Biophysical characterization of organelle-based RNA/protein liquid phases using microfluidics

Soft Matter

Volumn 12, Issue 45, 2016, Pages 9142-9150

  Taylor, Nicole ^a   Elbaum Garfinkle, Shana ^a   Vaidya, Nilesh ^a   Zhang, Huaiying ^a,b   Stone, Howard A ^a   Brangwynne, Clifford P ^a  

^a Princeton University   (United States)

^b UNIVERSITY OF PENNSYLVANIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOACTIVITY; LIQUIDS; MICROFLUIDICS; PHASE SEPARATION; PROTEINS; RNA; TWO PHASE FLOW; VISCOSITY; VISCOSITY MEASUREMENT;

BIOPHYSICAL CHARACTERIZATION; DROPLET COALESCENCE; LIQUID-LIQUID PHASE SEPARATION; MICROFLUIDIC PLATFORMS; PHYSIOLOGICAL FUNCTIONS; PROPERTY MEASUREMENT; PROTEIN AGGREGATION; TWO-PHASE FLOW ANALYSIS;

DROPS;

PROTEIN; RNA;

CELL ORGANELLE; CHEMISTRY; MICROFLUIDICS; SURFACE TENSION; VISCOSITY;

MICROFLUIDICS; ORGANELLES; PROTEINS; RNA; SURFACE TENSION; VISCOSITY;

EID: 84996561763     PISSN: 1744683X     EISSN: 17446848     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/C6SM01087C     Document Type: Article

References (59)

1. C. P. Brangwynne P. Tompa R. V. Pappu Nat. Phys. 2015 11 899-904
2. M. Strzelecka S. Trowitzsch G. Weber R. Lührmann A. C. Oates K. M. Neugebauer Nat. Struct. Mol. Biol. 2010 17 403-409
3. C. P. Brangwynne Soft Matter 2011 7 3052-3059
4. V. Balagopal R. Parker Curr. Opin. Cell Biol. 2009 21 403-408
5. Y. R. Li O. D. King J. Shorter A. D. Gitler J. Cell Biol. 2013 201 361-372
6. S. Elbaum-Garfinkle Y. Kim K. Szczepaniak C. C.-H. Chen C. R. Eckmann S. Myong C. P. Brangwynne Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2015 112 7189-7194
7. S. C. Weber C. P. Brangwynne Curr. Biol. 2015 25 641-646
8. C. Lee P. Occhipinti A. S. Gladfelter J. Cell Biol. 2015 208 533-544
9. C. P. Brangwynne C. R. Eckmann D. S. Courson A. Rybarska C. Hoege J. Gharakhani F. Jülicher A. A. Hyman Science 2009 324 1729-1732
10. C. F. Lee C. P. Brangwynne J. Gharakhani A. A. Hyman F. Jülicher Phys. Rev. Lett. 2013 111 088101
11. D. G. A. L. Aarts M. Schmidt H. N. W. Lekkerkerker Science 2004 304 847-850
12. C. P. Brangwynne T. J. Mitchison A. A. Hyman Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011 108 4334-4339
13. J. Berry S. C. Weber N. Vaidya M. Haataja C. P. Brangwynne Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2015 112 E5237-E5245
14. T. J. Nott E. Petsalaki P. Farber D. Jervis E. Fussner A. Plochowietz T. D. Craggs D. P. Bazett-Jones T. Pawson J. D. Forman-Kay A. J. Baldwin Mol. Cell 2015 57 936-947
15. F. Wippich B. Bodenmiller M. G. Trajkovska S. Wanka R. Aebersold L. Pelkmans Cell 2013 152 791-805
16. P. Li S. Banjade H.-C. Cheng S. Kim B. Chen L. Guo M. Llaguno J. V. Hollingsworth D. S. King S. F. Banani P. S. Russo Q.-X. Jiang B. T. Nixon M. K. Rosen Nature 2012 483 336-340
17. S. Hennig G. Kong T. Mannen A. Sadowska S. Kobelke A. Blythe G. J. Knott K. S. Iyer D. Ho E. A. Newcombe K. Hosoki N. Goshima T. Kawaguchi D. Hatters L. Trinkle-Mulcahy T. Hirose C. S. Bond A. H. Fox J. Cell Biol. 2015 210 529-539
18. C. J. Oldfield A. K. Dunker Annu. Rev. Biochem. 2014 83 553-584
19. R. Van Der Lee M. Buljan B. Lang R. J. Weatheritt G. W. Daughdrill A. K. Dunker M. Fuxreiter J. Gough J. Gsponer D. T. Jones P. M. Kim R. W. Kriwacki C. J. Old R. V. Pappu P. Tompa V. N. Uversky P. E. Wright M. M. Babu Chem. Rev. 2014 114 6589-6631
20. L. Liang W. Diehl-Jones P. Lasko Development 1994 120 1201-1211
21. J. T. Wang J. Smith B.-C. Chen H. Schmidt D. Rasoloson A. Paix B. G. Lambrus D. Calidas E. Betzig G. Seydoux eLife 2014 3 e04591
22. M. Feric N. Vaidya T. S. Harmon D. M. Mitrea L. Zhu T. M. Richardson R. W. Kriwacki R. V. Pappu C. P. Brangwynne Cell 2016 165 1-12
23. H. J. Kim N. C. Kim Y.-D. Wang E. A. Scarborough J. Moore Z. Diaz K. S. MacLea B. Freibaum S. Li A. Molliex A. P. Kanagaraj R. Carter K. B. Boylan A. M. Wojtas R. Rademakers J. L. Pinkus S. A. Greenberg J. Q. Trojanowski B. J. Traynor B. N. Smith S. Topp A.-S. Gkazi J. Miller C. E. Shaw M. Kottlors J. Kirschner A. Pestronk Y. R. Li A. F. Ford A. D. Gitler M. Benatar O. D. King V. E. Kimonis E. D. Ross C. C. Weihl J. Shorter J. P. Taylor Nature 2013 495 467-473
24. M. Ramaswami J. P. Taylor R. Parker Cell 2013 154 727-736
25. A. D. Gitler J. Shorter Prion 2011 5 179-187
26. S. Alberti R. Halfmann O. King A. Kapila S. Lindquist Cell 2009 137 146-158
27. M. Kato T. W. Han S. Xie K. Shi X. Du L. C. Wu H. Mirzaei E. J. Goldsmith J. Longgood J. Pei N. V. Grishin D. E. Frantz J. W. Schneider S. Chen L. Li M. R. Sawaya D. Eisenberg R. Tycko S. L. McKnight Cell 2012 149 753-767
28. T. Murakami S. Qamar J. Q. Lin G. S. K. Schierle E. Rees A. Miyashita A. R. Costa R. B. Dodd F. T. S. Chan C. H. Michel D. Kronenberg-Versteeg Y. Li S.-P. Yang Y. Wakutani W. Meadows R. R. Ferry L. Dong G. G. Tartaglia G. Favrin W.-L. Lin D. W. Dickson M. Zhen D. Ron G. Schmitt-Ulms P. E. Fraser N. A. Shneider C. Holt M. Vendruscolo C. F. Kaminski P. S. George-Hyslop Neuron 2015 88 678-690
29. A. Patel H. O. Lee L. Jawerth S. Maharana M. Jahnel M. Y. Hein S. Stoynov J. Mahamid S. Saha T. M. Franzmann A. Pozniakovski I. Poser N. Maghelli L. A. Royer M. Weigert E. W. Myers S. Grill D. Drechsel A. A. Hyman S. Alberti Cell 2015 162 1066-1077
30. Y. Lin D. S. W. Protter M. K. Rosen R. Parker Y. Lin D. S. W. Protter M. K. Rosen R. Parker Mol. Cell 2015 60 208-219
31. A. Molliex J. Temirov J. Lee H. J. Kim T. Mittag J. P. Taylor A. Molliex J. Temirov J. Lee M. Coughlin A. P. Kanagaraj H. J. Kim Cell 2015 163 123-133
32. H. Zhang S. Elbaum-Garfinkle E. M. Langdon N. Taylor P. Occhipinti A. A. Bridges C. P. Brangwynne A. S. Gladfelter Mol. Cell 2015 60 220-230
33. S. C. Weber C. P. Brangwynne Cell 2012 149 1188-1191
34. L. Guo J. Shorter Mol. Cell 2015 60 189-192
35. W. M. Aumiller C. D. Keating Nat. Chem. 2016 8 129-137
36. A. Hubstenberger S. L. Noble C. Cameron T. C. Evans Dev. Cell 2013 27 161-173
37. M. Feric C. P. Brangwynne Nat. Cell Biol. 2013 15 1253-1259
38. C. Wang U. T. Meier EMBO J. 2004 23 1857-1867
39. L. M. Fidalgo C. Abell W. T. S. Huck Lab Chip 2007 7 984-986
40. S. Kroschwald S. Maharana D. Mateju L. Malinovska E. Nüske I. Poser D. Richter S. Alberti eLife 2015 4 e06807
41. P. Galambos and F.Forster, ASME International Mechanical Engineering Congress and Exposition, Anaheim, CA, 1998, pp. 187-191
42. A. Groisman S. R. Quake Phys. Rev. Lett. 2004 92 094501
43. A. Groisman M. Enzelberger S. R. Quake Science 2003 300 955-958
44. P. Guillot P. Panizza J. Salmon M. Joanicot A. Colin C. Bruneau T. Colin Langmuir 2006 22 6438-6445
45. P. Guillot T. Moulin R. Kötitz M. Guirardel A. Dodge M. Joanicot A. Colin C.-H. Bruneau T. Colin Microfluid. Nanofluid. 2008 5 619-630
46. P. Guillot A. Colin Microfluid. Nanofluid. 2014 17 605-611
47. A. A. Hyman C. A. Weber F. Jülicher Annu. Rev. Cell Dev. Biol. 2014 30 39-58
48. A. L. Fink Folding Des. 1998 3 9-23
49. T. Moschakis B. S. Murray E. Dickinson Langmuir 2006 22 4710-4719
50. R. Y. L. Tsai R. D. G. McKay J. Cell Biol. 2005 168 179-184
51. R. A. Finch G. R. Revankar P. K. Chan J. Biol. Chem. 1993 268 5823-5827
52. F. Bleichert S. J. Baserga Mol. Cell 2007 27 339-352
53. J. Andersen Y. Lam A. Leung S.-E. Ong C. Lyon A. Lamond M. Mann Nature 2005 433 77-83
54. D. Zwicker M. Decker S. Jaensch A. A. Hyman F. Jülicher Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2014 111 E2636-E2645
55. D. Mizuno C. Tardin C. F. Schmidt F. C. Mackintosh Science 2007 315 370-373
56. O. J. N. Bertrand D. K. Fygenson O. A. Saleh Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012 109 17342-17347
57. M. E. Jackrel M. E. Desantis B. A. Martinez L. M. Castellano R. M. Stewart K. A. Caldwell G. A. Caldwell J. Shorter Cell 2014 156 170-182
58. J. R. Buchan R. M. Kolaitis J. P. Taylor R. Parker Cell 2013 153 1461-1474
59. E. A. Sweeny M. E. Jackrel M. S. Go M. A. Sochor B. M. Razzo M. E. DeSantis K. Gupta J. Shorter Mol. Cell 2015 57 836-849