A multiscale treatment of Angeli's salt decomposition

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 5, Issue 1, 2009, Pages 37-46

  Torras, Juan ^a   De Seabra, Gustavo M ^b   Roitberg, Adrian E ^b  

^a UNIVERSITAT POLITÈCNICA DE CATALUNYA   (Spain)

^b UNIVERSITY OF FLORIDA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84962367650     PISSN: 15499618     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct800236d     Document Type: Article

References (90)

1. Dutton, A. S.; Fukuto, J. M.; Houk, K. N. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 3795-3800.
2. Torras, J.; Seabra, G. d. M.; Deumens, E.; Trickey, S. B.; Roitberg, A. E. J. Comput. Chem. 2008, 29, 1564-1573.
3. Angeli, A. Gazz. Chim. Ital. 1896, 26, 17.
4. Angeli, A. Gazz. Chim. Ital. 1903, 33, 245-252.
5. Fitzhugh, A. L.; Keefer, L. K. Free Radical Biol. Med. 2000, 28, 1463-1469.
6. Naughton, P.; Foresti, R.; Bains, S. K.; Hoque, M.; Green, C. J.; Motterlini, R. J. Biol. Chem. 2002, 277, 40666-40674.
7. Miranda, K. M.; Dutton, A. S.; Ridnour, L. A.; Foreman, C. A.; Ford, E.; Paolocci, N.; Katori, T.; Tocchetti, C. G.; Mancardi, D.; Thomas, D. D.; Espey, M. G.; Houk, K. N.; Fukuto, J. M.; Wink, D. A. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 722-731.
8. Wink, D. A.; Miranda, K. M.; Katori, T.; Mancardi, D.; Thomas, D. D.; Ridnour, L.; Espey, M. G.; Feelisch, M.; Colton, C. A.; Fukuto, J. M.; Pagliaro, P.; Kass, D. A.; Paolocci, N. Am. J. Physiol. Heart Circ. Physiol. 2003, 285, H2264-2276.
9. Mierts, S.; Scrocco, E.; Tomasi, J. J. Chem. Phys. 1981, 55, 117-129.
10. Tomasi, J.; Persico, M. Chem. Rev. 1994, 94, 2027-2094.
11. RCammi, J. T. J. Comput. Chem. 1995, 16, 1449-1458.
12. Cossi, M.; Barone, V.; Cammi, R.; Tomasi, J. Chem. Phys. Lett. 1996, 255, 327-335.
13. McQuarrie, D. A. Statistical Thermodynamics; Harper and Row: New York, 1973.
14. Kelly, C. P.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 2493-2499.
15. Kongsted, J.; Mennucci, B. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 9890-9900.
16. Roitberg, A. E.; Worthington, S. E.; Holden, M. J.; Mayhew, M. P.; Krauss, M. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 7312-7316.
17. Worthington, S. E.; Roitberg, A. E.; Krauss, M. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 7087-7095.
18. Guedes, R. C.; Coutinho, K.; Costa Cabral, B. J.; Canuto, S. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 4304-4310.
19. Rocha, W. R.; Martins, V. M.; Coutinho, K.; Canuto, S. Theor. Chem. Acc. 2002, 108, 31-37.
20. Rocha, W. R.; Coutinho, K.; de Almeida, W. B.; Canuto, S. Chem. Phys. Lett. 2001, 335, 127-133.
21. Coutinho, K.; Saavedra, N.; Serrano, A.; Canuto, S. THEOCHEM 2001, 539, 171-179.
22. Rocha, W. R.; De Almeida, K. J.; Coutinho, K.; Canuto, S. Chem. Phys. Lett. 2001, 345, 171-178.
23. Field, M. J.; Bash, P. A.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1990, 11, 700-733.
24. Warshel, A.; Levitt, M. J. Mol. Biol. 1976, 103, 227-249.
25. Gao, J.; Xia, X. Science 1992, 258, 631-635.
26. Gao, J. J. Phys. Chem. 1992, 96, 537-540.
27. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E., III; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Crowley, M.; Walker, R. C.; Zhang, W.; Merz, K. M.; Wang, B.; Hayik, S.; Roitberg, A.; Seabra, G.; Kolossváry, I.; Wong, K. F.; Paesani, F.; Vanicek, J.; Wu, X.; Brozell, S. R.; Steinbrecher, T.; Gohlke, H.; Yang, L.; Tan, C.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Mathews, D. H.; Seetin, M. G.; Sagui, C.; Babin, V.; Kollman, P. A. AMBER 10; University of California: San Francisco, 2008.
28. Seabra, G. M.; Walker, R. C.; Elstner, M.; Case, D. A.; Roitberg, A. E. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 5655-5664.
29. Walker, R. C.; Crowley, M. F.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 2008, 29, 1019-1031.
30. Car, R.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 1985, 55, 2471.
31. Schlegel, H. B.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Voth, G. A.; Daniels, A. D.; Scuseria, G. E.; Frisch, M. J. J. Chem. Phys. 2001, 114, 9758-9763.
32. Pulay, P.; Fogarasi, G. Chem. Phys. Lett. 2004, 386, 272-278.
33. Sherwood, P.; de Vries, A. H.; Guest, M. F.; Schreckenbach, G.; Catlow, C. R. A.; French, S. A.; Sokol, A. A.; Bromley, S. T.; Thiel, W.; Turner, A. J.; Billeter, S.; Terstegen, F.; Thiel, S.; Kendrick, J.; Rogers, S. C.; Casci, J.; Watson, M.; King, F.; Karlsen, E.; Sjovoll, M.; Fahmi, A.; Schafer, A.; Lennartz, C. THEOCHEM 2003, 632, 1-28.
34. Harvey, J. N. Faraday Discuss. 2004, 127, 165-177.
35. Torras, J.; Deumens, E.; Trickey, S. B.; Cheng, H.-P.; Cao, C.; He, Y.; Muralidharana, K.;Roitberg, A. E.; Seabra, G. M. University of Florida Quantum Theory Project; 2008.
36. Torras, J.; Deumens, E.; Trickey, S. B. J. Comput.-Aided Mater. Des. 2006, 13, 201-212.
37. Torras, J.; He, Y.; Cao, C.; Muralidharana, K.; Deumens, E.; Cheng, H.-P.; Trickey, S. B. Comput. Phys. Commun. 2007, 177, 265-279.
38. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R. Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.;Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
39. Case, D. A.; Cheatham, T. E., III; Darden, T.; Gohlke, H.; Luo, R.; Merz, K. M., Jr.; Onufriev, A.; Simmerling, C.; Wang, B.; Woods, R. J. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1668-1688.
40. Jorgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 1981, 103, 335-340.
41. Xiong, H.; Crespo, A.; Marti, M.; Estrin, D.; Roitberg, A. Theor. Chem. Acc. 2006, 116, 338-346.
42. Jarzynski, C. Phys. Rev. Lett. 1997, 78, 2690-2693.
43. Riccardi, D.; Li, G.; Cui, Q. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 6467-6478.
44. Senn, H. M. ; Thiel, W. In Atomistic Approaches in Modern Biology; M. R., Ed.; Springer: Berlin, 2007; Vol. 268, pp 173-290.
45. Truhlar, D. G.; Gao, J.; Alhambra, C.; Garcia-Viloca, M.; Corchado, J.; Sanchez, M. L.; Villa, J. Acc. Chem. Res. 2002, 35, 341-349.
46. Gao, J.; Truhlar, D. G. Annu. Rev. Phys. Chem. 2002, 53, 467-505.
47. Hu, H.; Lu, Z.; Yang, W. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 390-406.
48. Major, D. T.; Gao, J. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 949-960.
49. Gunaydin, H.; Acevedo, O.; Jorgensen, W. L.; Houk, K. N. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1028-1035.
50. Bowman, A. L.; Ridder, L.; Rietjens, I. M. C. M.; Vervoort, J.; Mulholland, A. J. Biochemistry (Moscow) 2007, 46, 6353-6363.
51. Valiev, M.; Garrett, B. C.; Tsai, M.-K.; Kowalski, K.; Kathmann, S. M.; Schenter, G. K.; Dupuis, M. J. Chem. Phys. 2007, 127, 051102-4.
52. Rosta, E.; Klahn, M.; Warshel, A. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 2934-2941.
53. Christen, M.; Kunz, A.-P. E.; van Gunsteren, W. F. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 8488-8498.
54. Marsili, S.; Barducci, A.; Chelli, R.; Procacci, P.; Schettino, V. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 14011-14013.
55. Riccardi, D.; Schaefer, P.; Yang, Y.; Yu, H.; Ghosh, N.; Prat-Resina, X.; Konig, P.; Li, G.; Xu, D.; Guo, H.; Elstner, M.; Cui, Q. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 6458-6469.
56. Wales, D. J.; Bogdan, T. V. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 20765-20776.
57. Claeyssens, F.; Harvey, J. N.; Manby, F. R.; Mata, R. A.; Mulholland, A. J.; Ranaghan, K. E.; Schütz, M.; Thiel, S.; Thiel, W.; Werner, H.-J. Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 45, 6856-6859.
58. Kastner, J.; Thiel, W. J. Chem. Phys. 2005, 123, 144104-5.
59. Roitberg, A. E. Annu. Rep. Comp. Chem. 2005, 1, 103-111.
60. Li, G. H.; Zhang, X. D.; Cui, Q. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 8643-8653.
61. Park, S.; Khalili-Araghi, F.; Tajkhorshid, E.; Schulten, K. J. Chem. Phys. 2003, 119, 3559-3566.
62. Kumar, S.; Rosenberg, J. M.; Bouzida, D.; Swendsen, R. H.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1995, 16, 1339-1350.
63. Roux, B. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 275-282.
64. Kumar, S.; Rosenberg, J. M.; Bouzida, D.; Swendsen, R. H.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1992, 13, 1011-1021.
65. Torrie, G. M.; Valleau, J. P. J. Comput. Phys. 1977, 23, 187-199.
66. Mulholland, A. J. Drug Discovery Today 2005, 10, 1393-1402.
67. Warshel, A. Computer Modeling of Chemical Reactions in Enzymes and Solution; Wiley: New York, 1991.
68. Woods, C. J.; Manby, F. R.; Mulholland, A. J. J. Chem. Phys. 2008, 128, 014109-8.
69. Crooks, G. E. Phys. Rev. E 2000, 61, 2361.
70. Hummer, G.; Szabo, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 3658-3661.
71. Collin, D.; Ritort, F.; Jarzynski, C.; Smith, S. B.; Tinoco, I.; Bustamante, C. Nature (London) 2005, 437, 231-234.
72. Cuendet, M. A. J. Chem. Phys. 2006, 125, 144109-12.
73. Hermans, J. J. Phys. Chem. 1991, 95, 9029-9032.
74. Elstner, M. Theor. Chem. Acc. 2006, 116, 316-325.
75. Dixon, S. L.; Merz, J. K. M. J. Chem. Phys. 1996, 104, 6643-6649.
76. Yang, W.; Lee, T.-S. J. Chem. Phys. 1995, 103, 5674-5678.
77. Dixon, S. L.; Merz, J. K. M. J. Chem. Phys. 1997, 107, 879-893.
78. Wang, J.; Wolf, R. M.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1157-1174.
79. Jakalian, A.; Bush, B. L.; Jack, D. B.; Bayly, C. I. J. Comput. Chem. 2000, 21, 132-146.
80. Jakalian, A.; Jack, D. B.; Bayly, C. I. J. Comput. Chem. 2002, 23, 1623-1641.
81. Ryckaert, J.-P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327-341.
82. Otte, N.; Scholten, M.; Thiel, W. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 5751-5755.
83. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648-5652.
84. Frisch, M. J.; Pople, J. A.; Binkley, J. S. J. Chem. Phys. 1984, 80, 3265-3269.
85. Krishnan, R.; Binkley, J. S.; Seeger, R.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1980, 72, 650-654.
86. GonzalezLebrero, M. C.; Estrin, D. A. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1405-1411.
87. Møller, C.; Plesset, M. S. Phys. Rev. 1934, 46, 618.
88. Zhao, Y.; Gonzalez-Garcia, N.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 2012-2018.
89. Riley, K. E.; Op'tHolt, B. T.; Merz, K. M. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 407-433.
90. Sousa, S. F.; Fernandes, P. A.; Ramos, M. J. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 10439-10452.