Mass defect-based n,n-dimethyl leucine labels for quantitative proteomics and amine metabolomics of pancreatic cancer cells

Analytical Chemistry

Volumn 89, Issue 2, 2017, Pages 1138-1146

  Hao, Ling ^a   Johnson, Jillian ^a   Lietz, Christopher B ^a   Buchberger, Amanda ^a   Frost, Dustin ^a   Kao, W John ^a   Li, Lingjun ^a  

^a UNIVERSITY OF WISCONSIN MADISON   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BINDING ENERGY; CELLS; DEFECTS; DISEASES; ISOTOPES; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; METABOLITES; PROTEINS;

CHROMATOGRAPHIC PERFORMANCE; DYNAMIC RANGE COMPRESSION; NANO-REVERSED PHASE LIQUID CHROMATOGRAPHIES; NUCLEAR BINDING ENERGY; QUANTITATIVE INFORMATION; QUANTITATIVE PROTEOMICS; SMALL MOLECULE ANALYSIS; STABLE-ISOTOPE LABELING;

PROTEOMICS;

AMINE; LEUCINE; PROTEIN;

ANALOGS AND DERIVATIVES; HUMAN; METABOLISM; METABOLOMICS; METHYLATION; PANCREAS TUMOR; PROCEDURES; PROTEOMICS; REVERSED PHASE LIQUID CHROMATOGRAPHY; TANDEM MASS SPECTROMETRY; TUMOR CELL LINE;

AMINES; CELL LINE, TUMOR; CHROMATOGRAPHY, REVERSE-PHASE; HUMANS; LEUCINE; METABOLOMICS; METHYLATION; PANCREATIC NEOPLASMS; PROTEINS; PROTEOMICS; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

EID: 85021637358     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/acs.analchem.6b03482     Document Type: Article

References (55)

1. Cairns, R. A.; Harris, I. S.; Mak, T. W. Nat. Rev. Cancer 2011, 11, 85-95.
2. Celis, J. E.; Gromov, P. Cancer Cell 2003, 3, 9-15.
3. Pan, S.; Chen, R.; Brentnall, T. A. Molecular Diagnostics And Treatment Of Pancreatic Cancer: Systems And Network Biology Approaches 2014, 197-219.
4. Shen, Y.; Fatemeh, T.; Tang, L. H.; Cai, Z. W. TrAC, Trends Anal. Chem. 2016, 75, 141-150.
5. ElAzzouny, M. A.; Evans, C. R.; Burant, C. F.; Kennedy, R. T. PLoS One 2015, 10, e0129029.
6. Gygi, S. P.; Rist, B.; Gerber, S. A.; Turecek, F.; Gelb, M. H.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 994-999.
7. Veenstra, T. D.; Martinovic, S.; Anderson, G. A.; Pasa-Tolic, L.; Smith, R. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2000, 11, 78-82.
8. Zhang, H.; Li, X. J.; Martin, D. B.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 660-666.
9. Hsu, J. L.; Huang, S. Y.; Chow, N. H.; Chen, S. H. Anal. Chem. 2003, 75, 6843-6852.
10. Ong, S. E.; Blagoev, B.; Kratchmarova, I.; Kristensen, D. B.; Steen, H.; Pandey, A.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 376-386.
11. Thompson, A.; Schafer, J.; Kuhn, K.; Kienle, S.; Schwarz, J.; Schmidt, G.; Neumann, T.; Johnstone, R.; Mohammed, A. K.; Hamon, C. Anal. Chem. 2003, 75, 1895-1904.
12. Collier, T. S.; Sarkar, P.; Franck, W. L.; Rao, B. M.; Dean, R. A.; Muddiman, D. C. Anal. Chem. 2010, 82, 8696-8702.
13. Chen, X.; Smith, L. M.; Bradbury, E. M. Anal. Chem. 2000, 72, 1134-1143.
14. Williamson, J. C.; Edwards, A. V. G.; Verano-Braga, T.; Schwammle, V.; Kjeldsen, F.; Jensen, O. N.; Larsen, M. R. Proteomics 2016, 16, 907-914.
15. Chokkathukalam, A.; Kim, D. H.; Barrett, M. P.; Breitling, R.; Creek, D. J. Bioanalysis 2014, 6, 511-524.
16. Murphy, J. P.; Everley, R. A.; Coloff, J. L.; Gygi, S. P. Anal. Chem. 2014, 86, 3585-3593.
17. Hao, L.; Zhong, X. F.; Greer, T.; Ye, H.; Li, L. J. Analyst 2015, 140, 467-475.
18. Li, Z. D.; Tatlay, J.; Li, L. Anal. Chem. 2015, 87, 11468-11474.
19. Guo, K.; Ji, C. J.; Li, L. Anal. Chem. 2007, 79, 8631-8638.
20. Bennett, B. D.; Yuan, J.; Kimball, E. H.; Rabinowitz, J. D. Nat. Protoc. 2008, 3, 1299-1311.
21. Kang, U. B.; Yeom, J.; Kim, H.; Lee, C. J. Proteome Res. 2010, 9, 3750-3758.
22. Wang, J. H.; Zhang, Y. Z.; Xiang, F.; Zhang, Z. C.; Li, L. J. Journal Of Chromatography A 2010, 1217, 4463-4470.
23. Guo, K.; Li, L. Anal. Chem. 2009, 81, 3919-3932.
24. Ross, P. L.; Huang, Y. L. N.; Marchese, J. N.; Williamson, B.; Parker, K.; Hattan, S.; Khainovski, N.; Pillai, S.; Dey, S.; Daniels, S.; Purkayastha, S.; Juhasz, P.; Martin, S.; Bartlet-Jones, M.; He, F.; Jacobson, A.; Pappin, D. J. Mol. Cell. Proteomics 2004, 3, 1154-1169.
25. Xiang, F.; Ye, H.; Chen, R. B.; Fu, Q.; Li, L. J. Anal. Chem. 2010, 82, 2817-2825.
26. Ow, S. Y.; Salim, M.; Noirel, J.; Evans, C.; Rehman, I.; Wright, P. C. J. Proteome Res. 2009, 8, 5347-5355.
27. Hebert, A. S.; Merrill, A. E.; Bailey, D. J.; Still, A. J.; Westphall, M. S.; Strieter, E. R.; Pagliarini, D. J.; Coon, J. J. Nat. Methods 2013, 10, 332-4.
28. McAlister, G. C.; Nusinow, D. P.; Jedrychowski, M. P.; Wuhr, M.; Huttlin, E. L.; Erickson, B. K.; Rad, R.; Haas, W.; Gygi, S. P. Anal. Chem. 2014, 86, 7150-7158.
29. Savitski, M. M.; Mathieson, T.; Zinn, N.; Sweetman, G.; Doce, C.; Becher, I.; Pachl, F.; Kuster, B.; Bantscheff, M. J. Proteome Res. 2013, 12, 3586-3598.
30. Wenger, C. D.; Lee, M. V.; Hebert, A. S.; McAlister, G. C.; Phanstiel, D. H.; Westphall, M. S.; Coon, J. J. Nat. Methods 2011, 8, 933-935.
31. Sturm, R. M.; Lietz, C. B.; Li, L. J. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2014, 28, 1051-1060.
32. Frost, D. C.; Greer, T.; Li, L. J. Anal. Chem. 2015, 87, 1646-1654.
33. Werner, T.; Becher, I.; Sweetman, G.; Doce, C.; Savitski, M. M.; Bantscheff, M. Anal. Chem. 2012, 84, 7188-94.
34. Everley, R. A.; Kunz, R. C.; McAllister, F. E.; Gygi, S. P. Anal. Chem. 2013, 85, 5340-5346.
35. Hernandez, H.; Niehauser, S.; Boltz, S. A.; Gawandi, V.; Phillips, R. S.; Amster, I. J. Anal. Chem. 2006, 78, 3417-3423.
36. Zhou, Y.; Shan, Y. C.; Wu, Q.; Zhang, S.; Zhang, L. H.; Zhang, Y. K. Anal. Chem. 2013, 85, 10658-10663.
37. Merrill, A. E.; Hebert, A. S.; MacGilvray, M. E.; Rose, C. M.; Bailey, D. J.; Bradley, J. C.; Wood, W. W.; El Masri, M.; Westphall, M. S.; Gasch, A. P.; Coon, J. J. Mol. Cell. Proteomics 2014, 13, 2503-2512.
38. Potts, G. K.; Voigt, E. A.; Bailey, D. J.; Rose, C. M.; Westphall, M. S.; Hebert, A. S.; Yin, J.; Coon, J. J. Anal. Chem. 2016, 88, 3295-3303.
39. Sleno, L. J. Mass Spectrom. 2012, 47, 226-236.
40. Hebert, A. S.; Merrill, A. E.; Stefely, J. A.; Bailey, D. J.; Wenger, C. D.; Westphall, M. S.; Pagliarini, D. J.; Coon, J. J. Mol. Cell. Proteomics 2013, 12, 3360-9.
41. Ulbrich, A.; Bailey, D. J.; Westphall, M. S.; Coon, J. J. Anal. Chem. 2014, 86, 4402-4408.
42. Greer, T.; Hao, L.; Nechyporenko, A.; Lee, S.; Vezina, C. M.; Ricke, W. A.; Marker, P. C.; Bjorling, D. E.; Bushman, W.; Li, L. PLoS One 2015, 10, e0135415.
43. Frost, D. C.; Greer, T.; Xiang, F.; Liang, Z. D.; Li, L. J. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2015, 29, 1115-1124.
44. Ge, H.; Walhout, A. J. M.; Vidal, M. Trends Genet. 2003, 19, 551-560.
45. Rennefahrt, U.; Meyer, H. A.; Kamlage, B.; Reszka, R.; Schatz, P.; Stephan, C.; Jung, K.; Dietrich, D.; Kristiansen, G. Cancer Res. 2014, 74, 1415.
46. Yizhak, K.; Benyamini, T.; Liebermeister, W.; Ruppin, E.; Shlomi, T. Bioinformatics 2010, 26, i255-i260.
47. Wettersten, H. I.; Hakimi, A. A.; Morin, D.; Bianchi, C.; Johnstone, M.; Donohoe, D. R.; Trott, J. F.; Aboud, O. A.; Stirdivant, S.; Neri, B.; Wolfert, R.; Stewart, B.; Perego, R.; Hsieh, J. J.; Weiss, R. H. Cancer Res. 2015, 75, 2541-2552.
48. Cox, J.; Mann, M. Nat. Biotechnol. 2008, 26, 1367-1372.
49. Wenger, C. D.; Phanstiel, D. H.; Lee, M. V.; Bailey, D. J.; Coon, J. J. Proteomics 2011, 11, 1064-1074.
50. Zhou, B.; Wang, J. L.; Ressom, H. W. PLoS One 2012, 7, e40096.
51. Stults, J. T. Anal. Chem. 1997, 69, 1815-1819.
52. Gorshkov, M. V.; Fornelli, L.; Tsybin, Y. O. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2012, 26, 1711-1717.
53. Werner, T.; Sweetman, G.; Savitski, M. F.; Mathieson, T.; Bantscheff, M.; Savitski, M. M. Anal. Chem. 2014, 86, 3594-3601.
54. Mi, H. Y.; Poudel, S.; Muruganujan, A.; Casagrande, J. T.; Thomas, P. D. Nucleic Acids Res. 2016, 44, D336-D342.
55. Chagoyen, M.; Pazos, F. Bioinformatics 2011, 27, 730-731.