Chemical and structural diversity in cyclooxygenase protein active sites

Chemistry and Biodiversity

Volumn 2, Issue 11, 2005, Pages 1533-1552

  Huff, Ryan G ^a   Bayram, Ersin ^b   Tan, Huan ^a   Knutson, Stacy T ^a   Knaggs, Michael H ^a   Richon, Allen B ^c   Santago II, Peter ^b   Fetrow, Jacquelyn S ^a  

^a WAKE FOREST UNIVERSITY   (United States)

^b VIRGINIA POLYTECHNIC INSTITUTE AND STATE UNIVERSITY   (United States)

^c ReceptorSolutions Inc   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CYCLOOXYGENASE 1; CYCLOOXYGENASE 2; IBUPROFEN; N (2 CYCLOHEXYLOXY 4 NITROPHENYL)METHANESULFONAMIDE; NONSTEROID ANTIINFLAMMATORY AGENT; PROSTAGLANDIN SYNTHASE; PROSTAGLANDIN SYNTHASE INHIBITOR;

AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; BINDING SITE; CONTROLLED STUDY; CROSS REACTION; DRUG MECHANISM; DRUG RECEPTOR BINDING; GASTROINTESTINAL SYMPTOM; GENETIC CONSERVATION; GENOME ANALYSIS; HUMAN; HUMAN GENOME; NUCLEOTIDE SEQUENCE; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN FUNCTION; PROTEIN STRUCTURE; SEQUENCE ANALYSIS; SEQUENCE HOMOLOGY; STRUCTURE ANALYSIS; UNINDEXED SEQUENCE;

AMINO ACID SEQUENCE; ANIMALS; BINDING SITES; CYCLOOXYGENASE 1; CYCLOOXYGENASE 2; CYCLOOXYGENASE 2 INHIBITORS; CYCLOOXYGENASE INHIBITORS; HUMANS; MEMBRANE PROTEINS; MICE; MOLECULAR SEQUENCE DATA; SEQUENCE HOMOLOGY, AMINO ACID; SHEEP, DOMESTIC;

OVIS ARIES;

EID: 28844503064     PISSN: 16121872     EISSN: 16121880     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/cbdv.200590125     Document Type: Article

References (50)

1. J. S. Fetrow, J. Skolnick, J. Mol. Biol. 1998, 281, 949.
2. A. K. Arakaki, Y. Zhang, J. Skolnick, Bioinformatics 2004, 20, 1087.
3. A. H. Elcock, J. Mol. Biol. 2001, 312, 885.
4. M. J. Ondrechen, J. G. Clifton, D. Ringe, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 12473.
5. A. Stark, R. B. Russell, Nucleic Acids Res. 2003, 31, 3341.
6. J. S. Fetrow, N. Siew, J. Skolnick, FASEB J. 1999, 13, 1866.
7. K. Kinoshita, H. Nakamura, Protein Sci. 2005, 14, 711.
8. S. J. Campbell, N. D. Gold, R. M. Jackson, D. R. Westhead, Curr. Opin. Struct. Biol. 2003, 13, 389.
9. S. Schmitt, D. Kuhn, G. Klebe, J. Mol. Biol. 2002, 323, 387.
10. J. A. Gerlt, P. C. Babbitt, Annu. Rev. Biochem. 2001, 70, 209.
11. A. E. Todd, C. A. Orengo, J. M. Thornton, Trends Biochem. Sci. 2002, 27, 419.
12. D. J. Neidhart, G. L. Kenyon, J. A. Gerlt, G. A. Petsko, Nature 1990, 347, 692.
13. J. A. Gerlt, P. C. Babbitt, I. Rayment, Arch. Biochem. Biophys. 2005, 433, 59.
14. W. L. Smith, D. L. DeWitt, R. M. Garavito, Annu. Rev. Biochem. 2000, 69, 145.
15. T. Yucel-Lindberg, H. Ahola, J. Carlstedt-Duke, T. Modeer, Biochem. Biophys. Res. Commun. 1999, 257, 528.
16. R. C. Mifflin, J. I. Saada, J. F. Di Mari, P. A. Adegboyega, J. D. Valentich, D. W. Powell, Am. J. Physiol. Cell Physiol. 2002, 282, C824.
17. T. A. Samad, K. A. Moore, A. Sapirstein, S. Billet, A. Allchorne, S. Poole, J. V. Bonventre, C. J. Woolf, Nature 2001, 410, 471.
18. Y. Devaux, C. Seguin, S. Grosjean, N. de Talance, V. Camaeti, A. Burlet, F. Zannad, C. Meistelman, P. M. Mertes, D. Longrois, J. Immunol. 2001, 167, 3962.
19. L. Lopez-Urrutia, A. Alonso, Y. Bayon, M. L. Nieto, A. Orduna, M. Sanchez Crespo, Biochem. Biophys. Res. Commun. 2001, 289, 372.
20. R. J. Coffey, C. J. Hawkey, L. Damstrup, R. Graves-Deal, V. C. Daniel, P. J. Dempsey, R. Chinery, S. C. Kirkland, R. N. DuBois, T. L. Jetton, J. D. Morrow, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 657.
21. J. A. Mitchell, T. W. Evans, Inflamm. Res. 1998, 47 Suppl. 2, S88.
22. Y. Cao, S. M. Prescott, J. Cell Physiol. 2002, 190, 279.
23. Y. Higashi, T. Kanekura, T. Kanzaki, Int. J. Cancer 2000, 86, 667.
24. W. S. Chen, S. J. Wei, J. M. Liu, M. Hsiao, J. Kou-Lin, W. K. Yang, Int. J. Cancer 2001, 91, 894.
25. S. Grosch, I. Tegeder, E. Niederberger, L. Brautigam, G. Geisslinger, FASEB J. 2001, 15, 2742.
26. H. M. Berman, T. Battistuz, T. N. Bhat, W. F. Bluhm, P. E. Bourne, K. Burkhardt, Z. Feng, G. L. Gilliland, L. Iype, S. Jain, P. Fagan, J. Marvin, D. Padilla, V. Ravichandran, B. Schneider, N. Thanki, H. Weissig, J. D. Westbrook, C. Zardecki, Acta Crystallogr., Sect. D 2002, 58, 899.
27. P. J. Loll, D. Picot, O. Ekabo, R. M. Garavito, Biochemistry 1996, 35, 7330.
28. D. Picot, P. J. Loll, R. M. Garavito, Nature 1994, 367, 243.
29. P. J. Loll, C. T. Sharkey, S. J. O'Connor, C. M. Dooley, E. O'Brien, M. Devocelle, K. B. Nolan, B. S. Selinsky, D. J. Fitzgerald, Mol. Pharmacol. 2001, 60, 1407.
30. B. S. Selinsky, K. Gupta, C. T. Sharkey, P. J. Loll, Biochemistry 2001, 40, 5172.
31. P. J. Loll, D. Picot, R. M. Garavito, Nat. Struct. Biol. 1995, 2, 637.
32. K. Gupta, B. S. Selinsky, C. J. Kaub, A. K. Katz, P. J. Loll, J. Mol. Biol. 2004, 335, 503.
33. M. G. Malkowski, E. D. Thuresson, K. M. Lakkides, C. J. Rieke, R. Micielli, W. L. Smith, R. M. Garavito, J. Biol. Chem. 2001, 276, 37547.
34. M. G. Malkowski, S. L. Ginell, W. L. Smith, R. M. Garavito, Science 2000, 289, 1933.
35. C. A. Harman, C. J. Rieke, R. M. Garavito, W. L. Smith, J. Biol. Chem. 2004, 279, 42929.
36. E. D. Thuresson, M. G. Malkowski, K. M. Lakkides, C. J. Rieke, A. M. Mulichak, S. L. Ginell, R. M. Garavito, W. L. Smith, J. Biol. Chem. 2001, 276, 10358.
37. R. G. Kurumbail, A. M. Stevens, J. K. Gierse, J. J. McDonald, R. A. Stegeman, J. Y. Pak, D. Gildehaus, J. M. Miyashiro, T. D. Penning, K. Seibert, P. C. Isakson, W. C. Stallings, Nature 1996, 384, 644.
38. J. R. Kiefer, J. L. Pawlitz, K. T. Moreland, R. A. Stegeman, W. F. Hood, J. K. Gierse, A. M. Stevens, D. C. Goodwin, S. W. Rowlinson, L. J. Marnett, W. C. Stallings, R. G. Kurumbail, Nature 2000, 405, 97.
39. S. W. Rowlinson, J. R. Kiefer, J. J. Prusakiewicz, J. L. Pawlitz, K. R. Kozak, A. S. Kalgutkar, W. C. Stallings, R. G. Kurumbail, L. J. Marnett, J. Biol. Chem. 2003, 278, 45763.
40. S. A. Cammer, B. T. Hoffman, J. A. Speir, M. A. Canady, M. R. Nelson, S. Knutson, M. Gallina, S. M. Baxter, J. S. Fetrow, J. Mol. Biol. 2003, 334, 387.
41. R. Karthein, R. Dietz, W. Nastainczyk, H. H. Ruf, Eur. J. Biochem. 1988, 171, 313.
42. T. Shimokawa, R. J. Kulmacz, D. L. DeWitt, W. L. Smith, J. Biol. Chem. 1990, 265, 20073.
43. D. G. Higgins, J. D. Thompson, T. J. Gibson, Methods Enzymol. 1996, 266, 383.
44. A. C. Wallace, R. A. Laskowski, J. M. Thornton, Protein Eng. 1995, 8, 127.
45. J. K. Gierse, J. J. McDonald, S. D. Hauser, S. H. Rangwala, C. M. Koboldt, K. Seibert, J. Biol. Chem. 1996, 271, 15810.
46. M. Gribskov, A. D. McLachlan, D. Eisenberg, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1987, 84, 4355.
47. T. L. Bailey, M. Gribskov, Bioinformatics 1998, 14, 48.
48. S. F. Altschul, T. L. Madden, A. A. Schaffer, J. Zhang, Z. Shang, W. Miller, D. J. Lipman, Nucleic Acids Res. 1997, 25, 3389.
49. B. W. Matthews, Biochim. Biophys. Acta 1975, 405, 442.
50. N. Saitou, M. Nei, Mol. Biol. Evol. 1987, 4, 406.