Parameters for the generalized Born model consistent with RESP atomic partial charge assignment protocol

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 107, Issue 34, 2003, Pages 9071-9078

  Zhang, Wei ^a   Hou, Tingjun ^a   Qiao, Xuebin ^a   Xu, Xiaojie ^a  

^a PEKING UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BOUNDARY ELEMENT METHOD; COMPUTER AIDED SOFTWARE ENGINEERING; COMPUTER SIMULATION; CONFORMATIONS; ELECTROSTATICS; FINITE DIFFERENCE METHOD; FREE ENERGY; GENETIC ALGORITHMS; MOLECULAR DYNAMICS; OPTIMIZATION; PROTEINS;

ATOMIC PARTIAL CHARGE ASSIGNMENT PROTOCOL; BORN MODEL; CONFORMATION ANALYSIS; MOLECULAR DOCKING; PROTEIN FOLDING; SOLVATION;

SOLVENTS;

EID: 0043197126     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp034613k     Document Type: Article

References (49)

1. Rossky, P. J.; Karplus, M. J. Am. Chem. Soc. 1979, 101, 1913-1937.
2. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935.
3. Jorgensen, W. L.; Ravimohan, C. J. J. Chem. Phys. 1985, 83, 3050-3054.
4. Eisenberg, D.; McLachlan, A. D. Nature 1986, 319, 199-203.
5. Ooi, T.; Oobatake, M.; Nemethy, G.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1987, 84, 3086-3090.
6. Kang, Y. K.; Nemethy, G.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. 1987, 91, 4105-4109/4109-4118.
7. Kang, Y. K.; Nemethy, G.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. 1987, 91, 4118-4122.
8. Gilson, M.; Honig, B. Proteins 1988, 4, 7-18.
9. Still, W. C.; Tempczyk, A.; Hawley, R. C.; Hendrickson, T. J. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 6127-6133.
10. Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 8305-8311.
11. Hermann, R. B. J. Phys. Chem. 1972, 76, 2754-2759.
12. Amidon, G. L.; Yalkowsky, S. H.; Anik, S. T.; Valvani, S. C. J. Phys. Chem. 1975, 79, 2239-2246.
13. Floris, F.; Tomasi, J. J. Comput. Chem. 1989, 10, 616-627.
14. Hou, T. J.; Qiao, X. B.; Zhang, W.; Xu, X. J. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 11295-11304.
15. Hou, T. J.; Xu, X. J. Acta Phys. Chim. Sin. 2002, 18, 1052-1056.
16. Jayaram, B. J. Phys. Chem. 1994, 98, 5773-5777.
17. Nichols, A.; Honig, B. J. Comput. Chem. 1991, 12, 435-445.
18. Gilson, M.; Sharp, K. A.; Honig, B. J. Comput. Chem. 1988, 9, 327-335.
19. Honig, B.; Nicholls, A. Science 1995, 268, 1144-1149.
20. Hawkins, G. D.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. Chem. Phys. Lett. 1995, 246, 122-129.
21. Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. Chem. Rev. 1999, 99, 2161-2200.
22. Bashford, D.; Case, D. A. Annu. Rev. Phys. Chem. 2000, 51, 129-152.
23. Orozco, M.; Luque, F. J. Chem. Rev. 2000, 100, 4187-4225.
24. Jayaram, B.; Sprous, D.; Beveridge, D. L. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 9571-9576.
25. Cheng, A.; Best, S. A.; Merz, J. K. M.; Reynolds, C. H. J. Mol. Graph. Mod. 2000, 18, 273-282.
26. Zhu, J.; Shi, Y. Y.; Liu, H. Y. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 4844-4853.
27. Judson, R. S.; Jaeger, E. P.; Treasurywala, A. M.; Peterson, M. L. J. Comput. Chem. 1993, 14, 1407-1414.
28. Oshiro, C. M.; Kuntz, I. D.; Dixon, J. S. J. Comput. Aid. Mol. Des. 1995, 9, 113-130.
29. Jones, G.; Willett, P.; Glen, R. C. J. Mol. Biol. 1995, 245, 43-53.
30. Hou, T. J.; Wang, J. M.; Chen, L. R.; Xu, X. J. Protein Eng. 1999, 12, 639-647.
31. Kubinyi, H. Quantum Struct.-Act. Relat. 1994, 13, 285-294.
32. Rogers, D.; Hopfinger, A. J. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1994, 34, 854-866.
33. Hou, T. J.; Wang, J. M.; Liao, N.; Xu, X. J. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1999, 39, 775-781.
34. Hawkins, G. D.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. 1996, 100 (51), 19824-19839.
35. Cerius2 User Guide; MSI: San Diego, USA, 1998.
36. Halgren, T. A. J. Comput. Chem. 1996, 17, 490-519.
37. InsightII User Guide; MSI: San Diego, USA, 1998.
38. James, C. A.; Weininger, D.; Delany, J. Daylight Theory Manual Daylight 4.62; Daylight Chemical Information Systems Inc.: Los Altos, 2001.
39. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Bobb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Chem, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L. Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
40. Case, D. A.; Pearlman, D. A.; Caldwell, J. W.; Cheatham, T. E. III; Ross, W. S.; Simmerling, C. L.; Darden, T. A.; Merz, K. M.; Stanton, R. V.; Cheng, A. L.; Vincent, J. J.; Crowley, M.; Tsui, V.; Radmer, R. J.; Duan, Y.; Pitera, J.; Massova, I.; Seibel, G. L.; Singh, U. C.; Weiner, P. K.; Kollman, P. A. AMBER 6; University of California: San Francisco, 1999.
41. Sanner, M. F.; Olson, A. J.; Spehner, J. Biopolymers 1996, 38, 305-320.
42. Hou, T. J.; Wang, J. M.; Li, Y. Y.; Xu, X. J. Chin. Chem. Lett. 1998, 9, 651-654.
43. Hou, T. J.; Wang, J. M.; Xu, X. J. Chemometr. Intell. Lab. 1999, 45, 303-310.
44. Sitkoff, D.; Sharp, K. A.; Honig, B. Accurate Calculation of Hydration Free Energies Using Macroscopic Solvent Models. J. Phys. Chem. 1994, 98, 1978-1988.
45. Wang, J. M.; Hou, T. J.; Chen, L. R.; Xu, X. J. Chemometr. Intell. Lab. 1999, 45, 347-351.
46. Hou, T. J.; Wang, J. M.; Chen, L. R.; Xu, X. J. Protein Eng. 1999, 12, 639-647.
47. Hou, T. J.; Wang, J. M.; Xu, X. J. Chin. Chem. Lett. 1999, 10, 615-618.
48. Hou, T. J.; Xu, X. J. J. Mol. Graph. Model. 2001, 19, 455-465.
49. Weiser, J.; Peter, S. S.; Still, W. C. J. Comput. Chem. 1999, 20, 217-230.