N,N-Dimethyl leucines as novel Isobaric tandem mass tags for quantitative proteomics and peptidomics

Analytical Chemistry

Volumn 82, Issue 7, 2010, Pages 2817-2825

  Xiang, Feng ^a   Ye, Hui ^a   Chen, Ruibing ^a   Fu, Qiang ^a   Li, Ngjun ^a  

^a UNIVERSITY OF WISCONSIN MADISON   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO GROUP; FRAGMENTATION EFFICIENCY; LABELING REAGENT; LYSINE SIDE CHAINS; MASS SHIFT; MODEL ORGANISMS; NEUROENDOCRINE TISSUES; NEUROPEPTIDES; ONE STEP; PEPTIDOMICS; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN IDENTIFICATION; PROTEIN SAMPLES; PROTEIN SEQUENCES; QUANTITATIVE PROTEOMICS; REACTIVE GROUP; REDUCED COST;

AMINO ACIDS; COST BENEFIT ANALYSIS; COST REDUCTION; ESTERS; LABELS; MOLECULAR BIOLOGY;

PROTEINS;

DRUG DERIVATIVE; LEUCINE; NEUROPEPTIDE; OXYGEN; PROTEIN;

AMINO ACID SEQUENCE; ANIMAL; ARTICLE; BRACHYURA; CHEMISTRY; MASS SPECTROMETRY; METABOLISM; METHODOLOGY; MOLECULAR GENETICS; PROTEOMICS; SYNTHESIS;

AMINO ACID SEQUENCE; ANIMALS; BRACHYURA; LEUCINE; MOLECULAR SEQUENCE DATA; NEUROPEPTIDES; OXYGEN ISOTOPES; PROTEINS; PROTEOMICS; SPECTROMETRY, MASS, MATRIX-ASSISTED LASER DESORPTION-IONIZATION;

EID: 77950398579     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac902778d     Document Type: Article

References (54)

1. Ong, S.-E.; Mann, M. Nat. Chem. Biol. 2005, 1, 252-262.
2. Gygi, S. P.; Rist, B.; Gerber, S. A.; Turecek, F.; Gelb, M. H.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 994.
3. Li, J.; Steen, H.; Gygi, S. P. Mol. Cell. Proteomics 2003, 2, 1198-1204.
4. Hansen, K. C.; Schmitt-Ulms, G.; Chalkley, R. J.; Hirsch, J.; Baldwin, M. A.; Burlingame, A. L. Mol. Cell. Proteomics 2003, 2, 299-314.
5. Ong, S.-E.; Blagoev, B.; Kratchmarova, I.; Kristensen, D. B.; Steen, H.; Pandey, A.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 376-386.
6. Zhang, R.; Sioma, C. S.; Thompson, R. A.; Xiong, L.; Regnier, F. E. Anal. Chem. 2002, 74, 3662-3669.
7. Hsu, J. L.; Huang, S. Y.; Chow, N. H.; Chen, S. H. Anal. Chem. 2003, 75, 6843-6852.
8. Hsu, J. L.; Huang, S. Y.; Chen, S. H. Electrophoresis 2006, 27, 3652-3660.
9. Morano, C.; Zhang, X.; Fricker, L. D. Anal. Chem. 2008, 80, 9298-9309.
10. Boersema, P. J.; Aye, T. T.; Van Veen, T. A. B.; Heck, A. J. R.; Mohammed, S. Proteomics 2008, 8, 4624-4632.
11. Thompson, A.; Schafer, J.; Kuhn, K.; Kienle, S.; Schwarz, J.; Schmidt, G.; Neumann, T.; Hamon, C. Anal. Chem. 2003, 75, 1895-1904.
12. Dayon, L.; Hainard, A.; Licker, V.; Turck, N.; Kuhn, K.; Hochstrasser, D. F.; Burkhard, P. R.; Sanchez, J.-C. Anal. Chem. 2008, 80, 2921-2931.
13. Ross, P. L.; Huang, Y. N.; Marchese, J. N.; Williamson, B.; Parker, K.; Hattan, S.; Khainovski, N.; Pillai, S.; Dey, S.; Daniels, S.; Purkayastha, S.; Juhasz, P.; Martin, S.; Bartlet-Jones, M.; He, F.; Jacobson, A.; Pappin, D. J. Mol. Cell. Proteomics 2004, 3, 1154-1169.
14. Zeng, D.; Li, S. Chem. Commun. 2009, 3369-3371.
15. Ji, C.; Guo, N.; Li, L. J. Proteome Res. 2005, 4, 2099-2108.
16. Ji, C.; Li, L.; Gebre, M.; Pasdar, M.; Li, L. J. Proteome Res. 2005, 4, 1419-1426.
17. Ji, C.; Li, L. J. Proteome Res. 2005, 4, 734-742.
18. Huang, S.-Y.; Tsai, M.-L.; Wu, C.-J.; Hsu, J.-L.; Ho, S.-H.; Chen, S.-H. Proteomics 2006, 6, 1722-1734.
19. Ji, C.; Lo, A.; Marcus, S.; Li, L. J. Proteome Res. 2006, 5, 2567-2576.
20. Ji, C.; Zhang, N.; Damaraju, S.; Damaraju, V. L.; Carpenter, P.; Cass, C. E.; Li, L. Anal. Chim. Acta 2007, 585, 219-226.
21. Guo, K.; Ji, C.; Li, L. Anal. Chem. 2007, 79, 8631-8638.
22. Wang, P.; Lo, A.; Young, J. B.; Song, J. H.; Lai, R.; Kneteman, N. M.; Hao, C.; Li, L. J. Proteome Res. 2009, 8, 3403-3414.
23. Raijmakers, R.; Berkers, C. R.; de Jong, A.; Ovaa, H.; Heck, A. J. R.; Mohammed, S. Mol. Cell. Proteomics 2008, 7, 1755-1762.
24. Synowsky, S. A.; van Wijk, M.; Raijmakers, R.; Heck, A. J. R. J. Mol. Biol. 2009, 385, 1300-1313.
25. Lemeer, S.; Jopling, C.; Gouw, J.; Mohammed, S.; Heck, A. J. R.; Slijper, M.; den Hertog, J. Mol. Cell. Proteomics 2008, 7, 2176-2187.
26. Khidekel, N.; Ficarro, S. B.; Clark, P. M.; Bryan, M. C.; Swaney, D. L.; Rexach, J. E.; Sun, Y. E.; Coon, J. J.; Peters, E. C.; Hsieh-Wilson, L. C. Nat. Chem. Biol. 2007, 3, 339-348.
27. Rogers, L. D.; Foster, L. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 18520-18525.
28. Aye, T. T.; Mohammed, S.; van den Toorn, H. W. P.; van Veen, T. A. B.; van der Heyden, M. A. G.; Scholten, A.; Heck, A. J. R. Mol. Cell. Proteomics 2009, 8, 1016-1028.
29. Boersema, P. J.; Raijmakers, R.; Lemeer, S.; Mohammed, S.; Heck, A. J. R. Nat. Protocols 2009, 4, 484-494.
30. Fu, Q.; Li, L. Anal. Chem. 2005, 77, 7783-7795.
31. Fu, Q.; Li, L. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2006, 17, 859-866.
32. Fu, Q.; Li, L. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2006, 20, 553-562.
33. DeKeyser, S. S.; Li, L. Analyst 2006, 281-290.
34. Xiang, F.; Fu, Q.; Li, L. 56th ASMS Conference Poster, 2008.
35. Hsu, J. L.; Huang, S. Y.; Shiea, J. T.; Huang, W. Y.; Chen, S. H. J. Proteome Res. 2005, 4, 101-108.
36. Murphy, R. C.; Clay, K. L. Methods Enzymol. 1990, 193, 338-348.
37. Boehm, A.; Putz, S.; Altenhofer, D.; Sickmann, A.; Falk, M. BMC Bioinformatics 2007, 8, 214.
38. Kamiński, Z. J. Synthesis 1987, 917-920.
39. Kaminski, Z. J.; Kolesinska, B.; Kolesinska, J.; Sabatino, G.; Chelli, M.; Rovero, P.; Blaszczyk, M.; Glowka, M. L.; Papini, A. M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 16912-16920.
40. Kunishima, M.; Kawachi, C.; Iwasaki, F.; Terao, K.; Tani, S. Tetrahedron Lett. 1999, 40, 5327-5330.
41. Kunishima, M.; Kawachi, C.; Monta, J.; Terao, K.; Iwasaki, F.; Tani, S. Tetrahedron 1999, 55, 13159-13170.
42. Garrett, C. E.; Jiang, X.; Prasad, K.; Repič, O. Tetrahedron Lett. 2002, 4161-4165.
43. Bandgar, B. P.; Pandit, S. S. Tetrahedron Lett. 2003, 44, 3855-3858.
44. Kunishima, M.; Yoshimura, K.; Morigaki, H.; Kawamata, R.; Terao, K.; Tani, S. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 10760-10761.
45. Fu, Q.; Kutz, K. K.; Schmidt, J. J.; Hsu, Y. W.; Messinger, D. I.; Cain, S. D.; de la Iglesia, H. O.; Christie, A. E.; Li, L. J. Comp. Neurol. 2005, 493, 607-626.
46. Ma, M.; Chen, R.; Sousa, G. L.; Bors, E. K.; Kwiatkowski, M. A.; Goiney, C. C.; Goy, M. F.; Christie, A. E.; Li, L. Gen. Comp. Endrocrinol. 2008, 156, 395-409.
47. Fu, Q.; Tang, L. S.; Marder, E.; Li, L. J. Neurochem. 2007, 101, 1099-1107.
48. Ma, M.; Bors, E. K.; Dickinson, E. S.; Kwiatkowski, M. A.; Sousa, G. L.; Henry, R. P.; Smith, C. M.; Towle, D. W.; Christie, A. E.; Li, L. Gen. Comp. Endrocrinol. 2009, 161, 320-334.
49. Ma, M.; Wang, J.; Chen, R.; Li, L. J. Proteome Res. 2009, 8, 2426-2437.
50. Li, L.; Pulver, S. R.; Kelley, W. P.; Thirumalai, V.; Sweedler, J. V.; Marder, E. J. Comp. Neurol. 2002, 444, 227-244.
51. Pascual, N.; Castresana, J.; Valero, M. L.; Andreu, D.; Belles, X. Insect Biochem. Mol. Biol. 2004, 34, 1141-1146.
52. Skiebe, P.; Dreger, M.; Borner, J.; Meseke, M.; Weckwerth, W. Cell Mol. Biol. (Noisy-le-grand) 2003, 49, 851-871.
53. Stangier, J.; Hilbich, C.; Burdzik, S.; Keller, R. Peptides 1992, 13, 859-864.
54. Zhang, R.; Sioma, C. S.; Wang, S.; Regnier, F. E. Anal. Chem. 2001, 73, 5142-5149.