Tandem mass spectrometry of intact GroEL - Substrate complexes reveals substrate-specific conformational changes in the trans ring

Journal of the American Chemical Society

Volumn 128, Issue 14, 2006, Pages 4694-4702

  Van Duijn, Esther ^a,b   Simmons, Douglas A ^c   Van Den Heuvel, Robert H H ^a   Bakkes, Patrick J ^b   Van Heerikhuizen, Harm ^b   Heeren, Ron M A ^a,d   Robinson, Carol V ^c   Van Der Vies, Saskia M ^b   Heck, Albert J R ^a  

^a UTRECHT UNIVERSITY   (Netherlands)

^b VU UNIVERSITY AMSTERDAM   (Netherlands)

^c UNIVERSITY OF CAMBRIDGE   (United Kingdom)

^d FOM INSTITUTE AMOLF   (Netherlands)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BACTERIOLOGY; CONFORMATIONS; DATA REDUCTION; IONIZATION; MASS SPECTROMETRY; SUBSTRATES;

CAPSID MOLECULE; CAPSID POLYPEPTIDE; CAPSID PROTEIN; CHAPERONIN-SUBSTRATE COMPLEX;

PROTEINS;

CAPSID PROTEIN; CHAPERONIN; RIBULOSEBISPHOSPHATE CARBOXYLASE;

ARTICLE; BACTERIOPHAGE T4; COMPLEX FORMATION; CONFORMATIONAL TRANSITION; DISSOCIATION; ELECTROSPRAY MASS SPECTROMETRY; ENZYME BINDING; ENZYME SPECIFICITY; TANDEM MASS SPECTROMETRY; VIRUS CAPSID;

BACTERIOPHAGE T4; CAPSID PROTEINS; CRYSTALLOGRAPHY, X-RAY; ESCHERICHIA COLI; GROEL PROTEIN; GROES PROTEIN; MODELS, MOLECULAR; PROTEIN CONFORMATION; RECOMBINANT PROTEINS; RIBULOSE-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE; SPECTROMETRY, MASS, ELECTROSPRAY IONIZATION; SUBSTRATE SPECIFICITY;

EID: 33646045893     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja056756l     Document Type: Article

References (50)

1. Kerner, M. J.; Naylor, D. J.; Ishihama, Y.; Maier, T.; Chang, H. C.; Stines, A. P.; Georgopoulos, C.; Frishman, D.; Hayer-Hartl, M.; Mann, M.; Hartl, F. U. Cell 2005, 122, 209-220.
2. Houry, W. A.; Frishman, D.; Eckerskorn, C.; Lottspeich, F.; Hartl, F. U. Nature 1999, 402, 147-154.
3. Ranson, N. A.; Farr, G. W.; Roseman, A. M.; Gowen, B.; Fenton, W. A.; Horwich, A. L.; Saibil, H. R. Cell 2001, 107, 869-879.
4. Xu, Z.; Horwich, A. L.; Sigler, P. B. Nature 1997, 388, 741-750.
5. Gomez-Puertas, P.; Martin-Benito, J.; Carrascosa, J. L.; Willison, K. R.; Valpuesta, J. M. J. Mol. Recognit. 2004, 17, 85-94.
6. Ellis, R. J. Curr. Biol. 2001. 11, R1038-R1040.
7. Hartl, F. U.; Hayer-Hartl, M. Science 2002, 295, 1852-1858.
8. Sigler, P. B.; Xu, Z.; Rye, H. S.; Burston, S. G.; Fenton, W. A.; Horwich, A. L. Annu. Rev. Biochem. 1998, 67, 581-608.
9. Ellis, R. J. Curr. Biol 2003, 13, R881-R883.
10. Rye, H. S.; Burston, S. G.; Fenton, W. A.; Beechem, J. M.; Xu, Z.; Sigler, P. B.; Horwich, A. L. Nature 1997, 388, 792-798.
11. Elcock, A. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 2340-2344.
12. Walters, C.; Errington, N.; Rowe, A. J.; Harding, S. E. Biochem. J. 2002, 364, 849-855.
13. Motojima, F.; Chaudhry, C.; Fenton, W. A.; Farr, G. W.; Horwich, A. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 15005-15012.
14. Chen, S.; Roseman, A. M.; Hunter, A. S.; Wood, S. P.; Burston, S. G.; Ranson, N. A.; Clarke, A. R.; Saibil, H. R. Nature 1994, 371, 261-264.
15. Braig, K.; Otwinowski, Z.; Hegde, R.; Boisvert, D. C.; Joachimiak, A.; Horwich, A. L.; Sigler, P. B. Nature 1994, 371, 578-586.
16. Houry, W. A. Biochem. Cell Biol. 2001, 79, 569-577.
17. Farr, G. W.; Furtak, K.; Rowland, M. B.; Ranson, N. A.; Saibil, H. R.; Kirchhausen, T.; Horwich, A. L. Cell 2000, 100, 561-573.
18. Stan, G.; Brooks, B. R.; Lorimer, G. H.; Thirumalai, D. Protein Sci. 2005, 14, 193-201.
19. Ewalt, K. L.; Hendrick, J. P.; Houry, W. A.; Hartl, F. U. Cell 1997, 90, 491-500.
20. van der Vaart, A.; Ma, J.; Karplus, M. Biophys. J. 2004, 87, 562-573.
21. Shimamura, T.; Koike-Takeshita, A.; Yokoyama, K.; Masui, R.; Murai, N.; Yoshida, M.; Taguchi, H.; Iwata, S. Structure 2004, 12, 1471-1480.
22. Falke, S.; Fisher, M. T.; Gogol, E. P. J. Mol. Biol. 2001, 308, 569-577.
23. Fiaux, J.; Bertelsen, E. B.; Horwich, A. L.; Wuthrich, K. Nature 2002, 418, 207-211.
24. Horst, R.; Bertelsen, E. B.; Fiaux, J.; Wider, G.; Horwich, A. L.; Wuthrich, K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 12748-12753.
25. Braig, K.; Simon, M.; Furuya, F.; Hainfeld, J. F.; Horwich, A. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 3978-3982.
26. Falke, S.; Fisher, M. T.; Gogol, E. P. J. Struct. Biol. 2001, 133, 203-213.
27. Thiyagarajan, P.; Henderson, S. J.; Joachimiak, A. Structure 1996, 4, 79-88.
28. Fenton, W. A.; Horwich, A. L. Q. Rev. Biophys. 2003, 36, 229-256.
29. Falke, S.; Tama, F.; Brooks, C. L., III; Gogol, E. P.; Fisher, M. T. J. Mol. Biol. 2005, 348, 219-230.
30. van Duijn, E.; Bakkes, P. J.; Heern, R. M. A.; van den Heuvel, R. H. H.; van Heerikhuizen, H.; van der Vies, S. M.; Heck, A. J. R. Nat. Methods 2005, 2(5), 371-376.
31. Horovitz, A.; Fridmann, Y.; Kafri, G.; Yifrach, O. J. Struct. Biol. 2001, 135, 104-114.
32. Makio, T.; Arai, M.; Kuwajima, K. J. Mol. Biol. 1999, 293, 125-137.
33. Hanson, C. L.; Videler, H.; Santos, C.; Ballesta, J. P.; Robinson, C. V. J. Biol. Chem. 2004, 279, 42750-42757.
34. Videler, H.; Ilag, L. L.; McKay, A. R.; Hanson, C. L.; Robinson, C. V. FEBS Lett. 2005, 579, 943-947.
35. McCammon, M. G.; Hernandez, H.; Sobott, F.; Robinson, C. V. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 5950-5951.
36. Quaite-Randall, E.; Joachimiak, A. Methods Mol. Biol. 2000, 140, 29-39.
37. Voziyan, P. A.; Fisher, M. T. Protein Sci. 2000, 9, 2405-2412.
38. Pierce, J.; Reddy, G. S. Arch. Biochem. Biophys. 1986, 245, 483-493.
39. van der Vies, S. M.; Gatenby, A. A.; Georgopoulos, C. Nature 1994, 368, 654-656.
40. Krutchinsky, A. N.; Chernushevich, I. V.; Spicer, V. L.; Ens, W.; Standing, K. G. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1998, 9, 569-579.
41. Sobott, F.; Hernandez, H.; McCammon, M. G.; Tito, M. A.; Robinson, C. V. Anal. Chem. 2002, 74, 1402-1407.
42. Tahallah, N.; Pinkse, M.; Maier, C. S.; Heck, A. J. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2001. 15, 596-601.
43. Martin, J.; Langer, T.; Boteva, R.; Schramel, A.; Horwich, A. L.; Hartl, F. U. Nature 1991, 352, 36-42.
44. Bakkes, P. J.; Faber, B. W.; van Heerikhuizen, H.; van der Vies, S. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 8144-8149.
45. Langer, T.; Pfeifer, G.; Martin, J.; Baumeister, W.; Hartl, F. U. EMBO J. 1992, 11, 4757-4765.
46. Weissman, J. S.; Hohl, C. M.; Kovalenko, O.; Kashi, Y.; Chen, S.; Braig, K.; Saibil, H. R.; Fenton, W. A.; Horwich, A. L. Cell 1995, 83, 577-587.
47. Sobott, F.; Robinson, C. V. Int. J. Mass Spectrom. 2004, 236, 25-32.
48. Benesch, J. L.; Sobott, F.; Robinson, C. V. Anal. Chem. 2003, 75, 2208-2214.
49. Versluis, C.; Heck, A. J. R. Int. J. Mass Spectrom. 2001, 210, 637-649.
50. Heck, A. J.; Van Den Heuvel, R. H. Mass Spectrom. Rev. 2004, 23, 368-389.