Landscape approaches for determining the ensemble of folding transition states: Success and failure hinge on the degree of frustration

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

Volumn 97, Issue 2, 2000, Pages 634-639

  Nymeyer, Hugh ^a   Socci, Nicholas D ^b   Onuchic, José Nelson ^a  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

^b ROCKEFELLER UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

Folding funnels; Folding landscapes; Protein folding; values

Indexed keywords

ACCURACY; ARTICLE; CHEMICAL REACTION; FRUSTRATION; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN FOLDING; PROTEIN STRUCTURE; THEORY; THERMODYNAMICS;

EID: 0034681133     PISSN: 00278424     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1073/pnas.97.2.634     Document Type: Article

References (57)

1. Bryngelson, J. D. & Wolynes, P. G. (1987) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 84, 7524-7528.
2. Leopold, P. E., Montal, M. & Onuchic, J. N. (1992) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89, 8721-8725.
3. Bryngelson, J. D., Onuchic, J. N., Socci, N. D. & Wolynes, P. G. (1995) Proteins Struct. Funct. Genet. 21, 167-195.
4. Socci, N. D., Onuchic, J. N. & Wolynes, P. G. (1996) J. Chem. Phys. 104, 5860-5868.
5. Onuchic, J. N., Luthey-Schulten, Z. & Wolynes, P. G. (1997) Annu. Rev. Phys. Chem. 48, 545-600.
6. Dill, K. A. & Chan, H. S. (1997) Nat. Struct. Biol. 4, 10-19.
7. Nymeyer, H., Garcia, A. E. & Onuchic, J. N. (1998) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95, 5921-5928.
8. Englander, S. W. & Mayne, L. (1992) Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 21, 243-265.
9. Kim, P. S. & Baldwin, R. L. (1990) Annu. Rev. Biochem. 59, 631-660.
10. Onuchic, J. N., Socci, N. D., Luthey-Schulten, Z. & Wolynes, P. G. (1996) Fold. Des. 1, 441-450.
11. Fersht, A. R. (1997) Curr. Opin. Struct. Biol. 7, 3-9.
12. Eaton, W. A., Munoz, V., Thompson, P., Chan, C. K. & Hofrichter, J. (1997) Curr. Opin. Struct. Biol. 7, 10-14.
13. Burton, R. E., Huang, G. S., Daugherty, M. A., Calderone, T. L. & Oas, T. G. (1997) Nat. Struct. Biol. 4, 305-310.
14. Riddle, D. S., Santiago, J. V., Bray, S. T., Doshi, N., Grantcharova, V., Yi, Q. & Baker, D. (1997) Nat. Struct. Biol. 4, 805-809.
15. Elove, G. A., Bhuyan, A. K. & Roder, H. (1994) Biochemistry 33, 6925-6935.
16. Jennings, P. & Wright, P. (1993) Science 262, 892-896.
17. Plaxco, K. W. & Dobson, C. M. (1996) Curr. Opin. Struct. Biol. 6, 630-636.
18. Sosnick, T. R., Mayne, L. & Englander, S. W. (1996) Proteins Struct. Funct. Genet. 24, 413-426.
19. Ballew, R. M., Sabelko, J. & Gruebele, M. (1996) Nat. Struct. Biol. 3, 923-926.
20. Phillips, C. M., Mizutani, Y. & Hochstrasser R. M. (1995) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 92, 7292-7296.
21. Williams, S., Causgrove, T. P., Gilmanshin, R., Fang, K. S., Callender, R. H., Woodruff, W. H. & Dyer, R. B. (1996) Biochemistry 35, 691-697.
22. Matthews, C. R. (1993) Annu. Rev. Biochem. 62, 632-683.
23. Cordes, M. H. J., Davidson, A. R. & Sauer, R. T. (1996) Curr. Opin. Struct. Biol. 6, 3-10.
24. Raschke, T. M. & Marqusee, S. (1997) Nat. Struct. Biol. 4, 298-304.
25. Lin, L., Pinker, R. J., Forde, K., Rose, G. D. & Kallenbach, N. R. (1994) Nat. Struct. Biol. 1, 447-452.
26. Pascher, T., Chesick, J. P., Winkler, J. R. & Gray, H. B. (1996) Science 271, 1558-1560.
27. Villegas, V., Martinez, J. C., Aviles, F. X. & Serrano, L. (1998) J. Mol. Biol. 283, 1027-1036.
28. Socci, N. D., Nymeyer, H. & Onuchic, J. N. (1997) Phys. D 107, 366-382.
29. Pande, V. S. & Rokhsar, D. S. (1998) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96, 1273-1278.
30. Du, R., Pande, V. S., Grosberg, A. Yu. & Tanaka, T. & Shakhnovich, E. S. (1998) J. Chem. Phys. 108, 334-350.
31. Li, Z. & Scheraga, H. A. (1984) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 84, 6611-6615.
32. Boczko, E. M. & Brooks, C. L., III (1995) Science 269, 393-396.
33. Daggett, V., Li, A., Itzhaki, L. S., Otzen, D. E. & Fersht, A. R. (1996) J. Mol. Biol. 257, 430-440.
34. Guo, Z., Brooks, C. L., III & Boczko, E. M. (1997) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94, 10161-10166.
35. Sheinerman, F. B. & Brooks, C. L., III (1998) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95, 1562-1567.
36. Vakhter, B. & Berry, R. S. (1999) J. Chem. Phys. 110, 2195-2201.
37. Klimov, D. K. & Thirumalai, D. (1998) J. Mol. Biol. 282, 471-492.
38. Elber, R., Meller, J. & Olender, R. (1999) J. Phys. Chem. B 103, 899-911.
39. Dellago, C., Bolhuis, P. G. & Chandler, D. (1999) J. Chem. Phys. 110, 6617-6625.
40. Ladurner, A. G., Itzhaki, L. S., Daggett, V. & Fersht, A. R. (1998) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95, 8473-8478.
41. Lazaridis, T. & Karplus, M. (1997) Science 278, 1928-1931.
42. Matouschek, A, Kellis, J. T., Jr., Serrano, L. & Fersht, A. R. (1989) Nature (London) 340, 122-126.
43. Hagen, S. J., Hofrichter, J., Szabo, A. & Eaton, W. A. (1996) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93, 11615-11617.
44. Mines, G. A., Pascher, T., Lee, S. C., Winkler, J. R. & Gray, H. B. (1996) Chem. Biol. 3, 491-497.
45. Oliveberg, M., Tan, Y. J., Silow, M. & Fersht, A. R. (1998) J. Mol. Biol. 277, 933-943.
46. Matouschek, A, Otzen, D. K., Itzhaki, L. S., Jackson, S. E & Fersht, A. R. (1995) Biochemistry 34, 13656-13662.
47. Lau, D. F. & Dill, K. A. (1989) Macromolecules 22, 3986-3997.
48. Shakhnovich, E. I (1998) Fold. Des. 3, R45-R58.
49. Socci, N. D. & Onuchic, J. N. (1995) J. Chem. Phys. 103, 4732-4744.
50. Socci, N. D., Onuchic, J. N. & Wolynes, P. G. (1998) Proteins Struct. Funct. Genet. 32, 136-158.
51. Onuchic, J. N., Wolynes, P. G., Luthey-Schulten, Z. & Socci, N. D. (1995) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 92, 3626-3630.
52. Zwanzig, R. (1954) J. Chem. Phys. 22, 1420-1426.
53. Fersht, A. R., Matouschek, A. & Serrano, L. (1992) J. Mol. Biol. 224, 771-782.
54. Onuchic, J. N., Nymeyer, H., Garcia, A. E., Chahine, J. & Socci, N. D. (2000) Adv. Protein Chem. 53, 87-152.
55. Shea, J. E., Onuchic, J. N. & Brooks, C. L., III (1999) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96, 12512-12517.
56. Grantcharova, V. P., Riddle, D. S., Santiago, J. V. & Baker, D. (1998) Nat. Struct. Biol. 5, 714-720.
57. Martinez, J. C., Pisabarro, M. T. & Serrano, L (1998) Nat. Struct. Biol. 5, 721-729.