Molecular modeling studies of peptide drug candidates against SARS

Medicinal Chemistry

Volumn 2, Issue 3, 2006, Pages 309-314

  Zhang, Rui ^a   Wei, Dong Qing ^a,b,c   Du, Qi Shi ^a,c   Chou, Kuo Chen ^a,c  

^a TIANJIN NORMAL UNIVERSITY   (China)

^b Gina Cody School of Engineering and Computer Science   (Canada)

^c GORDON LIFE SCIENCE INSTITUTE   (United States)

Author keywords

Autodock; Binding free energy; Cleavable peptides; CoV Mpro; Distorted key theory; Flexible alignment; Protease inhibitor; SARS

Indexed keywords

ALANYLTHREONYLLEUCYLGLUTAMINYLALANYLASPARAGYLGLUTAMYLVALINE; ALANYLTHREONYLLEUCYLGLUTAMINYLALANYLISOLEUCYLALANYLSERINE; ALANYLVALYLLEUCYLGLUTAMINYLSERYLGLYCYLPHENYLALANYLARGININE; ANTIVIRUS AGENT; CYSTEINE; GLUTAMINE; HISTIDINE; OCTAPEPTIDE; UNCLASSIFIED DRUG; VIRUS ENZYME;

ARTICLE; CATALYSIS; CONTROLLED STUDY; DRUG DESIGN; DRUG RECEPTOR BINDING; DRUG STRUCTURE; HYDROGEN BOND; HYDROPHOBICITY; MOLECULAR MODEL; PHARMACOPHORE; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN DEGRADATION; SARS CORONAVIRUS; SEVERE ACUTE RESPIRATORY SYNDROME;

AMINO ACID SEQUENCE; ANTIVIRAL AGENTS; BINDING SITES; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR SEQUENCE DATA; PEPTIDES; SARS VIRUS;

EID: 33746172585     PISSN: 15734064     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.2174/157340606776930736     Document Type: Article

References (81)

1. Ksiazek, T. G.; Erdman, D.; Goldsmith, C. S.; Zaki, S. R.; Peret, T.; Emery, S.; Tong, S.; Urbani, C.; Comer, J. A.; Lim, W. New Engl. J. Med, 2003, 348, 1953-1966.
2. Shortridge, K. F. Am. J. Respir. Crit. Care Med., 2003, 168, 1416-1420.
3. Chou, K. C.; Wei D. Q.; Zhong, W. Z. Biochem. Biophys. Res. Comm., 2003, 308, 148-151.
4. Anand, K; Ziebuhr, J.; Wadhwani, P.; Mesters, J. R.; Hilgenfeld, R. Science, 2003, 300, 1763-1767.
5. Yang, H.; Yang, M.; Ding, Y.; Liu, Y.; Lou, Z.; Zhou, Z.; Sun, L.; Mo, L.; Ye, S.; Pang, H.; Gao, G. F.; Anand, K.; Bartlam, M.; Hilgenfeld, R.; Rao, Z. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2003, 100, 13190-13195.
6. Du, Q. S.; Wang, S. Q.; Jiang, Z. Q.; Gao, W. N.; Li, Y. D.; Wei, D. Q.; Chou, K. C. Med. Chem., 2005, 1, 209-213.
7. Chou, K. C. Curr. Med. Chem., 2004, 11, 2105-2134.
8. Chou, K. C. J. Biol. Chem., 1993, 268, 16938-16948.
9. Chou, K. C. Analyt. Biochem., 1996, 233, 1-14.
10. Wei, D. Q.; Chou, K. C.; Gan, Y. R.; Du, Q. S. In Patent Application No: CN 1560074A, January 2005 China, 2005.
11. Gan, Y. R.; Huang, H.; Huang, Y. D.; Rao, C. M.; Zhao, Y.; Liu, J. S.; Wu, L.; Wei, D. Q. Peptides, Online flrst: doi:10.1016/ j.peptides.2005.09.006,2005.
12. Chou, K. C. FEBS Lett., 1995, 363, 123-126.
13. Chou, K. C. J. Prot. Chem., 1996, 15, 161-168.
14. Chou, K. C. Prot Sci., 1995, 4, 1365-1383.
15. Chou, K. C.; Kezdy, F. J.; Reusser, F. Analyt. Biochem., 1994, 221, 217-230.
16. Chou, K. C. J. Biol. Chem., 1989, 264, 12074-12079.
17. Chou, K. C. Biophys. Chem, 1990, 35, 1-24.
18. Althaus, I. W.; Chou, J. J.; Gonzales, A. J.; Diebel, M. R.; Chou, K. C.; Kezdy, F. J.; Romero, D. L.; Aristoff, P. A.; Tarpley, W. G.; Reusser, F. J. Biol. Chem., 1993, 268, 6119-6124.
19. Althaus, I. W.; Gonzales, A. J.; Chou, J. J.; Diebel, M. R.; Chou, K. C.; Kezdy, F. J.; Romero, D. L.; Aristoff, P. A.; Tarpley, W. G.; Reusser, F. J. Biol. Chem., 1993, 268, 14875-14880.
20. Althaus, I. W.; Chou, J. J.; Gonzales, A. J.; Diebel, M. R.; Chou, K. C.; Kezdy, F. J.; Romero, D. L.; Aristoff, P. A.; Tarpley, W. G.; Reusser, F. Biochemistry, 1993, 32, 6548-6554.
21. Althaus, I. W.; Chou, J. J.; Gonzales, A. J.; Diebel, M. R.; Chou, K. C.; Kezdy, F. J.; Romero, D. L.; Aristoff, P. A.; Tarpley, W. G.; Reusser, F. Experientia, 1994, 50, 23-28.
22. Althaus, I. W.; Chou, J. J.; Gonzales, A. J.; Diebel, M. R.; Chou, K. C.; Kezdy, F. J.; Romero, D. L.; Thomas, R. C.; Aristoff, P. A.; Tarpley, W. G.; Reusser, F. Biochem. Pharmacol., 1994, 47, 2017-2028.
23. Althaus, I. W.; Chou, K. C.; Franks, K. M.; Diebel, M. R.; Kezdy, F. J.; Romero, D. L.; Thomas, R. C.; Aristoff, P. A.; Tarpley, W. G.; Reusser, F. Biochem. Pharmacol., 1996, 51, 743-750.
24. Chou, K. C.; Jones, D.; Heinrikson, R. L. FEBS Lett., 1997, 419, 49-54.
25. Chou, K. C.; Watenpaugh, K. D.; Heinrikson, R. L. Biochem. Biophys. Res. Commun., 1999, 259, 420-428.
26. Carter, D. B.; Chou, K. C. Neurobiol. Aging, 1998, 19, 37-40.
27. Chou, K. C.; Elrod, D. W. Prot. Engineer., 1999, 12, 107-118.
28. Chou, K. C. Analyt. Biochem., 2000, 286, 1-16.
29. Zhang, J.; Luan, C. H.; Chou, K. C.; Johnson, G. V. W. PROTEINS: Structure, Function, and Genetics, 2002, 48, 447-453.
30. Chou, K. C.; Tomasselli, A. G.; Heinrikson, R. L. FEBS Lett., 2000, 470, 249-256.
31. Nakai, K. Advan. Prot. Chem., 2000, 54, 277-344.
32. Chou, K. C. PROTEINS. Struc. Funct. Genet. (Erratum: ibid., 2001, Vol.44, 60), 2001, 43, 246-255.
33. Chou, K. C.; Howe, W. J. Biochem Biophys. Res. Commun., 2002, 292, 702-708.
34. Chou, K. C. Curr. Prot. Pept. Sci., 2002, 3, 615-622.
35. Zhou, G. P.; Doctor, K. PROTEINS: Struc., Func. Genet., 2003, 50, 44-48.
36. Chou, K. C.; Cai, Y. D. PROTEINS: Struc., Func. Genet., 2003, 53, 282-289.
37. Chou, K. C. J. Prot. Res., 2004, 3, 856-861.
38. Chou, K. C. Biochem. Biophys. Res. Commun., 2004, 316, 636-642.
39. Chou, K. C. Biochem. Biophys. Res. Commun., 2004, 319, 433-438.
40. Chou, K. C. Biochem. Biophys. Res. Commun., 2005, 331, 56-60.
41. Chou, K. C. J. Prot. Rev., 2004, 3, 1069-1072.
42. Chou, K. C. J. Prot. Res., 2004, 3, 1284-1288.
43. Chou, K. C. J. Prot. Res., 2005, 4, 1657-1660.
44. Chou, K. C. J. Prot. Res., 2005, 4, 1681-1686.
45. Sirois, S.; Wei, D. Q.; Du, Q. S.; Chou, K. C. J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2004, 44, 1111-1122.
46. Sirois, S.; Hatzakis, G. E.; Wei, D. Q.; Du, Q. S.; Chou, K. C. Comput. Biol. Chem., 2005, 29, 55-67.
47. Sirois, S.; Tsoukas, C. M.; Chou, K. C.; Wei, D. Q.; Boucher, C.; Hatzakis, G. E. Med. Chem., 2005, 1, 173-184.
48. Sirois, S.; Sing, T.; Chou, K. C. Curr. Prot. Pept. Sci., 2005, 6, 413-422.
49. Du, Q. S.; Wang, S. Q.; Wei, D. Q.; Zhu, Y.; Guo, H.; Sirois, S.; Chou, K. C. Peptides, 2004, 25, 1857-1864.
50. Du, Q. S.; Wang, S.; Wei, D. Q.; Sirois, S.; Chou, K. C. Analyt. Biochem., 2005, 337, 262-270.
51. Wei, D. Q.; Sirois, S.; Du, Q. S.; Arias, H. R.; Chou, K. C. Biochem. Biophys. Res. Commun., 2005, 338, 1059-1064.
52. Chou, K. C. Curr. Prot. Pept. Sci., 2005, 6, 423-436.
53. Zhou, G. P.; Troy, F. A., 2nd Glycobiology, 2003, 13, 51-71.
54. Zhou, G. P.; Troy, F. A., 2nd Glycobiology, 2005, 15, 347-359.
55. Zhou, G. P.; Troy, F. A. Curr. Prot. Pept. Sci., 2005, 6, 399-411.
56. Chou, K. C.; Cai, Y. D. Biochem. Biophys. Res. Commun., 2006, 339, 1015-1020.
57. Chou, K. C. J. Prot. Res., 2005, 4, 1413-1418.
58. Chou, K. C.; Elrod, D. W. J. Prot. Res., 2002, I, 429-433.
59. Chou, K. C.; Cai, Y. D. PROTEINS: Struc. Func. Genet., 2004, 55, 77-82.
60. Chou, K. C.; Cai, Y. D. J. Cell. Biochem. (Addendum, ibid. 2004, 91, 1085), 2003, 90, 1250-1260.
61. Chou, K. C. Bioinformatics, 2005, 21, 10-19.
62. Chou, K. C.; Cai, Y. D. Prot. Sci., 2004, 13, 2857-2863.
63. Chou, K. C.; Cai, Y. D. J. Biol. Chem., 2002, 277, 45765-45769.
64. Chou, K. C.; Cai, Y. D. J. Chem. Inform. Mod, 2005, 45, 407-413.
65. Xiao, X.; Shao, S.; Ding, Y.; Huang, Z.; Huang, Y.; Chou, K. C. Amino Acids, 2005, 28, 57-61.
66. Xiao, X; Shao, S.; Ding, Y.; Huang, Z.; Chen, X; Chou, K. C. J. Theoret. Biol., 2005, 235, 555-565.
67. Wang, M.; Yao, J. S.; Huang, Z. D.; Xu, Z. J.; Liu, G. P.; Zhao, H. Y.; Wang, X. Y.; Yang, J.; Zhu, Y. S.; Chou, K. C. Med. Chem., 2005, 1, 39-47.
68. Liu, H.; Yang, J.; Ling, J. G.; Chou, K. C. Biochem. Biophys. Res. Comm, 2005, 338, 1005-1011.
69. Shen, H. B.; Chou, K. C. Biochem. Biophys. Res. Comm., 2005, 337, 752-756.
70. Chou, K. C.; Cai, Y. D. Biochem. Biophys. Rev. Comm., 2005, 327, 845-847.
71. Gao, L.; Ding, Y. S.; Dai, H.; Shan, S. H.; Huang, Z. D.; Chou, K. C. J. Phamaceut. Biomed. Anal., 2005, doi:10.1016/j.jpba. 2005, 09, 031.
72. Lubec, G.; Afjehi-Sadat, L.; Yang, J. W.; John, J. P. Prog. Neurobiol., 2005, 77, 90-127.
73. Osterberg, F.; Morris, G. M.; Sanner, M. F.; Olson, A. J.; Goodsell, D. S. Proteins, 2002, 46, 34-40.
74. Morris, G. M.; Goodsell, D. S.; Huey, R.; Olson, A. J. J. Comput. Aided Mol. Des., 1996, 10, 293-304.
75. Kearsley, S. K.; Underwood, D. J.; Sheridan, R. P.; Miller, M. D. J. Comput. Aided Mol. Des., 1994, 8, 565-582.
76. Li, C.; Xu, L.; Wolan, D. W.; Wilson, I. A.; Olson, A. J. J. Med. Chem., 2004, 47, 6681-6690.
77. Buzko, O. V.; Bishop, A. C.; Shokat, K. M. J. Comput. Aided Mol. Des., 2002, 16, 113-127.
78. Chou, K. C.; Carlacci, L. Prot. Engineer., 1991, 4, 661-667.
79. Chou, K. C. J. Mol. Biol., 1992, 223, 509-517.
80. Battiti, R.; Tecchiolli, G. Comput. Math. Applic., 1994, 28, 1-8.
81. Glover, F. Interfaces, 1990, 20, 74-94.