The DIONESUS algorithm provides scalable and accurate reconstruction of dynamic phosphoproteomic networks to reveal new drug targets

Integrative Biology (United Kingdom)

Volumn 7, Issue 7, 2015, Pages 776-791

  Ciaccio, Mark F ^a,b   Chen, Vincent C ^b   Jones, Richard B ^b   Bagheri, Neda ^a  

^a Northwestern University   (United States)

^b UNIVERSITY OF CHICAGO   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ACETYLCYSTEINE; EPIDERMAL GROWTH FACTOR RECEPTOR; INSULIN; SCATTER FACTOR; SOMATOMEDIN; STAT1 PROTEIN; ANTINEOPLASTIC AGENT; PHOSPHOPROTEIN; PROTEOME; TUMOR PROTEIN;

ALGORITHM; ARTICLE; CANCER CELL; CELL DEATH; CELL STRUCTURE; CELL VIABILITY; COMPUTER MODEL; HUMAN; HUMAN CELL; INTRACELLULAR SIGNALING; MATHEMATICAL COMPUTING; MATHEMATICAL MODEL; PARTIAL LEAST SQUARES REGRESSION; PRIORITY JOURNAL; PROTEOMICS; TRIPLE NEGATIVE BREAST CANCER; ANTAGONISTS AND INHIBITORS; DRUG DESIGN; DRUG EFFECTS; GENE EXPRESSION PROFILING; METABOLISM; MOLECULARLY TARGETED THERAPY; NEOPLASMS, EXPERIMENTAL; PATHOLOGY; PROCEDURES; PROTEIN ANALYSIS; SIGNAL TRANSDUCTION; SOFTWARE; TUMOR CELL LINE;

ALGORITHMS; ANTINEOPLASTIC AGENTS; CELL LINE, TUMOR; DRUG DESIGN; GENE EXPRESSION PROFILING; HUMANS; MOLECULAR TARGETED THERAPY; NEOPLASM PROTEINS; NEOPLASMS, EXPERIMENTAL; PHOSPHOPROTEINS; PROTEIN INTERACTION MAPPING; PROTEOME; SIGNAL TRANSDUCTION; SOFTWARE;

EID: 84936741295     PISSN: 17579694     EISSN: 17579708     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c5ib00065c     Document Type: Article

References (65)

1. J. A. DiMasi J. M. Reichert L. Feldman A. Malins Clin. Pharmacol. Ther. 2013 94 329 335
2. A. L. Hopkins Nat. Chem. Biol. 2008 4 682 690
3. R. Marcotte K. R. Brown F. Suarez A. Sayad K. Karamboulas P. M. Krzyzanowski F. Sircoulomb M. Medrano Y. Fedyshyn J. L. Y. Koh D. v. Dyk B. Fedyshyn M. Luhova G. C. Brito F. J. Vizeacoumar F. S. Vizeacoumar A. Datti D. Kasimer A. Buzina P. Mero C. Misquitta J. Normand M. Haider T. Ketela J. L. Wrana R. Rottapel B. G. Neel J. Moffat Cancer Discovery 2012 2 172 189
4. S. Sebastian J. Settleman S. J. Reshkin A. Azzariti A. Bellizzi A. Paradiso Biochim. Biophys. Acta, Rev. Cancer 2006 1766 120 139
5. P. R. Srinivas S. Srivastava S. Hanash G. L. Wright Clin. Chem. 2001 47 1901 1911
6. N. Bagheri S. R. Taylor K. Meeker L. R. Petzold F. J. Doyle J. R. Soc., Interface 2008 5 S17 S28
7. I. Amit A. Regev N. Hacohen Nat. Rev. Immunol. 2011 11 873 880
8. K. A. Janes J. G. Albeck S. Gaudet P. K. Sorger D. A. Lauffenburger M. B. Yaffe Science 2005 310 1646 1653
9. R. J. Hause H.-D. Kim K. K. Leung R. B. Jones Expert Rev. Proteomics 2011 8 565 575
10. M. F. Ciaccio J. P. Wagner C. Chuu D. A. Lauffenburger R. B. Jones Nat. Methods 2010 7 148 155
11. B. D. Cosgrove L. G. Alexopoulos T.-c. Hang B. S. Hendriks P. K. Sorger L. G. Griffith D. A. Lauffenburger Mol. BioSyst. 2010 6 1195 1206
12. M. F. Ciaccio J. D. Finkle A. Y. Xue N. Bagheri Integr. Comp. Biol. 2014 54 296 306
13. K. A. Janes J. R. Kelly S. Gaudet J. G. Albeck P. K. Sorger D. A. Lauffenburger J. Comput. Biol. 2004 11 544 561
14. R. Bonneau Nat. Chem. Biol. 2008 4 658 664
15. R. Bravo J. Burckhardt T. Curran R. Mller EMBO J. 1985 4 1193 1197
16. A. M. Xu P. H. Huang Cancer Res. 2010 70 3857 3860
17. K. K. Leung R. J. Hause J. L. Barkinge M. F. Ciaccio C.-P. Chuu R. B. Jones Mol. Cell. Proteomics 2014 13 1705 1723
18. J. M. Stommel A. C. Kimmelman H. Ying R. Nabioullin A. H. Ponugoti R. Wiedemeyer A. H. Stegh J. E. Bradner K. L. Ligon C. Brennan L. Chin R. A. DePinho Science 2007 318 287 290
19. A. B. Singh R. C. Harris Cell. Signalling 2005 17 1183 1193
20. Y. Lou Y. Chen S. Hsu R. Chen C. Lee K. Khoo N. K. Tonks T. Meng FEBS J. 2008 275 69 88
21. F. Cattaneo A. Iaccio G. Guerra S. Montagnani R. Ammendola Free Radicals Biol. Med. 2011 51 1126 1136
22. J. Liu W. Kuo T. Y. Seiwert M. Lingen M. F. Ciaccio R. B. Jones M. R. Rosner E. E. W. Cohen Head Neck 2011 33 1774 1782
23. N. Chevrier P. Mertins M. N. Artyomov A. K. Shalek M. Iannacone M. F. Ciaccio I. Gat-Viks E. Tonti M. M. Degrace K. R. Clauser M. Garber T. M. Eisenhaure N. Yosef J. Robinson A. Sutton M. S. Andersen D. E. Root U. von Andrian R. B. Jones H. Park S. A. Carr A. Regev I. Amit N. Hacohen Cell 2011 147 853 867
24. C.-P. Chuu H. Lin M. F. Ciaccio J. M. Kokontis R. J. Hause R. A. Hiipakka S. Liao R. B. Jones Cancer Prev. Res. 2012 5 788 797
25. R. R. Picard R. D. Cook J. Am. Stat. Assoc. 1984 79 575 583
26. D. M. Hawkins S. C. Basak D. Mills J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2003 43 579 586
27. S. Wold M. Sjöström L. Eriksson Chemom. Intell. Lab. Syst. 2001 58 109 130
28. R. Tibshirani Stat. Med. 1997 16 385 395
29. H. Zou T. Hastie J. R. Stat. Soc.: Series B Stat. Methodol. 2005 67 301 320
30. B. Efron T. Hastie I. Johnstone R. Tibshirani Ann. Stat. 2004 32 407 499
31. A. Tjarnberg T. Nordling M. Studham S. Nelander E. Sonnhammer Mol. BioSyst. 2014 30 i130 i138
32. A. Höskuldsson J. Chemom. 1988 2 211 228
33. K. A. Janes M. B. Yaffe Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2006 7 820 828
34. K. Miller-Jensen K. A. Janes J. S. Brugge D. A. Lauffenburger Nature 2007 448 604 608
35. S. Gaudet K. A. Janes J. G. Albeck E. A. Pace D. A. Lauffenburger P. K. Sorger Mol. Cell. Proteomics 2005 4 1569 1590
36. Y. Miyashita T. Itozawa H. Katsumi S. Sasaki J. Chemom. 1990 4 97 100
37. D. Marbach J. C. Costello R. Kuffner N. M. Vega R. J. Prill D. M. Camacho K. R. Allison The DREAM5 Consortium M. Kellis J. J. Collins G. Stolovitzky Nat. Methods 2012 9 796 804
38. V. A. Huynh-Thu A. Irrthum L. Wehenkel P. Geurts PLoS One 2010 5 e12776
39. R. Bonneau D. J. Reiss P. Shannon M. Facciotti L. Hood N. S. Baliga V. Thorsson Genome Biol. 2006 7 R36
40. A.-C. Haury F. Mordelet P. Vera-Licona J.-P. Vert BMC Syst. Biol. 2012 6 145
41. D. Marbach T. Schaffter C. Mattiussi D. Floreano J. Comput. Biol. 2009 16 229 239
42. T. Schaffter D. Marbach D. Floreano Bioinformatics 2011 27 2263 2270
43. M. Reich T. Liefeld J. Gould J. Lerner P. Tamayo J. P. Mesirov Nat. Genet. 2006 38 500 501
44. R. J. Prill D. Marbach J. Saez-Rodriguez P. K. Sorger L. G. Alexopoulos X. Xue N. D. Clarke G. Altan-Bonnet G. Stolovitzky PLoS One 2010 5 e9202
45. S.-R. Lee K.-S. Yang J. Kwon C. Lee W. Jeong S. G. Rhee J. Biol. Chem. 2002 277 20336 20342
46. G. J. Brunn J. Williams C. Sabers G. Wiederrecht J. C. Lawrence R. T. Abraham EMBO J. 1996 15 5256 5267
47. S. I. Berger J. M. Posner A. Ma'ayan BMC Bioinf. 2007 8 372
48. M. Levandowsky D. Winter Nature 1971 234 34 35
49. L. Meijer A. Borgne O. Mulner J. P. J. Chong J. J. Blow N. Inagaki M. Inagaki J.-G. Delcros J.-P. Moulinoux Eur. J. Biochem. 1997 243 527 536
50. H. Lu J. Yang Y. Lin T. Tan S. Ip Y. Li M. Tsou J. Chung Cancer Genomics Proteomics 2007 4 93 97
51. D. A. Frank S. Mahajan J. Ritz Nat. Med. 1999 5 444 447
52. J. V. Duncia J. B. Santella III C. A. Higley W. J. Pitts J. Wityak W. E. Frietze F. W. Rankin J.-H. Sun R. A. Earl A. C. Tabaka C. A. Teleha K. F. Blom M. F. Favata E. J. Manos A. J. Daulerio D. A. Stradley K. Horiuchi R. A. Copeland P. A. Scherle J. M. Trzaskos R. L. Magolda G. L. Trainor R. R. Wexler F. W. Hobbs R. E. Olson Bioorg. Med. Chem. Lett. 1998 8 2839 2844
53. K. Subik J.-F. Lee L. Baxter T. Strzepek D. Costello P. Crowley L. Xing M.-C. Hung T. Bonfiglio D. G. Hicks P. Tang Breast Cancer: Basic Clin. Res. 2010 4 35 41
54. J. F. Bromberg Z. Fan C. Brown J. Mendelsohn J. E. Darnell Jr Cell Growth Differ. 1998 9 505 512
55. P. S. Grudinkin V. V. Zenin A. V. Kropotov V. N. Dorosh N. N. Nikolsky Eur. J. Cell Biol. 2007 86 591 603
56. P. Y. Kozyulina L. S. Okorokova N. N. Nikolsky P. S. Grudinkin Biochem. Biophys. Res. Commun. 2013 430 331 335
57. A. L. Harvey R. Edrada-Ebel R. J. Quinn Nat. Rev. Drug Discovery 2015 14 111 129
58. H. Nakagawa K. Tsuta K. Kiuchi H. Senzaki K. Tanaka K. Hioki A. Tsubura Carcinogenesis 2001 22 891 897
59. X. Lei S. Yao X. Zu Z. Huang L. Liu M. Zhong B. Zhu S. Tang D. Liao Acta Pharmacol. Sin. 2008 29 1233 1239
60. S. G. Sundaram J. A. Milner Carcinogenesis 1996 17 669 673
61. C. H. Widberg F. S. Newell A. W. Bachmann S. N. Ramnoruth M. C. Spelta J. P. Whitehead L. J. Hutley J. B. Prins Am. J. Physiol.: Endocrinol. Metab. 2009 296 E121 E131
62. E. R. Miraldi H. Sharfi R. H. Friedline H. Johnson T. Zhang K. S. Lau H. J. Ko T. G. Curran K. M. Haigis M. B. Yaffe R. Bonneau D. A. Lauffenburger B. B. Kahn J. K. Kim B. G. Neel A. Saghatelian F. M. White Integr. Biol. 2013 5 940 963
63. H. Li Q. Xu Y. Liang PeerJ PrePrints 2014 2 e190v1 10.7287/peerj.preprints.190v1
64. R. L. Thorndike Psychometrika 1953 18 267 276
65. M. Fallahi-Sichani S. Honarnejad L. M. Heiser J. W. Gray P. K. Sorger Nat. Chem. Biol. 2013 9 708 714