Interlaboratory Reproducibility of a Targeted Metabolomics Platform for Analysis of Human Serum and Plasma

Analytical Chemistry

Volumn 89, Issue 1, 2017, Pages 656-665

  Siskos, Alexandros P ^a   Jain, Pooja ^a   Römisch Margl, Werner ^b   Bennett, Mark ^a   Achaintre, David ^c   Asad, Yasmin ^d   Marney, Luke ^e   Richardson, Larissa ^e   Koulman, Albert ^e   Griffin, Julian L ^e   Raynaud, Florence ^d   Scalbert, Augustin ^c   Adamski, Jerzy ^b,f,g   Prehn, Cornelia ^b   Keun, Hector C ^a  

^a IMPERIAL COLLEGE LONDON   (United Kingdom)

^b INSTITUTE OF EPIDEMIOLOGY   (Germany)

^c INTERNATIONAL AGENCY FOR RESEARCH ON CANCER   (France)

^d INSTITUTE OF CANCER RESEARCH   (United Kingdom)

^e MRC HUMAN NUTRITION RESEARCH   (United Kingdom)

^f TECHNICAL UNIVERSITY OF MUNICH   (Germany)

^g GERMAN CENTER FOR DIABETES RESEARCH DZD   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOMOLECULES; BODY FLUIDS; DRUG PRODUCTS; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; METABOLITES; SPECTROMETRY;

ACCURACY AND PRECISION; ANALYTICAL PROTOCOLS; COEFFICIENT OF VARIATION; EPIDEMIOLOGICAL STUDIES; FLOW-INJECTION ANALYSIS; INTERLABORATORY REPRODUCIBILITY; LABORATORY MEASUREMENTS; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

QUALITY CONTROL;

HUMAN; LABORATORY; LIMIT OF DETECTION; METABOLOMICS; PROCEDURES; QUALITY CONTROL; REPRODUCIBILITY; STANDARD; STANDARDS; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

HUMANS; LABORATORIES; LIMIT OF DETECTION; METABOLOMICS; QUALITY CONTROL; REFERENCE STANDARDS; REPRODUCIBILITY OF RESULTS; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

EID: 85009156513     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/acs.analchem.6b02930     Document Type: Article

References (36)

1. Nicholson, J. K.; Lindon, J. C.; Holmes, E. Xenobiotica 1999, 29, 1181-1189 10.1080/004982599238047
2. Fiehn, O. Plant Mol. Biol. 2002, 48, 155-171 10.1023/A:1013713905833
3. Kühn, T.; Floegel, A.; Sookthai, D.; Johnson, T.; Rolle-Kampczyk, U.; Otto, W.; von Bergen, M.; Boeing, H.; Kaaks, R. BMC Med. 2016, 14, 13 10.1186/s12916-016-0552-3
4. Wang-Sattler, R.; Yu, Z.; Herder, C.; Messias, A. C.; Floegel, A.; He, Y.; Heim, K.; Campillos, M.; Holzapfel, C.; Thorand, B.; Grallert, H.; Xu, T.; Bader, E.; Huth, C.; Mittelstrass, K.; Döring, A.; Meisinger, C.; Gieger, C.; Prehn, C.; Roemisch-Margl, W.; Carstensen, M.; Xie, L.; Yamanaka-Okumura, H.; Xing, G.; Ceglarek, U.; Thiery, J.; Giani, G.; Lickert, H.; Lin, X.; Li, Y.; Boeing, H.; Joost, H. G.; de Angelis, M. H.; Rathmann, W.; Suhre, K.; Prokisch, H.; Peters, A.; Meitinger, T.; Roden, M.; Wichmann, H. E.; Pischon, T.; Adamski, J.; Illig, T. Mol. Syst. Biol. 2012, 8, 615 10.1038/msb.2012.43
5. Suhre, K.; Meisinger, C.; Döring, A.; Altmaier, E.; Belcredi, P.; Gieger, C.; Chang, D.; Milburn, M. V.; Gall, W. E.; Weinberger, K. M.; Mewes, H. W.; Hrabé de Angelis, M.; Wichmann, H. E.; Kronenberg, F.; Adamski, J.; Illig, T. PLoS One 2010, 5, e13953 10.1371/journal.pone.0013953
6. Ang, J. E.; Pandher, R.; Ang, J. C.; Asad, Y. J.; Henley, A. T.; Valenti, M.; Box, G.; de Haven Brandon, A.; Baird, R. D.; Friedman, L.; Derynck, M.; Vanhaesebroeck, B.; Eccles, S. A.; Kaye, S. B.; Workman, P.; de Bono, J. S.; Raynaud, F. I. Mol. Cancer Ther. 2016, 15, 1412-1424 10.1158/1535-7163.MCT-15-0815
7. Carayol, M.; Licaj, I.; Achaintre, D.; Sacerdote, C.; Vineis, P.; Key, T. J.; Onland Moret, N. C.; Scalbert, A.; Rinaldi, S.; Ferrari, P. PLoS One 2015, 10, e0135437 10.1371/journal.pone.0135437
8. Schmidt, J. A.; Rinaldi, S.; Scalbert, A.; Ferrari, P.; Achaintre, D.; Gunter, M. J.; Appleby, P. N.; Key, T. J.; Travis, R. C. Eur. J. Clin. Nutr. 2016, 70, 306-312 10.1038/ejcn.2015.144
9. Stepien, M.; Duarte-Salles, T.; Fedirko, V.; Floegel, A.; Barupal, D. K.; Rinaldi, S.; Achaintre, D.; Assi, N.; Tjønneland, A.; Overvad, K.; Bastide, N.; Boutron-Ruault, M. C.; Severi, G.; Kühn, T.; Kaaks, R.; Aleksandrova, K.; Boeing, H.; Trichopoulou, A.; Bamia, C.; Lagiou, P.; Saieva, C.; Agnoli, C.; Panico, S.; Tumino, R.; Naccarati, A.; Bueno-de-Mesquita, H. B.; Peeters, P. H.; Weiderpass, E.; Quirós, J. R.; Agudo, A.; Sánchez, M. J.; Dorronsoro, M.; Gavrila, D.; Barricarte, A.; Ohlsson, B.; Sjöberg, K.; Werner, M.; Sund, M.; Wareham, N.; Khaw, K. T.; Travis, R. C.; Schmidt, J. A.; Gunter, M.; Cross, A.; Vineis, P.; Romieu, I.; Scalbert, A.; Jenab, M. Int. J. Cancer 2016, 138, 348-360 10.1002/ijc.29718
10. Floegel, A.; Stefan, N.; Yu, Z.; Mühlenbruch, K.; Drogan, D.; Joost, H. G.; Fritsche, A.; Häring, H. U.; Hrabě de Angelis, M.; Peters, A.; Roden, M.; Prehn, C.; Wang-Sattler, R.; Illig, T.; Schulze, M. B.; Adamski, J.; Boeing, H.; Pischon, T. Diabetes 2013, 62, 639-648 10.2337/db12-0495
11. Illig, T.; Gieger, C.; Zhai, G.; Römisch-Margl, W.; Wang-Sattler, R.; Prehn, C.; Altmaier, E.; Kastenmüller, G.; Kato, B. S.; Mewes, H. W.; Meitinger, T.; de Angelis, M. H.; Kronenberg, F.; Soranzo, N.; Wichmann, H. E.; Spector, T. D.; Adamski, J.; Suhre, K. Nat. Genet. 2010, 42, 137-141 10.1038/ng.507
12. Jourdan, C.; Petersen, A. K.; Gieger, C.; Döring, A.; Illig, T.; Wang-Sattler, R.; Meisinger, C.; Peters, A.; Adamski, J.; Prehn, C.; Suhre, K.; Altmaier, E.; Kastenmüller, G.; Römisch-Margl, W.; Theis, F. J.; Krumsiek, J.; Wichmann, H. E.; Linseisen, J. PLoS One 2012, 7, e40009 10.1371/journal.pone.0040009
13. Anton, G.; Wilson, R.; Yu, Z. H.; Prehn, C.; Zukunft, S.; Adamski, J.; Heier, M.; Meisinger, C.; Römisch-Margl, W.; Wang-Sattler, R.; Hveem, K.; Wolfenbuttel, B.; Peters, A.; Kastenmüller, G.; Waldenberger, M. PLoS One 2015, 10, e0121495 10.1371/journal.pone.0121495
14. Breier, M.; Wahl, S.; Prehn, C.; Fugmann, M.; Ferrari, U.; Weise, M.; Banning, F.; Seissler, J.; Grallert, H.; Adamski, J.; Lechner, A. PLoS One 2014, 9, e89728 10.1371/journal.pone.0089728
15. Yu, Z.; Kastenmüller, G.; He, Y.; Belcredi, P.; Möller, G.; Prehn, C.; Mendes, J.; Wahl, S.; Roemisch-Margl, W.; Ceglarek, U.; Polonikov, A.; Dahmen, N.; Prokisch, H.; Xie, L.; Li, Y.; Wichmann, H. E.; Peters, A.; Kronenberg, F.; Suhre, K.; Adamski, J.; Illig, T.; Wang-Sattler, R. PLoS One 2011, 6, e21230 10.1371/journal.pone.0021230
16. Floegel, A.; Drogan, D.; Wang-Sattler, R.; Prehn, C.; Illig, T.; Adamski, J.; Joost, H. G.; Boeing, H.; Pischon, T. PLoS One 2011, 6, e21103 10.1371/journal.pone.0021103
17. Yu, Z.; Zhai, G.; Singmann, P.; He, Y.; Xu, T.; Prehn, C.; Römisch-Margl, W.; Lattka, E.; Gieger, C.; Soranzo, N.; Heinrich, J.; Standl, M.; Thiering, E.; Mittelstraß, K.; Wichmann, H. E.; Peters, A.; Suhre, K.; Li, Y.; Adamski, J.; Spector, T. D.; Illig, T.; Wang-Sattler, R. Aging Cell 2012, 11, 960-967 10.1111/j.1474-9726.2012.00865.x
18. Floegel, A.; Wientzek, A.; Bachlechner, U.; Jacobs, S.; Drogan, D.; Prehn, C.; Adamski, J.; Krumsiek, J.; Schulze, M. B.; Pischon, T.; Boeing, H. Int. J. Obes. 2014, 38, 1388-1396 10.1038/ijo.2014.39
19. Xu, T.; Holzapfel, C.; Dong, X.; Bader, E.; Yu, Z.; Prehn, C.; Perstorfer, K.; Jaremek, M.; Roemisch-Margl, W.; Rathmann, W.; Li, Y.; Wichmann, H. E.; Wallaschofski, H.; Ladwig, K. H.; Theis, F.; Suhre, K.; Adamski, J.; Illig, T.; Peters, A.; Wang-Sattler, R. BMC Med. 2013, 11, 60 10.1186/1741-7015-11-60
20. Davies, S. K.; Ang, J. E.; Revell, V. L.; Holmes, B.; Mann, A.; Robertson, F. P.; Cui, N.; Middleton, B.; Ackermann, K.; Kayser, M.; Thumser, A. E.; Raynaud, F. I.; Skene, D. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2014, 111, 10761-10766 10.1073/pnas.1402663111
21. Nicholson, G.; Rantalainen, M.; Li, J. V.; Maher, A. D.; Malmodin, D.; Ahmadi, K. R.; Faber, J. H.; Barrett, A.; Min, J. L.; Rayner, N. W.; Toft, H.; Krestyaninova, M.; Viksna, J.; Neogi, S. G.; Dumas, M. E.; Sarkans, U.; Donnelly, P.; Illig, T.; Adamski, J.; Suhre, K.; Allen, M.; Zondervan, K. T.; Spector, T. D.; Nicholson, J. K.; Lindon, J. C.; Baunsgaard, D.; Holmes, E.; McCarthy, M. I.; Holmes, C. C. PLoS Genet. 2011, 7, e1002270 10.1371/journal.pgen.1002270
22. User Manual UM-p180-AB SCIEX-9, 2014; User Manual UM-p180-Waters-5, 2014; Analytical Specifications AS-p180-4; Biocrates Life Sciences AG: Innsbruck, Austria, 2014.
23. Phinney, K. W.; Ballihaut, G.; Bedner, M.; Benford, B. S.; Camara, J. E.; Christopher, S. J.; Davis, W. C.; Dodder, N. G.; Eppe, G.; Lang, B. E.; Long, S. E.; Lowenthal, M. S.; McGaw, E. A.; Murphy, K. E.; Nelson, B. C.; Prendergast, J. L.; Reiner, J. L.; Rimmer, C. A.; Sander, L. C.; Schantz, M. M.; Sharpless, K. E.; Sniegoski, L. T.; Tai, S. S.; Thomas, J. B.; Vetter, T. W.; Welch, M. J.; Wise, S. A.; Wood, L. J.; Guthrie, W. F.; Hagwood, C. R.; Leigh, S. D.; Yen, J. H.; Zhang, N. F.; Chaudhary-Webb, M.; Chen, H.; Fazili, Z.; LaVoie, D. J.; McCoy, L. F.; Momin, S. S.; Paladugula, N.; Pendergrast, E. C.; Pfeiffer, C. M.; Powers, C. D.; Rabinowitz, D.; Rybak, M. E.; Schleicher, R. L.; Toombs, B. M.; Xu, M.; Zhang, M.; Castle, A. L. Anal. Chem. 2013, 85, 11732-11738 10.1021/ac402689t
24. Simón-Manso, Y.; Lowenthal, M. S.; Kilpatrick, L. E.; Sampson, M. L.; Telu, K. H.; Rudnick, P. A.; Mallard, W. G.; Bearden, D. W.; Schock, T. B.; Tchekhovskoi, D. V.; Blonder, N.; Yan, X.; Liang, Y.; Zheng, Y.; Wallace, W. E.; Neta, P.; Phinney, K. W.; Remaley, A. T.; Stein, S. E. Anal. Chem. 2013, 85, 11725-11731 10.1021/ac402503m
25. Certificate of Analysis, Standard Reference Material 1950: Metabolites in Human Plasma; National Institute of Standards and Technology: Washington, DC, Nov 7, 2012.
26. Keun, H. C.; Ebbels, T. M.; Antti, H.; Bollard, M. E.; Beckonert, O.; Schlotterbeck, G.; Senn, H.; Niederhauser, U.; Holmes, E.; Lindon, J. C.; Nicholson, J. K. Chem. Res. Toxicol. 2002, 15, 1380-1386 10.1021/tx0255774
27. Ward, J. L.; Baker, J. M.; Miller, S. J.; Deborde, C.; Maucourt, M.; Biais, B.; Rolin, D.; Moing, A.; Moco, S.; Vervoort, J.; Lommen, A.; Schäfer, H.; Humpfer, E.; Beale, M. H. Metabolomics 2010, 6, 263-273 10.1007/s11306-010-0200-4
28. Viant, M. R.; Bearden, D. W.; Bundy, J. G.; Burton, I. W.; Collette, T. W.; Ekman, D. R.; Ezernieks, V.; Karakach, T. K.; Lin, C. Y.; Rochfort, S.; de Ropp, J. S.; Teng, Q.; Tjeerdema, R. S.; Walter, J. A.; Wu, H. Environ. Sci. Technol. 2009, 43, 219-225 10.1021/es802198z
29. Allwood, J. W.; Erban, A.; de Koning, S.; Dunn, W. B.; Luedemann, A.; Lommen, A.; Kay, L.; Löscher, R.; Kopka, J.; Goodacre, R. Metabolomics 2009, 5, 479-496 10.1007/s11306-009-0169-z
30. Piccinonna, S.; Ragone, R.; Stocchero, M.; Del Coco, L.; De Pascali, S. A.; Schena, F. P.; Fanizzi, F. P. Food Chem. 2016, 199, 675-683 10.1016/j.foodchem.2015.12.064
31. Klavins, K.; Neubauer, S.; Al Chalabi, A.; Sonntag, D.; Haberhauer-Troyer, C.; Russmayer, H.; Sauer, M.; Mattanovich, D.; Hann, S.; Koellensperger, G. Anal. Bioanal. Chem. 2013, 405, 5159-5169 10.1007/s00216-013-6964-4
32. Cheema, A. K.; Asara, J. M.; Wang, Y.; Neubert, T. A.; Tolstikov, V.; Turck, C. W. J. Biomol Technol. 2015, 26, 83-89 10.7171/jbt.15-2603-001
33. Martin, J. C.; Maillot, M.; Mazerolles, G.; Verdu, A.; Lyan, B.; Migné, C.; Defoort, C.; Canlet, C.; Junot, C.; Guillou, C.; Manach, C.; Jabob, D.; Bouveresse, D. J.; Paris, E.; Pujos-Guillot, E.; Jourdan, F.; Giacomoni, F.; Courant, F.; Favé, G.; Le Gall, G.; Chassaigne, H.; Tabet, J. C.; Martin, J. F.; Antignac, J. P.; Shintu, L.; Defernez, M.; Philo, M.; Alexandre-Gouaubau, M. C.; Amiot-Carlin, M. J.; Bossis, M.; Triba, M. N.; Stojilkovic, N.; Banzet, N.; Molinié, R.; Bott, R.; Goulitquer, S.; Caldarelli, S.; Rutledge, D. N. Metabolomics 2015, 11, 807-821 10.1007/s11306-014-0740-0
34. Dane, A. D.; Hendriks, M. M.; Reijmers, T. H.; Harms, A. C.; Troost, J.; Vreeken, R. J.; Boomsma, D. I.; van Duijn, C. M.; Slagboom, E. P.; Hankemeier, T. Anal. Chem. 2014, 86, 4110-4114 10.1021/ac404191a
35. Benton, H. P.; Want, E.; Keun, H. C.; Amberg, A.; Plumb, R. S.; Goldfain-Blanc, F.; Walther, B.; Reily, M. D.; Lindon, J. C.; Holmes, E.; Nicholson, J. K.; Ebbels, T. M. Anal. Chem. 2012, 84, 2424-2432 10.1021/ac203200x
36. Pham, H. T.; Arnhard, K.; Asad, Y. J.; Deng, L.; Felder, T. K.; John-Williams, L. S.; Kaever, V.; Leadley, M.; Mitro, N.; Muccio, S.; Prehn, C.; Rauh, M.; Rolle-Kampczyk, U.; Thompson, J. W.; Uhl, O.; Ulaszewska, M.; Vogeser, M.; Wishart, D. S.; Koal, T. J. Appl. Lab. Med. 2016, 1, 129-151 10.1373/jalm.2016.02008