Fascinating facets of function and structure of amylolytic enzymes of glycoside hydrolase family 13

Biologia - Section Cellular and Molecular Biology

Volumn 57, Issue SUPPL. 11, 2002, Pages 5-19

  Svensson, Birte ^a   Tovborg Jensen, Morten ^a   Mori, Haruhide ^a,b   Bak Jensen, Kristian Sass ^a   Bønsager, Birgit ^a   Nielsen, Peter K ^a   Kramhøft, Birte ^a   Prægtorius Ibba, Mette ^a   Nøhr, Jane ^c   Juge, Nathalie ^d   Greffe, Lionel ^e   Williamson, Gary ^d   Driguez, Hugues ^e  

^a CARLSBERG LABORATORY   (Denmark)

^b HOKKAIDO UNIVERSITY   (Japan)

^c UNIVERSITY OF SOUTHERN DENMARK   (Denmark)

^d INSTITUTE OF FOOD RESEARCH   (United Kingdom)

^e CNRS   (France)

Author keywords

Barley amylase; Bond type specificity; Degree of multiple attack; N terminal domains; Protein inhibitors; Starch binding domain; Subsite engineering

Indexed keywords

ASPERGILLUS; ASPERGILLUS NIGER; HORDEUM VULGARE SUBSP. VULGARE;

EID: 0012237712     PISSN: 13356399     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: None     Document Type: Review

References (73)

1. ABE, J., SIDENIUS, U. & SVENSSON, B. 1993. Biochem. J. 293: 151-155.
2. AJANDOUZ, E. H., ABE, J., SVENSSON, B. & MARCHIS-MOUREN, G. 1992. Biochim. Biophys. Acta 1159: 193-202.
3. ANDRÉ, G. & TRAN, V. 1999. pp. 165-175. In: GILBERT, H. J., DAVIES, G. J., HENRISSAT, B. & SVENSSON, B. (eds) Recent Advances in Carbohydrate Bioengineering, Royal Society of Chemistry.
4. ANDRÉ, G., BULÉON, A., HASER, R. & TRAN, V. 1999.. Biopolymers 50: 751-762.
5. BEIER, L., SVENDSEN, A., ANDERSEN, C., FRANDSEN, T. P., BORCHERT, T. V. & CHERRY, J. R. 2000. Protein Eng. 13: 509-513.
6. BOMPARD-GILLES, C., ROUSSEAU, P., ROUGÉ, P. & PAYAN, F. 1996. Structure 4: 1441-1452.
7. BUNDLE, D. R. & YOUNG, N. M. 1992. Curr. Opin. Struct. Biol. 2: 666-673.
8. CHRISTENSEN, T., SVENSSON, B. & SIGURSKJOLD, B. W. 1999. Biochemistry 38: 6300-6310.
9. COUTINHO, P. M. & HENRISSAT, B. 1999. pp. 3-12. In: GILBERT, H. J., DAVIES, G. J., HENRISSAT, B. & SVENSSON, B. (eds) Recent Advances in Carbohydrate Bioengineering, Royal Society of Chemistry.
10. FEESE, M. D., KATO, Y., TAMADA, T., KATO, M., KOMEDA, T., MIURA, Y., HIROSE, M., HONDO, K., KOBAYASHI, K. & KUROKI, R. 2000. J. Mol. Biol. 301: 451-464.
11. FRANDSEN, T. P., STOFFER, B. B., PALCIC, M. M., HOF, S. & SVENSSON, B. 1996. J. Mol. Biol. 263: 79-89.
12. FRANDSEN, T. P., LOK, F., MIRGORODSKAYA, E., ROEPSTORFF, P. & SVENSSON, B. 2000. Plant Physiol. 123: 275-286.
13. FRANDSEN, T. P., PALCIC, M. M. & SVENSSON, B. 2002. Eur. J. Biochem. 269: 728-734.
14. GIARDINA, T., GUNNING, A.P., JUGE, N., FAULDS, C. B., FURNISS, C. S. M., SVENSSON, B., MORRIS, V. J. & WILLIAMSON, G. 2001. J. Mol. Biol. 313: 1149-1159.
15. GOTTSCHALK, T. E., TULL, D., AGHAJARI, N., HASER, R. & SVENSSON, B. 2001. Biochemistry 40: 12844-12854.
16. HASHIDA, M. & BISGȦRD-FRANTZEN, H. 2000. Trends Glycosci. Glycotechn. 12: 389-401.
17. HEIGHTMAN, T. D. & VASELLA, A. T. 1999. Angew. Chem. 38: 750-770.
18. HENRISSAT, B. 1991 Biochem. J. 280: 309-316.
19. HENRISSAT, B. & BAIROCH, A. 1993. Biochem. J. 293: 781-788.
20. HENRISSAT, B., COUTINHO, P. & DAVIES, G. J. 2001 47: 55-72.
21. IMAMURA, H., FUSHINOBU, S., YAMAMOTO, M., KUMASAKA, T., WAKAGI, T. & MATSUZAWA, H. 2001. J. Appl. Glycosci. 48: 171-175.
22. JANECEK, Š. 1997. Prog. Biophys. Mol. Biol. 67: 67-97.
23. JANECEK, Š. 2000. pp. 19-54. In: OHNISHI, M., HAYASHI, T., ISHIIMA, S. & KURIKI, T. (eds) Glycoenzymes, Japan Scientific Society Press, Tokyo.
24. JANECEK, Š., SVENSSON, B. & HENRISSAT, B. 1997. J. Mol. Evol. 45: 322-331.
25. JESPERSEN H. M., MACGREGOR, E. A., SIERKS, M. R. & SVENSSON, B. 1991. Biochem. J. 280: 51-55.
26. JUGE, N., ANDERSEN, J. S., TULL, D., ROEPSTORFF, P. & SVENSSON, B. 1996.. Protein Expr. Purif. 8: 204-214.
27. JUGE, N., LE GAL-COËFFET, M.-F., FURNISS, C. S. M., GUNNING, P., KRAMHØFT, B., MORRIS, V.J., SVENSSON, B. & WILLIAMSON, G. 2002. Biologia, Bratislava 57 (Suppl. 11): 239-245.
28. JUGE, N., SVENSSON, B. & WILLIAMSON, G. 1998. Appl. Microbiol. Biotechnol. 49: 385-392.
29. KADZIOLA, A., ABE, J., SVENSSON, B. & HASER, R. 1994. J. Mol. Biol. 239: 104-121.
30. KADZIOLA, A., SØGAARD, M., SVENSSON, B. & HASER, R. 1998. J. Mol. Biol. 279: 205-217.
31. KIM, T.-J., DAO, N. V. LEE, H.-S, KIM, M.-J., CHO, H.-Y., KIM, Y.-W., MOON, T.-W., PARK, C.S., KIM, J.-W. OH, B.-H., LEE, S.-B., SVENSSON, B. & PARK, K.-H. 2001. Biochemistry 40: 14182-14190.
32. KRAMHØFT, B. &. SVENSSON, B. 1998. pp 343-347. In: BALLESTEROS, A. PLOU, F. J., IBORRA, J. H. & HALLING, P. J. (eds) Stability and Stabilisation of Biocatalysts, Progress in Biotechnology, Elsevier Science B.V.
33. LAWSON, C. L., VAN MONTFORT, R., STROKOPYTOV, B., ROZEBOOM, H. J., KALK, K. H., DE VRIES G. E., PENNINGA, D., DIJKHUIZEN, L. & DIJKSTRA, B. W. 1994. J. Mol. Biol. 236: 590-600.
34. LEMIEUX, R. U., SPOHR, U., BACH, M., CAMERON, D. R., FRANDSEN, T. P., STOFFER, B. B., SVENSSON, B. & PALCIC, M. M. 1996. Can. J. Chem. 74: 319-335.
35. LY, H. D & WITHERS, S. G. 1999. Annu. Rev. Biochem. 68: 487-522.
36. MACGREGOR, E. A., JANECEK, Š. & SVENSSON, B. 2001. Biochim. Biophys. Acta 1546: 1-20.
37. MACGREGOR, E. A., JESPERSEN, H. M. & SVENSSON, B. 1996. FEBS Lett. 378: 263-266.
38. MACRI, L. J., MACGREGOR, A. W., SCHROEDER, S. W. & BAZIN, S. L. 1993. J. Cereal Sci. 18: 103-106.
39. MACKENZIE, L. F., WANG, Q., WARREN, R. A. J. & WITHERS, S. G. 1998. J. Am. Chem. Soc. 120: 5583-5584.
40. MATSUI, I. & SVENSSON, B. 1997. J. Biol. Chem. 272: 22456-22463.
41. MATSUURA, Y., KUSUNOKI, M., HARADA, W. & KAKUDO, M. 1984. A. J. Biochem. 95: 697-702.
42. MORI, H., BAK-JENSEN, K. S., GOTTSCHALK, T. E., MOTAWIA, M. S., DAMAGER, I., MØLLER, B. L. & SVENSSON, B. 2001. Eur. J. Biochem. 268: 6545-6558.
43. MORI, H., BAK-JENSEN, K. S. & SVENSSON, B. 2002. Eur. J. Biochem. (in press).
44. MUNDY, J., SVENDSEN, I. & HEJGAARD, J. 1983. Carlsberg Res. Commun. 48: 81-90.
45. NIELSEN, J. E. & BORCHERT, T. V. 2000. Biochim. Biophys. Acta 1543: 253-274.
46. NIKRAD, P. V., BEIERBECK, H. & LEMIEUX, R. U. 1992. Can. J. Chem. 70: 241-253.
47. PALCIC, M. M., SKRYDSTRUP, T., BOCK, K., LE, N. & LEMIEUX, R. U. 1993. Carbohydr. Res. 250: 87-92.
48. PARK, K. H, KIM, T.-J. CHEONG, K., KIM, J.-W., OH, B.-H. & SVENSSON, B. 2000. Biochim. Biophys. Acta 1478: 165-185.
49. PAYRE, N., COTTAZ, S., BOISSET, C., BORSALI, R., SVENSSON, B., HENRISSAT, B. & DRIGUEZ, H. 1999. Angew. Chem. 38: 974-977.
50. PEREIRA, P. J. B., LOZANOV, V., PATTHY, A., HUBER, R., BODE, W. & STROBL, S. 1999. Structure 7: 1079-1088.
51. PRZYLAS, I., TERADA, Y., FUJII, K., TAKAHA, T., SAENGER, W. & STRATER, N. 2000. Eur. J. Biochem. 267: 6903-6913.
52. ROBERT, X., HASER, R., SVENSSON, B. & AGHAJARI, N. 2002. Biologia, Bratislava 57(Suppl. 11): 59-70.
53. ROBYT, J. F. & FRENCH, D. 1967. Arch. Biophys. Biochem. 122: 8-16.
54. RODENBURG, K. W., VALLÉE, F., JUGE, N., AGHAJARI, N., GUO, X-.J., HASER, R. & SVENSSON, B. 2000. Eur. J. Biochem. 267: 1019-1029.
55. RYDBERG, E. H., SIDHU, G., VO, H. C., HEWITT, J., COTE, H. C., WANG, Y., NUMAO, S., MACGILLIVRAY, R. T., OVERALL, C. M., BRAYER, G. D. & WITHERS, S.G. 1999. Protein Sci. 8: 635-643.
56. SAUER, J., CHRISTENSEN, T., FRANDSEN, T. P., MIRGORODSKAYA, E., MCGUIRE, K. A., DRIGUEZ, H., ROEPSTORFF, P., SIGURSKJOLD, B. W. & SVENSSON, B. 2001. Biochemistry 40: 9336-9346.
57. SIERKS, M. R. & SVENSSON, B. 1992. Prot. Eng. 5: 185-188.
58. SIERKS, M. R., BOCK, K., REFN, S. & SVENSSON, B. 1992. Biochemistry 31: 8972-8977.
59. SIGURSKJOLD, B. W., BERLAND, C. R. & SVENSSON, B. 1994. Biochemistry 33: 10191-10199.
60. SIGURSKJOLD, B. W., CHRISTENSEN, T., PAYRE, N., COTTAZ, S., DRIGUEZ, H. & SVENSSON, B. 1998. Biochemistry 37: 10446-10452.
61. SORIMACHI, K., LE GAL-COËFFET, M.-F., WILLIAMSON, G., ARCHER, D. B. & WILLIAMSON, M. P. 1997. Structure 5: 647-661.
62. SOUTHALL, M. A., SIMPSON, P. J. GILBERT, H. J., WILLIAMSON, G. & WILLIAMSON, M. P. 1999. Febs Lett. 447: 58-60.
63. STROBL, S., MASKOS, K., WIEGAND, G., HUBER, R., GOMIS-RUTH, F. X. & GLOCKSHUBER, R. 1998. Structure 6: 911-921.
64. SVENSSON, B., PEDERSEN, T. G., SVENDSEN, I., SAKAI, T. & OTTESEN, M. 1982. Carlsberg Res. Commun. 47: 55-69.
65. SVENSSON, B., SAUER, J., MORI, H., JENSEN, M. T., BAK-JENSEN, K. S., KRAMHØFT, B., JUGE, N., NØHR, J., GREFFE, L., FRANDSEN, T. P., PALCIC, M. M., WILLIAMSON, G. & DRIGUEZ, H. 2002. in press. In: TEERI, T. T., GILBERT, H. J., FEIZI, T. & SVENSSON, B. (eds) Recent Advances in Carbohydrate Bioengineering, Royal Society of Chemistry.
66. SØGAARD, M. & SVENSSON, B. 1990. Gene 94: 173-179.
67. SØGAARD, M., ANDERSEN, J. S., ROEPSTORFF, P. & SVENSSON, B. 1993a. Bio/Technology 11: 1162-1165.
68. SØGAARD, M., KADZIOLA, A., HASER, R. & SVENSSON, B. 1993b. J. Biol. Chem. 268: 22480-22484.
69. UITDEHAAG, J. C. M., MOSI, R., KALK, K. H., VAN DER VEEN, B. A., DIJKHUIZEN, L., WITHERS, S. G. & DIJKSTRA, B. W. 1999. Nature Struct. Biol. 6: 432-436.
70. UITDEHAAG, J. C. M., VAN DER VEEN, B. A., DIJKHUIZEN, L., ELBER, R., DIJKSTRA, B. W. 2001. Proteins 43: 327-335.
71. VALLÉE, F., KADZIOLA, A., BOURNE, Y., JUY, M., RODENBURG, K. W., SVENSSON, B. & HASER, R. 1998. Structure 6: 649-659.
72. WIEGAND, G., EPP, O. & HUBER, R. 1995. J. Mol. Biol. 247: 99-110.
73. th International Barley Genetics Symposium, Adelaide, October, Vol. III.