A theoretical study on the molecular determinants of the affibody protein ZAβ3 bound to an amyloid β peptide

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 17, Issue 26, 2015, Pages 16886-16893

  Wang, Xu ^a   Sun, Xianqiang ^a   Kuang, Guanglin ^a   Ågren, Hans ^a   Tu, Yaoquan ^a  

^a ROYAL INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (Sweden)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMYLOID BETA PROTEIN; HYBRID PROTEIN; PROTEIN BINDING;

CHEMISTRY; HYDROGEN BOND; MOLECULAR DYNAMICS; THERMODYNAMICS;

AMYLOID BETA-PEPTIDES; HYDROGEN BONDING; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; PROTEIN BINDING; RECOMBINANT FUSION PROTEINS; THERMODYNAMICS;

EID: 84934344084     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c5cp00615e     Document Type: Article

References (47)

1. H. W. Querfurth F. M. LaFerla N. Engl. J. Med. 2010 362 329 344
2. G. G. Glenner C. W. Wong Biochem. Biophys. Res. Commun. 1984 120 885 890
3. C. L. Masters G. Multhaup G. Simms J. Pottgiesser R. Martins K. Beyreuther EMBO J. 1985 4 2757
4. D. J. Selkoe Nature 1999 399 A23 A31
5. K. N. Dahlgren A. M. Manelli W. B. Stine L. K. Baker G. A. Krafft M. J. LaDu J. Biol. Chem. 2002 277 32046 32053
6. C. Haass D. J. Selkoe Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2007 8 101 112
7. D. M. Walsh I. Klyubin J. V. Fadeeva W. K. Cullen R. Anwyl M. S. Wolfe M. J. Rowan D. J. Selkoe Nature 2002 416 535 539
8. G. M. Shankar S. Li T. H. Mehta A. Garcia-Munoz N. E. Shepardson I. Smith F. M. Brett M. A. Farrell M. J. Rowan C. A. Lemere Nat. Med. 2008 14 837 842
9. K. Ono M. M. Condron D. B. Teplow Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 14745 14750
10. T. Härd C. Lendel J. Mol. Biol. 2012 421 441 465
11. D. Schenk R. Barbour W. Dunn G. Gordon H. Grajeda T. Guido K. Hu J. P. Huang K. Johnson-Wood K. Khan D. Kholodenko M. Lee Z. M. Liao I. Lieberburg R. Motter L. Mutter F. Soriano G. Shopp N. Vasquez C. Vandevert S. Walker M. Wogulis T. Yednock D. Games P. Seubert Nature 1999 400 173 177
12. E. Check Nature 2002 415 462
13. C. Hock U. Konietzko J. R. Streffer J. Tracy A. Signorell B. Muller-Tillmanns U. Lemke K. Henke E. Moritz E. Garcia M. A. Wollmer D. Umbricht D. J. F. de Quervain M. Hofmann A. Maddalena A. Papassotiropoulos R. M. Nitsch Neuron 2003 38 547 554
14. K. Blennow H. Zetterberg J. O. Rinne S. Salloway J. Wei R. Black M. Grundman E. Liu Arch. Neurol. 2012 69 1002 1010
15. J. O. Rinne D. J. Brooks M. N. Rossor N. C. Fox R. Bullock W. E. Klunk C. A. Mathis K. Blennow J. Barakos A. A. Okello Lancet Neurol. 2010 9 363 372
16. S. Salloway R. Sperling N. C. Fox K. Blennow W. Klunk M. Raskind M. Sabbagh L. S. Honig A. P. Porsteinsson S. Ferris N. Engl. J. Med. 2014 370 322 333
17. C. Gronwall A. Jonsson S. Lindstrom E. Gunneriusson S. Stahl N. Herne J. Biotechnol. 2007 128 162 183
18. W. Hoyer T. Hard J. Mol. Biol. 2008 378 398 411
19. L. M. Luheshi W. Hoyer T. P. de Barros I. van Dijk Hard A. C. Brorsson B. Macao C. Persson D. C. Crowther D. A. Lomas S. Stahl C. M. Dobson T. Hard PLoS Biol. 2010 8 e1000334
20. W. Hoyer C. Gronwall A. Jonsson S. Stahl T. Hard Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 5099 5104
21. J. Lindgren A. Wahlstrom J. Danielsson N. Markova C. Ekblad A. Graslund L. Abrahmsen A. E. Karlstrom S. K. Warmlander Protein Sci. 2010 19 2319 2329
22. H. Lindberg A. Johansson T. Hard S. Stahl J. Lofblom Biotechnol. J. 2013 8 139 145
23. J. Srinivasan T. E. Cheatham P. Cieplak P. A. Kollman D. A. Case J. Am. Chem. Soc. 1998 120 9401 9409
24. H. Gohlke D. A. Case J. Comput. Chem. 2004 25 238 250
25. H. Wang C. A. Laughton Phys. Chem. Chem. Phys. 2009 11 10722 10728
26. H. Y. Sun Y. Y. Li S. Tian L. Xu T. J. Hou Phys. Chem. Chem. Phys. 2014 16 16719 16729
27. M. H. M. Olsson C. R. Sondergaard M. Rostkowski J. H. Jensen J. Chem. Theory Comput. 2011 7 525 537
28. B. Hess C. Kutzner D. van der Spoel E. Lindahl J. Chem. Theory Comput. 2008 4 435 447
29. K. Lindorff-Larsen S. Piana K. Palmo P. Maragakis J. L. Klepeis R. O. Dror D. E. Shaw Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2010 78 1950 1958
30. W. L. Jorgensen J. Chandrasekhar J. D. Madura R. W. Impey M. L. Klein J. Chem. Phys. 1983 79 926 935
31. G. Bussi D. Donadio M. Parrinello J. Chem. Phys. 2007 126 014101
32. B. Hess H. Bekker H. J. C. Berendsen J. G. E. M. Fraaije J. Comput. Chem. 1997 18 1463 1472
33. M. Parrinello A. Rahman J. Appl. Phys. 1981 52 7182 7190
34. D. A. Case T. E. Cheatham T. Darden H. Gohlke R. Luo K. M. Merz A. Onufriev C. Simmerling B. Wang R. J. Woods J. Comput. Chem. 2005 26 1668 1688
35. T. J. Hou J. M. Wang Y. Y. Li W. Wang J. Chem. Inf. Model. 2011 51 69 82
36. J. M. Wang P. Morin W. Wang P. A. Kollman J. Am. Chem. Soc. 2001 123 5221 5230
37. C. Tan Y. H. Tan R. Luo J. Phys. Chem. B 2007 111 12263 12274
38. C. H. Tan L. J. Yang R. Luo J. Phys. Chem. B 2006 110 18680 18687
39. B. R. Miller T. D. McGee J. M. Swails N. Homeyer H. Gohlke A. E. Roitberg J. Chem. Theory Comput. 2012 8 3314 3321
40. S. Huo I. Massova P. A. Kollman J. Comput. Chem. 2002 23 15 27
41. N. Homeyer H. Gohlke Mol. Inf. 2012 31 114 122
42. A. T. Petkova W. M. Yau R. Tycko Biochemistry 2006 45 498 512
43. R. K. Spencer H. Li J. S. Nowick J. Am. Chem. Soc. 2014 136 5595 5598
44. S. Jakobi T. X. P. Nguyen F. Debaene A. Metz S. Sanglier-Cianferani K. Reuter G. Klebe Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2014 82 2713 2732
45. N. J. Deng P. Cieplak Phys. Chem. Chem. Phys. 2009 11 4968 4981
46. G. A. Jeffrey and W. Saenger, Hydrogen Bonding in Biological Structures, Springer, Berlin, 1991
47. G. B. McGaughey M. Gagné A. K. Rappé J. Biol. Chem. 1998 273 15458 15463