New Approaches to Targeting RNA with Oligonucleotides: Inhibition of Group I Intron Self-Splicing

Biopolymers

Volumn 73, Issue 1, 2004, Pages 151-161

  Disney, Matthew D ^a   Childs, Jessica L ^a   Turner, Douglas H ^a  

^a UNIVERSITY OF ROCHESTER   (United States)

Author keywords

Candida albicans; Genome sequencing; Group I introns; Oligonucleotides; Pneumocystis carinii; RNA

Indexed keywords

CELL CULTURE; DRUG PRODUCTS; GENES; RNA;

FUNGAL INFECTIONS;

BIOPOLYMERS;

OLIGONUCLEOTIDE;

BINDING AFFINITY; CANDIDA ALBICANS; GENE SEQUENCE; GENE TARGETING; INTRON; NONHUMAN; PNEUMOCYSTIS CARINII; REVIEW; RNA SEQUENCE; RNA SPLICING;

BASE SEQUENCE; CANDIDA ALBICANS; DATABASES; GENOME; INTRONS; KINETICS; MAGNESIUM; MODELS, BIOLOGICAL; MODELS, CHEMICAL; MOLECULAR SEQUENCE DATA; NUCLEIC ACID CONFORMATION; OLIGONUCLEOTIDES; PHYLOGENY; PNEUMOCYSTIS CARINII; PROTEIN BINDING; RNA; RNA, CATALYTIC; THERMODYNAMICS;

CANDIDA; CANDIDA ALBICANS; MAMMALIA; PNEUMOCYSTIS CARINII;

EID: 0347763700     PISSN: 00063525     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/bip.10520     Document Type: Review

References (102)

1. Cech, T. R. Biochem Soc Trans 2001, 30, 1162-1166.
2. Altman, S.; Kirsebom, L.; Talbot, S. FASEB J 1993, 7, 7-14.
3. Altman, S.; Baer, M. F.; Bartkiewicz, M.; Gold, H.; Guerrier-Takada, C.; Kirsebom, L. A.; Lumelsky, N.; Peck, K. Gene 1989, 82, 63-64.
4. Zamore, P. D.; Tuschl, T.; Sharp, P. A.; Bartel, D. P. Cell 2000, 101, 2533.
5. Elbashir, S. M.; Harborth, J.; Lendeckel, W.; Yalcin, A.; Weber, K.; Tuschl, T. Nature 2001, 411, 494-498.
6. Lagos-Quintana, M.; Rauhut, R.; Lendeckel, W.; Tuschl, T. Science 2001, 294, 853-858.
7. Lau, N. C.; Lim, L. P.; Weinstein, E. G.; Bartel, D. P. Science 2001, 294, 858-862.
8. Nahvi, A.; Sudarsan, N.; Ebert, M. S.; Zou, X.; Brown, K. L.; Breaker, R. R. Chem Biol 2002, 9, 1043.
9. Winkler, W. C.; Cohen-Chalamish, S.; Breaker, R. R. Proc Natl Acad Sci USA 2002, 99, 15908-15913.
10. Winkler, W.; Nahvi, A.; Breaker, R. R. Nature 2002, 419, 952-956.
11. Moazed, D.; Noller, H. F. Biochimie 1987, 69, 879-884.
12. Moazed, D.; Noller, H. F. Nature 1987, 327, 389-394.
13. Fourmy, D.; Recht, M. I.; Blanchard, S. C.; Puglisi, J. D. Science 1996, 274, 1367-1371.
14. Carter, A. P.; Clemons, W. M.; Brodersen, D. E.; Morgan-Warren, R. J.; Wimberly, B. T.; Ramakrishnan, V. Nature 2000, 407, 340-348.
15. Stephenson, M. L.; Zamecnik, P. C. Proc Natl Acad Sci USA 1978, 75, 285-288.
16. Zamecnik, P. C.; Stephenson, M. L. Proc Natl Acad Sci USA 1978, 75, 280-284.
17. Izant, J. G.; Weintraub, H. Cell 1984, 36, 1007-1015.
18. Agrawal, S.; Mayrand, S. H.; Zamecnik, P. C.; Pederson, T. Proc Natl Acad Sci USA 1990, 87, 1401-1405.
19. Lima, W. F.; Wu, H.; Crooke, S. T. Methods Enzymol 2001, 341, 430-440.
20. Uhlenbeck, O. C. Nature 1987, 328, 596-600.
21. Esteban, J. A.; Walter, N. G.; Kotzorek, G.; Heckman, J. E.; Burke, J. M. Proc Natl Acad Sci USA 1998, 95, 6091-6096.
22. Sullenger, B. A.; Cech, T. R. Science 1993, 262, 1566-1569.
23. Sullenger, B. A.; Cech, T. R. Nature 1994, 371, 619-622.
24. Bell, M. A.; Johnson, A. K.; Testa, S. M. Biochemistry 2002, 41, 15327-15333.
25. Wang, H.; Cai, Q.; Zeng, X.; Yu, D.; Agrawal, S.; Zhang, R. Proc Natl Acad Sci USA 1999, 96, 13989-13994.
26. Grindel, J. M.; Musick, T. J.; Jiang, Z.; Roskey, A.; Agrawal, S. Antisense Nucleic Acid Drug Dev 1998, 8, 43-52.
27. Agrawal, S.; Jiang, Z.; Zhao, Q.; Shaw, D.; Cai, Q.; Roskey, A.; Channavajjala, L.; Saxinger, C.; Zhang, R. Proc Natl Acad Sci USA 1997, 94, 2620-2625.
28. Crooke, S. T.; Graham, M. J.; Zuckerman, J. E.; Brooks, D.; Conklin, B. S.; Cummins, L. L.; Greig, M. J.; Guinosso, C. J.; Kornbrust, D.; Manoharan, M. ; Sasmor, H. M.; Schleich, T.; Tivel, K. L.; Griffey, R. H. J. Pharmacol Exp Ther 1996, 277, 923-937.
29. Herschlag, D. Proc Natl Acad Sci USA 1991, 88, 6921-6925.
30. Testa, S. M.; Gryaznov, S. M.; Turner, D. H. Biochemistry 1998, 37, 9379-9385.
31. Roberts, R. W.; Crothers, D. M. Proc Natl Acad Sci USA 1991, 88, 9397-9401.
32. Lewis, J.G.; Lin, K. Y.; Kothavale, A.; Flanagan, W. M.; Matteucci, M. D.; DePrince, R. B.; Mook, R. A., Jr.; Hendren, R. W.; Wagner, R. W. Proc Natl Acad Sci USA 1996, 93, 3176-3181.
33. Lebedeva, I.; Benimetskaya, L.; Stein, C. A.; Vilenchik, M. Eur J Pharm Biopharm 2000, 50, 101-119.
34. Freier, S. M.; Altmann, K. H. Nucleic Acids Res 1997, 25, 4429-4443.
35. Gewirtz, A. M.; Stein, C. A.; Glazer, P. M. Proc Natl Acad Sci USA 1996, 93, 3161-3163.
36. Anderson, K. P.; Fox, M. C.; Brown-Driver, V.; Martin, M. J.; Azad, R. F. Antimicrob Agents Chemother 1996, 40, 2004-2011.
37. Li, K.; Zhang, J. Curr Opin Invest Drugs 2001, 2, 1454-1461.
38. Liu, Y.; Rocourt, M.; Pan, S.; Liu, C.; Leibowitz, M. J. Nucleic Acids Res 1992, 20, 3763-3772.
39. Testa, S. M.; Haidaris, C. G.; Gigliotti, F.; Turner, D. H. Biochemistry 1997, 36, 15303-15314.
40. Mercure, S.; Montplaisir, S.; Lemay, G. Nucleic Acids Res 1993, 21, 6020-6027.
41. Disney, M. D.; Matray, T.; Gryaznov, S. M.; Turner, D. H. Biochemistry 2001, 40, 6520-6526.
42. Nikolcheva, T.; Woodson, S. A. RNA 1997, 3, 1016-1027.
43. Zaug, A. J.; Cech, T. R. Biochemistry 1986, 25, 4478-4482.
44. Testa, S. M.; Gryaznov, S. M.; Turner, D. H. Proc Natl Acad Sci USA 1999, 96, 2734-2739.
45. Bevilacqua, P. C.; Turner, D. H. Biochemistry 1991, 30, 10632-10640.
46. Disney, M. D.; Gryaznov, S. M.; Turner, D. H. Biochemistry 2000, 39, 14269-14278.
47. Disney, M. D.; Testa, S. M.; Turner, D. H. Biochemistry 2000, 39, 6991-7000.
48. Disney, M. D.; Haidaris, C. G.; Turner, D. H. Biochemistry 2001, 40, 6507-6519.
49. Disney, M. D.; Turner, D. H. Biochemistry 2002, 41, 8113-8119.
50. Pyle, A. M.; Moran, S.; Strobel, S. A.; Chapman, T.; Turner, D. H.; Cech, T. R. Biochemistry 1994, 33, 13856-13863.
51. Szewczak, A. A.; Ortoleva-Donnelly, L.; Zivarts, M. V.; Oyelere, A. K.; Kazantsev, A. V.; Strobel, S. A. Proc Natl Acad Sci USA 1999, 96, 11183-11188.
52. Michel, F.; Ellington, A. D.; Couture, S.; Szostak, J. W. Nature 1990, 347, 578-580.
53. Peebles, C. L.; Perlman, P. S.; Mecklenburg, K. L.; Petrillo, M. L.; Tabor, J. H.; Jarrell, K. A.; Cheng, H. L. Cell 1986, 44, 213-223.
54. Su, L. J.; Qin, P. Z.; Michels, W. J.; Pyle, A. M. J Mol Biol 2001, 306, 655-668.
55. Ferat, J. L.; Michel, F. Nature 1993, 364, 358-361.
56. Miranda-Rios, J.; Navarro, M.; Soberon, M. Proc Natl Acad Sci USA 2001, 98, 9736-9741.
57. Kim, Y. G.; Su, L.; Maas, S.; O'Neill, A.; Rich, A. Proc Natl Acad Sci USA 1999, 96, 14234-14239.
58. Tang, C. K.; Draper, D. E. Cell 1989, 57, 531-536.
59. Correll, C. C.; Freeborn, B.; Moore, P. B.; Steitz, T. A. Cell 1997, 91, 705-712.
60. Ban, N.; Nissen, P.; Hansen, J.; Moore, P. B.; Steitz, T. A. Science 2000, 289, 905-920.
61. Carter, A. P.; Clemons, W. M., Jr.; Brodersen, D. E.; Morgan-Warren, R. J.; Hartsch, T.; Wimberly, B. T.; Ramakrishnan, V. Science 2001, 291, 498-501.
62. Houser-Scott, F.; Ziehler, W. A.; Engelke, D. R. Methods Enzymol 2001, 342, 101-117.
63. Waugh, D. S.; Green, C. J.; Pace, N. R. Science 1989, 244, 1569-1571.
64. Stark, B. C.; Kole, R.; Bowman, E. J.; Altman, S. Proc Natl Acad Sci USA 1978, 75, 3717-3721.
65. Fang, X. W.; Thiyagarajan, P.; Sosnick, T. R.; Pan, T. Proc Natl Acad Sci USA 2002, 99, 8518-8523.
66. Krasilnikov, A. S.; Yang, X.; Pan, T.; Mondragon, A. Nature 2003, 421, 760-764.
67. Bevilacqua, P. C.; Kierzek, R.; Johnson, K. A.; Turner, D. H. Science 1992, 258, 1355-1358.
68. Herschlag, D. Biochemistry 1992, 31, 1386-1399.
69. Vormann, J. Mol. Aspects Med 2003, 24, 27-37.
70. McConnell, T. S.; Herschlag, D.; Cech, T. R. Biochemistry 1997, 36, 8293-8303.
71. Kuo, L. Y.; Piccirilli, J. A. Biochim Biophys Acta 2001, 1522, 158-166.
72. Shan, S.; Kravchuk, A. V.; Piccirilli, J. A.; Herschlag, D. Biochemistry 2001, 40, 5161-5171.
73. Shan, S.; Yoshida, A.; Sun, S.; Piccirilli, J. A.; Herschlag, D. Proc Natl Acad Sci USA 1999, 96, 12299-12304.
74. Yoshida, A.; Sun, S.; Piccirilli, J. A. Nat Struct Biol 1999, 6, 318-321.
75. Piccirilli, J. A.; Vyle, J. S.; Caruthers, M. H.; Cech, T. R. Nature 1993, 361, 85-88.
76. Disney, M. D.; Haidaris, C. G.; Turner, D. H. Proc Natl Acad Sci USA 2003, 100, 1530-1534.
77. Cech, T. R., Golden, B.L. In The RNA World, 2nd ed.; Gesteland, R. F., Cech, T. R., and Atkins J. F., Eds.; Cold Spring Harbor Laboratory Press: Cold Spring Harbor, NY, 1999; pp 321-349.
78. Michel, F.; Westhof, E. J Mol Biol 1990, 216, 585-610.
79. Noller, H. F.; Hoffarth, V.; Zimniak, L. Science 1992, 256, 1416-1419.
80. Nissen, P.; Hansen, J.; Ban, N.; Moore, P. B.; Steitz, T. A. Science 2000, 289, 920-930.
81. Walstrum, S. A.; Uhlenbeck, O. C. Biochemistry 1990, 29, 10573-10576.
82. Uhlenbeck, O. C. RNA 1995, 1, 4-6.
83. Pan, J.; Woodson, S. A. J Mol Biol 1998, 280, 597-609.
84. Treiber, D. K.; Rook, M. S.; Zarrinkar, P. P.; Williamson, J. R. Science 1998, 279, 1943-1946.
85. Chadalavada, D. M.; Knudsen, S. M.; Nakano, S.; Bevilacqua, P. C. J Mol Biol 2000, 301, 349-367.
86. Childs, J. L.; Disney, M. D.; Turner, D. H. Proc Natl Acad Sci USA 2002, 99, 11091-11096.
87. Celander, D. W.; Cech, T. R. Science 1991, 251, 401-407.
88. Russell, R.; Zhuang, X.; Babcock, H. P.; Millett, I. S.; Doniach, S.; Chu, S.; Herschlag, D. Proc Natl Acad Sci USA 2002, 99, 155-160.
89. Fedor, M. J.; Uhlenbeck, O. C. Proc Natl Acad Sci USA 1990, 87, 1668-1672.
90. Been, M. D.; Perrotta, A. T.; Rosenstein, S. P. Biochemistry 1992, 31, 11843-11852.
91. Pan, T.; Sosnick, T. R. Nat Struct Biol 1997, 4, 931-938.
92. Pan, T.; Fang, X.; Sosnick, T. J Mol Biol 1999, 286, 721-731.
93. Zarrinkar, P. P.; Wang, J.; Williamson, J. R. RNA 1996, 2, 564-573.
94. Mathews, D. H.; Sabina, J.; Zuker, M.; Turner, D. H. J Mol Biol 1999, 288, 911-940.
95. Banerjee, A. R.; Turner, D. H. Biochemistry 1995, 34, 6504-6512.
96. Zarrinkar, P. P.; Williamson, J. R. Science 1994, 265, 918-924.
97. Doudna, J. A.; Cech, T. R. RNA 1995, 1, 36-45.
98. Tanner, M. A.; Anderson, E. M.; Gutell, R. R.; Cech, T. R. RNA 1997, 3, 1037-1051.
99. Hermann, T.; Westhof, E. Curr Opin Biotechnol 1998, 9, 66-73.
100. Pearson, N. D.; Prescott, C. D. Chem Biol 1997, 4, 409-414.
101. Lisacek, F.; Diaz, Y.; Michel, F. J Mol Biol 1994, 235, 1206-1217.
102. Testa, S. M.; Disney, M. D.; Turner, D. H.; Kierzek, R. Biochemistry 1999, 38, 16655-16662.