Structural Analysis of Human Argonaute-2 Bound to a Modified siRNA Guide

Journal of the American Chemical Society

Volumn 138, Issue 28, 2016, Pages 8694-8697

  Schirle, Nicole T ^a   Kinberger, Garth A ^b   Murray, Heather F ^b   Lima, Walt F ^b   Prakash, Thazha P ^b   MacRae, Ian J ^a  

^a SCRIPPS RESEARCH INSTITUTE   (United States)

^b ISIS PHARMACEUTICALS   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHEMICAL MODIFICATION; CHEMICAL STABILITY; RNA;

IMPACT INTERACTION; METABOLIC STABILITY; MOLECULAR TARGETS; SIRNA DESIGN; SMALL INTERFERING RNA; STRUCTURAL BASIS; STRUCTURE ACTIVITY; TISSUE DISTRIBUTIONS;

CRYSTAL STRUCTURE;

ARGONAUTE 2 PROTEIN; SMALL INTERFERING RNA; ARGONAUTE PROTEIN; EIF2C2 PROTEIN, HUMAN; PROTEIN BINDING;

ARTICLE; CRYSTAL STRUCTURE; DRUG DESIGN; HUMAN; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN MODIFICATION; PROTEIN STRUCTURE; STRUCTURE ACTIVITY RELATION; STRUCTURE ANALYSIS; CHEMISTRY; DEFICIENCY; GENETICS; METABOLISM; RNA INTERFERENCE; X RAY CRYSTALLOGRAPHY;

ARGONAUTE PROTEINS; CRYSTALLOGRAPHY, X-RAY; HUMANS; PROTEIN BINDING; RNA INTERFERENCE; RNA, SMALL INTERFERING;

EID: 84979265998     PISSN: 00027863     EISSN: 15205126     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jacs.6b04454     Document Type: Article

References (28)

1. Fire, A.; Xu, S.; Montgomery, M. K.; Kostas, S. A.; Driver, S. E.; Mello, C. C. Nature 1998, 391, 806 10.1038/35888
2. Elbashir, S. M.; Harborth, J.; Lendeckel, W.; Yalcin, A.; Weber, K.; Tuschl, T. Nature 2001, 411, 494 10.1038/35078107
3. Elbashir, S. M.; Lendeckel, W.; Tuschl, T. Genes Dev. 2001, 15, 188 10.1101/gad.862301
4. Sehgal, A.; Barros, S.; Ivanciu, L.; Cooley, B.; Qin, J.; Racie, T.; Hettinger, J.; Carioto, M.; Jiang, Y.; Brodsky, J.; Prabhala, H.; Zhang, X.; Attarwala, H.; Hutabarat, R.; Foster, D.; Milstein, S.; Charisse, K.; Kuchimanchi, S.; Maier, M. A.; Nechev, L.; Kandasamy, P.; Kel'in, A. V.; Nair, J. K.; Rajeev, K. G.; Manoharan, M.; Meyers, R.; Sorensen, B.; Simon, A. R.; Dargaud, Y.; Negrier, C.; Camire, R. M.; Akinc, A. Nat. Med. 2015, 21, 492 10.1038/nm.3847
5. Coelho, T.; Adams, D.; Silva, A.; Lozeron, P.; Hawkins, P. N.; Mant, T.; Perez, J.; Chiesa, J.; Warrington, S.; Tranter, E.; Munisamy, M.; Falzone, R.; Harrop, J.; Cehelsky, J.; Bettencourt, B. R.; Geissler, M.; Butler, J. S.; Sehgal, A.; Meyers, R. E.; Chen, Q.; Borland, T.; Hutabarat, R. M.; Clausen, V. A.; Alvarez, R.; Fitzgerald, K.; Gamba-Vitalo, C.; Nochur, S. V.; Vaishnaw, A. K.; Sah, D. W.; Gollob, J. A.; Suhr, O. B. N. Engl. J. Med. 2013, 369, 819 10.1056/NEJMoa1208760
6. Braasch, D. A.; Jensen, S.; Liu, Y.; Kaur, K.; Arar, K.; White, M. A.; Corey, D. R. Biochemistry 2003, 42, 7967 10.1021/bi0343774
7. Corey, D. R. J. Clin. Invest. 2007, 117, 3615 10.1172/JCI33483
8. Deleavey, G. F.; Damha, M. J. Chem. Biol. 2012, 19, 937 10.1016/j.chembiol.2012.07.011
9. Allerson, C. R.; Sioufi, N.; Jarres, R.; Prakash, T. P.; Naik, N.; Berdeja, A.; Wanders, L.; Griffey, R. H.; Swayze, E. E.; Bhat, B. J. Med. Chem. 2005, 48, 901 10.1021/jm049167j
10. Prakash, T. P.; Allerson, C. R.; Dande, P.; Vickers, T. A.; Sioufi, N.; Jarres, R.; Baker, B. F.; Swayze, E. E.; Griffey, R. H.; Bhat, B. J. Med. Chem. 2005, 48, 4247 10.1021/jm050044o
11. Chiu, Y. L.; Rana, T. M. RNA 2003, 9, 1034 10.1261/rna.5103703
12. Prakash, T. P.; Kinberger, G. A.; Murray, H. M.; Chappell, A.; Riney, S.; Graham, M. J.; Lima, W. F.; Swayze, E. E.; Seth, P. P. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2016, 26, 2817-2820 10.1016/j.bmcl.2016.04.063
13. Schwarz, D. S.; Hutvagner, G.; Du, T.; Xu, Z.; Aronin, N.; Zamore, P. D. Cell 2003, 115, 199 10.1016/S0092-8674(03)00759-1
14. Khvorova, A.; Reynolds, A.; Jayasena, S. D. Cell 2003, 115, 209 10.1016/S0092-8674(03)00801-8
15. Liu, J.; Carmell, M. A.; Rivas, F. V.; Marsden, C. G.; Thomson, J. M.; Song, J.-J.; Hammond, S. M.; Joshua-Tor, L.; Hannon, G. J. Science 2004, 305, 1437 10.1126/science.1102513
16. Schirle, N. T.; Sheu-Gruttadauria, J.; MacRae, I. J. Science 2014, 346, 608 10.1126/science.1258040
17. Flores-Jasso, C. F.; Salomon, W. E.; Zamore, P. D. RNA 2013, 19, 271 10.1261/rna.036921.112
18. Schirle, N. T.; MacRae, I. J. Science 2012, 336, 1037 10.1126/science.1221551
19. Nakanishi, K.; Weinberg, D. E.; Bartel, D. P.; Patel, D. J. Nature 2012, 486, 368 10.1038/nature11211
20. Nakanishi, K.; Ascano, M.; Gogakos, T.; Ishibe-Murakami, S.; Serganov, A. A.; Briskin, D.; Morozov, P.; Tuschl, T.; Patel, D. J. Cell Rep. 2013, 3, 1893 10.1016/j.celrep.2013.06.010
21. Faehnle, C. R.; Elkayam, E.; Haase, A. D.; Hannon, G. J.; Joshua-Tor, L. Cell Rep. 2013, 3, 1901 10.1016/j.celrep.2013.05.033
22. Harborth, J.; Elbashir, S. M.; Vandenburgh, K.; Manninga, H.; Scaringe, S. A.; Weber, K.; Tuschl, T. Antisense Nucleic Acid Drug Dev. 2003, 13, 83 10.1089/108729003321629638
23. Czauderna, F.; Fechtner, M.; Dames, S.; Aygun, H.; Klippel, A.; Pronk, G. J.; Giese, K.; Kaufmann, J. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 2705 10.1093/nar/gkg393
24. Schirle, N. T.; Sheu-Gruttadauria, J.; Chandradoss, S. D.; Joo, C.; MacRae, I. J. eLife 2015, 4, e07646 10.7554/eLife.07646
25. Rivas, F. V.; Tolia, N. H.; Song, J. J.; Aragon, J. P.; Liu, J.; Hannon, G. J.; Joshua-Tor, L. Nat. Struct. Mol. Biol. 2005, 12, 340 10.1038/nsmb918
26. Chandradoss, S. D.; Schirle, N. T.; Szczepaniak, M.; MacRae, I. J.; Joo, C. Cell 2015, 162, 96 10.1016/j.cell.2015.06.032
27. Salomon, W. E.; Jolly, S. M.; Moore, M. J.; Zamore, P. D.; Serebrov, V. Cell 2015, 162, 84 10.1016/j.cell.2015.06.029
28. Prakash, T. P.; Lima, W. F.; Murray, H. M.; Li, W.; Kinberger, G. A.; Chappell, A. E.; Gaus, H.; Seth, P. P.; Bhat, B.; Crooke, S. T.; Swayze, E. E. Nucleic Acids Res. 2015, 43, 2993 10.1093/nar/gkv162