The mechanisms of flavonoids inhibiting conformational transition of amyloid-β42 monomer: a comparative molecular dynamics simulation study

RSC Advances

Volumn 5, Issue 81, 2015, Pages 66391-66402

  Wang, Ling ^a   Zeng, Ranran ^a   Pang, Xiaoqian ^a   Gu, Qiong ^b   Tan, Wen ^a  

^a SOUTH CHINA UNIVERSITY OF TECHNOLOGY   (China)

^b SUN YAT SEN UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BINDING ENERGY; FLAVONOIDS; FREE ENERGY; MOLECULAR DYNAMICS; MONOMERS; NEURODEGENERATIVE DISEASES;

ALZHEIMER'S DISEASE; CONFORMATIONAL DISTRIBUTION; CONFORMATIONAL STATE; CONFORMATIONAL TRANSITIONS; FREE ENERGY LANDSCAPE; INHIBITORY MECHANISM; MINIMIZATION ENERGIES; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS;

CONFORMATIONS;

EID: 84938814450     PISSN: None     EISSN: 20462069     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c5ra12328c     Document Type: Article

References (67)

1. G. G. Glenner C. W. Wong Biochem. Biophys. Res. Commun. 2012 425 534 539
2. D. J. Selkoe Nat. Cell Biol. 2004 6 1054 1061
3. M. Ahmed J. Davis D. Aucoin T. Sato S. Ahuja S. Aimoto J. I. Elliott W. E. Van Nostrand S. O. Smith Nat. Struct. Mol. Biol. 2010 17 561 U556
4. T. E. Golde C. B. Eckman S. G. Younkin Biochim. Biophys. Acta, Mol. Basis Dis. 2000 1502 172 187
5. G. W. Small S. C. Huang G. Cole N. Satyamurthy E. D. Agdeppa Z. Kiziloglu V. Kepe A. Petric H. V. Vinters M. E. Phelps J. R. Barrio Neurobiol. Aging 2001 22 335
6. J. Hardy D. J. Selkoe Science 2002 297 353 356
7. T. Luhrs C. Ritter M. Adrian D. Riek-Loher B. Bohrmann H. Doeli D. Schubert R. Riek Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 17342 17347
8. R. Kayed E. Head J. L. Thompson T. M. McIntire S. C. Milton C. W. Cotman C. G. Glabe Science 2003 300 486 489
9. P. Nguyen P. Derreumaux Acc. Chem. Res. 2014 47 603 611
10. W. Zhuang N. G. Sgourakis Z. Y. Li A. E. Garcia S. Mukamel Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 15687 15692
11. G. H. Wei A. I. Jewett J. E. Shea Phys. Chem. Chem. Phys. 2010 12 3622 3629
12. Y. C. Xu J. J. Shen X. M. Luo W. L. Zhu K. X. Chen J. P. Ma H. L. Jiang Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 5403 5407
13. A. Morriss-Andrews G. Bellesia J. E. Shea J. Chem. Phys. 2012 137 145104 145109
14. B. Urbanc L. Cruz S. Yun S. V. Buldyrev G. Bitan D. B. Teplow H. E. Stanley Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 17345 17350
15. C. L. Moore M. S. Wolfe Expert Opin. Ther. Pat. 1999 9 135 146
16. F. S. Yang G. P. Lim A. N. Begum O. J. Ubeda M. R. Simmons S. S. Ambegaokar P. P. Chen R. Kayed C. G. Glabe S. A. Frautschy G. M. Cole J. Biol. Chem. 2005 280 5892 5901
17. K. Ono H. Naiki M. Yamada Curr. Pharm. Des. 2006 12 4357 4375
18. K. Ono Y. Yoshiike A. Takashima K. Hasegawa H. Naiki M. Yamada J. Neurochem. 2003 87 172 181
19. C. W. Lee H. J. Choi H. S. Kim D. H. Kim I. S. Chang H. T. Moon S. Y. Lee W. K. Oh E. R. Woo Bioorg. Med. Chem. Lett. 2008 16 732 738
20. S. S. Kang J. Y. Lee Y. K. Choi S. S. Song J. S. Kim S. J. Jeon Y. N. Han K. H. Son B. H. Han Bioorg. Med. Chem. Lett. 2005 15 3588 3591
21. A. Thapa E. R. Woo E. Y. Chi M. G. Sharoar H. G. Jin S. Y. Shin I. S. Park Biochemistry 2011 50 2445 2455
22. F. F. Liu X. Y. Dong L. Z. He A. P. J. Middelberg Y. Sun J. Phys. Chem. B 2011 115 11879 11887
23. B. Tarus P. H. Nguyen O. Berthoumieu P. Faller A. J. Doig P. Derreumaux Eur. J. Med. Chem. 2014 16 43 50
24. C. Lockhart D. K. Klimov Biophys. J. 2012 103 2341 2351
25. C. Lockhart S. Kim D. K. Klimov J. Phys. Chem. B 2012 116 12922 12932
26. T. Zhang J. Zhang P. Derreumaux Y. Mu J. Phys. Chem. B 2013 117 3993 4002
27. T. Zhang W. X. Xu Y. G. Mu P. Derreumaux ACS Chem. Neurosci. 2014 5 148 159
28. Y. Chebaro P. Jiang T. Zang Y. Mu P. H. Nguyen N. Mousseau P. Derreumaux J. Phys. Chem. B 2012 116 8412 8422
29. M. Zhu A. De Simone D. Schenk G. Toth C. M. Dobson M. Vendruscolo J. Chem. Phys. 2013 139 035101
30. L. Jiang C. Liu D. Leibly M. Landau M. L. Zhao M. P. Hughes D. S. Eisenberg eLife 2013 2 e00857
31. O. Crescenzi S. Tomaselli R. Guerrini S. Salvadori A. M. D'Ursi P. A. Temussi D. Picone Eur. J. Biochem. 2002 269 5642 5648
32. G. M. Morris R. Huey W. Lindstrom M. F. Sanner R. K. Belew D. S. Goodsell A. J. Olson J. Comput. Chem. 2009 30 2785 2791
33. D. J. Price C. L. Brooks J. Chem. Phys. 2004 121 10096 10103
34. M. J. Abraham J. E. Gready J. Comput. Chem. 2011 32 2031 2040
35. Y. Duan C. Wu S. Chowdhury M. C. Lee G. Xiong W. Zhang R. Yang P. Cieplak R. Luo T. Lee J. Caldwell J. Wang P. Kollman J. Comput. Chem. 2003 24 1999 2012
36. W. Zhang T. J. Hou X. B. Qiao X. J. Xu J. Phys. Chem. B 2003 107 9071 9078
37. G. W. T. M. J. Frisch, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria and M. A. Robb, Gaussian 03, Revision E.01, Gaussian, Inc., Pittsburgh PA, 2004
38. B. Hess J. Chem. Theory Comput. 2008 4 116 122
39. W. Humphrey A. Dalke K. Schulten J. Mol. Graphics 1996 14 33 38
40. W. Kabsch C. Sander Biopolymers 1983 22 2577 2637
41. A. Amadei A. B. Linssen H. J. Berendsen Proteins 1993 17 412 425
42. M. Stepanova Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2007 76 051918
43. A. Amadei M. A. Ceruso A. Di Nola Proteins 1999 36 419 424
44. A. Merlino L. Vitagliano M. A. Ceruso A. Di Nola L. Mazzarella Biopolymers 2002 65 274 283
45. A. Merlino L. Vitagliano M. A. Ceruso L. Mazzarella Biophys. J. 2004 86 2383 2391
46. E. Papaleo P. Mereghetti P. Fantucci R. Grandori L. De Gioia J. Mol. Graphics Modell. 2009 27 889 899
47. G. Colombo G. Morra M. Meli G. Verkhivker Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 7976 7981
48. W. Li J. Zhang Y. Su J. Wang M. Qin W. Wang J. Phys. Chem. B 2007 111 13814 13821
49. A. B. Clippingdale M. Macris J. D. Wade C. J. Barrow J. Pept. Res. 1999 53 665 672
50. J. Talafous K. J. Marcinowski G. Klopman M. G. Zagorski Biochemistr 1994 33 7788 7796
51. S. Zhang N. Casey J. P. Lee Folding Des. 1998 3 413 422
52. K. I. S. Zhang M. J. Lachenmann J. W. Peng S. Li E. R Stimson Y. Lu A. M. Felix J. E. Maggio J. P. Lee J. Struct. Biol. 2000 130 130 141
53. C. Yang X. Zhu J. Li R. Shi J. Mol. Model. 2010 16 813 821
54. L. O. Tjernberg A. Tjernberg N. Bark Y. Shi B. P. Ruzsicska Z. Bu J. Thyberg D. J. Callaway Biochem. J. 2002 366 343 351
55. M. Coles W. Bicknell A. A. Watson D. P. Fairlie D. J. Craik Biochemistry 1998 37 11064 11077
56. W. B. Stine Jr K. N. Dahlgren G. A. Krafft M. J. LaDu J. Biol. Chem. 2003 278 11612 11622
57. D. Liu Y. Xu Y. Feng H. Liu X. Shen K. Chen J. Ma H. Jiang Biochemistry 2006 45 10963 10972
58. G. Bitan M. D. Kirkitadze A. Lomakin S. S. Vollers G. B. Benedek D. B. Teplow Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 330 335
59. M. D. Kirkitadze M. M. Condron D. B. Teplow J. Mol. Biol. 2001 312 1103 1119
60. B. Tarus J. E. Straub D. Thirumalai J. Am. Chem. Soc. 2006 128 16159 16168
61. K. L. Sciarretta D. J. Gordon A. T. Petkova R. Tycko S. C. Meredith Biochemistry 2005 44 6003 6014
62. W. M. Berhanu U. H. E. Hansmann PLoS One 2012 7 e41479
63. H. Chen Y. Zhang L. Li J. G. Han J. Phys. Chem. B 2012 116 10219 10233
64. W. Li Y. Tang H. Liu J. Cheng W. Zhu H. Jiang Proteins 2008 71 938 949
65. Y. Y. Cao L. Wang H. Ge X. L. Lu Z. Pei Q. Gu J. Xu Mol. Diversity 2013 17 515 524
66. T. Luhrs C. Ritter M. Adrian D. Riek-Loher B. Bohrmann H. Dobeli D. Schubert R. Riek Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 17342 17347
67. A. K. Paravastu R. D. Leapman W. M. Yau R. Tycko Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 18349 18354