Mapping drug resistance genes in Plasmodium Falciparum by genome-wide association

Current Drug Targets - Infectious Disorders

Volumn 4, Issue 1, 2004, Pages 65-78

  Anderson, Tim J C ^a  

^a SOUTHWEST FOUNDATION FOR BIOMEDICAL RESEARCH   (United States)

Author keywords

Drug resistance; Hitchhiking; Linkage disequilibrium; Malaria; Microsatellite; Plasmodium; Selective sweep

Indexed keywords

ARTEMISIN; CHLOROQUINE; DIHYDROFOLATE REDUCTASE; FANSIDAR; MEFLOQUINE; MEMBRANE PROTEIN; MEROZOITE SURFACE PROTEIN 1; MICROSATELLITE DNA; MULTIDRUG RESISTANCE PROTEIN; PYRIMETHAMINE; SULFADOXINE;

ALLELE; GENE FREQUENCY; GENE LINKAGE DISEQUILIBRIUM; GENE LOCUS; GENE MAPPING; GENE MUTATION; GENETIC MARKER; GENETIC POLYMORPHISM; GENETIC RECOMBINATION; GENETIC SCREENING; GENETIC SELECTION; GENETIC VARIABILITY; GENOME ANALYSIS; GENOTYPE; GEOGRAPHY; HAPLOTYPE; HUMAN; INBREEDING; MALARIA FALCIPARUM; MICROBIAL DIVERSITY; MICROSATELLITE MARKER; MOLECULAR CLONING; NONHUMAN; PLASMODIUM FALCIPARUM; PLASMODIUM VIVAX; POPULATION GENETIC STRUCTURE; PROMOTER REGION; REVIEW; SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM;

ANIMALS; CHROMOSOME MAPPING; DRUG RESISTANCE; GENE FREQUENCY; GENES; GENETIC MARKERS; GENETICS, POPULATION; GENOME, PROTOZOAN; HUMANS; LINKAGE DISEQUILIBRIUM; MICROSATELLITE REPEATS; MODELS, BIOLOGICAL; MUTATION; PLASMODIUM FALCIPARUM; POLYMORPHISM, GENETIC; RECOMBINATION, GENETIC; SELECTION (GENETICS); VARIATION (GENETICS);

EID: 1642565114     PISSN: 15680053     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.2174/1568005043480943     Document Type: Review

References (81)

1. Wellems, T. E.; Panton, L. J.; Gluzman, I. Y.; do, R., V; Gwadz, R. W.; Walker-Jonah, A.; Krogstad, D. J. Nature 1990, 345, 253-255.
2. Su, X.; Kirkman, L. A.; Fujioka, H.; Wellems, T. E. Cell 1997, 91, 593-603.
3. Cowman, A. F.; Morry, M. J.; Biggs, B. A.; Cross, G. A.; Foote, S. J. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1988, 85, 9109-9113.
4. Triglia, T.; Cowman, A. F. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1994, 91, 7149-7153.
5. Brooks, D. R.; Wang, P.; Read, M.; Watkins, W. M.; Sims, P. F.; Hyde, J. E. Eur. J. Biochem. 1994, 224, 397-405.
6. Su, X.; Ferdig, M. T.; Huang, Y.; Huynh, C. Q.; Liu, A.; You, J.; Wootton, J. C.; Wellems, T. E. Science 1999, 286, 1351-1353.
7. Conway, D. J.; Roper, C.; Oduola, A. M.; Arnot, D. E.; Kremsner, P. G.; Grobusch, M. P.; Curtis, C. F.; Greenwood, B. M. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1999, 96, 4506-4511.
8. Polley, S. D.; Conway, D. J. Genetics 2001, 158, 1505-1512.
9. Conway, D. J.; Cavanagh, D. R.; Tanabe, K.; Roper, C.; Mikes, Z. S.; Sakihama, N.; Bojang, K. A.; Oduola, A. M.; Kremsner, P. G.; Arnot, D. E.; Greenwood, B. M.; McBride, J. S. Nat. Med. 2000, 6, 689-692.
10. Smith, J. M.; Haigh, J. Genet. Res. 1074, 23, 23-35.
11. Kaplan, N. L.; Hudson, R. R.; Langley, C. H. Genetics 1989, 123, 887-899.
12. Braverman, J. M.; Hudson, R. R.; Kaplan, N. L.; Langley, C. H.; Stephan, W. Genetics 1995, 140, 783-796.
13. Barton, N. H. Philos. Trans. R. Soc. Lond. B. Biol. Sci. 2000, 355, 1553-1562.
14. Anderson, T. J.; Haubold, B.; Williams, J. T.; Estrada-Franco, J. G.; Richardson, L.; Mollinedo, R.; Bockarie, M.; Mokili, J.; Mharakurwa, S.; French, N.; Whitworth, J.; Velez, I. D.; Brockman, A. H.; Nosten, F.; Ferreira, M. U.; Day, K. P. Mol. Biol. Evol. 2000, 17, 1467-1482.
15. Nair, S.; Williams, J. T.; Brockman, A.; Paiphun, L.; Mayxay, M.; Newton, P. N.; Guthmann, J. P.; Smithuis, F. M.; Hien, T. T.; White, N. J.; Nosten, F.; Anderson, T. J. Mol. Biol. Evol. 2003.
16. Wootton, J. C.; Feng, X.; Ferdig, M. T.; Cooper, R. A.; Mu, J.; Baruch, D. I.; Magill, A. J.; Su, X. Z. Nature 2002, 418, 320-323.
17. Gardner, M. J.; Hall, N.; Fung, E.; White, O.; Berriman, M.; Hyman, R. W.; Carlton, J. M.; Pain, A.; Nelson, K. E.; Bowman, S.; Paulsen, I. T.; James, K.; Eisen, J. A.; Rutherford, K.; Salzberg, S. L.; Craig, A.; Kyes, S.; Chan, M. S.; Nene, V.; Shallom, S. J.; Suh, B.; Peterson, J.; Angiuoli, S.; Pertea, M.; Allen, J.; Selengut, J.; Haft, D.; Mather, M. W.; Vaidya, A. B.; Martin, D. M.; Fairlamb, A. H.; Fraunholz, M. J.; Roos, D. S.; Ralph, S. A.; McFadden, G. I.; Cummings, L. M.; Subramanian, G. M.; Mungall, C.; Venter, J. C.; Carucci, D. J.; Hoffman, S. L.; Newbold, C.; Davis, R. W.; Fraser, C. M.; Barrell, B. Nature 2002, 419, 498-511.
18. Harr, B.; Kauer, M.; Schlotterer, C. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2002, 99, 12949-12954.
19. Schlotterer, C. Trends Genet. 2003, 19, 32-38.
20. Kohn, M. H.; Pelz, H. J.; Wayne, R. K. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2000, 97, 7911-7915.
21. Cornuet, J. M.; Luikart, G. Genetics 1996, 144, 2001-2014.
22. Watterson, G. A. Genetics 1978, 88, 405-417.
23. Payseur, B. A.; Cutter, A. D.; Nachman, M. W. Mol. Biol. Evol. 2002, 19, 1143-1153.
24. Tajima, F. Genetics 1989, 123, 585-595.
25. Fay, J. C.; Wu, C. I. Genetics 2000, 155, 1405-1413.
26. Conway, D. J.; Baum, J. Trends Parasitol. 2002, 18, 351-355.
27. Abdel-Muhsin, A. A.; Mackinnon, M. J.; Awadalla, P.; Ali, E.; Suleiman, S.; Ahmed, S.; Walliker, D.; Babiker, H. A. Parasitology 2003, 126, 391-400.
28. Cockerham, C. C.; Weir, B. S. Estimating F-Statistics for the Analysis of Population Structure. Evolution 1984, 38, 1358-1370.
29. Conway, D. J.; Polley, S. D. Parasitology 2002, 125 Suppl, S3-16.
30. Kim, Y.; Stephan, W. Genetics 2002, 160, 765-777.
31. King, J. S.; Mortimer, R. K. Genetics 1990, 126, 1127-1138.
32. Francis, D. Genetics 1998, 148, 1829-1832.
33. Lynch, T. J.; Brickner, J.; Nakano, K. J.; Orias, E. Genetics 1995, 141, 1315-1325.
34. Morton, N. E. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1991, 88, 7474-7476.
35. Paul, R. E.; Packer, M. J.; Walmsley, M.; Lagog, M.; Ranford-Cartwright, L. C.; Paru, R.; Day, K. P. Science 1995, 269, 1709-1711.
36. Goodyer, I. D.; Taraschi, T. F. Exp. Parasitol, 1997, 86, 158-160.
37. Mu, J.; Ferdig, M. T.; Feng, X.; Joy, D. A.; Duan, J.; Furuya, T.; Subramanian, G.; Aravind, L.; Cooper, R. A.; Wootton, J. C.; Xiong, M.; Su, X. Z. Mol. Microbiol. 2003, 49, 977-989.
38. Brockman, A.; Price, R. N.; van Vugt, M.; Heppner, D. G.; Walsh, D.; Sookto, P.; Wimonwattrawatee, T.; Looareesuwan, S.; White, N. J.; Nosten, F. Trans. R. Soc. Trop. Med. Hyg. 2000, 94, 537-544.
39. Luxemburger, C.; Ricci, F.; Nosten, F.; Raimond, D.; Bathet, S.; White, N. J. Trans, R. Soc. Trop. Med. Hyg. 1997, 91, 256-262.
40. Roper, C.; Pearce, R.; Bredenkamp, B.; Gumede, J.; Drakeley, C.; Mosha, F.; Chandramohan, D.; Sharp, B. Lancet 2003, 361, 1174-1181.
41. Basco, L. K. Am. J. Trop. Med. Hyg. 2003, 69, 174-178.
42. Wiehe, T. Theor. Popul. Biol. 1998, 53, 272-283.
43. Su, X.; Wellems, T. E. Genomics 1996, 33, 430-444.
44. Ferdig, M. T.; Su, X. Z. Parasitol. Today 2000, 16, 307-312.
45. Mu, J.; Duan, J.; Makova, K. D.; Joy, D. A.; Huynh, C. Q.; Branch, O. H.; Li, W. H.; Su, X. Z. Nature 2002, 418, 323-326.
46. Anderson, T. J.; Su, X. Z.; Roddam, A.; Day, K. P. Mol. Ecol. 2000, 9, 1599-1608.
47. Volkman, S. K.; Hartl, D. L.; Wirth, D. F.; Nielsen, K. M.; Choi, M.; Batalov, S.; Zhou, Y.; Plouffe, D.; Le Roch, K. G.; Abagyan, R.; Winzeler, E. A. Science 2002, 298, 216-218.
48. Judson, R.; Stephens, J. C.; Windemuth, A. Pharmacogenomics 2000, 1, 15-26.
49. Cortese, J. F.; Caraballo, A.; Contreras, C. E.; Plowe, C. V. J. Infect. Dis. 2002, 186, 999-1006.
50. Williams, J. T.; Blangero, J. Ann. Hum. Genet. 2003, In press.
51. Nair, S.; Brockman, A.; Paiphun, L.; Nosten, F.; Anderson, T. J. Int. J. Parasitol. 2002, 32, 852-858.
52. Schlotterer, C. Genetics 2002, 160, 753-763.
53. Lewontin, R. C.; Krakauer, J. Genetics 1973, 74, 175-195.
54. Pearce, R. J.; Drakeley, C.; Chandramohan, D.; Mosha, F.; Roper, C. Antimicrob. Agents Chemother. 2003, 47, 1347-1354.
55. Kohn, M. H.; Pelz, H. J.; Wayne, R. K. Genetics 2003, 164, 1055-1070.
56. Taylor, M. F.; Shen, Y.; Kreitman, M. E. Science 1995, 270, 1497-1499.
57. McDonald, J. H. In Non-Neutral Evolution: Theories and Molecular; Golding, B., Ed.; Chapman and Hall: New York, 1994.
58. Akey, J. M.; Zhang, G.; Zhang, K.; Jin, L.; Shriver, M. D. Genome Res. 2002, 12, 1805-1814.
59. Sabeti, P. C.; Reich, D. E.; Higgins, J. M.; Levine, H. Z.; Richter, D. J.; Schaffner, S. F.; Gabriel, S. B.; Platko, J. V.; Patterson, N. J.; McDonald, G. J.; Ackerman, H. C.; Campbell, S. J.; Altshuler, D.; Cooper, R.; Kwiatkowski, D.; Ward, R.; Lander, E. S. Nature 2002, 419, 832-837.
60. Pritchard, J. K.; Rosenberg, N. A. Am. J. Hum. Genet. 1999, 65, 220-228.
61. Pritchard, J. K.; Stephens, M.; Rosenberg, N. A.; Donnelly, P. Am. J. Hum. Genet. 2000, 67, 170-181.
62. Wongsrichanalai, C.; Wimonwattrawatee, T.; Sookto, P.; Laoboonchai, A.; Heppner, D. G.; Kyle, D. E.; Wernsdorfer, W. H. Bull. World Health Organ. 1999, 77, 392-398.
63. Pritchard, J. K.; Donnelly, P. Theor. Popul. Biol. 2001, 60, 227-237.
64. Reich, D. E.; Goldstein, D. B. Genet. Epidemiol. 2001, 20, 4-16.
65. Mendis, K.; Sina, B. J.; Marchesini, P.; Carter, R. Am. J. Trop. Med. Hyg. 2001, 64, 97-106.
66. Rieckmann, K. H.; Davis, D. R.; Hutton, D. C. Lancet 1989, 2, 1183-1184.
67. Wellems, T. E.; Plowe, C. V. J. Infect. Dis. 2001, 184, 770-776.
68. Nomura, T.; Carlton, J. M.; Baird, J. K.; del Portillo, H. A.; Fryauff, D. J.; Rathore, D.; Fidock, D. A.; Su, X.; Collins, W. E.; McCutchan, T. F.; Wootton, J. C.; Wellems, T. E. J. Infect. Dis. 2001, 183, 1653-1661.
69. Chotivanich, K.; Silamut, K.; Udomsangpetch, R.; Stepniewska, K. A.; Pukrittayakamee, S.; Looareesuwan, S.; White, N. J. Trans R. Soc. Trop. Med. Hyg. 2001, 95, 677-680.
70. Russell, B. M.; Udomsangpetch, R.; Rieckmann, K. H.; Kotecka, B. M.; Coleman, R. E.; Sattabongkot, J. Antimicrob. Agents Chemother. 2003, 47, 170-173.
71. Feng, X.; Carlton, J. M.; Joy, D. A.; Mu, J.; Furuya, T.; Suh, B. B.; Wang, Y.; Barnwell, J. W.; Su, X. Z. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2003, 100, 8502-8507.
72. Chotivanich, K.; Udomsangpetch, R.; Simpson, J. A.; Newton, P.; Pukrittayakamee, S.; Looareesuwan, S.; White, N. J. J. Infect. Dis. 2000, 181, 1206-1209.
73. Simpson, J. A.; Silamut, K.; Chotivanich, K.; Pukrittayakamee, S.; White, N. J. Trans R. Soc. Trop. Med. Hyg. 1999, 93, 165-168.
74. Lynch, M.; Ritland, K. Genetics 1999, 152, 1753-1766.
75. Ritland, K. Mol. Ecol. 2000, 9, 1195-1204.
76. Thomas, S. C.; Pemberton, J. M.; Hill, W. G. Heredity 2000, 84 (Pt 4), 427-436.
77. Blouin, M. S.; Parsons, M.; Lacaille, V.; Lotz, S. Mol. Ecol. 1996, 5, 393-401.
78. Druilhe, P.; Daubersies, P.; Patarapotikul, J.; Gentil, C.; Chene, L.; Chongsuphajaisiddhi, T.; Mellouk, S.; Langsley, G. J. Clin. Invest. 1998, 101, 2008-2016.
79. Babiker, H. A.; Ranford-Cartwright, L. C.; Currie, D.; Charlwood, J. D.; Billingsley, P.; Teuscher, T.; Walliker, D. Parasitology 1994, 109 (Pt 4), 413-421.
80. Nichols, R.; Beaumont, M. Proc. R. Soc. Lond. B. Biol. Sci. 1996, 263, 1619-1.
81. Fidock, D. A.; Nomura, T.; Talley, A. K.; Cooper, R. A.; Dzekunov, S. M.; Ferdig, M. T.; Ursos, L. M.; Sidhu, A. B.; Naude, B.; Deitsch, K. W.; Su, X. Z.; Wootton, J. C.; Roepe, P. D.; Wellems, T. E. Mol. Cell 2000, 6, 861-871.