Importance of van der waals interactions in QM/MM simulations

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 108, Issue 20, 2004, Pages 6467-6478

  Riccardi, Demian ^a   Li, Guohui ^a   Cui, Qiang ^a  

^a UNIVERSITY OF WISCONSIN MADISON   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BINDING ENERGY; COMPUTER SIMULATION; ENTHALPY; ENTROPY; HYDROGEN BONDS; MOLECULAR DYNAMICS; PROBABILITY DENSITY FUNCTION; SOLUTIONS; VAN DER WAALS FORCES;

DENSITY FUNCTIONAL METHODS; MOLECULAR MECHANICS (MM); SOLUTES; SOLVATION;

QUANTUM THEORY;

EID: 2642585833     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp037992q     Document Type: Article

References (53)

1. Head-Gordon, M. J. Phys. Chem. 1996, 100, 13213-13225.
2. Gogonea, V.; Suarez, D.; van der Vaart, A.; Merz, K. W. Curr. Opin. Struct. Biol. 2001, 11, 217-223.
3. Warshel, A. Computer Modeling of Chemical Reactions in Enzymes and Solution; Wiley: New York, 1991.
4. Field, M. J.; Bash, P. A.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1990, 11 (6), 700-733.
5. Lipkowitz, K. B., Boyd, D. B., Gao, J., Eds.; Reviews in Computational Chemistry VII; VCH: New York, 1995.
6. Warshel, A. Annu. Rev. Biophys. Biom. 2003, 32, 425-443.
7. Reuter, N.; Dejaegere, A.; Maigret, B.; Karplus, M. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 1720-1735.
8. Gao, J.; Amara, P.; Alhambra, C.; Field, M. J. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 4714-4721.
9. Bash, P. A.; Ho, L. L.; A. D. M., Jr.; Levine, D.; Hallstrom, P. Proc. Natl. Acad. Sci. 1996, 93, 3698-3703.
10. Freindorg, M.; Gao, J. J. Comput. Chem. 1996, 17 (3), 386-395.
11. Luque, F. J.; Reuter, N.; Cartier, A.; Ruiz-Lopez, M. F. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 10923-10931.
12. Murphy, R. B.; Phillipp, D. M.; Friesner, R. A. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1442-1457.
13. Elstner, M.; Porezag, D.; Jungnickel, G.; Elstner, J.; Haugk, M.; Frauenheim, T.; Suhai, S.; Seifert, G. Phys. Rev. B 1998, 55 (11), 7260-7268.
14. Cui, Q.; Elstner, M.; Kaxiras, E.; Frauenheim, T.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 2001, 105 (2), 569-585.
15. Elstner, M.; Hobza, P.; Frauenheim, T.; Suhai, S.; Kaxiras, E. J. Chem. Phys. 2001, 114 (12), 5149-5155.
16. Li, G.; Cui, Q. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 15028-15038.
17. Zhang, X.; Harrison, D.; Cui, Q. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 14871-14878.
18. Elstner, M.; Cui, Q.; Munih, P.; Kaxiras, E.; Frauenheim, T.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 2003, 24, 565-581.
19. Reed, A. E.; Curtiss, L. A.; Weinhold, F. Chem. Rev. 1988, 88, 899-926.
20. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4 (2), 187-217.
21. A. D. M., Jr.; Bashford, D.; Bellot, M.; R. L. D., Jr.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; W. E. R., III.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586-3616.
22. Goldberg, D. E. Genetic Algorithms in Search, Optimization, and Machine Learning; Addison-Wesley: Reading, MA, 1989.
23. Becke, A. D. Phys. Rev. A 1988, 38, 3098-3100.
24. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648-5652.
25. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785-789.
26. Haharan, P. C.; Pople, J. A. Theor. Chim. Acta 1973, 28, 213-222.
27. Krishnan, R.; Binkley, J. S.; Seeger, R.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1980, 72, 650-654.
28. Sim, F.; St-Amant, A.; Papai, I.; Salahub, D. R. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 4391-4400.
29. Rablen, P. R.; Lockman, J. W.; Jorgensen, W. L. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 3782-3797.
30. Petersson, G. A.; Malick, D. K.; Wilson, W. G.; Ochterski, J. W.; Montgomery, J. A.; Frisch, M. J. J. Chem. Phys. 1998, 109, 10570-10579.
31. Hobza, P.; Sponer, J. Chem. Rev. 1999, 99, 3247-3276.
32. Carroll, D. L. http://cuaerospace.com/carroll/ga.html.
33. Martyna, G. J.; Tobias, D. J.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1994, 101, 4177-4189.
34. Rychaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berenclsen, H. J. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327-341.
35. Li, G.; Zhang, X.; Cui, Q. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 8643-8653.
36. Dejaegere, A.; Karplus, M. J. Phys. Chem. 1996, 100, 11148-11164.
37. Li, G.; Cui, Q. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 14521-14528.
38. Lu, N.; Kofke, D. A.; Woolf, T. B. J. Phys. Chem. B 2003, 72, 650-654.
39. Cui, Q.; Karplus, M. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 3093.
40. Torrie, G.; Valleau, J. J. Comput. Phys. 1977, 23, 187-199.
41. Kumar, S.; Bouzida, D.; Swendsen, R. H.; Kollman, P. A.; Rosenberg, J. M. J. Comput. Chem. 1992, 13 (8), 1011-1021.
42. Lyne, P. D.; Hodoscek, M.; Karplus, M. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 3462-3471.
43. Rashin, A. A.; Honig, B. J. Phys. Chem. 1985, 89, 5588-5593.
44. Roux, B.; Yu, H.; Karplus, M. J. Phys. Chem. 1990, 94, 4683-4688.
45. Qian, H.; Hopfield, J. J. J. Chem. Phys. 1996, 105, 9292-9298.
46. Levy, R. M.; Gallicchio, E. Annu. Rev. Phys. Chem. 1998, 49, 331-367.
47. Chesnoy, J.; Gale, G. M. Adv. Chem. Phys. 1988, 70, 297-355.
48. Bohr, H. G.; Jalkanen, K. J.; Elstner, M.; Suhai, K. F. S. Chem. Phys. 1999, 246, 13-36.
49. Elstner, M.; Jalkanen, K. J.; Knapp-Mohammady, M.; Frauenheim, T.; Suhai, S. Chem. Phys. 2000, 256, 15-27.
50. Elstner, M.; Jalkanen, K. J.; Knapp-Mohammady, M.; Frauenheim, T.; Suhai, S. Chem. Phys. 2001, 263, 203-219.
51. Zhou, H. Y.; Tajkhorshid, E.; Frauenheim, T.; Suhai, S.; Elstner, M. Chem. Phys. 2002, 277, 91-103.
52. Elstner, M.; Frauenheim, T.; Suhai, S. J. Mol. Struct. THEOCHEM 2003, 632, 29-51.
53. Elstner, M.; Frauenheim, T.; Kaxiras, E.; Seifert, G.; Suhai, S. Phys. Stat. Sol. B 2003, 632, 29-51.