Nanosecond folding dynamics of a three-stranded β-sheet

Journal of the American Chemical Society

Volumn 128, Issue 49, 2006, Pages 15836-15842

  Xu, Yao ^a   Purkayastha, Pradipta ^a   Gai, Feng ^a  

^a UNIVERSITY OF PENNSYLVANIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPUTER SIMULATION; FREE ENERGY; HEAVY IONS; INFRARED RADIATION; MOLECULAR DYNAMICS; RELAXATION PROCESSES; SURFACE ROUGHNESS;

CONFORMATIONAL DIFFUSION PROCESS; DIFFUSION CONSTANT; LANGEVIN DYNAMICS SIMULATIONS; RELAXATION KINETICS;

NANOTECHNOLOGY;

ARTICLE; BETA SHEET; CHEMICAL REACTION KINETICS; DIFFUSION COEFFICIENT; ENERGY TRANSFER; INFRARED SPECTROSCOPY; MOLECULAR DYNAMICS; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN FOLDING; TEMPERATURE; THERMODYNAMICS;

AMINO ACID SEQUENCE; FLUORESCENCE RESONANCE ENERGY TRANSFER; KINETICS; MOLECULAR SEQUENCE DATA; OLIGOPEPTIDES; PROTEIN DENATURATION; PROTEIN FOLDING; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY; THERMODYNAMICS;

EID: 33845403686     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja064865+     Document Type: Article

References (61)

1. Eaton, W. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 5897-5899.
2. Yang, W. Y.; Gruebele, M. Nature 2003, 423, 193-197.
3. Zhu, Y.; Alonso, D. O. V.; Maki, K.; Huang, C.-Y.; Lahr, S. J.; Daggett, V.; Roder, H.; DeGrado, W. F.; Gai, F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 15486-15491.
4. Kubelka, J.; Hofrichter, J.; Eaton, W. A. Curr. Opin. Struct. Biol. 2004, 14, 76-88.
5. Zhu, Y.; Fu, X.; Wang, T.; Tamura, A.; Takada, S.; Saven, J. G.; Gai, F. Chem. Phys. 2004, 307, 99-109.
6. Faraone-Mennella, J.; Gray, H. B.; Winkler, J. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 6315-6319.
7. Chiu, T. K.; Kubelka, J.; Herbst-Irmer, R.; Eaton, W. A.; Hofrichter, J.: Davies, D. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 7517-7522.
8. Bunagan, M. R.; Yang, X.; Saven, J. G.; Gai, F. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 3759-3763.
9. Williams, S.; Causgrove, T. P.; Gilmanshin, R.; Fang, K. S.; Callender, R. H.; Woodruff, W. H.; Dyer, R. B. Biochemistry 1996, 35, 691-697.
10. Eaton, W. A.; Muñoz, V.; Thompson, P. A.; Henry, E. R.; Hofrichter, J. Acc. Chem. Res. 1998, 31, 745-753.
11. Huang, C.-Y.; Klemke, J. W.; Getahun, Z.; DeGrado, W. F.; Gai, F. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 9235-9238.
12. Wang, T.; Zhu, Y.; Getahun, Z.; Du, D.; Huang, C.-Y.; DeGrado, W. F.; Gai, F. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 15301-15310.
13. Plaxco, K. W.; Simons, K. T.; Baker, D. J. Mol. Biol. 1998, 277, 985-994.
14. Du, D.; Tucker, M. J.; Gai, F. Biochemistry 2006, 45, 2668-2678.
15. Muñoz, V.; Thompson, P. A.; Hofrichter, J.; Eaton, W. A. Nature 1997, 390, 196-199.
16. Xu, Y.; Oyola, R.; Gai, F. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 15388-15394.
17. Du, D.; Zhu, Y.; Huang, C.-Y.; Gai, F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 15915-15920.
18. Bryngelson, J. D.; Onuchic, J. N.; Socci, N. D.; Wolynes, P. G. Proteins Struct. Funct. Genet. 1995, 21, 167-195.
19. Onuchic, J. N.; Wolynes, P. G. Curr. Opin. Struct. Biol. 2004, 14, 70-75.
20. Garcia-Mira, M. M.; Sadqi, M.; Fischer, N.; Sanchez-Ruiz, J. M.; Muñoz, V. Science 2002, 298, 2191-2195.
21. Yang, W. Y.; Gruebele, M. Biophys. J. 2004, 87, 596-608.
22. Ma, H.; Gruebele, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 2283-2287.
23. Espinosa, J. F.; Syud, F. A.; Gellman, S. H. Protein Sci. 2002, 11, 1492-1505.
24. Chothia, C. J. Mol. Biol. 1973, 75, 295-302.
25. Nguyen, H.; Jäger, M.; Kelly, J. W.; Gruebele, M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 15182-15186.
26. Syud, F. A.; Stanger, H. E.; Schenck, Mortell, H.; Espinosa, J. F.; Fisk, J. D.; Fry, C. G.; Gellman, S. H. J. Mol. Biol. 2003, 326, 553-568.
27. Kuznetsov, S. V.; Hilario, J.; Keiderling, T. A.; Ansari, A. Biochemistry 2003, 42, 4321-4332.
28. Hilario, J.; Kubelka, J.; Keiderling, T. A. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 7562-7574.
29. Tucker, M. J.; Oyola, R.; Gai, F. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 4788-4795.
30. Buckler, D. R.; Mass, E.; Scheraga, H. A. Biochemistry 1995, 34, 15965-15978.
31. Hagen, S. J.; Hofrichter, J.; Eaton, W. A. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 2352-2356.
32. Syud, F. A.; Espinosa, J. F.; Gellman, S. H. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 11577-11578.
33. Miyazawa, T.; Blout, E. R. J. Am. Chem. Soc. 1961, 83, 712-719.
34. Moore, W. H.; Krimm, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1975, 97, 4933-4935.
35. Surewicz, W. K.; Manisch, H. H.; Chapman, D. Biochemistry 1993, 32, 389-394.
36. Klimov, D. K.; Thirumalai, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 2544-2549.
37. Xu, Y.; Wang, T.; Gai, F. Chem. Phys. 2006, 323, 21-27.
38. Walsh, S. T. R.; Cheng, R. P.; Wright, W. W.; Alonso, D. O. V.; Daggett, V.; Vanderkooi, J. M.; DeGrado, W. F. Protein Sci. 2003, 12, 520-531.
39. Volk, M.; Kholodenko, Y.; Lu, H. S. M.; Gooding, E. A.; DeGrado, W. F.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 8607-8616.
40. Bredenbeck, J.; Helbing, J.; Kumita, J. R.; Woolley, G. A.; Hamm. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 2379-2384.
41. Roder, H.; Colon, W. Curr. Opin. Struct. Biol. 1997, 7, 15-28.
42. Das, C.; Nayak, V.; Raghothama, S.; Balaram, P. J. Peptide Res. 2000, 56, 307-317.
43. Guo, Z.; Thirumalai, D. Biopolymers 1995, 36, 83-102.
44. McCallister, E. L.; Alm, E.; Baker, D. Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 669-673.
45. Jäger, M.; Nguyen, H.; Crane, J. C.; Kelly, J. W.; Gruebele, M. J. Mol. Biol. 2001, 311, 373-393.
46. Krieger, F.; Möglich, A.; Kiefhaber, T. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 3346-3352.
47. Cho, C. H.; Urquidi, J.; Singh, S.; Robinson, G. W. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 1991-1994.
48. Hagen, S. J. Proteins 2003, 50, 1-4.
49. Muñoz, V. Int. J. Quantum Chem. 2002, 90, 1522-1528.
50. Veitshans, T.; Klimov, D. K.; Thirumalai, D. Folding Des. 1996, 2, 1-22.
51. Nymeyer, H.; Socci, N. D.; Onuchic, J. N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 634-639.
52. Daidone, I.; D'Abramo, M.; Di Nola, A. Amadei, A. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 14825-14832.
53. Zwanzig, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 2029-2030.
54. García, A. E.; Sanbonmatsu, K. Y. Proteins Struct. Funct. Genet. 2001, 42, 345-354.
55. Zhou, R.; Berne, B. J.; Germain, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 14931-14936.
56. Zhou, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 13280-13285.
57. Papoian, G. A.; Ulander, J.; Eastwood, M. P.; Luthey-Schulten, Z.; Wolynes, P. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 23352-3357.
58. Lapidus, L. J.; Eaton, W. A.; Hofrichter, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 7220-7225.
59. Hagen, S. J.; Eaton, W. A. J. Chem. Phys. 1996, 104, 3395-3398.
60. Socci, N. D.; Onuchic, J. N.; Wolynes, P. G. J. Chem. Phys. 1996, 104, 5860-5868.
61. Li, M. S.; Klimov, D. K.; Thirumalai, D. Polymer 2004, 45, 573-579.