Ultrafast folding of a computationally designed trp-cage mutant: Trp 2-cage

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 110, Issue 8, 2006, Pages 3759-3763

  Bunagan, Michelle R ^a   Yang, Xi ^a   Saven, Jeffery G ^a   Gai, Feng ^a  

^a UNIVERSITY OF PENNSYLVANIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPUTER SIMULATION; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULAR STRUCTURE; REACTION KINETICS;

PROTEIN FOLDING; TIME SCALES; ULTRAFAST FOLDING KINETICS;

PROTEINS;

EID: 33644880010     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp055288z     Document Type: Article

References (37)

1. Kubelka, J.; Hofrichter, J.; Eaton, W. A. Curr. Opin. Struct. Biol. 2004, 14, 76-88.
2. Onuchic, J. N.; Wolynes, P. G. Curr. Opin. Struct. Biol. 2004, 14, 70-75.
3. Snow, C. D.; Nguyen, H.; Pande, V. S.; Gruebele, M. Nature 2002, 420, 102-106.
4. Portman, J. J.; Takada, S.; Wolynes, P. G. J. Chem. Phys. 2001, 114, 5082-5096.
5. Yang, W. Y.; Gruebele, M. Nature 2003, 423, 193-197.
6. Hagen, S. J.; Hofrichter, J.; Szabo, A.; Eaton, W. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 11615-11617.
7. Neidigh, J. W.; Fesinmeyer, R. M.; Andersen, N. H. Nat Struct. Biol. 2002, 9, 425-430.
8. Gellman, S. H.; Woolfson, D. N. Nat. Struct. Biol. 2002, 9, 408-410.
9. Qiu, L.; Pabit, S. A.; Roitberg, A. E.; Hagen, S. J. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 12952-12953.
10. Pitera, J. W.; Swope, W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 7587-7592.
11. Chowdhury, S.; Lee, M. C.; Xiong, G.; Duan, Y. J. Mol. Biol. 2003, 327, 711-717.
12. Simmerling, C.; Strockbine, B.; Roitberg, A. E. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 11258-11259.
13. Ota, M.; Ikeguchi, M.; Kidera, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 17658-17663.
14. Chowdhury, S.; Lee, M. C.; Duan, Y. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 13855-13865.
15. Zhou, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 13280-13285.
16. Nikiforovich, G. V.; Andersen, N. H.; Fesinmeyer, R. M.; Frieden, C. Proteins 2003, 52, 292-302.
17. Snow, C. D.; Zagrovic, B.; Pande, V. S. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 14548-14549.
18. Eyles, S. J.; Gierasch, L. M. J. Mol. Biol. 2000, 301, 737-747.
19. Zhu, Y.; Alonso, D. O. V.; Maki, K.; Huang, C.-Y.; Lahr, S. J.; Daggett, V.; Roder, H.; DeGrado, W. F.; Gai, F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 15486-15491.
20. Gillespie, B.; Vu, D. M.; Shah, P. S.; Marshall, S. A.; Dyer, R. B.; Mayo, S. L.; Plaxco, K. W. J. Mol. Biol. 2003, 330, 813-819.
21. Zhu, Y.; Fu, X.; Wang, T.; Tamura, A.; Takada, S.; Saven, J. G.; Gai, F. Chem. Phys. 2004, 307, 99-109.
22. Wang, T.; Zhu, Y.; Gai, F. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 3694-3697.
23. Zou, J.; Saven, J. G. J. Mol. Biol. 2000, 296, 281-294.
24. Kono, H.; Saven, J. G. J. Mol. Biol. 2001, 306, 607-628.
25. Zou, J.; Saven, J. G. J. Chem. Phys. 2003, 118, 3843-3854.
26. Yang, X.; Saven, J. G. Chem. Phys. Lett. 2005, 401, 205-210.
27. Weiner, S. J.; Kollman, P. A.; Case, D. A.; Singh, U. C.; Ghio, C.; Alagona, G.; Profeta, S.; Weiner, P. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 765-784.
28. Kono, H.; Doi, J. J. Comput. Chem. 1996, 17, 1667-1683.
29. Dunbrack, R. L. J.; Cohen, F. E. Protein Sci. 1997, 6, 1661-1681.
30. Huang, C. Y.; Getahun, Z.; Zhu, Y.; Klemke, J. W.; DeGrado, W. F.; Gai, F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 2788-2793.
31. Grishina, I. B.; Woody, R. W. Faraday Discuss. 1994, 99, 245-262.
32. Cochran, A. G., Skelton, N. J.; Starovasnik, M. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 5578-5583.
33. Samanta, U.; Pal, D. Chakrabarti, P. Acta Crystallogr., Sect. D 1999, 55, 1421-1427.
34. Guvench, O.; Brooks, C. L., III J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 4668-4674.
35. Krimm, S.; Bandekar, J. Adv. Protein Chem. 1986, 38, 181-364.
36. Timasheff, S. N.; Susi, H.; Stevens, L. J. Biol. Chem. 1967, 242, 5467-5473.
37. Bryngelson, J. D.; Wolynes, P. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1987, 84, 7524-7528.