Ion coalescence of neutron encoded TMT 10-plex reporter ions

Analytical Chemistry

Volumn 86, Issue 7, 2014, Pages 3594-3601

  Werner, Thilo ^a   Sweetman, Gavain ^a   Savitski, Maria Fälth ^a   Mathieson, Toby ^a   Bantscheff, Marcus ^a   Savitski, Mikhail M ^a  

^a GLAXOSMITHKLINE   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

MASS SPECTROMETERS; MOLECULAR BIOLOGY; PROTEINS;

ACCURACY AND PRECISION; BASELINE RESOLUTION; ION SIGNALS; ION TARGETS; PROTEIN QUANTIFICATION; PROTEOMICS; QUANTITATIVE PROTEOMICS STRATEGIES; RELATIVE QUANTIFICATION;

IONS;

ION;

NEUTRON; PROCEDURES; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

IONS; NEUTRONS; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

EID: 84897508532     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac500140s     Document Type: Article

References (43)

1. Bantscheff, M.; Lemeer, S.; Savitski, M. M.; Kuster, B. Anal. Bioanal. Chem. 2012, 404, 939-965
2. Bantscheff, M.; Schirle, M.; Sweetman, G.; Rick, J.; Kuster, B. Anal. Bioanal. Chem. 2007, 389, 1017-1031
3. Beck, M.; Schmidt, A.; Malmstroem, J.; Claassen, M.; Ori, A.; Szymborska, A.; Herzog, F.; Rinner, O.; Ellenberg, J.; Aebersold, R. Mol. Syst. Biol. 2011, 7, 549
4. Nagaraj, N.; Wisniewski, J. R.; Geiger, T.; Cox, J.; Kircher, M.; Kelso, J.; Paabo, S.; Mann, M. Mol. Syst. Biol. 2011, 7, 548
5. Schwanhausser, B.; Busse, D.; Li, N.; Dittmar, G.; Schuchhardt, J.; Wolf, J.; Chen, W.; Selbach, M. Nature 2011, 473, 337-342
6. Pflieger, D.; Junger, M. A.; Muller, M.; Rinner, O.; Lee, H.; Gehrig, P. M.; Gstaiger, M.; Aebersold, R. Mol. Cell. Proteomics 2008, 7, 326-346
7. Przybylski, C.; Junger, M. A.; Aubertin, J.; Radvanyi, F.; Aebersold, R.; Pflieger, D. J. Proteome Res. 2010, 9, 5118-5132
8. Iwai, L. K.; Benoist, C.; Mathis, D.; White, F. M. J. Proteome Res. 2010, 9, 3135-3145
9. Olsen, J. V.; Blagoev, B.; Gnad, F.; Macek, B.; Kumar, C.; Mortensen, P.; Mann, M. Cell 2006, 127, 635-648
10. Rubbi, L.; Titz, B.; Brown, L.; Galvan, E.; Komisopoulou, E.; Chen, S. S.; Low, T.; Tahmasian, M.; Skaggs, B.; Muschen, M.; Pellegrini, M.; Graeber, T. G. Sci. Signaling 2011, 4, ra18
11. Bantscheff, M.; Eberhard, D.; Abraham, Y.; Bastuck, S.; Boesche, M.; Hobson, S.; Mathieson, T.; Perrin, J.; Raida, M.; Rau, C.; Reader, V.; Sweetman, G.; Bauer, A.; Bouwmeester, T.; Hopf, C.; Kruse, U.; Neubauer, G.; Ramsden, N.; Rick, J.; Kuster, B.; Drewes, G. Nat. Biotechnol. 2007, 25, 1035-1044
12. Bantscheff, M.; Hopf, C.; Savitski, M. M.; Dittmann, A.; Grandi, P.; Michon, A. M.; Schlegl, J.; Abraham, Y.; Becher, I.; Bergamini, G.; Boesche, M.; Delling, M.; Dumpelfeld, B.; Eberhard, D.; Huthmacher, C.; Mathieson, T.; Poeckel, D.; Reader, V.; Strunk, K.; Sweetman, G.; Kruse, U.; Neubauer, G.; Ramsden, N. G.; Drewes, G. Nat. Biotechnol. 2011, 29, 255-265
13. Bantscheff, M.; Scholten, A.; Heck, A. J. Drug Discov. Today 2009, 14, 1021-1029
14. Patricelli, M. P.; Nomanbhoy, T. K.; Wu, J.; Brown, H.; Zhou, D.; Zhang, J.; Jagannathan, S.; Aban, A.; Okerberg, E.; Herring, C.; Nordin, B.; Weissig, H.; Yang, Q.; Lee, J. D.; Gray, N. S.; Kozarich, J. W. Chem. Biol. 2011, 18, 699-710
15. Remsing Rix, L. L.; Rix, U.; Colinge, J.; Hantschel, O.; Bennett, K. L.; Stranzl, T.; Muller, A.; Baumgartner, C.; Valent, P.; Augustin, M.; Till, J. H.; Superti-Furga, G. Leukemia 2009, 23, 477-485
16. Afkarian, M.; Bhasin, M.; Dillon, S. T.; Guerrero, M. C.; Nelson, R. G.; Knowler, W. C.; Thadhani, R.; Libermann, T. A. Mol. Cell. Proteomics 2010, 9, 2195-2204
17. Chao, T. C.; Hansmeier, N.; Halden, R. U. J. Proteomics 2010, 73, 1641-1646
18. Schiess, R.; Wollscheid, B.; Aebersold, R. Mol. Oncol. 2009, 3, 33-44
19. Turtoi, A.; Dumont, B.; Greffe, Y.; Blomme, A.; Mazzucchelli, G.; Delvenne, P.; Mutijima, E. N.; Lifrange, E.; De Pauw, E.; Castronovo, V. J. Proteome Res. 2011, 10, 3160-3182
20. Ye, H.; Sun, L.; Huang, X.; Zhang, P.; Zhao, X. Mol. Cell. Biochem. 2010, 343, 91-99
21. Thompson, A.; Schafer, J.; Kuhn, K.; Kienle, S.; Schwarz, J.; Schmidt, G.; Neumann, T.; Johnstone, R.; Mohammed, A. K.; Hamon, C. Anal. Chem. 2003, 75, 1895-1904
22. Ross, P. L.; Huang, Y. N.; Marchese, J. N.; Williamson, B.; Parker, K.; Hattan, S.; Khainovski, N.; Pillai, S.; Dey, S.; Daniels, S.; Purkayastha, S.; Juhasz, P.; Martin, S.; Bartlet-Jones, M.; He, F.; Jacobson, A.; Pappin, D. J. Mol. Cell. Proteomics 2004, 3, 1154-1169
23. Dayon, L.; Hainard, A.; Licker, V.; Turck, N.; Kuhn, K.; Hochstrasser, D. F.; Burkhard, P. R.; Sanchez, J. C. Anal. Chem. 2008, 80, 2921-2931
24. Werner, T.; Becher, I.; Sweetman, G.; Doce, C.; Savitski, M. M.; Bantscheff, M. Anal. Chem. 2012, 84, 7188-7194
25. McAlister, G. C.; Huttlin, E. L.; Haas, W.; Ting, L.; Jedrychowski, M. P.; Rogers, J. C.; Kuhn, K.; Pike, I.; Grothe, R. A.; Blethrow, J. D.; Gygi, S. P. Anal. Chem. 2012, 84, 7469-7478
26. Hebert, A. S.; Merrill, A. E.; Bailey, D. J.; Still, A. J.; Westphall, M. S.; Strieter, E. R.; Pagliarini, D. J.; Coon, J. J. Nat. Methods 2013, 10, 332-334
27. Hebert, A. S.; Merrill, A. E.; Stefely, J. A.; Bailey, D. J.; Wenger, C. D.; Westphall, M. S.; Pagliarini, D. J.; Coon, J. J. Mol. Cell. Proteomics 2013, 12, 3360-3369
28. Michalski, A.; Damoc, E.; Lange, O.; Denisov, E.; Nolting, D.; Müller, M.; Viner, R.; Schwartz, J.; Remes, P.; Belford, M.; Dunyach, J.; Cox, J.; Horning, S.; Mann, M.; Makarov, A. Mol Cell Proteomics 2012, 11, DOI: 10.1074/mcp.O1111.013698.
29. Boldin, I. A.; Nikolaev, E. N. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2009, 23, 3213-3219
30. Gorshkov, M. V.; Fornelli, L.; Tsybin, Y. O. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2012, 26, 1711-1717
31. Scigelova, M.; Hornshaw, M.; Giannakopulos, A.; Makarov, A. Mol Cell Proteomics 2011, 10, M111.009431
32. Kruse, U.; Pallasch, C. P.; Bantscheff, M.; Eberhard, D.; Frenzel, L.; Ghidelli, S.; Maier, S. K.; Werner, T.; Wendtner, C. M.; Drewes, G. Leukemia 2011, 25, 89-100
33. Pachl, F.; Fellenberg, K.; Wagner, C.; Kuster, B. Proteomics 2012, 12, 1328-1332
34. Savitski, M. M.; Sweetman, G.; Askenazi, M.; Marto, J. A.; Lang, M.; Zinn, N.; Bantscheff, M. Anal. Chem. 2011, 83, 8959-8967
35. Savitski, M. M.; Fischer, F.; Mathieson, T.; Sweetman, G.; Lang, M.; Bantscheff, M. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010, 21, 1668-1679
36. Savitski, M. M.; Mathieson, T.; Zinn, N.; Sweetman, G.; Doce, C.; Becher, I.; Pachl, F.; Kuster, B.; Bantscheff, M. J. Proteome Res. 2013, 12, 3586-3598
37. Silva, J. C.; Gorenstein, M. V.; Li, G. Z.; Vissers, J. P.; Geromanos, S. J. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5, 144-156
38. Becher, I.; Savitski, M. M.; Savitski, M. F.; Hopf, C.; Bantscheff, M.; Drewes, G. ACS Chem. Biol. 2013, 8, 599-607
39. Kelstrup, C. D.; Young, C.; Lavallee, R.; Nielsen, M. L.; Olsen, J. V. J. Proteome Res. 2012, 11, 3487-3497
40. Wiśniewski, J. R.; Duś, K.; Mann, M. Proteomics: Clin. Appl. 2013, 7, 225-233
41. Boehm, A. M.; Pütz, S.; Altenhöfer, D.; Sickmann, A.; Falk, M. BMC Bioinf. 2007, 8, 214
42. Pachl, F.; Ruprecht, B.; Lemeer, S.; Kuster, B. Proteomics 2013, 13, 2552-2562
43. Ulbrich, A.; Merrill, A. E.; Hebert, A. S.; Westphall, M. S.; Keller, M. P.; Attie, A. D.; Coon, J. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2014, 25, 6-9