Validating Quantitative Untargeted Lipidomics Across Nine Liquid Chromatography-High-Resolution Mass Spectrometry Platforms

Analytical Chemistry

Volumn 89, Issue 22, 2017, Pages 12360-12368

  Cajka, Tomas ^a   Smilowitz, Jennifer T ^a   Fiehn, Oliver ^a,b  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

^b KING ABDULAZIZ UNIVERSITY   (Saudi Arabia)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHROMATOGRAPHY; DATA HANDLING; DISCRIMINANT ANALYSIS; LEAST SQUARES APPROXIMATIONS; LIPIDS; MASS SPECTROMETRY; QUALITY CONTROL; SPECTROMETRY;

DATA PROCESSING METHODS; DIFFERENT OPERATING CONDITIONS; INSTRUMENT PERFORMANCE; INTERVENTION STUDIES; LINEAR DYNAMIC RANGES; LIQUID CHROMATOGRAPHY-HIGH RESOLUTION MASS SPECTROMETRIES; LIQUID CHROMATOGRAPHY-MASS SPECTROMETRY; PARTIAL LEAST SQUARES DISCRIMINANT ANALYSES (PLSDA);

LIQUID CHROMATOGRAPHY;

LIPID;

BLOOD; HIGH PERFORMANCE LIQUID CHROMATOGRAPHY; HUMAN; MASS SPECTROMETRY; METABOLOMICS; PROCEDURES; QUALITY CONTROL; STANDARDS; VALIDATION STUDY;

CHROMATOGRAPHY, HIGH PRESSURE LIQUID; HUMANS; LIPIDS; MASS SPECTROMETRY; METABOLOMICS; QUALITY CONTROL;

EID: 85034966513     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/acs.analchem.7b03404     Document Type: Article

References (29)

1. Rochat, B. TrAC, Trends Anal. Chem. 2016, 84, 151-164 10.1016/j.trac.2016.02.009
2. Gika, H. G.; Theodoridis, G. A.; Plumb, R. S.; Wilson, I. D. J. Pharm. Biomed. Anal. 2014, 87, 12-25 10.1016/j.jpba.2013.06.032
3. Hyotylainen, T.; Oresic, M. Anal. Bioanal. Chem. 2015, 407, 4973-4993 10.1007/s00216-015-8633-2
4. Cajka, T.; Fiehn, O. TrAC, Trends Anal. Chem. 2014, 61, 192-206 10.1016/j.trac.2014.04.017
5. Cajka, T.; Fiehn, O. Anal. Chem. 2016, 88, 524-545 10.1021/acs.analchem.5b04491
6. Sud, M.; Fahy, E.; Cotter, D.; Azam, K.; Vadivelu, I.; Burant, C.; Edison, A.; Fiehn, O.; Higashi, R.; Nair, K. S.; Sumner, S.; Subramaniam, S. Nucleic Acids Res. 2016, 44, D463-D470 10.1093/nar/gkv1042
7. Martin, J. C.; Maillot, M.; Mazerolles, G.; Verdu, A.; Lyan, B.; Migne, C.; Defoort, C.; Canlet, C.; Junot, C.; Guillou, C.; Manach, C.; Jabob, D.; Bouveresse, D. J. R.; Paris, E.; Pujos-Guillot, E.; Jourdan, F.; Giacomoni, F.; Courant, F.; Fave, G.; Le Gall, G.; Chassaigne, H.; Tabet, J. C.; Martin, J. F.; Antignac, J. P.; Shintu, L.; Defernez, M.; Philo, M.; Alexandre-Gouaubau, M. C.; Amiot-Carlin, M. J.; Bossis, M.; Triba, M. N.; Stojilkovic, N.; Banzet, N.; Molinie, R.; Bott, R.; Goulitquer, S.; Caldarelli, S.; Rutledge, D. N. Metabolomics 2015, 11, 807-821 10.1007/s11306-014-0740-0
8. Benton, H. P.; Want, E.; Keun, H. C.; Amberg, A.; Plumb, R. S.; Goldfain-Blanc, F.; Walther, B.; Reily, M. D.; Lindon, J. C.; Holmes, E.; Nicholson, J. K.; Ebbels, T. M. D. Anal. Chem. 2012, 84, 2424-2432 10.1021/ac203200x
9. Djekic, D.; Pinto, R.; Vorkas, P. A.; Henein, M. Y. Int. J. Cardiol. 2016, 222, 1042-1048 10.1016/j.ijcard.2016.07.214
10. Glauser, G.; Veyrat, N.; Rochat, B.; Wolfender, J. L.; Turlings, T. C. J. J. Chromatogr A 2013, 1292, 151-159 10.1016/j.chroma.2012.12.009
11. Cheema, A. K.; Asara, J. M.; Wang, Y.; Neubert, T. A.; Tolstikov, V.; Turck, C. W. J. Biomol. Technol. 2015, 26, 83-89 10.7171/jbt.15-2603-001
12. Gika, H. G.; Theodoridis, G. A.; Earll, M.; Snyder, R. W.; Sumner, S. J.; Wilson, I. D. Anal. Chem. 2010, 82, 8226-8234 10.1021/ac1016612
13. Siskos, A. P.; Jain, P.; Romisch-Margl, W.; Bennett, M.; Achaintre, D.; Asad, Y.; Marney, L.; Richardson, L.; Koulman, A.; Griffin, J. L.; Raynaud, F.; Scalbert, A.; Adamski, J.; Prehn, C.; Keun, H. C. Anal. Chem. 2017, 89, 656-665 10.1021/acs.analchem.6b02930
14. Pham, H. T.; Arnhard, K.; Asad, Y. J.; Deng, L.; Felder, T. K.; St. John-Williams, L.; Kaever, V.; Leadley, M.; Mitro, N.; Muccio, S.; Prehn, C.; Rauh, M.; Rolle-Kampczyk, U.; Thompson, J. W.; Uhl, O.; Ulaszewska, M.; Vogeser, M.; Wishart, D. S.; Koal, T. J. Appl. Lab. Med. 2016, 1, 129-142
15. Klavins, K.; Neubauer, S.; Al Chalabi, A.; Sonntag, D.; Haberhauer-Troyer, C.; Russmayer, H.; Sauer, M.; Mattanovich, D.; Hann, S.; Koellensperger, G. Anal. Bioanal. Chem. 2013, 405, 5159-5169 10.1007/s00216-013-6964-4
16. Liebisch, G.; Ekroos, K.; Hermansson, M.; Ejsing, C. S. Biochim. Biophys. Acta, Mol. Cell Biol. Lipids 2017, 1862, 747-751 10.1016/j.bbalip.2017.02.013
17. Wang, M.; Wang, C.; Han, X. Mass Spectrom. Rev. 2017, 36, 693-714 10.1002/mas.21492
18. Koivusalo, M.; Haimi, P.; Heikinheimo, L.; Kostiainen, R.; Somerharju, P. J. Lipid Res. 2001, 42, 663-672
19. Koelmel, J. P.; Ulmer, C. Z.; Jones, C. M.; Yost, R. A.; Bowden, J. A. Biochim. Biophys. Acta, Mol. Cell Biol. Lipids 2017, 1862, 766-770 10.1016/j.bbalip.2017.02.016
20. Bowden, J. A.; Heckert, A.; Ulmer, C. Z.; Jones, C. M.; Koelmel, J. P.; Abdullah, L.; Ahonen, L.; Alnouti, Y.; Armando, A.; Asara, J. M.; Bamba, T.; Barr, J. R.; Bergquist, J.; Borchers, C. H.; Brandsma, J.; Breitkopf, S. B.; Cajka, T.; Cazenave-Gassiot, A.; Checa, A.; Cinel, M. A.; Colas, R. A.; Cremers, S.; Dennis, E. A.; Evans, J. E.; Fauland, A.; Fiehn, O.; Gardner, M. S.; Garrett, T. J.; Gotlinger, K. H.; Han, J.; Huang, Y.; Neo, A. H.; Hyotylainen, T.; Izumi, Y.; Jiang, H.; Jiang, H.; Jiang, J.; Kachman, M.; Kiyonami, R.; Klavins, K.; Klose, C.; Kofeler, H. C.; Kolmert, J.; Koal, T.; Koster, G.; Kuklenyik, Z.; Kurland, I. J.; Leadley, M.; Lin, K.; Maddipati, K. R.; McDougall, D.; Meikle, P. J.; Mellett, N. A.; Monnin, C.; Moseley, M. A.; Nandakumar, R.; Oresic, M.; Patterson, R. E.; Peake, D.; Pierce, J. S.; Post, M.; Postle, A. D.; Pugh, R.; Qui, Y.; Quehenberger, O.; Ramrup, P.; Rees, J.; Rembiesa, B.; Reynaud, D.; Roth, M. R.; Sales, S.; Schuhmann, K.; Schwartzman, M. L.; Serhan, C. N.; Shevchenko, A.; Somerville, S. E.; John-Williams, L. S.; Surma, M. A.; Takeda, H.; Thakare, R.; Thompson, J. W.; Torta, F.; Triebl, A.; Trotzmuller, M.; Ubhayasekera, S. J. K.; Vuckovic, D.; Weir, J. M.; Welti, R.; Wenk, M. R.; Wheelock, C. E.; Yao, L.; Yuan, M.; Zhao, X. H.; Zhou, S. J. Lip. Res. 2017, in press, 10.1194/jlr.M079012.
21. Cajka, T.; Davis, R.; Austin, K. J.; Newman, J. W.; German, J. B.; Fiehn, O.; Smilowitz, J. T. Metabolomics 2016, 12, 1-16 10.1007/s11306-016-1075-9
22. Matyash, V.; Liebisch, G.; Kurzchalia, T. V.; Shevchenko, A.; Schwudke, D. J. Lipid Res. 2008, 49, 1137-1146 10.1194/jlr.D700041-JLR200
23. Cajka, T.; Fiehn, O. Methods Mol. Biol. 2017, 1609, 149-170 10.1007/978-1-4939-6996-8-14
24. Tsugawa, H.; Cajka, T.; Kind, T.; Ma, Y.; Higgins, B.; Ikeda, K.; Kanazawa, M.; VanderGheynst, J.; Fiehn, O.; Arita, M. Nat. Methods 2015, 12, 523-526 10.1038/nmeth.3393
25. Kind, T.; Liu, K. H.; Lee, D. Y.; DeFelice, B.; Meissen, J. K.; Fiehn, O. Nat. Methods 2013, 10, 755-758 10.1038/nmeth.2551
26. Xia, J. G.; Sinelnikov, I. V.; Han, B.; Wishart, D. S. Nucleic Acids Res. 2015, 43, W251-W257 10.1093/nar/gkv380
27. Wanichthanarak, K.; Fan, S.; Grapov, D.; Barupal, D. K.; Fiehn, O. Plos One 2017, 12.
28. Cajka, T.; Fiehn, O. Metabolomics 2016, 12, article 34, DOI: 10.1007/s11306-015-0929-x.
29. Quehenberger, O.; Armando, A. M.; Brown, A. H.; Milne, S. B.; Myers, D. S.; Merrill, A. H.; Bandyopadhyay, S.; Jones, K. N.; Kelly, S.; Shaner, R. L.; Sullards, C. M.; Wang, E.; Murphy, R. C.; Barkley, R. M.; Leiker, T. J.; Raetz, C. R. H.; Guan, Z. Q.; Laird, G. M.; Six, D. A.; Russell, D. W.; McDonald, J. G.; Subramaniam, S.; Fahy, E.; Dennis, E. A. J. Lipid Res. 2010, 51, 3299-3305 10.1194/jlr.M009449