Screening for Disease-Markers and Investigating Drug Effects by Proteome Profiling: Can it Meet Expectations?

Combinatorial Chemistry and High Throughput Screening

Volumn 7, Issue 1, 2004, Pages 1-9

  Gerner, Christopher ^a  

^a MEDICAL UNIVERSITY OF VIENNA   (Austria)

Author keywords

2D PAGE; Autoradiography; Fluorography; Mass Spectrometry; MudPIT; Quantitative Proteomics

Indexed keywords

PROTEOME;

BIOINFORMATICS; DISEASE MARKER; DRUG DESIGN; DRUG RESEARCH; GENE CONTROL; HUMAN; MEDICAL RESEARCH; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ANALYSIS; PROTEOMICS; REVIEW; TECHNOLOGY;

EID: 1542724497     PISSN: 13862073     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.2174/138620704772884779     Document Type: Review

References (70)

1. Kenyon, G. L.; DeMarini, D. M.; Fuchs, E.; Galas, D. J.; Kirsch, J. F.; Leyh, T. S.; Moos, W. H.; Petsko, G. A.; Ringe, D.; Rubin, G. M.; Sheahan, L. C. Mol. Cell Proteomics, 2002, 1, 763-80.
2. Wain, H. M.; Lush, M.; Ducluzeau, F.; Povey, S. Nucleic Acids Res., 2002, 30, 169-71.
3. Missler, M.; Sudhof, T. C. Trends Genet., 1998, 14, 20-6.
4. Cottrell, J. S. Pept. Res., 1994, 7, 115-24.
5. Masselon, C.; Anderson, G. A.; Harkewicz, R.; Bruce, J. E.; Pasa-Tolic, L.; Smith, R. D. Anal. Chem., 2000, 72, 1918-24.
6. Washburn, M. P.; Wolters, D.; Yates, J. R. 3rd. Anal. Chem., 2001, 19, 242-7.
7. Ducret, A.; Van Oostveen, I.; Eng, J. K.; Yates, J. R. 3rd.; Aebersold, R. Protein Sci., 1998, 7, 706-19.
8. Yi, E. C.; Marelli, M.; Lee, H.; Purvine, S. O.; Aebersold, R.; Aitchison, J. D.; Goodlett, D. R. Electrophoresis, 2002, 23, 3205-16.
9. Von Haller, P. D.; Yi, E.; Donohoe, S.; Vaughn, K.; Keller, A.; Nesvizhskii, A. I.; Eng, J.; Li, X. J.; Goodlett, D. R.; Aebersold, R.; Watts, J. D. Mol. Cell Proteomics, 2003, 2, 428-42.
10. Liotta, L. A.; Espina, V.; Mehta, A. I.; Calvert, V.; Rosenblatt, K.; Geho, D.; Munson, P. J.; Young, L.; Wulfkuhle, J.; Petricoin, E. F. Cancer Cell, 2003, 3, 317-25.
11. Zhu, H.; Snyder, M. Curr. Opin. Chem. Biol., 2003, 7, 55-63.
12. Knezevic, V.; Leethanakul, C.; Bichsel, V. E.; Worth, J. M.; Prabhu, V. V.; Gutkind, J. S.; Liotta, L. A.; Munson, P. J.; Petricoin, E. F., 3rd; Krizman, D. B. Proteomics, 2001, 1, 1271-8.
13. Miller, J. C.; Zhou, H.; Kwekel, J.; Cavallo, R.; Burke, J.; Butler, E. B.; Teh, B. S.; Haab, B. B. Proteomics, 2003, 3, 56-63.
14. Haab, B. B.; Dunham, M. J.; Brown, P. O. Genome Biol., 2001, 2, RESEARCH0004.
15. MacBeath, G.; Schreiber, S. L. Science, 2000, 289, 1760-3.
16. Zhu, H.; Bilgin, M.; Bangham, R.; Hall, D.; Casamayor, A.; Bertone, P.; Lan, N.; Jansen, R.; Bidlingmaier, S.; Houfek, T.; Mitchell, T.; Miller, P.; Dean, R. A.; Gerstein, M.; Snyder, M. Science, 2001, 293, 2101-5.
17. Houseman, B. T.; Huh, J. H.; Kron, S. J.; Mrksich, M. Nat. Biotechnol., 2002, 20, 270-4.
18. Anderson, N. L.; Anderson, N. G. Mol. Cell Proteomics, 2002, 1, 845-67.
19. Pieper, R.; Su, Q.; Gatlin, C. L.; Huang, S. T.; Anderson, N. L.; Steiner, S. Proteomics, 2003, 3, 422-32.
20. Adkins, J. N.; Varnum, S. M.; Auberry, K. J.; Moore, R. J.; Angell, N. H.; Smith, R. D.; Springer, D. L.; Pounds, J. G. Mol. Cell Proteomics, 2002, 1, 947-55.
21. Schweitzer, B.; Roberts, S.; Grimwade, B.; Shao, W.; Wang, M.; Fu, Q.; Shu, Q.; Laroche, I.; Zhou, Z.; Tchernev, V. T.; Christiansen, J.; Velleca, M.; Kingsmore, S. F. Nat. Biotechnol., 2002, 20, 359-65.
22. Boeckmann, B.; Bairoch, A.; Apweiler, R.; Blatter, M. C.; Estreicher, A. ; Gasteiger, E.; Martin, M. J.; Michoud, K.; O'Donovan, C.; Phan, I.; Pilbout, S.; Schneider, M. Nucleic Acids Res., 2003, 31, 365-70.
23. Celis, J. E.; Rasmussen, H. H.; Gromov, P.; Olsen, E.; Madsen, P.; Leffers, H.; Honore, B.; Dejgaard, K.; Vorum, H.; Kristensen, D. B.; et al. Electrophoresis, 1995, 16, 2177-240.
24. Kislinger, T.; Rahman, K.; Radulovic, D.; Cox, B.; Rossant, J.; Emili, A. Mol. Cell Proteomics, 2003, 2, 96-106.
25. Vytvytska, O.; Nagy, E.; Bluggel, M.; Meyer, H. E.; Kurzbauer, R.; Huber, L. A.; Klade, C. S. Proteomics, 2002, 2, 580-90.
26. Klade, C. S. Curr. Opin. Mol. Ther., 2002, 4, 216-23.
27. Unlu, M.; Morgan, M. E.; Minden, J. S. Electrophoresis, 1997, 18, 2071-7.
28. Griffin, T. J.; Han, D. K.; Gygi, S. P.; Rist, B.; Lee, H.; Aebersold, R.; Parker, K. C. J. Am. Soc. Mass Spectrom, 2001, 12, 1238-46.
29. Celis, J. E.; Olsen, E. Electrophoresis, 1994, 15, 309-44.
30. Gerner, C.; Vejda, S.; Gelbmann, D.; Bayer, E.; Gotzmann, J.; Schulte-Hermann, R.; Mikulits, W. Mol. Cell Proteomics, 2002, 1, 528-37.
31. MacCoss, M. J.; McDonald, W. H.; Saraf, A.; Sadygov, R.; Clark, J. M.; Tasto, J. J.; Gould, K. L.; Wolters, D.; Washburn, M.; Weiss, A.; Clark, J. I.; Yates, J. R. 3rd. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2002, 99, 7900-5.
32. Gerner, C.; Frohwein, U.; Gotzmann, J.; Bayer, E.; Gelbmann, D.; Bursch, W.; Schulte-Hermann, R. J. Biol. Chem., 2000, 275, 39018-26.
33. Larsen, M. R.; Sorensen, G. L.; Fey, S. J.; Larsen, P. M.; Roepstorff, P. Proteomics, 2001, 1, 223-38.
34. Gottesman, S. Curr. Opin. Microbiol., 1999, 2, 142-7.
35. Creagh, E. M.; Martin, S. J. Biochem. Soc. Trans., 2001, 29, 696-702.
36. Del Rosso, M.; Fibbi, G.; Pucci, M.; D'Alessio, S.; Del Rosso, A.; Magnelli, L.; Chiarugi, V. Clin. Exp. Metastasis, 2002, 19, 193-207.
37. Seipelt, J.; Liebig, H. D.; Sommergruber, W.; Gerner, C.; Kuechler, E. J. Biol. Chem., 2000, 275, 20084-9.
38. Gerner, C.; Gotzmann, J.; Frohwein, U.; Schamberger, C.; Ellinger, A.; Sauermann, G. Cell Death Differ., 2002, 9, 671-81.
39. Vejda, S.; Posovszky, C.; Zelzer, S.; Peter, B.; Bayer, E.; Gelbmann, D. ; Schulte-Hermann, R.; Gerner, C. Mol. Cell Proteomics, 2002, 1, 387-93.
40. Dreger, M. Eur. J. Biochem., 2003, 270, 589-99.
41. Gavin, A. C.; Bosche, M.; Krause, R.; Grandi, P.; Marzioch, M.; Bauer, A.; Schultz, J.; Rick, J. M.; Michon, A. M.; Cruciat, C. M.; Remor, M.; Hofert, C.; Schelder, M.; Brajenovic, M.; Ruffner, H.; Merino, A.; Klein, K.; Hudak, M. ; Dickson, D.; Rudi, T.; Gnau, V.; Bauch, A.; Bastuck, S.; Huhse, B.; Leutwein, C.; Heurtier, M. A.; Copley, R. R.; Edelmann, A.; Querfurth, E.; Rybin, V.; Drewes, G.; Raida, M.; Bouwmeester, T.; Bork, P.; Seraphin, B.; Kuster, B.; Neubauer, G.; Superti-Furga, G. Nature, 2002, 415, 141-7.
42. Blagoev, B.; Kratchmarova, I.; Ong, S. E.; Nielsen, M.; Foster, L. J.; Mann, M. Nat. Biotechnol., 2003, 21, 315-8.
43. Issaq, H. J.; Veenstra, T. D.; Conrads, T. P.; Felschow, D. Biochem. Biophys. Res. Commun., 2002, 292, 587-92.
44. Ball, G.; Mian, S.; Holding, F.; Allibone, R. O.; Lowe, J.; Ali, S.; Li, G.; McCardle, S.; Ellis, I. O.; Creaser, C.; Rees, R. C. Bioinformatics, 2002, 18, 395-404.
45. Petricoin, E. F.; Ardekani, A. M.; Hitt, B. A.; Levine, P. J.; Fusaro, V. A.; Steinberg, S. M.; Mills, G. B.; Simone, C.; Fishman, D. A.; Kohn, E. C.; Liotta, L. A. Lancet, 2002, 359, 572-7.
46. Adam, G. C.; Sorensen, E. J.; Cravatt, B. F. Mol. Cell Proteomics, 2002, 1, 828-35.
47. Adam, G. C.; Sorensen, E. J.; Cravatt, B. F. Nat. Biotechnol., 2002, 20, 805-9.
48. Campbell, D. A.; Szardenings, A. K. Curr. Opin. Chem. Biol., 2003, 7, 296-303.
49. Leung, D.; Hardouin, C.; Boger, D. L.; Cravatt, B. F. Nat. Biotechnol., 2003, 21, 687-91.
50. Celis, J. E.; Gromov, P. Cancer Cell, 2003, 3, 9-15.
51. Gerner, C.; Steinkellner, W.; Holzmann, K.; Gsur, A.; Grimm, R.; Ensinger, C.; Obrist, P.; Sauermann, G. Thromb. Haemost., 2001, 85, 494-501.
52. Thiede, B.; Siejak, F.; Dimmler, C.; Jungblut, P. R.; Rudel, T. Electrophoresis, 2000, 21, 2713-20.
53. Edvardsson, U.; Alexandersson, M.; Brockenhuus von Lowenhielm, H.; Nystrom, A. C.; Ljung, B.; Nilsson, F.; Dahllof, B. Electrophoresis, 1999, 20, 935-42.
54. Sanchez, J. C.; Chiappe, D.; Converset, V.; Hoogland, C.; Binz, P. A.; Paesano, S.; Appel, R. D.; Wang, S.; Sennitt, M.; Nolan, A.; Cawthorne, M. A.; Hochstrasser, D. F. Proteomics, 2001, 1, 136-63.
55. Gerner, C.; Holzmann, K.; Grimm, R.; Sauermann, G. J. Cell Biochem., 1998, 71, 363-74.
56. Fey, E. G.; Penman, S. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1988, 85, 121-5.
57. Quinlan, R. A.; Schiller, D. L.; Hatzfeld, M.; Achtstatter, T.; Moll, R. ; Jorcano, J. L.; Magin, T. M.; Franke, W. W. Ann. N. Y. Acad. Sci., 1985, 455, 282-306.
58. Gerner, C.; Holzmann, K.; Meissner, M.; Gotzmann, J.; Grimm, R.; Sauermann, G. J. Cell Biochem., 1999, 74, 145-51.
59. Drummelsmith, J.; Brochu, V.; Girard, I.; Messier, N.; Ouellette, M. Mol. Cell Proteomics, 2003, 2, 146-55.
60. Semenza, G. L.; Artemov, D.; Bedi, A.; Bhujwalla, Z.; Chiles, K.; Feldser, D.; Laughner, E.; Ravi, R.; Simons, J.; Taghavi, P.; Zhong, H. Novartis Found Symp., 2001, 240, 251-60.
61. Pennacchio, L. A.; Rubin, E. M. Nat. Rev. Genet., 2001, 2, 100-9.
62. Tamayo, P.; Slonim, D.; Mesirov, J.; Zhu, Q.; Kitareewan, S.; Dmitrovsky, E.; Lander, E. S.; Golub, T. R. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1999, 96, 2907-12.
63. Brown, M. P.; Grundy, W. N.; Lin, D.; Cristianini, N.; Sugnet, C. W.; Furey, T. S.; Ares, M. Jr.; Haussler, D. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2000, 97, 262-7.
64. Ramaswamy, S.; Ross, K. N.; Lander, E. S.; Golub, T. R. Nat. Genet., 2003, 33, 49-54.
65. Eyster, K. M.; Lindahl, R. S. D. J. Med., 2001, 54, 57-61.
66. Petricoin, E. F.; Zoon, K. C.; Kohn, E. C.; Barrett, J. C.; Liotta, L. A. Nat. Rev. Drug Discov., 2002, 1, 683-95.
67. Baxevanis, A. D. Nucleic Acids Res., 2003, 31, 1-12.
68. Thomas, P. D.; Kejariwal, A.; Campbell, M. J.; Mi, H.; Diemer, K.; Guo, N.; Ladunga, I.; Ulitsky-Lazareva, B.; Muruganujan, A.; Rabkin, S.; Vandergriff, J. A.; Doremieux, O. Nucleic Acids Res., 2003, 31, 334-41.
69. Kanehisa, M.; Bork, P. Nat. Genet., 2003, 33 Suppl., 305-10.
70. Clauser, K. R.; Baker, P.; Burlingame, A. L. Anal. Chem., 1999, 71, 2871-82.