RNA interference: Analyzing the function of glycoproteins and glycosylating proteins in mammalian cells

Methods in Enzymology

Volumn 363, Issue , 2003, Pages 173-190

  Diallo, Mustapha ^a   Arenz, Christoph ^a   Schmitz, Katja ^a   Sandhoff, Konrad ^a   Schepers, Ute ^a  

^a UNIVERSITY OF BONN   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CERAMIDE GLUCOSYLTRANSFERASE; CEREBROSIDE; DNA; DOUBLE STRANDED DNA; DOUBLE STRANDED RNA; GANGLIOSIDE; GLYCOPROTEIN; GLYCOSPHINGOLIPID; MESSENGER RNA; RNA;

ANIMAL CELL; ARTICLE; GENE EXPRESSION; GENE SILENCING; GLYCOSYLATION; HELA CELL; HUMAN; HUMAN CELL; KNOCKOUT MOUSE; MAMMAL CELL; MOUSE; NONHUMAN; PHENOTYPE; PRIORITY JOURNAL; REVERSE TRANSCRIPTION POLYMERASE CHAIN REACTION; RNA INTERFERENCE; THIN LAYER CHROMATOGRAPHY; WESTERN BLOTTING;

ANIMALIA; MAMMALIA;

EID: 0141777369     PISSN: 00766879     EISSN: None     Source Type: Book Series    
DOI: 10.1016/S0076-6879(03)01051-6     Document Type: Article

References (82)

1. Y. Liu, A. Hoffmann, A. Grinberg, H. Westphal, M. P. McDonald, K. M. Miller, J. N. Crawley, K. Sandhoff, K. Suzuki, and R. L. Proia, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 22, 94 (1997).
2. A. Nagy, Genesis 26, 99 (2000).
3. T. Yamashita, R. Wada, T. Sasaki, C. X. Deng, U. Bierfreund, K. Sandhoff, and R. L. Proia, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96(16), 9142 (1999).
4. H. Coste, M. B. Martel, and R. Got, Biochim. Biophys. Acta 858, 6 (1986).
5. D. Jeckel, A. Karrenbauer, K. N. J. Burger, G. van Meer, and F. Wieland, J. Cell Biol. 117, 259 (1992).
6. A. H. Futerman and R. E. Pagano, Biochem. J. 280, 295 (1991).
7. D. L. Marks, K. Wu, P. Paul, Y. Kamisaka, R. Watanabe, and R. E. Pagano, J. Biol. Chem. 274, 451 (1999).
8. D. L. Marks, M. Dominguez, K. Wu, and R. E. Pagano, J. Biol. Chem. 276(28), 26492 (2001).
9. S. Nagahashi, M. Sudoh, N. Ono, R. Sawada, E. Yamaguchi, Y. Uchida, T. Mio, M. Takagi, M. Arisawa, and H. Yamada-Okabe, J. Biol. Chem. 270, 13961 (1995).
10. J. R. Pear, Y. Kawgoe, W. E. Schreckengost, D. P. Delmer, and D. M. Stalker, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93, 12637 (1996).
11. A. Wang-Gillam, I. Pastuszak, M. Stewart, R. Drake, and A. Elbein, J. Biol. Chem. 275, 1433 (2000).
12. D. A. Brown and E. London, J. Biol. Chem. 275(23), 17221 (2000).
13. S. I. Hakomori, Acta Anat. 161, 79 (1998).
14. S. I. Hakomori, Annu. Rev. Immunol. 2, 103 (1984).
15. S. I. Hakomori, Prog. Brain Res. 101, 241 (1994).
16. S. Ichikawa, N. Nakajo, H. Sakiyama, and Y. Hirabayashi, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91, 2703 (1994).
17. D. T. Downing, Lipid Res. 33(3), 301 (1992).
18. W. M. Holleran, E. I. Ginns, G. K. Menon, J. U. Grundmann, M. Fartasch, C. E. Mckinney, P. M. Elias, and E. Sidransky, J. Clin. Invest. 93(4), 1756 (1994).
19. T. Doering, RL. Proia, and K. Sandhoff, FEBS Lett. 447(2-3), 167 (1999).
20. T. Doering, W. M. Holleran, A. Potratz, G. Vielhaber, P. M. Elias, K. Suzuki, and K. Sandhoff, J. Biol. Chem. 274(16), 11038 (1999).
21. H. Sprong, S. Degroote, T. Claessens, J. van Drunen, V. Oorschot, B. H. C. Westerink, Y. Hirabayashi, J. Klumperman, P. van der Sluijs, and G. van Meer, J. Cell Biol. 155(3), 1 (2001).
22. N. S. Radin, Biochem. Pharmacol. 57, 589 (1999).
23. C. Tifft and R. Proia, Glycobiology 10, 1249 (2000).
24. T. Butters, R. Dwek, and F. Platt, Chem. Rev. 100, 4683 (2000).
25. A. Abe, S. Gregory, L. Lee, P. Killen, R. Brady, A. Kulkarni, and J. Shayman, J. Clin. Invest. 105, 1563 (2000).
26. Y. Lavie, H. Cao, A. Volner, A. Lucci, T. Han, V. Geffen, A. Guiliano, and M. Cabot, J. Biol. Chem. 272, 1682 (1997).
27. N. S. Radin, Mol. Chem. Neuropathol. 21, 111 (1994).
28. M. Jeyakumar, R. D. Butters, M. Cortina-Borja, V. Hunnam, R. L. Proia, V. H. Perry, R. A. Dwek, and F. M. Platt, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96, 6388 (1999).
29. F. Platt, G. Neises, G. Reinkensmeier, M. Townsend, R. Dwek, and T. Butters, Science 276, 428 (1997).
30. T. Cox, R. Lachmann, C. Hollak, J. Aerts, S. van Weely, M. Hrebicek, F. Platt, T. Butters, R. Dwek, C. Moyses, I. Gow, D. Elstein, and A. Zimran, Lancet 355, 1481 (2000).
31. M. Diallo, unpublished data.
32. U. Schepers and T. Kolter, Angew, Chem. Int. Ed. 40(13), 2437 (2001).
33. A. Fire, S. Xu, M. K. Montgomery, S. A. Kostas, S. E. Driver, and C. C. Mello, Nature 391, 806 (1998).
34. M. K. Montgomery, S. Xu, and A. Fire, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95, 15502 (1998).
35. S. Guo and K. J. Kemphues, Cell 81, 611 (1995).
36. A. J. Hamilton and D. C. Baulcombe, Science 286, 950 (1999).
37. J. R. Kennerdell and R. W. Carthew, Cell 95, 1017 (1998).
38. L. Misquitta and B. M. Paterson, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96(4), 1451 (1999).
39. a F. Wianny and M. Zernicka-Goetz, Nature Cell. Biol. 2, 70 (2000).
40. S. M. Elbashir, W. Lendeckel, and T. Tuschl, Genes Dev. 15, 188 (2001).
41. pA. R. van der Krol, L. A. Mur, M. Beld, J. N. Mol, and A. R. Stuitje, Plant Cell 2(4), 291 (1990).
42. R. Jorgensen, Trends Biotechnol. 8(12), 340 (1990).
43. N. Romano and G. Macino, Mol. Microbiol. 6(22), 3343 (1992).
44. H. Ngo, C. Tschudi, K. Gull, and E. Ullu, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95, 14687 (1998).
45. A. Sánchez-Alvarado and P. A. Newmark, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96, 5049 (1999).
46. J. U. Lohmann, I. Endl, and T. C. Bosch, Dev. Biol. 214, 211 (1999).
47. L. Timmons and A. Fire, Nature 395, 854 (1998).
48. J. M. Schumachèr, A. Golden, and P. J. Donovan, J. Cell Biol. 143(6), 1635 (1998).
49. D. Chase, C. Serafinas, N. Ashcroft, M. Kosinski, D. Longo, D. K. Ferris, and A. Golden, Genesis 26(1), 26 (2000).
50. P. Gonczy, C. Echeverri, K. Oegema, A. Coulson, S. J. M. Jones, R. R. Copley, J. Duperon, J. Oegema, M. Brehm, E. Cassin, E. Hannak, M. Kirkham, S. Pichler, K. Flohrs, A. Goessen, S. Leidel, A. M. Alleaume, C. Martin, N. Ozlu, P. Bork, and AA. Hyman, Nature 408, 331 (2000).
51. J. C. Clemens, C. A. Worby, N. Simonson-Leff, M. Muda, T. Maehama, B. A. Hemmings, and J. E. Dixon, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97, 6499 (2000).
52. M. J. Clemens, Int. J. Biochem. Cell. Biol. 29(7), 945 (1997).
53. S. B. Lee and M. Esteban, Virology 199(2), 491 (1994).
54. S. B. Lee, S. R. Green, M. B. Mathews, and M. Esteban, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91(22), 10551 (1994).
55. P. Zamore, T. Tuschl, P. Sharp, and D. Bartel, Cell 101, 25 (2000).
56. E. Bernstein, A. A. Caudy, S. M. Hammond, and G. J. Hannon, Nature 409, 363 (2001).
57. S. M. Elbashir, W. Lendeckel, and T. Tuschl, Genes Dev. 15, 188 (2001).
58. T. Tuschl, P. D. Zamore, R. Lehmann, D. P. Bartel, and P. A. Sharp, Genes Dev. 13, 3191 (1999).
59. S. M. Hammond, E. Bernstein, D. Beach, and G. J. Hannon, Nature 404, 293 (2000).
60. A. Nykänen, B. Haley, and P. D. Zamore, Cell 107, 309 (2001).
61. R. F. Ketting, S. E. Fischer, E. Bernstein, T. Sijen, G. J. Hannon, and R. H. Plasterk, Genes Dev. 15, 2654 (2001).
62. G. Hutvagner and P. D. Zamore, Curr. Opin. Genet. Dev. 12(2), 225 (2002).
63. N. J. Caplen, S. Parrish, F. Imani, A. Fire, and R. A. Morgan, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98, 9742 (2001).
64. A. Boutla, C. Delidakis, I. Livadaras, M. Tsagris, and M. Tabler, Curr. Biol. 11, 1776 (2001).
65. S. M. Elbashir, J. Martinez, A. Patkaniowska, W. Lendeckel, and T. Tuschl, EMBO J 20, 6877 (2001).
66. C. Lipardi, Q. Wei, and B. M. Paterson, Cell 107(3), 297 (2001).
67. T. Pélissier and M. Wessenegger, RNA 6, 55 (2000).
68. A. Grishok, H. Tabara, and C. Mello, Science 287, 2494 (2000).
69. S. M. Elbashir, J. Harborth, W. Lendeckel, A. Yalcin, K. Weber, and T. Tuschl, Nature 411, 494 (2001).
70. J. Harborth, S. M. Elbashir, K. Bechert, T. Tuschl, and K. Weber, J. Cell Sci. 114(24), 4557 (2001).
71. G. Hutvágner, J. McLachlan, A. E. Pasquinelli, É. Balint, T. Tuschl, and P. D. Zamore, Science 293, 834 (2001).
72. P. J. Paddison, A. A. Caudy, and G. J. Hannon, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99, 1443 (2002).
73. J. Y. Yu, S. L. DeRuiter, and D. L. Turner, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99(9), 6047 (2002).
74. T. R. Brummelkamp, R. Bernards, and R. Agami, Science 296, 550 (2002).
75. P. J. Paddison, A. A. Caudy, E. Bernstein, G. J. Hannon, and D. S. Conklin, Genes Dev. 16(8), 948 (2002).
76. G. C. Sui, C. Soohoo, E. Affar, F. Gay, Y. J. Shi, W. C. Forrester, and Y. Shi, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99(8), 5515 (2002).
77. M. Miyagishi and K. Taira, Nature Biotech. 20(5), 497 (2002).
78. N. S. Lee, T. Dohjima, G. Bauer, H. T. Li, M. J. Li, A. Ehsani, P. Salvaterra, and J. Rossi, Nature Biotech. 20(5), 500 (2002).
79. C. P. Paul, P. D. Good, I. Winer, and D. R. Engelke, Nature Biotech. 20(5), 505 (2002).
80. D. Yang, H. Lu, and J. W. Erickson, Curr. Biol. 10, 1191 (2000).
81. S. Parrish, J. Fleenor, S. Xu, C. Mello, and A. Fire, Mol. Cell 6, 1077 (2000).
82. P. D. Zamore, Nature Struct. Biol. 8(9), 746 (2001).