Subtype selectivity and flexibility of ionotropic glutamate receptors upon antagonist ligand binding

Organic and Biomolecular Chemistry

Volumn 4, Issue 6, 2006, Pages 1058-1070

  Pentikäinen, Ulla ^a,b   Settimo, Luca ^a   Johnson, Mark S ^a   Pentikäinen, Olli T ^a  

^a ÅBO AKADEMI UNIVERSITY   (Finland)

^b UNIVERSITY OF TURKU   (Finland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BINDING AFFINITIES; LIGAND-RECEPTOR INTERACTIONS;

AMINO ACIDS; CARBOXYLIC ACIDS; CRYSTAL STRUCTURE; GLUCOSE; HYDROGEN BONDS;

MOLECULAR DYNAMICS;

AMPA RECEPTOR; GLUR5 KAINATE RECEPTOR; GLUTAMATE RECEPTOR IONOTROPIC, AMPA 2; KAINIC ACID RECEPTOR; LIGAND;

AMINO ACID SEQUENCE; ANIMAL; ARTICLE; BINDING SITE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; CONFORMATION; DRUG ANTAGONISM; HYDROGEN BOND; KINETICS; METABOLISM; MOLECULAR GENETICS; PROTEIN BINDING; PROTEIN CONFORMATION; RAT;

AMINO ACID SEQUENCE; ANIMALS; BINDING SITES; HYDROGEN BONDING; KINETICS; LIGANDS; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR CONFORMATION; MOLECULAR SEQUENCE DATA; PROTEIN BINDING; PROTEIN CONFORMATION; RATS; RECEPTORS, AMPA; RECEPTORS, KAINIC ACID;

EID: 33644919954     PISSN: 14770520     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b515111b     Document Type: Article

References (72)

1. P. Conti M. De Amici C. De Micheli Mini-Rev. Med. Chem. 2002 2 177 184
2. T. B. Stensbol U. Madsen P. Krogsgaard-Larsen Curr. Pharm. Des. 2002 8 857 872
3. W. Danysz A. C. Parsons Pharmacol. Rev. 1998 50 597 664
4. R. Dingledine K. Borges D. Bowie S. F. Traynelis Pharmacol. Rev. 1999 51 7 61
5. H. Brauner-Osborne J. Egebjerg E. O. Nielsen U. Madsen P. Krogsgaard-Larsen J. Med. Chem. 2000 43 2609 2645
6. G. J. Lees Drugs 2000 59 33 78
7. M. J. O'Neill A. Bond P. L. Ornstein M. A. Ward C. A. Hicks K. Hoo D. Bleakman D. Lodge Neuropharmacology 1998 37 1211 1222
8. M. J. O'Neill L. Bogaert C. A. Hicks A. Bond M. A. Ward G. Ebinger P. L. Ornstein Y. Michotte D. Lodge Neuropharmacology 2000 39 1575 1588
9. I. Smolders Z. A. Bortolotto V. R. Clarke R. Warre G. M. Khan M. J. O'Neill P. L. Ornstein D. Bleakman A. Ogden B. Weiss J. P. Stables K. H. Ho G. Ebinger G. L. Collingridge D. Lodge Y. Michotte Nat. Neurosci. 2002 5 796 804
10. S. A. Filla M. A. Winter K. W. Johnson D. Bleakman M. G. Bell T. J. Bleisch A. M. Castano A. Clemens-Smith M. del Prado D. K. Dieckman E. Dominguez A. Escribano K. H. Ho K. J. Hudziak M. A. Katofiasc J. A. Martinez-Perez A. Mateo B. M. Mathes E. L. Mattiuz A. M. Ogden L. A. Phebus D. R. Stack R. E. Stratford P. L. Ornstein J. Med. Chem. 2002 45 4383 4386
11. N. Armstrong E. Gouaux Neuron 2000 28 165 181
12. A. Hogner J. R. Greenwood T. Liljefors M. L. Lunn J. Egebjerg I. K. Larsen E. Gouaux J. S. Kastrup J. Med. Chem. 2003 46 214 221
13. H. Furukawa E. Gouaux EMBO J. 2003 22 2873 2885
14. R. L. McFeeters R. E. Oswald Biochemistry 2002 41 10472 10481
15. E. Gouaux J. Physiol. 2004 554 249 253
16. R. Abele D. Svergun K. Keinänen M. H. Koch D. R. Madden Biochemistry 1999 38 10949 10957
17. R. Abele K. Keinänen D. R. Madden J. Biol. Chem. 2000 275 21355 21363
18. R. L. McFeeters G. V. Swapna G. T. Montelione R. E. Oswald J. Biomol. NMR 2002 22 297 298
19. L. Zeng L. Lu M. Muller E. Gouaux M. M. Zhou J. Mol. Neurosci. 2002 19 113 116
20. L. Zeng C. H. Chen M. Muller M. M. Zhou J. Mol. Neurosci. 2003 20 345 348
21. L. Zeng K. Chen M. Muller M. M. Zhou J. Mol. Neurosci. 2004 24 81 84
22. E. R. Valentine A. G. Palmer, 3rd Biochemistry 2005 44 3410 3417
23. Q. Cheng S. Thiran D. Yernool E. Gouaux V. Jayaraman Biochemistry 2002 41 1602 1608
24. Q. Cheng V. Jayaraman J. Biol. Chem. 2004 279 26346 26350
25. M. Du S. A. Reid V. Jayaraman J. Biol. Chem. 2005 280 8633 8636
26. J. Mendieta G. Ramirez F. Gago Proteins: Struct., Funct., Genet. 2001 44 460 469
27. Y. Arinaminpathy M. S. Sansom P. C. Biggin Biophys. J. 2002 82 676 683
28. M. Kubo E. Ito Proteins 2004 56 411 419
29. M. Kubo E. Shiomitsu K. Odai T. Sugimoto H. Suzuki E. Ito Proteins 2004 54 231 236
30. O. T. Pentikäinen, U. Pentikäinen, L. Settimo and M. S. Johnson, unpublished work
31. V. A. Ostrovskii G. I. Koldobskii N. P. Shirokova V. S. Poplavskii Chem. Heterocycl. Compd. (Engl. Transl.) 1981 4 559 562
32. K. Takahashi I. Kimura Y. Takei T. Zaima K. Mitsuhashi Nippon Kagaku Kaishi 1975 9 1530 1531
33. J. V. Lehtonen D.-J. Still V.-V. Rantanen J. Ekholm D. Björklund Z. Iftikhar M. Huhtala S. Repo A. Jussila J. Jaakkola O. T. Pentikäinen T. Nyrönen T. Salminen M. Gyllenberg M. S. Johnson J. Comput. Aided Mol. Des. 2004 18 401 419
34. P. Naur B. Vestergaard L. K. Skov J. Egebjerg M. Gajhede J. S. Kastrup FEBS Lett. 2005 579 1154 1160
35. M. L. Mayer Neuron 2005 45 539 552
36. F. H. Allen Acta Crystallogr., Sect. B: Struct. Sci. 2002 58 380 388
37. J. C. Gilbert S. Redshaw H. S. Simmonite W. A. Thomas I. W. A. Whitcombe J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 1993 3 475 479
38. J. Sadowski J. Gasteiger Chem. Rev. 1993 93 2567 2581
39. J. Sadowski J. Gasteiger G. Klebe J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1994 34 1000 1008
40. N. Armstrong Y. Sun G. Q. Chen E. Gouaux Nature 1998 395 913 917
41. M. H. Nanao T. Green Y. Stern-Bach S. F. Heinemann S. Choe Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 1708 1713
42. P. Kollman I. Massova C. Reyes B. Kuhn S. Huo L. Chong M. Lee T. Lee Y. Duan W. Wang O. Donini P. Cieplak J. Srinivasan D. Case T. Cheatham, III Acc. Chem. Res. 2000 33 889 897
43. Z. A. Bortolotto V. R. Clarke C. M. Delany M. C. Parry I. Smolders M. Vignes K. H. Ho P. Miu B. T. Brinton R. Fantaske A. Ogden M. Gates P. L. Ornstein D. Lodge D. Bleakman G. L. Collingridge Nature 1999 402 297 301
44. O. T. Pentikäinen L. Settimo K. Keinänen M. S. Johnson Biochem. Pharmacol. 2003 66 2413 2425
45. D. Bleakman M. R. Gates A. M. Ogden M. Mackowiak Curr. Pharm. Des. 2002 8 873 885
46. H. M. Berman J. Westbrook Z. Feng G. Gilliland T. N. Bhat H. Weissig I. N. Shindyalov P. E. Bourne Nucleic Acids Res. 2000 28 235 242
47. M. S. Johnson J. P. Overington J. Mol. Biol. 1993 233 716 738
48. M. S. Johnson A. C. W. May M. A. Rodionov J. P. Overington Methods Enzymol. 1996 266 575 598
49. S. C. Lovell J. M. Word J. S. Richardson D. C. Richardson Proteins: Struct., Funct., Genet. 2000 40 389 408
50. J. M. Word S. C. Lovell J. S. Richardson D. C. Richardson J. Mol. Biol. 1999 285 1735 1747
51. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery, Jr., T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. G. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez and J. A. Pople, GAUSSIAN 03 (Revision C.02), Gaussian, Inc., Wallingford, CT, 2004
52. G. Jones P. Willett R. C. Glen J. Mol. Biol. 1995 245 43 53
53. G. Jones P. Willett R. C. Glen A. R. Leach R. Taylor J. Mol. Biol. 1997 267 727 748
54. J. Wang P. Cieplak P. A. Kollman J. Comput. Chem. 2000 21 1049 1074
55. D. A. Case, T. A. Darden, T. E. Cheatham, III, C. L. Simmerling, J. Wang, R. E. Duke, R. Luo, K. M. Merz, B. Wang, D. A. Pearlman, M. Crowley, S. Brozell, V. Tsui, H. Gohlke, J. Mongan, V. Hornak, G. Cui, P. Beroza, C. Schafmeister, J. W. Caldwell, W. S. Ross and P. A. Kollman, Amber 8, University of California, San Francisco, 2004
56. J. Wang R. M. Wolf J. W. Caldwell P. A. Kollman D. A. Case J. Comput. Chem. 2004 25 1157 1173
57. C. I. Bayly P. Cieplak W. D. Cornell P. A. Kollman J. Phys. Chem. 1993 97 10269 10280
58. W. D. Cornell P. Cieplak C. I. Bayly P. A. Kollman J. Am. Chem. Soc. 1993 115 9620 9631
59. P. Cieplak W. D. Cornell C. Bayly P. A. Kollman J. Comput. Chem. 1995 16 1357 1377
60. C. E. A. F. Schafmeister, W. S. Ross and V. Romanovski, The LEaP module of Amber, University of California, San Francisco, 1995
61. T. Darden D. York L. Pedersen J. Chem. Phys. 1993 98 10089 10092
62. U. Essmann L. Perera M. L. Berkowitz T. Darden H. Lee L. G. Pedersen J. Chem. Phys. 1995 103 8577 8593
63. C. Sagui and T. A. Darden, in Simulation and Theory of Electrostatic Interactions in Solution, ed., L. R. P. A. G. Hummer, Melville, New York, 1999
64. A. Toukmaji C. Sagui J. Board T. Darden J. Chem. Phys. 2000 113 10913 10927
65. J.-P. Ryckaert G. Ciccotti H. J. C. Berendsen J. Comput. Phys. 1977 23 327 341
66. G. J. Barton Protein Eng. 1993 6 37 40
67. J. Kraulis J. Appl. Crystallogr. 1991 24 946 950
68. E. Merritt D. Bacon Methods Enzymol. 1997 277 505 524
69. D. R. Madden Q. Cheng S. Thiran S. Rajan F. Rigo K. Keinänen S. Reinelt H. Zimmermann V. Jayaraman Biochemistry 2004 43 15838 15844
70. I. Mano Y. Lamed V. I. Teichberg J. Biol. Chem. 1996 271 15299 15302
71. M. Lampinen L. Settimo O. T. Pentikäinen A. Jouppila D. G. Mottershead M. S. Johnson K. Keinänen J. Biol. Chem. 2002 277 41940 41947
72. N. Armstrong M. Mayer E. Gouaux Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 5736 5741