Chem 1997, 272, 15661-15667.
40. Perez, D. M.; Hwa, J.; Gaivin, R.; Mathur, M.; Brown, F.; Graham, R. M. Mol Pharmacol 1996, 49, 112-122.
41. Seifert, R.; Wenzel-Seifert, K.; Gether, U.; Kobilka, B. K. J Pharmacol Exp Ther 2001, 297, 1218-1226.
42. Gether, U.; Lin, S.; Kobilka, B. K. J Biol Chem 1995, 270, 28268-28275.
43. Peleg, G.; Ghanouni, P.; Kobilka, B. K.; Zare, R. N. Proc Natl Acad Sci USA 2001, 98, 8469-8474.
44. Ghanouni, P.; Gryczynski, Z.; Steenhuis, J. J.; Lee, T. W.; Farrens, D. L.; Lakowicz, J. R.; Kobilka, B. K. J Biol Chem 2001, 276, 24433-24436.
45. Krumins, A. M.; Barber, R. Mol Pharmacol 1997, 52, 144-154.
46. Farrens, D. L.; Altenbach, C.; Yang, K.; Hubbell, W. L.; Khorana, H. G. Science 1996, 274, 768-770.
47. Shuker, S. B.; Hajduk, P. J.; Meadows, R. P.; Fesik, S. W. Science 1996, 274, 1531-1534.
48. Berman, H.; Henrick, K.; Nakamura, H. Nat Struct Biol 2003, 10, 980.
49. Tarricone, C.; Xiao, B.; Justin, N.; Walker, P. A.; Rittinger, K.; Gamblin, S. J.; Smerdon, S. J. Nature 2001, 411, 215-219.
50. Ghosh, P.; Mel, S. F.; Stroud, R. M. Nat Struct Biol 1994, 1, 597-604.
51. Wiener, M.; Freymann, D.; Ghosh, P.; Stroud, R. M. Nature 1997, 385, 461-464.
52. Kim, K. K.; Yokota, H.; Kim, S. H. Nature 1999, 400, 787-792.
53. MOE. Chemical Computing Group: Montreal, 2003.
54. Neidhardt, F. C.; Bloch, P. L.; Smith, D. F. J Bacteriol 1974, 119, 736-747.
55. Delaglio, F.; Grzesiek, S.; Vuister, G. W.; Zhu, G.; Pfeifer, J.; Bax, A. J Biomol NMR 1995, 6, 277-293.
56. Cavanagh, J.; Fairbrother, W. J.; Palmer, A. G., III; Skelton, N. J. Protein NMR Spectroscopy: Principles and Practice; Academic Press: New York, 1996.
57. Brunger, A. T.; Adams, P. D.; Clore, G. M.; DeLano, W. L.; Gros, P.; Grosse-Kunstleve, R. W.; Jiang, J. S.; Kuszewski, J.; Nilges, M.; Pannu, N. S.; Read, R. J.; Rice, L. M.; Simonson, T.; Warren, G. L. Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 1998, 54(Part 5), 905-921.
58. Gorler, A.; Kalbitzer, H. R. J Magn Reson 1997, 124, 177-188.
59. Case, D. A.; Cheatham, T. E., III; Darden, T.; Gohlke, H.; Luo, R.; Merz, K. M, Jr.; Onufriev, A; Simmerling, C; Wang, B; Woods, R J J Comput Chem 2005, 26, 1668-1688.
60. Schwieters, C. D.; Kuszewski, J. J.; Tjandra, N.; Clore, G. M. J Magn Reson 2003, 160, 65-73.
61. Laskowski, R. A.; Rullmannn, J. A.; MacArthur, M. W.; Kaptein, R.; Thornton, J. M. J Biomol NMR 1996, 8, 477-486.