Liquid phase based separation systems for depletion, prefractionation, and enrichment of proteins in biological fluids and matrices for in-depth proteomics analysis-An update covering the period 2011-2014

Electrophoresis

Volumn 36, Issue 1, 2015, Pages 238-252

  Puangpila, Chanida ^a   Mayadunne, Erandi ^a   El Rassi, Ziad ^a  

^a OKLAHOMA STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

Affinity chromatography; Immunodepletion; Protein fractionation; Proteomics; ProteoMiner

Indexed keywords

ELECTROPHORESIS; FRACTIONATION; MOLECULAR BIOLOGY; PROTEINS;

BIOLOGICAL FLUIDS; IMMUNODEPLETION; LIQUID PHASE; LIQUID PHASIS; PHASE BASED; PREFRACTIONATION; PROTEIN FRACTIONATION; PROTEOMICS; PROTEOMINER; SEPARATION SYSTEMS;

AFFINITY CHROMATOGRAPHY;

PROTEIN;

AFFINITY CHROMATOGRAPHY; ANIMAL; DEVICES; ELECTROPHORESIS; EQUIPMENT DESIGN; FRACTIONATION; HUMAN; ISOLATION AND PURIFICATION; PROCEDURES; PROTEOMICS;

ANIMALS; CHEMICAL FRACTIONATION; CHROMATOGRAPHY, AFFINITY; ELECTROPHORESIS; EQUIPMENT DESIGN; HUMANS; PROTEINS; PROTEOMICS;

EID: 84920175281     PISSN: 01730835     EISSN: 15222683     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/elps.201400434     Document Type: Review

References (77)

1. Zhang, A.-h., Sun, H., Yan, G.-l., Han, Y., Wang, X.-j., Appl. Biochem. Biotechnol. 2013, 170, 774-786.
2. Selvaraju, S., El Rassi, Z., J. Sep. Sci. 2012, 35, 1785-1795.
3. Mostovenko, E., Scott, H. C., Klychnikov, O., Dalebout, H., Deelder, A. M., Palmblad, M., J. Proteomics Bioinform. 2012, 5, 217-221.
4. Fernandez-Costa, C., Calamia, V., Fernandez-Puente, P., Capelo-Martinez, J.-L., Ruiz-Romero, C., Blanco, F., Proteome Sci. 2012, 10, 1-12.
5. Holewinski, R. J., Jin, Z., Powell, M. J., Maust, M. D., Van Eyk, J. E., Proteomics 2013, 13, 743-750.
6. Janecki, D. J., Pomerantz, S. C., Beil, E. J., Nemeth, J. F., J. Chromatogr. B. 2012, 902, 35-41.
7. Jmeian, Y., El Rassi, Z., J. Proteome Res. 2007, 6, 947-954.
8. Mortezai, N., Wagener, C., Buck, F., Methods 2012, 56, 254-259.
9. Roche, S., Tiers, L., Provansal, M., Seveno, M., Piva, M., Jouin, P., Lehmann, S., J. Proteomics 2009, 72, 945-951.
10. Yang, H.-H., Lu, K.-H., Lin, Y.-F., Tsai, S.-H., Chakraborty, S., Zhai, W.-J., Tai, D.-F., J. Biomed. Mater. Res., A 2013, 101A, 1935-1942.
11. Fattahi, S., Kazemipour, N., Valizadeh, J., Hashemi, M., Ghazizade, H., Zahedan J. Res. Med. Sci. 2012, 14, 1-5.
12. Fischer, R., Trudgian, D., Wright, C., Thomas, G., Bradbury, L., Brown, M., Bowness, P., Kessler, B., Mol. Cell. Proteomics 2012, 11, 1-11.
13. Pont, L., Benavente, F., Barbosa, J., Sanz-Nebot, V., J. Sep. Sci. 2013, 36, 3896-3902.
14. Xiaolin, W., Erhui, X., Wei, W., Monica, S., Mauro, C., Nat. Protoc. 2014, 9, 362-374.
15. Talei, D., Valdiani, A., MA, P., Biotech. Histochem. 2013, 60, 521-526.
16. Echan, L., Tang, H., Ali-Khan, N., Lee, K., Speicher, D., Proteomics 2005, 5, 3292-3303.
17. Shi, T., Fillmore, T. L., Sun, X., Zhao, R., Schepmoes, A. A., Hossain, M., Xie, F., Wu, S., Kim, J.-S., Jones, N., Moore, R. J., Paša-Tolić, L., Kagan, J., Rodland, K. D., Liu, T., Tang, K., Camp, D. G., Smith, R. D., Qian, W.-J., Proc. Nat. Acad. Sci. 2012, 109, 15395-15400.
18. Selvaraju, S., Rassi, Z. E., Proteomics 2013, 13, 1701-1713.
19. Yu, Y., Xu, J., Liu, Y., Chen, Y., J. Chromatogr. B 2012, 902, 10-15.
20. Huillet, C., Adrait, A., Lebert, D., Picard, G., Trauchessec, M., Louwagie, M., Dupuis, A., Hittinger, L., Ghaleh, B., Le Corvoisier, P., Jaquinod, M., Garin, J., Bruley, C., Brun, V., Mol. Cell. Proteomics 2012, 11, 1-12.
21. Scholl, P. F., Cole, R. N., Ruczinski, I., Gucek, M., Diez, R., Rennie, A., Nathasingh, C., Schulze, K., Christian, P., Yager, J. D., Groopman, J. D., West, K. P., Jr., Placenta 2012, 33, 424-432.
22. Tu, W.-J., Liu, X.-Y., Dong, H., Yu, Y., Wang, Y., Chen, H., J. Mol. Neurosci. 2014, 52, 507-514.
23. Tan, S. H., Kapur, A., Baker, M. S., J. Proteome Res. 2012, 11, 6291-6294.
24. Liu, T., Hossain, M., Schepmoes, A. A., Fillmore, T. L., Sokoll, L. J., Kronewitter, S. R., Izmirlian, G., Shi, T., Qian, W.-J., Leach, R. J., Thompson, I. M., Chan, D. W., Smith, R. D., Kagan, J., Srivastava, S., Rodland, K. D., Camp Ii, D. G., J. Proteome 2012, 75, 4747-4757.
25. Santucci, L., Candiano, G., Bruschi, M., D'Ambrosio, C., Petretto, A., Scaloni, A., Urbani, A., Righetti, P. G., Ghiggeri, G. M., Proteomics 2012, 12, 509-515.
26. Selvaraju, S., El Rassi, Z., Electrophoresis 2011, 32, 674-685.
27. Zhu, G., Zhao, P., Deng, N., Tao, D., Sun, L., Liang, Z., Zhang, L., Zhang, Y., Anal. Chem. 2012, 84, 7633-7637.
28. González-Iglesias, H., Álvarez, L., García, M., Escribano, J., Rodríguez-Calvo, P. P., Fernández-Vega, L., Coca-Prados, M., J. Proteomics 2014, 98, 65-78.
29. Balfoussia, E., Skenderi, K., Tsironi, M., Anagnostopoulos, A. K., Parthimos, N., Vougas, K., Papassotiriou, I., Tsangaris, G. T., Chrousos, G. P., J. Proteomics 2014, 98, 1-14.
30. von Toerne, C., Kahle, M., Schäfer, A., Ispiryan, R., Blindert, M., Hrabe De Angelis, M., Neschen, S., Ueffing, M., Hauck, S. M., J. Proteome Res. 2013, 12, 1331-1343.
31. Coscia, A., Orrù, S., Di Nicola, P., Giuliani, F., Varalda, A., Peila, C., Fabris, C., Conti, A., Bertino, E., J. Matern. Fetal Neonatal Med. 2012, 25, 49-51.
32. Fasoli, E., D'Amato, A., Righetti, P. G., Barbieri, R., Bellavia, D., Biol. Bull. 2012, 222, 93-104.
33. Huhn, C., Ruhaak, L. R., Wuhrer, M., Deelder, A. M., J. Proteomics 2012, 75, 1515-1528.
34. Malaud, E., Piquer, D., Merle, D., Molina, L., Guerrier, L., Boschetti, E., Saussine, M., Marty-Ané, C., Albat, B., Fareh, J., Electrophoresis 2012, 33, 470-482.
35. Cumová, J., Jedličková, L., Potěšil, D., Sedo, O., Stejskal, K., Potáčová, A., Zdráhal, Z., R., H., Klin. Onkol. 2012, 25, 17-25.
36. Capriotti, A. L., Caruso, G., Cavaliere, C., Piovesana, S., Samperi, R., Laganà, A., Anal. Chim. Acta 2012, 740, 58-65.
37. Lichtenauer, A. M., Herzog, R., Tarantino, S., Aufricht, C., Kratochwill, K., Electrophoresis 2014, 35, 1387-1394.
38. Cheng, Y., Chen, Y., Sun, X., Li, Y., Huang, C., Deng, H., Li, Z., Inflammation 2014, 37, 1459-1467.
39. Selvaraju, S., El Rassi, Z., J. Chromatogr. B 2014, 951-952, 135-142.
40. Ritorto, M. S., Cook, K., Tyagi, K., Pedrioli, P. G. A., Trost, M., J. Proteome Res. 2013, 12, 2449-2457.
41. Chang, P.-C., Reddy, P. M., Ho, Y.-P., Anal. Bioanal. Chem. 2014, 406, 5339-5346.
42. Sun, D., Wang, N., Li, L., J. Proteome Res. 2012, 11, 818-828.
43. Boichenko, A. P., Govorukhina, N., van der Zee, A. G. J., Bischoff, R., J. Sep. Sci. 2013, 36, 3463-3470.
44. Zhou, F., Sikorski, T. W., Ficarro, S. B., Webber, J. T., Marto, J. A., Anal. Chem. 2011, 83, 6996-7005.
45. Hennrich, M. L., Groenewold, V., Kops, G. J. P. L., Heck, A. J. R., Mohammed, S., Anal. Chem. 2011, 83, 7137-7143.
46. Song, C., Wang, F., Ye, M., Cheng, K., Chen, R., Zhu, J., Tan, Y., Wang, H., Figeys, D., Zou, H., Anal. Chem. 2011, 83, 7755-7762.
47. Garbis, S. D., Roumeliotis, T. I., Tyritzis, S. I., Zorpas, K. M., Pavlakis, K., Constantinides, C. A., Anal. Chem. 2011, 83, 708-718.
48. Wu, Y., Wang, Y., Gu, X., Zhang, L., C., Y., J. Sep Sci. 2011, 34, 1027-1034.
49. Zhao, Y., Kong, R. P., Li G., Lam, M. P., Law, C. H., Lee, S. M., Lam, H. C., K., C. I., J. Sep. Sci. 2012, 35, 1755-1763.
50. Xia, S., Tao, D., Yuan, H., Zhou, Y., Liang, Z., Zhang, L., Y., Z., J. Sep. Sci. 2012, 35, 1764-1770.
51. Lam, M. Y., Law, C., Quan, Q., Zhao, Y., Chu, I., in: Martins-de-Souza, D. (Ed.), Shotgun Proteomics, Springer, New York 2014, pp. 39-51.
52. Di Carli, M., Zamboni, A., Pè, M. E., Pezzotti, M., Lilley, K. S., Benvenuto, E., Desiderio, A., J. Proteome Res. 2011, 10, 429-446.
53. Sui, S.-H., Dong, J.-J., Wang, J.-L., Cai, Y., Qian, X.-H., Chin. J. Anal. Chem. 2012, 40, 177-183.
54. Wulff, T., Petersen, J., Nørrelykke, M. R., Jessen, F., Nielsen, H. H., J. Agric. Food. Chem. 2012, 60, 8457-8464.
55. Zhang, J., Wang, K., Zhang, J., Liu, S. S., Dai, L., Zhang, J.-Y., J. Proteome Res. 2011, 10, 2863-2872.
56. Kuramitsu, Y., Takashima, M., Yokoyama, Y., Iizuka, N., Tamesa, T., Akada, J. K., Wang, Y., Toda, T., Sakaida, I., Okita, K., Oka, M., Nakamura, K., Anticancer Res. 2011, 31, 3331-3336.
57. Fung K. Y. C., Cursaro C., Lewanowitsch T., Brierley G. V., McColl S. R., Lockett T., Head R., Hoffmann P., L., C., Proteomics 2011, 11, 964-971.
58. Wase, N. V., Ow, S. Y., Salim, M., Nissum, M., Whalley, M., C., W. P., J. Proteomics Bioinform. 2012, 5, 067-072.
59. Parsons, H. T., Weinberg, C. S., Macdonald, L. J., Adams, P. D., Petzold, C. J., Strabala, T. J., Wagner, A., Heazlewood, J. L., PLOS One 2013, 8, 1-12.
60. Kailasa, S., Wu, H.-F., Microchim. Acta 2014, 181, 853-864.
61. Yue, X.-S., Hummon, A. B., J. Proteome Res. 2013, 12, 4176-4186.
62. Tsai, C.-F., Hsu, C.-C., Hung, J.-N., Wang, Y.-T., Choong, W.-K., Zeng, M.-Y., Lin, P.-Y., Hong, R.-W., Sung, T.-Y., Chen, Y.-J., Anal. Chem. 2013, 86, 685-693.
63. Yan, Y., Zheng, Z., Deng, C., Li, Y., Zhang, X., Yang, P., Anal. Chem. 2013, 85, 8483-8487.
64. Li Q.-R., Ning Z.-B., Yang X.-L., Wu J.-R., Zeng, R., Electrophoresis 2012, 33, 3291-3298.
65. Yu, L.-R., Veenstra, T., in: Zhou, M., Veenstra, T. (Eds.), Proteomics for Biomarker Discovery, Humana Press, New York 2013, pp. 93-103.
66. Hoehenwarter, W., Thomas, M., Nukarinen, E., Egelhofer, V., Röhrig, H., Weckwerth, W., Conrath U, M., B. G. J., Mol. Cell. Proteomics 2013, 12, 369-380.
67. Yan, Y., Sun, X., Deng, C., Li, Y., Zhang, X., Anal. Chem. 2014, 86, 4327-4332.
68. Yang, N., Feng, S., Shedden, K., Xie, X., Liu, Y., Rosser, C. J., Lubman, D. M., Goodison, S., Clin. Cancer Res. 2011, 17, 3349-3359.
69. Bell, C., Smith, G. T., Sweredoski, M. J., Hess, S., J. Proteome Res. 2012, 11, 119-130.
70. Gonzalez-Begne, M., Lu, B., Liao, L., Xu, T., Bedi, G., Melvin, J. E., Yates, J. R., J. Proteome Res. 2011, 10, 5031-5046.
71. Benkovska, D., Flodrova, D., Bobalova, J., J. Liq. Chrom. Rel. Technol. 2012, 36, 561-572.
72. Mann, B. F., Mann, A. K. P., Skrabalak, S. E., Novotny, M. V., Anal. Chem. 2013, 85, 1905-1912.
73. Jung, K., Cho, W., Anal. Chem. 2013, 85, 7125-7132.
74. Lee, L. Y., Hincapie, M., Packer, N., Baker, M. S., Hancock, W. S., Fanayan, S., J. Sep. Sci. 2012, 35, 2445-2452.
75. Yao, L., Lao, W., Zhang, Y., Tang, X., Hu, X., He, C., Hu, X., Xu, L. X., J. Proteome Res. 2012, 11, 3281-3294.
76. Gbormittah, F. O., Haab, B. B., Partyka, K., Garcia-Ott, C., Hancapie, M., Hancock, W. S., J. Proteome Res. 2013, 13, 289-299.
77. Bhattacharjee, M., Sharma, R., Goel, R., Balakrishnan, L., Renuse, S., Advani, J., Gupta, S., Verma, R., Pinto, S., Sekhar, N., Nair, B., Prasad, T. S. K., Harsha, H., Jois, R., Shankar, S., Pandey, A., Clin. Proteomics 2013, 10, 1-11.