Evolutionary approaches for the discovery of functional synthetic small molecules

Pure and Applied Chemistry

Volumn 78, Issue 1, 2006, Pages 1-14

  Gartner, Zev J ^a  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

Author keywords

Bottom up synthesis; Directed evolution; DNA display; DNA templated synthesis; Dynamic combinatorial chemistry; Genetic algorithms; Nanotechnology

Indexed keywords

EID: 31644449201     PISSN: 00334545     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1351/pac200678010001     Document Type: Article

References (54)

1. G. Schneider and U. Fechner. Nat. Rev. Drug Discov. 4, 649 (2005).
2. T. Lanio, A. Jeltsch, A. Pingoud. Protein Eng. 13, 275 (2000).
3. P. W. Erhardt. Pure Appl. Chem. 74, 703 (2002).
4. D. S. Tan, M. A. Foley, M. D. Shair, S. L. Schreiber. J. Am. Chem. Soc. 120, 8565 (1998).
5. K. S. Lam and M. Renil. Curr. Opin. Chem. Biol. 6, 353 (2002).
6. J. A. Bittker, K. J. Phillips, D. R. Liu. Curr. Opin. Chem. Biol. 6, 367 (2002).
7. H. Lin and V. W. Cornish. Angew. Chem., Int. Ed. 41, 4402 (2002).
8. S. V. Taylor, P. Kast, D. Hilvert. Angew. Chem., Int. Ed. 40, 3310 (2001).
9. M. H. Ohlmeyer, R. N. Swanson, L. W. Dillard, J. C. Reader, G. Asouline, R. Kobayashi, M. Wigler, W. C. Still. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90, 10922 (1993).
10. J. B. Doyon, T. M. Snyder, D. R. Liu. J. Am. Chem. Soc. 125, 12372 (2003).
11. D. T. Jones. Pharmacogenomics J. 1, 126 (2001).
12. E. H. Ekland, J. W. Szostak, D. P. Bartel. Science 269, 364 (1995).
13. A. D. Keefe and J. W. Szostak. Nature 410, 715 (2001).
14. S. Otto, R. L. Furlan, J. K. Sanders. Drug Discov. Today 7, 117 (2002).
15. R. Nguyen and I. Huc. Angew. Chem., Int. Ed. 40, 1774 (2001).
16. W. G. Lewis, L. G. Green, F. Grynszpan, Z. Radic, P. R. Carlier, P. Taylor, M. G. Finn, K. B. Sharpless. Angew. Chem., Int. Ed. 41, 1053 (2002).
17. S. J. Rowan, S. J. Cantrill, G. R. Cousins, J. K. Sanders, J. F. Stoddart. Angew. Chem., Int. Ed. 41, 898 (2002).
18. J. M. Lehn. Chem. Eur. J. 5, 2455 (1999).
19. I. Hue and J. M. Lehn. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94, 2106 (1997).
20. T. Bunyapaiboonsri, O. Ramstrom, S. Lohmann, J. M. Lehn, L. Peng, M. Goeldner. Chembiochem 2, 438 (2001).
21. T. Bunyapaiboonsri, H. Ramstrom, O. Ramstrom, J. Haiech, J. M. Lehn. J. Med. Chem. 46, 5803 (2003).
22. K. C. Nicolaou, R. Hughes, S. Y. Cho, N. Winssinger, H. Labischinski, R. Endermann. Chemistry 7, 3824 (2001).
23. R. L. E. Furlan, Y.-F. Ng, G. R. L. Cousins, J. E. Redman, J. K. M. Sanders. Tetrahedron 58, 771 (2002).
24. S. Otto, R. L. Furlan, J. K. Sanders. Science 297, 590 (2002).
25. V. Goral, M. I. Nelen, A. V. Eliseev, J. M. Lehn. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98, 1347 (2001).
26. J. H. Holland. Adaptation in Natural and Artificial Systems: An Introductory Analysis with Applications to Biology, Control, and Artificial Intelligence, University of Michigan Press, Ann Arbor, MI (1975).
27. L. Weber. Curr. Opin. Chem. Biol. 2, 381 (1998).
28. J. Singh, M. A. Ator, E. P. Jaeger, M. P. Allen, D. A. Whipple, J. E. Soloweij, S. Chowdhary, A. M. Treasurywala. J. Am. Chem. Soc. 118, 1669 (1996).
29. Y. Yokobayashi, K. Ikebukuro, S. McNiven, I. Karube. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 1 2435 (1996).
30. L. Weber, S. Wallbaum, C. Broger, K. Gubernator. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 34, 2280 (1995).
31. K. Illgen, T. Enderle, C. Broger, L. Weber. Chem. Biol. 7, 433 (2000).
32. D. R. Halpin and P. B. Harbury. PLoS Biol. 2, E174 (2004).
33. S. Brenner and R. A. Lerner. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89, 5381 (1992).
34. D. R. Halpin and P. B. Harbury. PLoS Biol. 2, E173 (2004).
35. D. R. Halpin, J. A. Lee, S. J. Wrenn, P B. Harbury. PLoS Biol. 2, E175 (2004).
36. K. Josephson, M. C. Hartman, J. W. Szostak. J. Am. Chem. Soc. 127, 11727 (2005).
37. Z. J. Gartner and D. R. Liu. J. Am. Chem. Soc. 123, 6961 (2001).
38. X. Li and D. R. Liu. Angew. Chem., Int. Ed. 43, 4848 (2004).
39. J. A. Walder, R. Y. Walder, M. J. Heller, S. M. Freier, R. L. Letsinger, I. M. Klotz. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 76, 51 (1979).
40. Z. J. Gartner, M. W. Kanan, D. R. Liu. Angew. Chem., Int. Ed. 41, 1796 (2002).
41. Z. J. Gartner, R. Grubina, C. T. Calderone, D. R. Liu. Angew. Chem., Int. Ed. 42, 1370 (2003).
42. Z. J. Gartner, M. W. Kanan, D. R. Liu. J. Am. Chem. Soc. 124, 10304 (2002).
43. Z. J. Gartner, B. N. Tse, R. Grubina, J. B. Doyon, T. M. Snyder, D. R. Liu. Science 305, 1601 (2004).
44. C. T. Calderone and D. R. Liu. Angew. Chem., Int. Ed. (2005). In press.
45. X. Li, Z. J. Gartner, B. N. Tse, D. R. Liu. J Am Chem Soc 126, 5090 (2004).
46. T. M. Snyder and D. R. Liu. Angew. Chem., Int. Ed. (2005). In press.
47. X. Li and D. R. Liu. J. Am. Chem. Soc. 125, 10188 (2003).
48. M. Rozenman and D. R. Liu. (2005). Submitted for publication.
49. K. Sakurai, T. M. Snyder, D. R. Liu. J. Am. Chem. Soc. 127, 1660 (2005).
50. C.-J. Li and T.-H. Chan. Organic Reactions in Aqueous Media, John Wiley, New York (1997).
51. C. T. Calderone, J. W. Puckett, Z. J. Gartner, D. R. Liu. Angew. Chem., Int. Ed. 41, 4104 (2002).
52. M. W. Kanan, M. M. Rozenman, K. Sakurai, T. M. Snyder, D. R. Liu. Nature 431, 545 (2004).
53. R. B. E. L. Woodward, K. P. Nambiar, K. Sakans, B.-W. A.-Y. D. E. Ward, P. Balaram, L. J. Browne, C. H. C. P. J. Card, R. B. ChBnevert, A. Fliri, K. Frobel, D. G. G. H.-J. Gais, K. Hayakawa, W. Heggie, D. H. D. P. Hesson, I. Hoppe, J. A. Hyatt, D. Ikeda, K. S. K. P. A. Jacobi, Y. Kobuke, K. Kojima, V. J. L. K. Krowicki, T. Leutert, S. Malchenko, R. S. M. J. Martens, B. S. Ong, J. B. Press, G. R. T. V. Rajan Babu, H. M. Sauter, M. Suzuki, L. M. T. K. Tatsuta, E. A. Truesdale, I. Uchida, T. U. Y. Ueda, A. T. Vasella, W. C. Vladuchick, R. M. W. P. A. Wade, H. N.-C. Wong. J. Am. Chem. Soc. 103, 3281 (1981).
54. D. Rosenbaum, Y. Brudno, D. R. Liu. (2005). Submitted for publication.