Investigating increasingly complex macromolecular systems with small-angle X-ray scattering

IUCrJ

Volumn 1, Issue , 2014, Pages 523-529

  Vestergaard, Bente ^a   Sayers, Zehra ^b  

^a UNIVERSITY OF COPENHAGEN   (Denmark)

^b SABANCI UNIVERSITY   (Turkey)

Author keywords

beamlines; biological solution small angle X ray scattering (BioSAXS); biostructural research; structural complexity; synchrotron radiation

Indexed keywords

EID: 84941358320     PISSN: None     EISSN: 20522525     Source Type: Journal    
DOI: 10.1107/S2052252514020843     Document Type: Article

References (71)

1. Babu, M. M., van der Lee, R., de Groot, N. S. & Gsponer, J. (2011). Curr. Opin. Struct. Biol. 21, 432-440.
2. Berlin, K., Castaneda, C. A., Schneidman-Duhovny, D., Sali, A., Nava-Tudela, A. & Fushman, D. (2013). J. Am. Chem. Soc. 135, 16595-16609.
3. Bernadó, P., Mylonas, E., Petoukhov, M. V., Blackledge, M. & Svergun, D. I. (2007). J. Am. Chem. Soc. 129, 5656-5664.
4. Bernadó, P. & Svergun, D. I. (2012). Methods Mol. Biol. 896, 107-122.
5. Berthaud, A., Manzi, J., Pérez, J. & Mangenot, S. (2012). J. Am. Chem. Soc. 134, 10080-10088.
6. Bilgin, N., Ehrenberg, M., Ebel, C., Zaccai, G., Sayers, Z., Koch, M. H., Svergun, D. I., Barberato, C., Volkov, V., Nissen, P. & Nyborg, J. (1998). Biochemistry, 37, 8163-8172.
7. Brennich, M. E., Nolting, J. F., Dammann, C., Noding, B., Bauch, S., Herrmann, H., Pfohl, T. & Koster, S. (2011). Lab Chip, 11, 708-716.
8. Cammarata, M., Levantino, M., Schotte, F., Anfinrud, P. A., Ewald, F., Choi, J., Cupane, A., Wulff, M. & Ihee, H. (2008). Nat. Methods, 5, 881-886.
9. Cho, H. S., Schotte, F., Dashdorj, N., Kyndt, J. & Anfinrud, P. A. (2013). J. Phys. Chem. B, 117, 15825-15832.
10. Classen, S., Hura, G. L., Holton, J. M., Rambo, R. P., Rodic, I., McGuire, P. J., Dyer, K., Hammel, M., Meigs, G., Frankel, K. A. & Tainer, J. A. (2013). J. Appl. Cryst. 46, 1-13.
11. David, G. & Pérez, J. (2009). J. Appl. Cryst. 42, 892-900.
12. Davison, J., Dorival, J., Rabeharindranto, H., Mazon, H., Chagot, B., Gruez, A. & Weissman, K. J. (2014). Chem. Sci. 5, 3081.
13. Delageniere, S. et al. (2011). Bioinformatics, 27, 3186-3192.
14. Denisov, I. G., Grinkova, Y. V., Lazarides, A. A. & Sligar, S. G. (2004). J. Am. Chem. Soc. 126, 3477-3487.
15. Didry, D., Cantrelle, F. X., Husson, C., Roblin, P., Moorthy, A. M., Perez, J., Le Clainche, C., Hertzog, M., Guittet, E., Carlier, M. F., van Heijenoort, C. & Renault, L. (2012). EMBO J. 31, 1000-1013.
16. Dyer, K. N., Hammel, M., Rambo, R. P., Tsutakawa, S. E., Rodic, I., Classen, S., Tainer, J. A. & Hura, G. L. (2014). Methods Mol. Biol. 1091, 245-258.
17. Fischetti, R. F., Rodi, D. J., Mirza, A., Irving, T. C., Kondrashkina, E. & Makowski, L. (2003). J. Synchrotron Rad. 10, 398-404.
18. Franke, D., Kikhney, A. G. & Svergun, D. I. (2012). Nucl. Instrum. Methods Phys. Res. Sect. A, 689, 52-59.
19. Giehm, L., Svergun, D. I., Otzen, D. E. & Vestergaard, B. (2011). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 108, 3246-3251.
20. Graewert, M. A. & Svergun, D. I. (2013). Curr. Opin. Struct. Biol. 23, 748-754.
21. Grishaev, A., Guo, L., Irving, T. & Bax, A. (2010). J. Am. Chem. Soc. 132, 15484-15486.
22. Guo, W., West, J. M., Dutton, A. S., Tsuruta, H. & Kantrowitz, E. R. (2012). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 109, 7741-7746.
23. Haas, S., Plivelic, T. S. & Dicko, C. (2014). J. Phys. Chem. B, 118, 2264-2273.
24. Jacques, D. A., Guss, J. M., Svergun, D. I. & Trewhella, J. (2012). Acta Cryst. D68, 620-626.
25. Jeffries, C. M., Lu, Y., Hynson, R. M., Taylor, J. E., Ballesteros, M., Kwan, A. H. & Trewhella, J. (2011). J. Mol. Biol. 414, 735-748.
26. Johnson, I., Bergamaschi, A., Buitenhuis, J., Dinapoli, R., Greiffenberg, D., Henrich, B., Ikonen, T., Meier, G., Menzel, A., Mozzanica, A., Radicci, V., Satapathy, D. K., Schmitt, B. & Shi, X. (2012). J. Synchrotron Rad. 19, 1001-1005.
27. Kirmizialtin, S., Pabit, S. A., Meisburger, S. P., Pollack, L. & Elber, R. (2012). Biophys. J. 102, 819-828.
28. Kline, S. R. (2006). J. Appl. Cryst. 39, 895-900.
29. Koch, M. H., Vachette, P. & Svergun, D. I. (2003). Q. Rev. Biophys. 36, 147-227.
30. Kraft, P., Bergamaschi, A., Broennimann, Ch., Dinapoli, R., Eikenberry, E. F., Henrich, B., Johnson, I., Mozzanica, A., Schlepütz, C. M., Willmott, P. R. & Schmitt, B. (2009). J. Synchrotron Rad. 16, 368-375.
31. Lafleur, J. P., Snakenborg, D., Nielsen, S. S., Møller, M., Toft, K. N., Menzel, A., Jacobsen, J. K., Vestergaard, B., Arleth, L. & Kutter, J. P. (2011). J. Appl. Cryst. 44, 1090-1099.
32. Makowski, L., Bardhan, J., Gore, D., Rodi, D. J. & Fischetti, R. F. (2012). Biophys. J. 102, 927-933.
33. Mallam, A. L., Jarmoskaite, I., Tijerina, P., Del Campo, M., Seifert, S., Guo, L., Russell, R. & Lambowitz, A. M. (2011). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 108, 12254-12259.
34. Maric, S., Skar-Gislinge, N., Midtgaard, S., Thygesen, M. B., Schiller, J., Frielinghaus, H., Moulin, M., Haertlein, M., Forsyth, V. T., Pomorski, T. G. & Arleth, L. (2014). Acta Cryst. D70, 317-328.
35. Martel, A., Liu, P., Weiss, T. M., Niebuhr, M. & Tsuruta, H. (2012). J. Synchrotron Rad. 19, 431-434.
36. McCord, L. A., Liang, W. G., Dowdell, E., Kalas, V., Hoey, R. J., Koide, A., Koide, S. & Tang, W. J. (2013). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 110, 13827-13832.
37. Meisburger, S. P., Warkentin, M., Chen, H., Hopkins, J. B., Gillilan, R. E., Pollack, L. & Thorne, R. E. (2013). Biophys. J. 104, 227-236.
38. Minh, D. D. & Makowski, L. (2013). Biophys. J. 104, 873-883.
39. Moharana, K., Zabeau, L., Peelman, F., Ringler, P., Stahlberg, H., Tavernier, J., & Savvides, S. N. (2014). Structure, 22, 866-877.
40. Møller, M., Nielsen, S. S., Ramachandran, S., Li, Y., Li, Y., Tria, G., Streicher, W., Petoukhov, M. V., Cerione, R. A., Gillilan, R. E. & Vestergaard, B. (2013). PLoS One, 8, e74783.
41. Mylonas, E., Hascher, A., Bernadó, P., Blackledge, M., Mandelkow, E. & Svergun, D. I. (2008). Biochemistry, 47, 10345-10353.
42. Oliveira, C. L., Behrens, M. A., Pedersen, J. S., Erlacher, K., Otzen, D. & Pedersen, J. S. (2009). J. Mol. Biol. 387, 147-161.
43. Pedersen, M. C., Arleth, L. & Mortensen, K. (2013). J. Appl. Cryst. 46, 1894-1898.
44. Pelikan, M., Hura, G. & Hammel, M. (2009). Gen. Physiol. Biophys. 28, 174-189.
45. Pérez, J. & Nishino, Y. (2012). Curr. Opin. Struct. Biol. 22, 670-678.
46. Pernot, P. et al. (2013). J. Synchrotron Rad. 20, 660-664.
47. Petoukhov, M. V., Franke, D., Shkumatov, A. V., Tria, G., Kikhney, A. G., Gajda, M., Gorba, C., Mertens, H. D. T., Konarev, P. V. & Svergun, D. I. (2012). J. Appl. Cryst. 45, 342-350.
48. Poitevin, F., Orland, H., Doniach, S., Koehl, P. & Delarue, M. (2011). Nucl. Acids Res. 39, W184-W189.
49. Pollack, L., Tate, M. W., Darnton, N. C., Knight, J. B., Gruner, S. M., Eaton, W. A. & Austin, R. H. (1999). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 96, 10115-10117.
50. Putnam, D. K., Lowe, E. W. Jr & Meiler, J. (2013). Comput. Struct. Biotechnol. J. 8, e201308006.
51. Rambo, R. P. & Tainer, J. A. (2013). Annu. Rev. Biophys. 42, 415-441.
52. Round, A. R., Franke, D., Moritz, S., Huchler, R., Fritsche, M., Malthan, D., Klaering, R., Svergun, D. I. & Roessle, M. (2008). J. Appl. Cryst. 41, 913-917.
53. Różycki, B., Kim, Y. C. & Hummer, G. (2011). Structure, 19, 109-116.
54. Russel, D., Lasker, K., Webb, B., Velazquez-Muriel, J., Tjioe, E., Schneidman-Duhovny, D., Peterson, B. & Sali, A. (2012). PLoS Biol. 10, e1001244.
55. Skou, S., Gillilan, R. E. & Ando, N. (2014). Nat. Protoc. 9, 1727-1739.
56. Skou, M., Skou, S., Jensen, T. G., Vestergaard, B. & Gillilan, R. E. (2014). J. Appl. Cryst. 47, 1355-1366.
57. Söderberg, C. A., Rajan, S., Shkumatov, A. V., Gakh, O., Schaefer, S., Ahlgren, E. C., Svergun, D. I., Isaya, G. & Al-Karadaghi, S. (2013). J. Biol. Chem. 288, 8156-8167.
58. Söderberg, C. A., Shkumatov, A. V., Rajan, S., Gakh, O., Svergun, D. I., Isaya, G. & Al-Karadaghi, S. (2011). J. Mol. Biol. 414, 783-797.
59. Svergun, D. I. (1999). Biophys. J. 76, 2879-2886.
60. Svergun, D., Barberato, C. & Koch, M. H. J. (1995). J. Appl. Cryst. 28, 768-773.
61. Svergun, D. I., Koch, M. H. J. Timmins, P. A. & May, R. P. (2013). Small Angle X-ray and Neutron Scattering from Solutions of Biological Macromolecules. Oxford University Press.
62. Svergun, D. I., Richard, S., Koch, M. H. J., Sayers, Z., Kuprin, S. & Zaccai, G. (1998). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 95, 2267-2272.
63. Toft, K. N., Vestergaard, B., Nielsen, S. S., Snakenborg, D., Jeppesen, M. G., Jacobsen, J. K., Arleth, L. & Kutter, J. P. (2008). Anal. Chem. 80, 3648-3654.
64. Trewhella, J., Hendrickson, W. A., Kleywegt, G. J., Sali, A., Sato, M., Schwede, T., Svergun, D. I., Tainer, J. A., Westbrook, J. & Berman, H. M. (2013). Structure, 21, 875-881.
65. Tuukkanen, A. T. & Svergun, D. I. (2014). FEBS J. 281, 1974-1987.
66. Uversky, V. N. (2014). Chem. Rev. 114, 6557-6560.
67. Varadi, M. et al. (2014). Nucl. Acids Res. 42, D326-D335.
68. Vestergaard, B., Groenning, M., Roessle, M., Kastrup, J. S., van de Weert, M., Flink, J. M., Frokjaer, S., Gajhede, M. & Svergun, D. I. (2007). PLoS Biol. 5, e134.
69. Vetri, V., Leone, M., Morozova-Roche, L. A., Vestergaard, B. & Fodera, V. (2013). PLoS One, 8, e68912.
70. Wells, M., Tidow, H., Rutherford, T. J., Markwick, P., Jensen, M. R., Mylonas, E., Svergun, D. I., Blackledge, M. & Fersht, A. R. (2008). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 105, 5762-5767.
71. Wright, P. E. & Dyson, H. J. (2009). Curr. Opin. Struct. Biol. 19, 31-38.