Ultrafast folding of α3D: A de novo designed three-helix bundle protein

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

Volumn 100, Issue 26, 2003, Pages 15486-15491

  Zhu, Yongjin ^a   Alonso, Darwin O V ^b   Maki, Kosuke ^c   Huang, Cheng Yen ^a   Lahr, Steven J ^a   Daggett, Valerie ^b   Roder, Heinrich ^a,c   DeGrado, William F ^a   Gai, Feng ^a  

^a UNIVERSITY OF PENNSYLVANIA   (United States)

^b UNIVERSITY OF WASHINGTON   (United States)

^c FOX CHASE CANCER CENTER   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; DENATURATION; EQUILIBRIUM CONSTANT; FLUORESCENCE; HYDROPHOBICITY; INFRARED SPECTROSCOPY; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULAR MODEL; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN FOLDING; PROTEIN STABILITY; PROTEIN STRUCTURE; TEMPERATURE DEPENDENCE; THERMAL ANALYSIS; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; KINETICS; METABOLISM; PROTEIN DENATURATION; THERMODYNAMICS; TIME;

MUS;

ALPHA3D PROTEIN, SYNTHETIC; PROTEIN; UREA;

KINETICS; MODELS, MOLECULAR; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN DENATURATION; PROTEIN FOLDING; PROTEINS; THERMODYNAMICS; TIME FACTORS; UREA;

EID: 0346734133     PISSN: 00278424     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1073/pnas.2136623100     Document Type: Article

References (58)

1. Baldwin, R. L. (1989) Trends Biochem. Sci. 14, 291-294.
2. Daggett, V. & Fersht, A. R. (2003) Trends Biochem. Sci. 28, 18-25.
3. Huang, G. S. & Oas, T. G. (1995) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 92, 6878-6882.
4. Shastry, M. C. R. & Roder, H. (1998) Nat. Struct. Biol. 5, 385-392.
5. Wittung-Stafshede, P., Lee, J. C., Winkler, J. R. & Gray, H. B. (1999) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96, 6587-6590.
6. Spector, S. & Raleigh, D. P. (1999) J. Mol. Biol. 293, 763-768.
7. Park, S.-H., Shastry, M. C. R. & Roder, H. (1999) Nat. Struct. Biol. 6, 943-947.
8. Mayor, U., Johnson, C. M., Daggett, V. & Fersht, A. R. (2000) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97, 13518-13522.
9. Myers, J. K. & Oas, T. G. (2001) Nat. Struct. Biol. 8, 552-558.
10. Krantz, B. A. & Sosnick, T. R. (2001) Nat. Struct. Biol. 8, 1042-1047.
11. Qiu, L., Pabit, S. A., Roitberg, A. E. & Hagen, S. J. (2002) J. Am. Chem. Soc. 124, 12952-12953.
12. Snow, C. D., Nguyen, H., Pande, V. S. & Gruebele, M. (2002) Nature 420, 102-106.
13. Mayor, U., Guydosh, N. R., Johnson, C. M., Grossmann, J. G., Sato, S., Jas, G. S., Freund, S. M., Alonso, D. O., Daggett, V. & Fersht, A. R. (2003) Nature 421, 863-867.
14. Wang, M., Tang, Y., Sato, S., Vugmeyster, L., McKnight, C. J. & Raleigh, D. P. (2003) J. Am. Chem. Soc. 125, 6032-6033.
15. Bieri, O., Wirz, J., Hellrung, B., Schutkowski, M., Drewello, M. & Kiefhaber, T. (1999) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96, 9597-9601.
16. Lapidus, L. J., Eaton, W. A. & Hofrichter, J. (2000) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97, 7220-7225.
17. Krieger, F., Fierz, B., Bieri, O., Drewello, M. & Kiefhaber, T. (2003) J. Mol. Biol. 332, 265-274.
18. Williams, S., Causgrove, P., Gilmanshin, R., Fang, K. S., Callender, R. H., Woodruff, W. H. & Dyer, R. B. (1996) Biochemistry 35, 691-697.
19. Thompson, P. A., Eaton, W. A. & Hofrichter, J. (1997) Biochemistry 36, 9200-9210.
20. Huang, C. Y., Getahun, Z., Zhu, Y., Klemke, J. W., DeGrado, W. F. & Gai, F. (2002) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99, 2788-2793.
21. Muñoz, V., Thompson, P. A., Hofrichter, J. & Eaton, W. A. (1997) Nature 390, 196-199.
22. Durr, E., Jelesarov, I. & Bosshard, H. R. (1999) Biochemistry 38, 870-880.
23. Bryson, J. W., Desjarlais, J. R., Handel, T. M. & DeGrado, W. F. (1998) Protein Sci. 7, 1404-1414.
24. Waldburger, C. D., Jonsson, T. & Sauer, R. T. (1996) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93, 2629-2634.
25. Walsh, S. T. R., Cheng, H., Bryson, J. W., Roder, H. & DeGrado, W. F. (1999) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96, 5486-5491.
26. Walsh, S. T., Sukharev, V. I., Betz, S. F., Vekshin, N. L. & DeGrado, W. F. (2001) J. Mol. Biol. 305, 361-373.
27. Shastry, M. C. R., Luck, S. D. & Roder, H. (1998) Biophys. J. 74, 2714-2721.
28. Levitt, M. (1990) ENCAD, Energy Calculations and Dynamics (Molecular Applications Group, Palo Alto, CA).
29. Levitt, M., Hirshberg, M., Sharon, R. & Daggett, V. (1995) Comput. Phys. Commun. 91, 215-231.
30. Levitt, M., Hirshberg, M., Sharon, R., Laidig, K. E. & Daggett, V. (1997) J. Phys. Chem. 101, 5051-5061.
31. Kell, G. S. (1967) J. Chem. Eng. Data 12, 66-69.
32. Li, A. & Daggett, V. (1994) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91, 10430-10434.
33. Walsh, S. T., Cheng, R. P., Wright, W. W., Alonso, D. O., Daggett, V., Vanderkooi, J. M. & DeGrado, W. F. (2003) Protein Sci. 12, 520-531.
34. Surewicz, W. K., Mantsch, H. H. & Chapman, D. (1993) Biochemistry 32, 389-394.
35. Dyson, H. J., Rance, M., Houghten, R. A., Wright, P. E. & Lerner, R. A. (1988) J. Mol. Biol. 201, 201-217.
36. Plaxco, K. W., Guijarro, J. I., Morton, C. J., Pitkeathly, M., Campbell, I. D. & Dobson, C. M. (1998) Biochemistry 37, 2529-2537.
37. Schindler, T. & Schmid, F. X. (1996) Biochemistry 35, 16833-16842.
38. Kuhlman, B., Luisi, D. L., Evans, P. A. & Raleigh, D. P. (1998) J. Mol. Biol. 284, 1661-1670.
39. Chan, H. S. & Dill, K. A. (1998) Proteins 30, 2-33.
40. Bryngelson, J. D., Onuchic, J. N., Socci, N. D. & Wolynes, P. G. (1995) Proteins 21, 167-195.
41. Oliveberg, M., Tan, Y.-J. & Fersht, A. R. (1995) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 92, 8926-8929.
42. Ferguson, N., Pires, J. R., Toepert, F., Johnson, C. M., Pan, Y. P., Volkmer-Engert, R., Schneider-Mergener, J., Daggett, V., Oschkinat, H. & Fersht, A. (2001) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98, 13008-13013.
43. Day, R., Bennion, B. J., Ham, S. & Daggett, V. (2002) J. Mol. Biol. 322, 189-203.
44. Daggett, V., Kollman, P. A. & Kuntz, I. D. (1991) Biopolymers 31, 285-304.
45. Camacho, C. J. & Thirumalai, D. (1995) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 92, 1277-1281.
46. Hagen, S. J., Hofrichter, J., Szabo, A. & Eaton, W. A. (1996) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93, 11615-11617.
47. Chang, I. J., Lee, J. C., Winkler, J. R. & Gray, H. B. (2003) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 100, 3838-3840.
48. Yang, W. Y. & Gruebele, M. (2003) Nature 423, 193-197.
49. Li, M. S., Klimov, D. K. & Thirumalai, D. (2003) Polymer, in press.
50. Plaxco, K. W., Simons, K. T. & Baker, D. (1998) J. Mol. Biol. 277, 985-994.
51. Bond, C. J., Wong, K. B., Clarke, J., Fersht, A. R. & Daggett, V. (1997) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94, 13409-13413.
52. Kazmirski, S. L., Wong, K. B., Freund, S. M., Tan, Y. J., Fersht, A. R. & Daggett, V. (2001) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98, 4349-4354.
53. Klein-Seetharaman, J., Oikawa, M., Grimshaw, S. B., Wirmer, J., Duchardt, E., Ueda, T., Imoto, T., Smith, L. J., Dobson, C. M. & Schwalbe, H. (2002) Science 295, 1719-1722.
54. Kortemme, T., Kelly, M. J., Kay, L. E., Forman-Kay, J. & Serrano, L. (2000) J. Mol. Biol. 297, 1217-1229.
55. Moran, L. B., Schneider, J. P., Kentsis, A., Reddy, G. A. & Sosnick, T. R. (1999) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96, 10699-10704.
56. Gianni, S., Guydosh, N. R., Khan, F., Caldas, T. D., Mayor, U., White, G. W. N., DeMarco, M. L., Daggett, V. & Fersht, A. R. (2003) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 100, 13286-13291.
57. Gillespie, B., Vu, D. M., Shah, P. S., Marshall, S. A., Dyer, R. B., Mayo, S. L. & Plaxco, K. W. (2003) J. Mol. Biol. 330, 813-819.
58. Kabsch, W. & Sander, C. (1983) Biopolymers 22, 2577-2637.